Die Familien von Malcolm und Stevie machen gemeinsam Urlaub auf einem Hausboot. Doch von Erholung keine Spur, denn die Kenarbans streiten sich permanent. Auch Malcolm hat schlechte Laune, denn er muss ständig mit seinem Vater angeln. Steve und Reese hingegen paddeln täglich zu einem Cheerleader-Camp, um endlich etwas Aufregendes zu erleben. Inzwischen beantragt Francis zu Hause vor Gericht die Befreiung aus der elterlichen Vormundschaft, um nach Alaska auszuwandern.

Francis hat erreicht, dass er aus der elterlichen Vormundschaft entlassen worden ist und verlässt nun die Akademie, um nach Alaska zu gehen. Doch als er sich von seinen Eltern verabschieden will, kommt es zu einem heftigen Streitgespräch zwischen Lois und ihm. Malcolm hingegen muss sich mit einem neuen Lehrer herumschlagen, der die Klasse zu Höchstleistungen anspornen will. Dabei entsteht ein gnadenloser Konkurrenzkampf, aber Malcolm hat so einige Tricks auf Lager.

Lois will ihrem eintönigen Mutterdasein entfliehen und tritt einem Buchclub bei. Doch dann muss sie irritiert feststellen, dass die Mütter dort nur zusammenkommen, um über die Familie und ihre Kinder herzuziehen und sich gnadenlos zu betrinken. Als Hal während Lois’ Abwesenheit auf Malcolm, Dewey und Reese aufpassen soll, bringen ihn die munteren Jungs an den Rande eines Nervenzusammenbruchs. Francis hingegen versucht, per Autostop nach Alaska zu gelangen.

Malcolm hat das erste Mal in seinem Leben eine feste Freundin, doch seinen Eltern erzählt er wohlweislich nichts davon. Als jedoch Reese das Geheimnis ausplaudert, versucht Lois mit allen Mitteln, Malcolm seine Traumfrau auszureden. Malcolm aber bleibt stur und muss am Ende seinen ersten großen Liebeskummer erleben. Francis ist inzwischen auf dem Weg nach Alaska verhaftet worden und fühlt sich dort ausgesprochen wohl, weil hier die interessantesten Intrigen laufen.

Lois verdonnert Malcolm, Reese und Dewey zu karitativer Arbeit: Sie sollen bei der Kirche die Spenden für arme Leute sortieren. Doch die gewitzten Jungs ziehen schon bald einen schwunghaften Spenden-Handel auf, um ihr Taschengeld aufzubessern. Das Geschäft läuft bestens – bis sie von Hal erwischt werden. Als dieser versucht, die getauschten Spenden wieder loszuwerden, landet er prompt im Gefängnis. Inzwischen muss sich Francis in Alaska als Hilfsarbeiter durchschlagen.

Nach einer Routineuntersuchung befürchtet Hal, unheilbar krank zu sein. Bald schon liegen sowohl bei ihm als auch bei Lois die Nerven blank, was Malcolm und Reese deutlich zu spüren bekommen: Schon wegen Lappalien droht sofort Hausarrest. Doch die Kinder deuten die gereizte Stimmung anders und vermuten, dass sich ihre Eltern scheiden lassen wollen. Francis hat sich inzwischen im Holzfällerlager mit seiner Chefin Lavernia angelegt, die ihn nun zum Boxkampf fordert.

Lois ist ziemlich genervt: Weihnachten steht vor der Tür, doch ihre Jungs wissen sich einfach nicht zu benehmen. Darum beschließt die vierfache Mutter, zu radikalen Methoden zu greifen und das Fest kurzerhand ausfallen zu lassen. Um vielleicht doch noch an ihre Geschenke zu kommen, verhalten sich Malcolm, Dewey und Reese wie drei Musterknaben – mit wenig Erfolg. Deshalb beschließen die Jungs, in die Garage einzubrechen und sich die Präsente einfach selbst zu holen …

Stevies Vater Abe lädt Hal zu einer Runde Poker ein, was dieser dankend annimmt. Als Hal jedoch den ganzen Abend lang von Abe und dessen Freunden ausgenommen wird, ist Schluss mit lustig. Lois hat unterdessen angefangen, Tanzstunden zu nehmen. Der Tanzlehrer ist von ihrem Können derart beeindruckt, dass er ihr sogar rät, einen besseren Lehrer zu suchen. Es dauert zwar ein bisschen, doch dann merkt Lois, dass er nur versucht, sie möglichst schnell loszuwerden …

Dewey wünscht sich nichts sehnlicher als einen eigenen Hund. Damit ihm Lois und Hal diesen Wunsch erfüllen, muss er zuvor zwei Monate lang einen Goldfisch versorgen. Dabei greift der Junge zu einem kleinen Trick: Da das Tier jeden Tag stirbt, besorgt er tagtäglich einen neuen Fisch. Malcolm ärgert sich unterdessen maßlos über seinen neuen Mitschüler Barton. Dieser ist nämlich nicht nur schlauer als er, sondern auch noch zu allem Überfluss um einiges jünger …

Malcolm, Reese und Dewey haben die Nase gestrichen voll: In ihrem ganzen Leben haben sie kein einziges Basketball-Spiel gegen Hal gewonnen. Dies soll sich nun ändern, indem sie eine eigene Taktik entwickeln. Als Hal davon erfährt, bekommt er es mit der Angst zu tun und stellt sich krank. Lois erhält unterdessen von ihrem Arbeitgeber die Empfehlung, ihr Äußeres zu ändern. Nachdem sie professionell geschminkt wurde, hat sie allerdings das Gefühl, wie eine Nutte auszusehen …

Hals Arbeitgeber veranstaltet ein Picknick, zu dem alle Mitarbeiter und deren Angehörige eingeladen sind. Hal ist ganz aufgeregt, weil er auf der Veranstaltung seinen neuen Chef kennen lernen soll. Auch Lois ist in Sorge wegen des Picknicks: Zum einen muss sie auf ihren geliebten Ehemann ein Auge werfen, zum anderen soll sie Dewey beaufsichtigen, der trotz einer Süßigkeitenallergie seine Finger nicht von Naschereien lassen kann. Probleme sind praktisch vorprogrammiert …

Malcolms Familie tummelt sich noch immer auf dem Firmenpicknick: Während Lois sich mit einer anderen Frau prügelt, ist Dewey weiterhin trotz Allergie auf Süßigkeitenjagd. Malcolm bestreitet unterdessen zusammen mit Laurie eine dreibeinige Schnitzeljagd. Auf seine Frage, warum sie ihn nicht liebt, bekommt er eine deutliche Antwort. Hal, der von seinem neuen Chef für den Firmenbesitzer gehalten wird, überlegt indes, wie er aus dieser Situation unbeschadet herauskommt …

Reese ist stinksauer, da während seiner ersten Fahrstunde die ganze Zeit nur seine Freundin Jackie hinterm Steuer sitzt. Als der Fahrlehrer den Wagen kurz verlässt, nutzt Reese die Chance, selbst zu fahren. Es kommt, wie es kommen muss: Der Junge liefert sich nach einem vermeintlichen Unfall eine spektakuläre Verfolgungsjagd mit der Polizei. Francis hat unterdessen mal wieder etwas im Holzfällerlager verbockt und bittet seine Kollegen, ihm gegen eine Belohnung zu helfen …

Malcolm hat herausgefunden, weshalb sich seine Schulkameradin Cynthia seit ihrer Europa-Reise so merkwürdig verhält: Ihr sind ihre erstaunlich schnell gewachsenen Brüste furchtbar peinlich! Als Malcolm Reese davon erzählt, schmiedet dieser sogleich einen hinterhältigen Plan … Lois ist entsetzt, als sich ihre alkoholsüchtige Freundin Karen bei ihr dafür entschuldigt, Hal geküsst zu haben. Der vermeintlich untreue Ehegatte bestreitet jedoch vehement jede Schuld …

Im Hause Wilkerson werden eifrig Vorbereitungen für Hals Geburtstag getroffen. Zur Feier des Tages lässt Lois sogar Francis einfliegen. Dieser hat für seine Familie eine ganz besondere Überraschung parat: Er bringt seine frisch gebackene Ehefrau Piama mit. Lois ist über das neue Familienmitglied derart entsetzt, dass sie einen heftigen Streit beginnt. Von den Aggressionen ihrer Mutter völlig frustriert, machen sich Malcolm, Reese und Dewey einfach aus dem Staub …

Der Tag der Rache ist gekommen: Dewey kann dank seinem Hund Marshmallow seinen Brüdern Reese und Malcolm endlich alles zurückzahlen, was diese ihm bisher angetan haben. Doch die beiden Jungs lassen sich das nicht lange gefallen. Lois und Hal sind unterdessen bemüht, endlich wieder einen romantischen Abend miteinander zu verbringen. Nach zwei missglückten Versuchen entscheidet sich das Paar, richtig schön essen zu gehen. Aber auch das endet in einem Desaster!

Was ein lustiger Pokerabend werden sollte, endet in einem völligen Desaster: Hal ist ziemlich frustriert, als sich seine Kumpels weit weniger auf die Karten konzentrieren als auf kleinliche Machtkämpfe, in denen alle beweisen wollen, dass sie in diversen Disziplinen die Besten sind. Malcolm findet unterdessen in der Handtasche von Kristen, der Tochter einer von Hals Freunden, eine Waffe. Als er diese durch Zersägen unschädlich machen will, löst sich ein Schuss!

Da den Jungs mit herkömmlicher Erziehung einfach nicht beizukommen ist, entscheiden sich Lois und Hal für eine etwas unkonventionelle Methode: Sie schicken ihre drei Söhne zu einem Psychiater. Dort erzählen Malcolm, Reese und Dewey in Rückblenden von ihrem Leben. Für den Arzt ist klar, dass nur Malcolm für das familiäre Desaster verantwortlich sein kann, weil er geistig unterfordert ist. Noch ehe er Hal von dieser Analyse erzählen kann, kommt der zu einer eigenen Erkenntnis …

Lois wird die ehrenhafte Aufgabe zuteil, als Geschworene in einem Prozess mitzuwirken. Der dreifachen Mutter wird schnell klar, dass sie die Einzige ist, die diese Aufgabe richtig ernst nimmt. Deshalb steigert sie sich mehr und mehr in ihre Verantwortung hinein. Malcolm, Reese und Dewey nutzen ihre Osterferien unterdessen für einen Ausflug in die Kanalisation. Was als Heidenspaß beginnt, wird schon bald zum Albtraum, als sich die Jungs hoffnungslos verlaufen …

Die Begabtenklasse hat in ihrer übermütigen Experimentierlust ihren Klassenraum verseucht, weshalb die Begabten zumindest übergangsweise mit den „Normalen“ unterrichtet werden müssen. Als sich die Superhirne diversen Cliquen anschließen, kommt es zu einem ungewollten Bandenkrieg. Dewey, der unter Windpocken leidet, muss sich unterdessen gegen seinen Vater wehren. Hal versucht nämlich ständig, den raffinierten Domino-Parcours seines Sohnes umzuwerfen …

Reese ist der Held des Tages! Dem rotzfrechen Lümmel ist es gelungen, einen Einbrecher, der in das Haus eingedrungen ist, k.o. zu schlagen. Als Reese für seinen Einsatz sogar von der Polizei ausgezeichnet wird, ist er überglücklich. Weniger erfreut ist hingegen Hal, der gerne selbst als Held dagestanden wäre. Völlig frustriert sucht er krampfhaft nach Situationen, die auch ihn zum Haudegen machen. Als Craig von einem Affen angegriffen wird, sieht er seine Chance gekommen …