Auf Anordnung seiner Mutter Lois muss der neunjährige Malcolm sich mit Stevie treffen, einem an den Rollstuhl gefesselten hoch begabten Schüler. Stevie besucht eine Spezialklasse, in der nur besonders intelligente Kinder unterrichtet werden. Weil die anderen Kinder diese verachten, will auch Malcolm zunächst mit Stevie nichts zu tun haben. Doch es kommt noch schlimmer: Weil auch Malcolm überdurchschnittlich intelligent ist, muss er schon bald die Klasse wechseln - zu Stevie.

Als Lois ihr neues rotes Kleid, welches sie extra für ihren Hochzeitstag gekauft hat, angebrannt in der Toilette findet, verdächtigt sie sofort Reese, Dewey und Malcolm. Mit ihren eigenwilligen Methoden versucht sie, die drei zu einem Geständnis zu bewegen und den Fall aufzuklären. Hal sitzt derweil im Restaurant und wartet auf seine Frau.

Hal und Lois fahren zu einer Hochzeit bei Hals Verwandten. Die Familienfeier macht beiden keinen Spaß, weil Lois von seiner Familie nicht akzeptiert wird. Schließlich rettet Hal den Tag, indem er Lois eine ganz besondere Liebeserklärung macht - worauf die beiden übereinander herfallen. Außerdem soll der von der Militärakademie beurlaubte Francis auf seine drei kleinen Brüder aufpassen. Malcolm, Reese und Dewey versuchen, sich gut zu benehmen - was sehr schwer fällt.

Wegen einer Kakerlakenplage muss Malcolms Familie vorübergehend in einen engen Wohnwagen ziehen. Malcolm hat Glück: er ergattert einen Nebenjob als Babysitter bei einer scheinbar perfekten Familie. Die Inksters sind reich und bezahlen gut, weshalb sich Malcolm dort wie zu Hause fühlt. Aber dann findet er heraus, dass er von den Inksters bei all seinen Tätigkeiten gefilmt und überwacht wird. Reumütig kehrt er in den Wohnwagen zurück. Dort haben inzwischen Lois und Hal Probleme.

Malcolm übernachtet bei Stevie, doch der Spaß, den sich die beiden davon versprechen, wird ihnen von Stevies Mutter bald vermiest: Sie schickt die beiden um acht Uhr ins Bett. Das finden Malcolm und Stevie gar nicht lustig, und so schleichen sich die beiden heimlich aus dem Haus, um sich in der Stadt zu vergnügen. Reese darf indessen nur fernsehen, wenn er es schafft, Dewey ins Bett zu bringen, und Francis bekommt Ärger mit Burschenschaftlern in der Militärakademie ...

Malcolms großer Bruder Francis ist heftig in Beebee verliebt und will nun mit ihr durchbrennen. Er flüchtet aus der Militärakademie und versteckt sich vorerst hinter dem Garten seines Elternhauses. Malcolm, der in den Plan eingeweiht ist, versorgt ihn heimlich mit Lebensmitteln. Unterdessen wird Dewey von seinen Brüdern erzählt, unter seinem Bett lebe ein Monster, das sich tagsüber hinter dem Garten aufhält. Pech für Francis, denn Dewey macht sich auf, das Monster zu steinigen.

Malcolms Hochbegabten-Klasse feiert ein Sommerfest, und die Familien der Schüler sind auch eingeladen. Es dauert nicht lange, bis Reese sich mit Malcolms Kollegen anlegt und sich dabei jede Menge Ärger von deren großen Brüdern einhandelt. Hal grillt indessen Fleisch, obwohl alle hochbegabten Kinder dagegen allergisch sind, und Lois zofft sich mit einigen Eltern. Während Francis ein Mädchen anbaggert, bastelt Malcolm eine Bombe - als diese explodiert, ist das Chaos perfekt ...

Malcolm, Dewey und Reese wollen Lois von der Arbeit abholen, aber kaum sind sie da, herrscht Ausnahmezustand im Supermarkt: Die drei fummeln an einem Schaumreiniger herum und schäumen fast den ganzen Laden ein. Und weil es so viel Spaß macht, lässt Dewey auch noch eine Flasche edelsten Cognacs mitgehen - die Konsequenz: Lois wird gefeuert und die Familie muss einen harten Sparkurs einschlagen. Doch dann wird Hal ins Krankenhaus eingeliefert ...

Als Fan von Stock-Car-Rennen beschließt Hal, seine Söhne zu diesem Ereignis mitzunehmen - obwohl die drei dafür die Schule schwänzen müssen. Doch von dem Rennen bekommt keiner der Jungs etwas mit; Malcolm und Reese landen bald in Polizeigewahrsam, und Dewey verläuft sich beim Getränkeholen. Unterdessen stellt Lois auf der Suche nach einem Scheck die Wohnung auf den Kopf und findet dabei Verstecke mit Sachen, die ihre drei Sprösslinge in ziemliche Erklärungsnot bringen dürften.

Keiner mochte Lois' verstorbene Tante, und so hat auch niemand Lust, zum Begräbnis zu gehen. Hal würde am liebsten Musik hören, Malcolm will mit seiner Freundin Julie ein Konzert besuchen, und Dewey möchte mit seinem Freund spielen. Nur Lois und Reese wollen an der Trauerfeier teilnehmen - wobei Reese einen guten Grund hat: Er hat Deweys Geburtstagsgeschenk kaputtgemacht und möchte es im Sarg verschwinden lassen. Doch Malcolm macht ihm einen Strich durch die Rechnung.

Reese hat sich in Wendy, ein Mädchen aus seiner Schule, verliebt. Weil Wendy zu der Cheerleader-Mannschaft gehört, entschließt Reese sich schließlich, dort ebenfalls einzusteigen. Malcolm kann dies nicht fassen, denn männliche Cheerleader sind das Gespött der Schule. In der Tat bringt dieser Entschluss Reese nicht einen Schritt näher an seine Traumfrau heran. Schließlich versorgen Hal und Malcolm den Verliebten mit ein paar Ratschlägen - mit durchschlagendem Erfolg.

Malcolm will endlich mit den anderen Kindern auf der Straße Rollhockey spielen - und zwar richtig, mit Inlineskatern! Doch als er bei seinem Vater Hal - früher selbst ein sehr guter Rollschuhläufer, Unterricht nehmen will, kommt es wegen der harten väterlichen Schule zu einem großen Streit. Auch Francis hat erheblichen Stress: Weil er sich durch vorgetäuschte Krankheit vor einem Überlebenstraining gedrückt hat, lassen sich seine Kameraden eine wahrlich harte Strafe einfallen.

Malcolms Mutter ist für ein paar Tage zu Francis gefahren, der am Blinddarm operiert wurde. Malcolm ist hocherfreut darüber - denn Vater führt längst nicht so ein strenges Regiment wie Muttern und lässt seinen Sohn ziemlich an der langen Leine. So kommt es auch, dass Malcolm zusammen mit den Nachbarskindern ungestört an einem Killer-Roboter basteln kann. Als Vater schließlich ohne seine Frau immer mehr durchzudrehen scheint, richtet Malcolm den Killer-Roboter gegen ihn.

Wie immer hat Malcolms Mutter ihre Augen und Ohren überall, und so bleibt keiner der Streiche, die Malcolm und seine Brüder aushecken, unentdeckt. Doch als sie übers Wochenende von einem hartnäckigen Bazillus überfallen wird und nun krank im Bett liegt, wittern Malcolm, Reese und Dewey ihre Chance. Denn Mutters Zeitrechnung ist völlig durcheinander geraten: Sie glaubt am Montag immer noch, dass Sonntag sei. Und das heißt für Malcolm einfach: Heute schulfrei!

Malcolm ist überglücklich, denn Vater hat endlich Karten für den Wasserrutschen-Park besorgt. Doch dummerweise erinnert Reese Mutter daran, dass Malcolm Schnupfen hat und besser eine Nasenklammer tragen sollte. Malcolm schwört bittere Rache und versucht mit allen Mitteln, Reese vor seinem Schwarm April bloßzustellen. Und das gelingt ihm im wahrsten Sinne des Wortes. Als schließlich auch noch Lois in den Bruderzwist verwickelt wird, eskalieren die Wasserspiele.