A temporada 1988 começou com "ThunderCubs", minissérie cujo nome foi baseado num episódio em que os ThunderCats são transformados em crianças. Entretanto, a trama principal da temporada gira em torno da reconstrução de Thundera por Mumm-Ra, que planejava tanto recuperar a arma que originalmente causou sua destruição (a Espada de Plun -Darr), como o lendário Tesouro de Thundera. No decorrer da aventura, o tesouro - que contém o Livro dos Presságios, um tomo contendo todos os segredos dos ThunderCats, e muitos outros itens místicos - foi espalhado por toda a Nova Thundera, inaugurando um conceito diferente para a série: uma temporada com um arco de história real.