La familia de Malcolm y la de Stevie deciden pasar las vacaciones de verano juntos en una casa flotante.

Tras las vacaciones de verano Malcolm regresa a la escuela, donde habrá ingresado una estricta profesora. Mientras, Eric se presenta en casa para hablar con sus padres sobre la decisión de emanciparse. Lois no acepta que Eric abandone la Academia.

Lois decide asociarse a un club femenino en el que se supone que debaten sobre la vida, el matrimonio y los derechos de la mujer. Hal, por su parte, se mostrará nervioso al ver que tiene que hacerse cargo de sus hijos porque su mujer está ausente.

Malcom logra su primer noviazgo oficial. Mientras Dewey inventa un amigo imaginario, y Francis encuentra refugio con un loco en una cabaña remota en Canadá.

Malcolm y sus hermanos se hacen pasar por recolectores de una iglesia de caridad y se quedan con las ganancias. Por su lado, Francis disfruta de su vida en un campamento forestal.

Dewey se lleva a casa un hámster llamado Bernard. Cuando se dispone a presentárselo a sus padres, pero éstos le ignoran. Dewey se va a su habitación y, cuando se dispone a limpiar la jaula de su nuevo amigo, se percata de que éste ha huido.

Lois intenta que los chicos se comporten bien en Navidad y les esconde sus regalos. Por otro lado, Francis pasará la Navidad con su malhumorada abuela.

Hal acusa a Abe de jugar sucio en la partida de póquer. Mientras, Reese y Lois asisten a una clase de danza.

En su nuevo trabajo, Reese es acusado de robar. Mientras, Dewey intenta convencer a sus padres de que él puede mantener vivo a un pez, y Malcolm se irrita cuando un super genio entra en su clase.

Lois se repone tras de los malos comentarios que han hecho los clientes. Por otro lado, los chicos juegan contra Hal en un juego de baloncesto, y Francis se convierte en un caza ratas.

Durante el picnic de la compañía de Hal, intentan acercar a Malcolm a una muchacha que a él le gusta, pero ella lo odia. Hal, por su parte, evita a su nuevo jefe y Lois evade a una mujer insoportable. Por último, Francis juega al hockey en Alaska.

Mientras el picnic continúa, Hal no puede revelar su verdadera identidad a su jefe, encima Malcom se siente humillado, y Reese se junta con un mal compañero de trabajo. Por su lado, Francis se arrepiente de su apuesta contra el equipo de jockey del campamento.

Reese se complica la vida durante su primera lección de conducir; Malcolm ayuda a Craig para que instale un sistema de radio, y Francis logra pagar su deuda a través de favores.

Cynthia finalmente vuelve, pero enfadada y de malas maneras. Cuando Malcolm intenta saber que es lo qué está pasando, Malcolm descubrirá algo inesperado sobre la chica.

Malcolm, Reese y Dewey se sienten apartados de las conversaciones de los mayores y cansados de escuchar gritos, por lo que deciden escaparse. Hal, Lois, Francis y Piama intentarán encontrarlos desesperadamente.

Hal empieza a dirigir al equipo de fútbol de Dewey... ante el horror de éste. Por su parte, Malcom obtiene resultados inesperados después de programar su ordenador para que imite la vida de los miembros de su familia.

Dewey trae un perro a escondidas de sus padres; Hal y Lois tratan de mantener una cita amorosa, a pesar de que ambos están enfermos; el comandante Spangler encuentra a Francis en el campamento.

Después de que el automóvil de la familia se averíe y los muchachos no se quieren hacer cargo del accidente, Hal los lleva a ver un psiquiatra.

Cuando Lois entra a formar parte de un jurado, pone presión a los otros miembros para que tomen su labor en serio. Ha intentará imaginar en qué caso está trabajando Lois. Mientras, Malcom, Reese y Dewey se pierden en un alcantarillado.

A Malcom y a los Krelboynes les obligan a alistarse en el “consejo” de estudiantes. Hal, por su parte, está tentado a derribar el arreglo de fichas de dominó que Dewey ha preparado.

Craig se ha buscado un nuevo ayudante, un mono, que con el paso de los días se vuelve más y más violento e intenta matarle. Por otro lado, Reese decide convertirse en policía tras salvar a Hal y Lois de un ladrón.