Les Thundercats quittent la Troisième Terre pour New Thundera, laissant Tygra et Pumyra derrière eux pour surveiller le repaire du chat et la tour des présages. Pendant ce temps, les anciens esprits du mal ressuscitent Mumm-ra, construisant une nouvelle pyramide sur New Thundera.

De plus en plus de tremblements de terre se produisent sur New Thundera grâce au sabotage par Mumm-Ra d'une machine arcanique qui se trouve au centre de la planète qui maintient sa gravité ensemble, surveillée par l'ancienne sorcière tonnerre, Jagara.

Mumm-Ra envoie Ma-Mutt déguisé en Mandora pour libérer les mutants du train du cirque. Les mutants reçoivent alors l'ordre de se débarrasser de Tygra et Pumyra sur la Troisième Terre.

Mumm-Ra menace à nouveau sérieusement de détruire le Gyroscope et donc le New Thundera nouvellement réformé. Jaga aide Lion-O à réfléchir une fois pour toutes à une solution.

Les Esprits Anciens du Mal amènent à Mumm-Ra une créature appelée Mirror Wraith, qu'il transforme en poupée et donne à une enfant tonnerre perdue nommée Leah, qui la garde et met involontairement les Thundercats en grand danger.

Wilykit et Wilykat relâchent accidentellement Frogman. Apparemment inoffensif au début, il est bientôt révélé comme un méchant impitoyable avec le pouvoir redoutable de contrôler toute l'eau.

En explorant New Thundera, Wilykit et Wilykat tombent sur un mystérieux orbe d'or et le ramassent, croyant qu'il s'agit de l'un des trésors de Thundera. Cependant, il apparaît rapidement que ce n'est pas le cas.

Jagara ne peut pas faire fonctionner seul le nouveau Gyroscope, alors les Thundercats envoient quelqu'un pour l'aider. Screwloose, un robot spécialisé dans la technologie, arrive sur la Troisième Terre. Mais, Mumm-Ra altère sa programmation, le rendant destructeur.

Mumm-Ra ressuscite l'ancien alchimiste Malcar, mais il revient vieux et faible. Mumm-Ra l'envoie ensuite dans les Canyons de la Jeunesse, ce qui restaurera sa jeunesse et son pouvoir afin qu'il puisse vaincre efficacement les Thundercats.

Panthro, Snarf et plus tard même Mumm-Ra sont la proie des eaux du marais des Lillypads rieurs - qui, à moins d'être guéris, les feront rire jusqu'à leur mort.

Le robot pirate tordu Captain Cracker libère les Lunataks du train du cirque et ils complotent tous pour attaquer la Troisième Terre, car la plupart des Thundercats sont sur New Thundera.

Lors d'un voyage en solo à New Thndera, le crash de Tygra atterrit dans une région inexplorée de la terre de mousse de la planète. Là, il est capturé par une mystérieuse et puissante bête des marais gigantesque.

Mumm-Ra a un appareil puissant appelé la chaudière babylonienne, qu'il prévoit d'utiliser contre les Thundercats. Cependant, le Ma-Mutt maladroit détruit accidentellement la machine, obligeant un Mumm-Ra enragé à le bannir de la pyramide.

Les anciens esprits du mal déchaînent le Shadowmaster, un sorcier noir qui peut être encore plus puissant que Mumm-Ra. Craignant que les Sprits ne favorisent le Shadowmaster par rapport à lui, Mumm-Ra élabore un complot secret pour aider ses ennemis les Thundercats.

Un inspecteur en écologie vient à New Thundera pour inspecter le nouveau repaire des chats. Son navire utilise le système de navigation Space Way Airborn pour le diriger vers les planètes de l'univers. En arrivant, il est pris en embuscade par Two-Time, qui vole le navire.

Mumm-Ra convoque à contrecœur le démon tentaculaire perfide Amortus, qui a la formidable capacité de transformer tous les êtres vivants en pierre.

Vultureman échappe au train du cirque en détournant un bibliobus. Il découvre des informations sur un puissant ennemi de Mumm-Ra, Zaxx. En utilisant cette connaissance, Vultureman complote pour renverser Mumm-Ra et gouverner l'univers.

Lion-O boit involontairement de l'eau contaminée du ravageur Puits du doute, ce qui lui fait perdre tout son courage et sa confiance en lui.

La clé du livre des présages est enfin résolue et déverrouillée. Toute l'équipe doit passer différents tests pour sauver la planète, et Lion-O fait face à de nombreuses épreuves dans le livre pour se prouver une fois pour toutes en tant que Lord of the Thundercats.