Depuis sa plus tendre enfance, Yukito Urabe est obligé de suivre les préceptes anormaux de la secte créée par son père. Il finit même sacrifié par ce dernier pour rendre grâce à Mitama, la déesse ultime ! Alors qu'il sombre dans les ténèbres, il est mystérieusement réincarné dans un nouveau monde. Et quel monde ! Plus de religions et plus de dieux ! Alléluia! Heureux de ce coup du sort, Yukito se croit débarrassé à jamais du divin jusqu'au jour où…

Mitama a réussi son miracle, mais maintenant, les villageois se sont mis l'Empire à dos, et l'avenir semble toujours bien sombre.

Pendant que Bertrand tente de rentrer chez lui, Yukito essaie de son côté de sauver le village des multiples dangers qui le menacent.

Pour tenter de convertir l'intégralité du village, Yukito utilise les connaissances qu'il a acquises dans son monde pour apporter quelques progrès technologiques grâce à Mitama.

Loki explique ses intentions à Yukito, et celui-ci va en découvrir bien plus qu'il n'en attendait sur le monde dans lequel il a atterri.

Yukito et tout le village fêtent la chute de l'Empire et profitent de la vie, sauf Athar qui n'arrive pas à s'en remettre. Il est maintenant l'heure de faire augmenter drastiquement le nombre de fidèles de Mitama.

Pendant que Loki et Bertrand retournent à la capitale, Yukito, Mitama, Arlalle et Roy sont aux prises avec la secte de Dakini.

Yukito essaie de transférer les fidèles de Dakini à Mitama, mais Dakini n'a pas l'intention de se laisser faire.

Yukito veut maintenant étendre l'influence de la secte de Mitama grâce à la musique, mais un nouvel obstacle se dresse sur son chemin.

Cyan se souvient de son enfance du temps du Conseil et des échéances, pendant que Yukito et ses amis s'apprêtent à affronter Gaïa.

Yukito et Mitama sont toujours prisonniers de Gaïa, mais leurs amis font tout pour les sauver et vaincre le monstre gigantesque qui les poursuit.