Pebbles en Bamm-Bamm ontwikkelen een opmerkelijk muzikaal talent, dat wordt uitgebuit door tiener-impresario Eppy Brianstone. Al snel hebben de peuters geen tijd meer voor hun vaders, wat Fred en Barney ertoe brengt hen te kidnappen. Na een angstaanjagende politieachtervolging, wordt Fred wakker en realiseert zich dat het hele verhaal een droom was.

Wanneer Wilma een brief van haar moeder krijgt waarin ze zegt dat ze bij haar favoriete schoonzoon en zijn vrouw gaat intrekken, begint Fred aan het renoveren van een vervallen hut om mevrouw Slaghoople te huisvesten. Al snel ontdekt Wilma dat haar moeder in de brief niet naar Fred verwijst, maar naar de echtgenoot van haar andere dochter. Fred is blij, totdat hij beseft hoeveel hij aan de hut heeft uitgegeven.

Via een gewonnen publiciteitswedstrijd krijgen Wilma en Betty een dag lang de beschikking over filmster Stoney Curtis als slaaf. De jaloerse Fred laat hem erg hard werken, totdat Stoney hem een baan aanbiedt als zijn stand-in in een nieuwe film. Fred neemt ontslag van zijn werk en bereidt zich voor op het leven als een ster, maar dat loopt niet zoals gedacht.

Een crimineel genaamd "The Mangler" zweert wraak te nemen op Fred, de voorzitter van de jury die ervoor zorgde dat hij achter de tralies belandde. Wanneer de crimineel uit de gevangenis ontsnapt, duiken de Flintstones en de Rubbles onder. Door een reeks misverstanden slaagt Fred er uiteindelijk in om "The Mangler" weer gevangen te nemen.

In een poging om rijk te worden koopt Fred een circus. Wanneer de artiesten ermee stoppen, moet Fred zelf een show op poten zetten met de hulp van Barney, Dino en Hoppy, wat hij met succes doet. Hij doet dit zelfs zo goed dat de artiesten terugkeren en de vorige eigenaar het circus terugkoopt. Om te bewijzen dat hij is genezen van zijn verlangen naar het snelle geld, slaat Fred de kans om een oliebron te kopen af, wat zich uiteindelijk loont.

Samantha en Darrin Stephens, sterren van de televisieserie "Bewitched", komen langs in Bedrock. Darrin gaat uit varen, terwijl Samantha zich bij de Flintstones en de Rubbles voegt voor een kampeertrip. Deze trip leidt er uiteindelijk toe dat de mannen tegenover de vrouwen komen te staan. Geholpen door Samantha's hekserij slagen de vrouwen erin de mannen steeds weer af te troeven.

Fred en Barney ontdekken een bezoeker van een andere planeet, de twee voet hoge, groene Gazoo, die hun dienaar wordt. Een avondje uit in een duur restaurant, waar ze denken dat Gazoo zal trakteren, wordt een nachtmerrie wanneer het buitenaardse wezen verdwijnt. De Flintstones en de Rubbles blijven achter en moeten afwassen om het eten te betalen.

Verveeld tijdens zijn bedrijfspicknick glipt Fred weg om een dutje te doen. Hij wordt twintig jaar later wakker om te ontdekken dat Barney miljonair B.J. Rubble is geworden en dat Pebbles en Bamm-Bamm getrouwd zijn. Uiteindelijk wordt Fred wakker en beseft dat het allemaal maar een droom was.

Wanneer Fred wordt ontslagen door meneer Slate wegens het plaatsen van een lijst met grieven van de andere werknemers, wordt hij ondernemer in de banketbakkerswereld door Wilma's gravelberry taarten te verkopen. Al snel beseft het paar dat ze meer aan ingrediënten uitgeven dan dat ze winst maken. Uiteindelijk wint Wilma de verliezen terug door haar recept te verkopen aan een supermarktmagnaat.

Een spionnenfilm wordt realiteit, wanneer de vileine Stonefinger en zijn handlangers plotseling tot leven komen en Fred en Barney beginnen te bedreigen. Het vergt de magische krachten van Gazoo om de situatie recht te zetten.

Fred kiest een astronautenpak als zijn kostuum voor het gemaskerd bal van de Water Buffalos. Helaas gaat hij uit op een avond dat een lokaal radiostation een publiciteitsstunt heeft gelanceerd over een invasie door ruimtewezens, een stunt die averechts werkt en paniek zaait in de stad.

Fred huppelt rond en huilt van de pijn nadat hij een bowlingbal op zijn voet heeft laten vallen. Zijn bewegingen worden aangezien voor een nieuwe dans, de Frantic. Hij wordt uitgenodigd voor de tv-muziekshow "Shinrock" waar hij plankenkoorts krijgt, totdat hij per ongeluk in een spijker stapt en weer aan het huppelen en huilen slaat.

Fred en Barney willen er samen tussenuit knijpen tijdens een etentje met hun echtgenotes om te gaan bowlen en ze vragen Gazoo om hulp. Het kleine groene ruimtewezen maakt klonen van de jongens, zodat ze op twee plaatsen tegelijk kunnen zijn, wat resulteert in de onvermijdelijke verwarring.

De slechte huwelijksadviezen van Gazoo helpen Fred en Wilma totaal niet en leiden zelfs tot hun scheiding. Het paar herenigt zich pas nadat ze nachtmerries hebben waarin ze gewaarschuwd worden dat de ander in de problemen zit.

Door een vergissing van de apotheek krijgt Fred pillen die hem in een aap doen veranderen. Barney is de enige die dit kortstondige effect ziet, waardoor hij zich zorgen maakt over zijn eigen gezondheid. Wanneer de twee vaders hun kinderen echter naar de dierentuin brengen en Fred in de apenkooi terechtkomt nadat hij een nieuwe pil heeft genomen, wordt zijn probleem voor iedereen duidelijk.

Gazoo neemt Fred mee op reis naar de eenentwintigste eeuw, inclusief een tussenstop bij Slate Rock en de Gravel Company, waar Fred ontdekt dat de rente op een lening van 4 dollar die hij van meneer Slate heeft ontvangen inmiddels meer dan 23 miljoen dollar bedraagt! Bij zijn terugkeer naar het stenen tijdperk, belooft Fred om de lening onmiddellijk terug te betalen.

Na een advies van Gazoo beginnen Fred en Barney flink te winnen op de racebaan en ze trekken daardoor de aandacht van een gevaarlijke bookmaker genaamd Big Ed. Omdat hij hen in deze problemen heeft geholpen, komt Gazoo Fred en Barney te hulp.

Twee oplichters, die zich voordoen als goudzoekers, verkopen Fred en Barney een nepmijn. Wilma en Betty ontdekken dit en laten de oplichters de mijn terugkopen, maar Fred en Barney, overtuigd van de waarde ervan, willen deze niet verkopen. Alleen dreigementen van de oplichters overtuigen hen ervan om toch hun geld terug te nemen en naar huis te gaan.

Fred weigert de hoofdrol te spelen in de schoolmusical "Romeorock en Julietstone". Zijn tegenspeelster Wilma vraagt daarom of Barney zijn plaats wil innemen. Barney, die een zeer slecht acteur is, doet alsof hij de bof heeft en dus niet mee kan spelen, waardoor Fred gedwongen wordt de rol toch te spelen. Dan wordt Wilma echter echt ziek en uiteindelijk moet Barney de rol van Julietstone overnemen.

De interventie van Gazoo stelt Fred in staat om voor één dag baas van de steengroeve te zijn, gedurende welke tijd hij ontdekt dat dit meer inhoudt dan zakenlunches en het gevoel van macht. Aan het eind van de dag beseft hij dat hij niet echt van positie wil ruilen met meneer Slate.

Fred is verheugd wanneer hij op het schip van meneer Slate wordt uitgenodigd, totdat hij hoort dat hij er is om het te schilderen. Als ze de Rubbles vragen om zich bij hen aan te sluiten, beginnen de paren zoveel plezier aan boord te hebben dat ze de verfbeurt vergeten en niet in de gaten hebben dat het jacht is losgeraakt en afdrijft. Slate beschuldigt Fred van muiterij en piraterij, maar Fred wordt uiteindelijk de held van de dag wanneer hij een groep toeristen, waaronder Slate, van een vulkaanuitbarsting redt.

Wanneer Fred doet alsof hij hoofdpijn heeft om zo onder een viooluitvoering uit te komen, nodigt Wilma haar oude vlam Wilbur uit, die nog steeds gevoelens voor haar heeft. Samen met Barney en Gazoo volgt de jaloerse Fred hen naar een bal. Fred vraagt aan Gazoo om Barney te veranderen in een danspartner, zodat hij Wilma jaloers kan maken.

Barney beleeft veel plezier aan de zeehond Dripper en hij raakt betrokken bij een complot om het dier te stelen. De leider van de bende dieven blijkt de trainer van Dripper te zijn, die er genoeg van heeft dat de zeehond alle aandacht krijgt.

Fred krijgt abusievelijk het lidmaatschap van een chique countryclub en hij vraagt Gazoo hem in een gentleman te veranderen. Als onderdeel hiervan neemt hij balletlessen, waardoor de hele buurt de spot met hem drijft. Uiteindelijk besluit Fred dat hij en Wilma zichzelf moeten zijn, en samen worden ze de sterren van de club.

Fred herbeleeft de spannende avonturen van zijn grootvader, vliegende legende Rocky Flintstone en zijn assistent Lt. Reggie Vanderrock, wiens missie het is om de beroemde spion Mata Harrock te redden uit de klauwen van Baron Von Rickenrock.