Barney en Fred kopen een Hopparoo, een kangoeroe uit het stenen tijdperk, als huisdier voor Bamm-Bamm. Hoppy wordt al snel geaccepteerd en uitgenodigd om mee te gaan op een picknick met de groep, waar hij en Dino de families uiteindelijk redden van een ongeval.

Na een bowlingbal op zijn hoofd gekregen te hebben, denkt Fred dat hij een baby is. Barney neemt Fred vervolgens mee naar dokter Frankenstone, die heeft geëxperimenteerd met het veranderen van de persoonlijkheid van dieren.

Uitvinder Fred ontwikkelt een afslankdrankje dat niet alleen kilo’s doet verdwijnen, maar ook de grootte van Fred drastisch doet afnemen. Om deze rare situatie uit te buiten gaat Barney naar "The Ed Sullystone Show" als een buikspreker, met Fred als zijn pop. Tijdens de show krijgt Fred echter zijn normale formaat terug en ze worden uit de show verwijderd.

In een poging om op dezelfde avond zowel een verjaardagsfeestje voor zijn dochter als een Lodgefeest te organiseren, haalt Fred de zaken door elkaar. Als gevolg daarvan verschijnt er een clown op het Lodgefeest, terwijl danseressen aankomen bij het huis van de Flintstones om de peuters te vermaken.

Freds ego loopt een ernstige deuk op wanneer een oude vriend van Wilma, rodeokampioen Bony Hurdle, in de stad arriveert voor The Bedrock Rodeo. Hij maakt zoveel indruk op de jonge Pebbles, die hem zelfs "Dada" noemt. Om de affectie van zijn dochter terug te winnen, gaat Fred zelf deelnemen aan de rodeo.

Fred is overstuur wanneer hij hoort dat hij de enige medewerker is die niet is uitgenodigd voor het feest van meneer Slate. Na het voorlezen van het verhaal van "Cinderelly" aan Pebbles en Bamm-Bamm, valt hij in slaap en droomt dat zijn grootmoeder hem naar het feest van Slate brengt. De teleurstelling van Fred dat het allemaal maar een droom was, verandert in vreugde wanneer meneer Slate hem tot ploegbaas promoveert en hem uitlegt dat een mysterieuze gast op het feest hem heeft aanbevolen.

Om een erfenis te krijgen van zijn oom, J. Giggles Flintstone, moet Fred de nacht doorbrengen in het spookachtige landhuis van zijn oom. Hij en Barney overleven de nacht, maar ze ontdekken dat Giggles nog springlevend is en alleen Freds waarde als erfgenaam wil testen. Fred verspeelt echter elke kans op een erfenis door zijn oom op een maniakale manier door het huis te achtervolgen.

Fred en Barney worden plotseling bij internationale spionagepraktijken betrokken, wanneer een mysterieuze vreemdeling hen een envelop geeft. Vervolgens stuiten ze op de mooie spion Madame Yes en dokter Sinister, een slechterik die wereldmacht wil vergaren. De twee ontsnappen aan de schurken en hun snode plannen, maar eenmaal thuis weigeren hun vrouwen hun wilde verhalen te geloven.

Weirdly en Creepella Gruesome komen samen met hun zoon Gobby in Tombstone Manor wonen en worden zo buren van de Flintstones. Fred en Barney proberen goede buren te zijn en bieden aan om op Gobby te passen, wiens vreemde huisdieren voor een spannende en bewogen avond zorgen.

Wanneer The Water Buffalos een babywedstrijd houden, breekt er een ruzie uit tussen de Flintstones en de Rubbles over wiens kind het mooiste is. Boos door al het gekibbel lopen Pebbles en Bamm-Bamm weg. Bij het vinden van hun kinderen, beloven de echtparen nooit meer ruzie te maken.

De koning van Stonesylvania, die als twee duppels water lijkt op Fred, is in Bedrock om een lening van tien miljoen dollar te krijgen voor zijn land. Hij gaat er echter vandoor en zijn assistenten huren Fred in om zijn plaats in te nemen. Barney ontmoet de echte koning en omdat hij denkt dat het Fred is, is hij verbaasd waarom hij zo vreemd doet.

Fred en Barney gaan met de zelfgemaakte auto van Barney meedoen aan de Indianrockolis 500, waarbij Fred rijdt onder de naam "Googles Pisanno". Ze worden gediskwalificeerd omdat de banden van de auto uiteenvallen tijdens de race, maar krijgen wel 5000 dollar voor het maken van een tv-commercial voor Flintrock Wheels.

Een visvakantie van de Water Buffalos wordt spannend wanneer Fred en Barney worden opgeslokt door de gevreesde walvis-dinosaurus Adobe Dick. Ze ontsnappen door het beest zo lang te kietelen totdat het zichzelf in slaap lacht, waarna Barney een foto maakt van Fred naast Adobe Dick. Wanneer ze de foto echter gebruiken om hun verhaal te bewijzen, ontdekken ze dat Barney een foto van zijn eigen vinger heeft genomen.

Fred werkt in een warenhuis als Kerstman om wat extra vakantiegeld te verdienen. Hij is zo succesvol dat de echte Kerstman, die ziek is, hem vraagt om het bezorgen van speelgoed op Kerstavond over te nemen. Fred doet het, maar in zijn haast vergeet hij om geschenken aan zijn eigen huis te bezorgen. Tot zijn grote vreugde ontdekt hij dat de echte Kerstman hier zelf al voor gezorgd heeft.

Wanneer Fred gratis vlieglessen wint in een Lodge-loterij, droomt hij ervan om een nieuwe carrière als piloot te beginnen. Het gaat echter niet zo soepel, en wanneer Fred uit het vliegtuig valt boven een legerbasis, moet hij via de radio zorgen dat co-piloot Barney het vliegtuig veilig aan de grond zet.

Fred koopt een tweede auto op een politieveiling, zich er niet van bewust dat het voertuig ook wordt gezocht door een bende juwelendieven, die denken dat gestolen juwelen in de auto verborgen zitten. Fred wordt gevangen genomen door de bende en hij stuurt Dino erop uit om hulp te halen, waarna hij weet te ontsnappen. Wilma, Betty en de politie verschijnen ten tonele, net wanneer de bende hem voor de tweede keer te pakken wil nemen.

Op de Wereldtentoonstelling stappen de Flintstones en de Rubbles lachend in een tijdmachine, waarvan zij denken dat het nep is. Maar ze worden al snel getransporteerd naar het Oude Rome, het Engeland van Koning Arthur, het schip van Christoffel Columbus en tenslotte naar het Koloniale Amerika om daar Ben Franklin te ontmoeten.

Wanneer de Hatrocks, de Hillbilly-vrienden van Fred, op bezoek komen, kunnen zelfs de Gruesomes ze niet afschrikken. Fred ontdekt uiteindelijk hun aversie tegen rockmuziek en gebruikt dit om hen terug te jagen naar de heuvels.

Moe van alle huishoudelijke taken, verhuist Fred zijn familie naar de volledig geautomatiseerde Bedrock Towers, waar hij zelf aan de slag gaat als beheerder om zo de huur te betalen. Er komen al snel problemen wanneer hij ontdekt dat zijn eigen appartement zich in het souterrain bevindt, terwijl zijn baas in de steengroeve, meneer Slate, het penthouse bezit.

Terwijl Fred en Barney naar het Wilde Westen gaan om te zoeken naar uranium, slagen ze erin om benoemd te worden tot sheriff en zijn afgevaardigde in een stad die geterroriseerd wordt door een bandietenbende. Zij, en de stad, worden uiteindelijk gered door de tussenkomst van de Cartrocks, de beroemde televisiefamilie uit de Rockerosa.

Om Freds rijke oom Tex, wiens ranch zo groot is dat hij een eigen oceaan heeft, te helpen enkele rovers te vangen, verkleden Fred en Barney zich als een cowasaurus. Het enige probleem is dat ze de aandacht trekken van Carmen, een vrouwelijke cowasaurus.

Fred en Barney worden de assistenten van agent Aaron Boulder, alleen achtervolgen zij de criminelen terwijl Boulder jaagt op vrouwen. Uiteindelijk onthult Boulder dat ze gasten zijn in zijn nieuwe televisieshow "Smile, You're On My Favorite Crime".

Wanneer de gekostumeerde televisiester Superstone afziet van een persoonlijk optreden, wordt Fred ingehuurd om zijn plaats in te nemen. Criminelen zijn ondertussen van plan om de kassaopbrengst te stelen en Fred daarvoor op te laten draaien. Met de hulp van Barney slaagt Fred erin de boeven te vangen en zijn onschuld te bewijzen.

Onder de indruk van de fysieke kracht van Fred, huurt filmproducent Go-Go Ravine hem in om de rol van Hercurock in een nieuwe film te spelen. Na het trotseren van pterodactylen, mastodons en een driekoppige brontosaurus, besluit Fred terug te gaan naar de vertrouwde omgeving van zijn baan in de steengroeve.

De rust van een weekendje aan de kust van de familie wordt verstoord door een nationale surfwedstrijd. Fred krijgt echter last van surfkoorts en moet uiteindelijk worden gered door Jimmy Darrock, een surfmuziekidool dat zich voordoet als badmeester.