Als Malcolm, Reese, Lois und Hal vom Wasserpark nach Hause fahren, wird die Straße wegen eines Verkehrsunfalls gesperrt. Nun muss die Familie bei über dreissig Grad mit mehreren anderen hundert Autos im Stau ausharren. Während Hal über den Sinn des Lebens philosophiert, versucht Lois, die Räumungsarbeiten voranzutreiben. Reese hingegen gerät in Streit mit einem Eisverkäufer; einzig Malcolm hat Spaß, denn er lernt Jessica kennen - ein tolles Mädchen, aber leider aus Kanada!

Als Francis erst nach Halloween nach Hause kommt, verspricht er seinen Brüdern, richtig mit ihnen nachzufeiern - und zwar mit einer Riesen-Schleuder, die die gesamte Nachbarschaft in Angst und Schrecken versetzt. Doch Malcolms hochbegabte Freunde schlagen zurück und konstruieren eine noch leistungsstärkere Waffe. Hal versucht inzwischen, einen Verkehrsrowdy zu stellen, der seit Wochen durch das Viertel rast, und stiehlt ihm kurzerhand zusammen mit Lois das Auto.

Lois will endlich einmal von ihren Söhnen etwas Schönes zu ihrem Geburtstag geschenkt bekommen. Also stattet sie Malcolm, Reese und Dewey mit jeweils 10 Dollar aus, damit sie etwas Nettes kaufen können. Doch Lois' Absicht endet in einem Desaster, und als auch noch Hal ihren Geburtstag vergisst, verlässt Lois wütend das Haus. Auch Francis reist zum Geburtstag seiner Mutter an - mit seiner neuen Freundin Amaani, die aber angesichts seiner verrückten Familie schnell das Weite sucht.

Hal, Lois und ihre Söhne sind mit den befreundeten Kenarbans in einem Restaurant zum Essen verabredet. Während sich die Männer an die Bar verziehen und sich dort gewaltig betrinken, macht Lois Kitty deutlich klar, dass sie nicht jedem Streit aus dem Weg gehen dürfe. Diesen Rat nimmt sich Kitty zu Herzen und rechnet mit ihrer Familie und den restlichen Leuten im Restaurant ab. Francis dagegen veranstaltet auf seiner Kadettenschule eine Party, die völlig außer Kontrolle gerät.

Lois und Hal verbringen das Wochenende zusammen mit ihren Kindern in einem Hotel mit Casino. Hal träumt vom Riesengewinn, doch leider hat er schon nach kurzer Zeit Casinoverbot. Um die Laune zu heben, beschließt er, mit Malcolm und Reese in eine Geisterstadt zu wandern - aber auch dieser Plan hat so seine Tücken. Francis will die Situation nutzen und bückst wieder mal aus er Militärakademie aus. Doch leider wird daraus nur ein total verkorkstes Wochenende im leeren Elternhaus.

Hal und Lois sind für zwei Tage auf einem Kongress und engagieren Babysitterin Patty, die sich um ihre drei Söhne kümmern soll. Prompt verlieben sich alle drei in das hübsche Mädchen - doch Patty will lieber ein Date mit Ex-Klassenkamerad Francis. Hal ist inzwischen bei dem Kongress auf seinen Erzfeind Keneally gestoßen, der ihm einst eine Idee gestohlen hatte. Und prompt endet das Aufeinandertreffen der beiden Widersacher in einer wüsten und blutigen Prügelei.

Craigs Funktion als neuer stellvertretender Geschäftsführer des Supermarktes wird drastisch auf die Probe gestellt, als bewaffnete Gangster den Laden überfallen. Weil Craig glaubt, sein letztes Stündlein habe nun geschlagen, gesteht er Lois seine Liebe! Inzwischen hat Hal von der Müllkippe einen Schrank mitgebracht, doch als er ihn öffnet, machen sich Hunderte von Fledermäusen im Haus breit. Mit seinen Söhnen versucht Hal jetzt alles, die Biester wieder loszuwerden.

Malcolms Klasse hat als neues Unterrichtsthema "das Mittelalter" - sehr zu dessen Leidwesen, denn er soll nun eine Woche lang ein Hofnarrenkostüm tragen. Um sich vor dem Unterricht drücken zu können, täuscht er bei der Schultherapeutin psychische Probleme vor. Doch kurz darauf wird auch Reese aus dem gleichen Grund bei der Psychologin vorstellig, und der Schwindel fliegt auf. Als Hal ein altes Kegelspiel findet, entdeckt er bei Dewey ungeahnte Fähigkeiten.

Malcolm hat bei den Proben zur diesjährigen Schulaufführung von Shakespeares "Sommernachtstraum" schauspielerisch so überzeugt, dass er die Hauptrolle des Stücks erhält. Seine Klassenkameraden aber sind sauer, denn eigentlich sollte Malcolm an einem geheimen Raketenabschussprojekt mitmachen. Doch bei der großen Aufführung streiken Malcolms Nerven. Kadett Francis hingegen trägt mal wieder eine Machtprobe mit Kommandant Spangler aus - und verliert natürlich!

Francis will unbedingt seinen Geburtstag zu Hause verbringen - und das aus gutem Grund: Denn an der Militärakademie ist es Brauch, dass an diesem Tag das Geburtstagskind am ganzen Körper rasiert und in einen Tümpel geworfen wird. Reese hingegen hat beim Ringen gegen ein Mädchen verloren und beschließt nun, sich ab sofort nie mehr auf dem Schulhof zu prügeln. Doch als darauf die blanke Anarchie ausbricht, ist Reese gezwungen, ganz schnell wieder die alte Ordnung herzustellen.

Da hat Malcolm wieder mal etwas geliefert: Aus Versehen hat er seiner Nachbarin, der sonderbaren und Furcht erregenden alten Hexe Mrs. Griffin, den Arm gebrochen! Natürlich folgt die Strafe auf dem Fuße, und Malcolm muss sich nun jeden Nachmittag nach der Schule um die Verletzte kümmern und dabei ihre ständigen Schimpftiraden ertragen. Doch es kommt noch schlimmer: Malcolm wird von Lois dabei ertappt, wie er heimlich eine Spritztour mit dem Wagen von Mrs. Griffin unternimmt ...

Malcolms neue Mitschülerin Cynthia lässt nichts unversucht, um sich mit ihm anzufreunden. Als endlich auch bei Malcolm die Schmetterlinge im Bauch zu flattern beginnen, gelingt es Lois, alles zu vermasseln. Dewey hingegen muss den Verlust seines geliebten Teddys Domingo verkraften, den ihm Lois aus hygienischen Gründen weggenommen hat. Francis hat mal wieder Probleme mit Kommandant Spangler, weil er dessen Auto zu Schrott gefahren hat. Hal soll ihm nun ein Alibi verschaffen.

Malcolms Familie bekommt neue Nachbarn. Anfangs läuft alles prima, man versteht sich blendend. Doch der Friede ist trügerisch: Bald brechen die ersten Konflikte zwischen den Kindern auf: Reese wird dauernd von der Nachbarstochter gebissen und der Nachbarsjunge erzählt Lügengeschichten über Malcolm. Während Lois wenig von ihrer Nachbarin Tina hält, werden Hal und sein neuer Nachbar Mike die dicksten Freunde - bis Malcolm und Reese ihren Rachefeldzug gegen die Neuen starten ...

Als Hal in Deweys Klasse einen Vortrag über seinen Beruf hält, wird ihm urplötzlich klar, wie sehr er seine Arbeit hasst, und er zieht die Konsequenzen. Er nimmt unbezahlten Urlaub und erfüllt sich einen alten Traum: endlich ein riesengroßes Bild zu malen. Doch die Malerei hat so ihre Tücken. Francis arbeitet während der Osterferien bei Lois im Supermarkt - und leidet dabei entsetzliche Qualen. Auch Malcolm macht sich Gedanken über seine Zukunft.

Als Lois Eltern völlig überraschend ihren Besuch abstatten, kommt es schon bald zu Problemen mit den alten Herrschaften: Dewey ist nur noch auf der Flucht, Malcolm wird von den Großeltern als Versager abgestempelt, Hal hat als Schwiegersohn ebenfalls nichts zu lachen - und mittendrin Lois, die versucht, sich irgendwie durchzulavieren. Nur Reese genießt den Besuch von Oma und Opa, denn er ist deren Liebling, bis plötzlich eine Handgranate im neuen Kühlschrank explodiert.

Lois wird auf dem Weg zum Friseur wegen Missachtung der Vorfahrt von einem Polizisten angehalten. Dieser verpasst ihr prompt einen Strafzettel und verhaftet sie kurzerhand wegen 16 nicht bezahlter Strafzettel, die eigentlich auf Francis' Kappe gehen. Doch Lois ist sich keiner Schuld bewusst und will den Polizisten wegen falscher Anschuldigungen verklagen - bis ihr die Familie anhand eines Überwachungsvideos des Supermarkts das Gegenteil beweist. Als Lois nun zugeben muss, dass auch ihr mal ein Fehler unterlaufen kann, nutzen ihre Lieben das Geständnis schamlos aus.

Als Malcolm mit einer Blinddarmentzündung ins Krankenhaus eingeliefert wird, vertreiben sich Hal, Lois, Reese und Dewey die nun Malcolm-freie und jetzt sehr langweilige Zeit mit einem turbulenten Brettspiel, das bisher immer nur Malcolm gewonnen hatte. Doch nun kämpft jeder um den Sieg - und das mit immer brutaleren und verbisseneren Mitteln! Währenddessen versucht Malcolm, mit Hilfe eines zweiten Bluttests der bevorstehenden Operation zu entgehen - jedoch ohne Erfolg!

Lois und Hal haben große erzieherische Probleme mit Reese - all ihre Bestrafungsmaßnahmen zeigen keinerlei Wirkung. Um seinen rebellischen Sohn positiv zu motivieren, beschließt Hal, zusammen mit ihm einen Kochkurs zu besuchen. Überraschenderweise reagiert Reese total begeistert und avanciert zum Meisterkoch. Doch bei einem Kochwettbewerb kehrt Reese zu seinen altbekannten Qualitäten zurück und versalzt die Mahlzeiten seiner Konkurrenten kräftig.

Reese hat katastrophale Noten in der Schule, und nun droht ihm der Besuch einer Förderklasse. Lois will dies mit allen Mitteln verhindern und engagiert ab sofort Malcolm als Nachhilfelehrer. Reese aber ist ein hoffnungsloser Fall, und so beschließt Malcolm, den nächsten Test seines Bruders selbst zu schreiben. Der Trick läuft bestens, doch die Note bleibt die gleiche wie immer: eine Sechs! Nun bestätigt sich wohl der Verdacht, dass sein Lehrer Reese auf den Kieker hat.

Eine Geschichte, zwei Versionen: Weil Malcolm und Reese zum Bowling wollen, fährt Lois die beiden, während Hal bei Dewey bleibt. Weil jedoch keinerlei Aufsichtspersonen vorhanden sind, beschließt Lois, sich höchstpersönlich um die Kinder zu kümmern - sehr zur Qual von Malcolm. Inzwischen hat Dewey seinen Vater zu Hause voll im Griff. Version 2: Diesmal fährt Hal mit seinen Söhnen zum Bowling, Dewey aber hat zu Hause schlechte Karten, weil Lois ihm hoffnungslos überlegen ist.

Seit Craig bei Malcolm und seiner Familie eingezogen ist, liegen die Nerven aller blank. Als Malcolm, Reese und Dewey ein altes Mini-Bike von einem Müllmann abkaufen, um es heimlich in der Garage zu reparieren, entdeckt Lois schon bald das marode Gefährt und verbietet den Kindern, das Bike zu benutzen. Doch Reese unternimmt eine heimliche Spritztour mit dem Rad und verletzt sich dabei am Bein. Die Brüder beschließen, Craig als Schuldigen zu präsentieren - mit Erfolg!

Dewey, Malcolm, Reese und Stevie wollen unbedingt auf den Jahrmarkt - aber ohne elterliche Begleitung! Als die vier mit Hilfe einer Lüge alleine losziehen, machen sich Lois und Hal gemeinsam mit den Kenarbans auf die Suche nach ihnen. Inzwischen haben die Jungs auf dem Jahrmarkt Bekanntschaft mit dem betrunkenen Sicherheitsbeamten Phil gemacht, der dann auch prompt Stevie gefangen nimmt. Doch schließlich treffen die Eltern ein, und die Strafe folgt auf dem Fuß.

Hal will mit Dewey die alte Couch auf einer Müllhalde entsorgen. Unterwegs aber verlieren die beiden das gute Stück auf einem Bahngleis - mit katastrophalen Folgen: Ein Zug mit giftiger Ladung entgleist, und die ganze Bevölkerung wird evakuiert und in der Turnhalle untergebracht. Dort setzt Dewey eine wahre Gerüchteküche in Gang, und Reese startet einen regen Schwarzhandel mit allem Möglichen. Doch es dauert nicht lange, bis auffliegt, wer für das Desaster verantwortlich ist.

Lois sitzt auf heißen Kohlen – seit zwei Wochen ist ihre Periode überfällig. Nun hat sie auch noch Streit mit Hal über die Schuldfrage an dem Malheur. Dabei rufen sie sich die Geburt ihrer drei Jungs in Erinnerung und stellen fest, dass sie bei keinem einzigen vorbereitet waren und auch ständig Zoff über diese Frage miteinander hatten. Doch schließlich versöhnen sich die beiden und beschließen, einen Schwangerschaftstest zu besorgen. Wird die Familie Zuwachs bekommen?