故事发生时间为前作《魔法少女奈叶A's》10年后，也就是暗之书事件后的十年之后，在航空机场陷入火海之际，少女时代的昴·中岛被时空管理局的魔导师所救。4年后，这位少女已成为了管理局的陆战魔导师，并崇拜着自己的救命恩人，那就是时空管理局武装队·航空战技教导队所属战技教导官，航空魔导师中的超S级王牌人物——高町奈叶一等空尉。

而高町奈叶的好友八神疾风二佐成立了特殊机动性部队——机动六科，主要任务为太古遗产相关事件的处理等工作。部队长为八神疾风二佐。内部设置了两个先锋小队：星辰小队、雷光小队，小队长分别为高町奈叶和菲特。高町奈叶同时又任职战技教官。机动六科集合了时空管理局的疾风、菲特、奈叶三大王牌（ACE）于一身，其战力堪称无敌的境界。

突如發生的機場火災。被捲入其中的一位小女孩，只能在火焰中哭泣。然而，當她在疼痛和痛苦中差點閉上雙眼時。穿越火焰出現的是一位比她稍大一些的女孩，只是一名普通的少女。她是管理局的魔導師。在那位年長的女孩穿越火焰和障礙，拯救她脫離困境的身影前，小女孩再次流下眼淚。這不是悲傷和痛苦的眼淚，而是一種對自己無能和在痛苦前無能為力的脆弱的眼淚。小女孩下定決心：“變得更強大”。四年過去，小女孩的手腳和身高，已經像當初遇見的年長少女一樣長大。小女孩在一陣前些時候，得知了當初拯救她的年長女孩的名字。"高町奈葉"，那是管理局航空部隊的王牌中的王牌。在雲的那一端，遠在天空的彼方，她如同星星一樣的存在。然而，小女孩已經下定決心。即使不能飛翔於天空，不能到達星星，她要用自己的雙腳站在大地上，用自己的手向天空、向星星伸出手。小女孩仰望著天空。15歲的昴·中島，為了追逐憧憬，向前邁進。

Magical Girl Lyrical Nanoha StrikerS is the third season of the Magical Girl Lyrical Nanoha series. The Nanoha anime was, in turn, a spin-off of the Triangle Heart series of games and OVAs, specifically Triangle Heart 3: Sweet Songs Forever. This season aired shortly after the promotional event "Lyrical Party III" on April 1, 2007. The series focuses more on team-based battles and bureaucracy rather than individual rivalry and school life, due to the change in character dynamics. The name StrikerS refers to an SS rank given to top mages, much like how A's refers to A rank mages. A special sound stage, under the name of StrikerS Sound stage X was released on October 29, 2008. A manga adaptation, which explored storylines outside of the anime series, ran in Megami Magazine from November 2006 to February 2008.

突然の空港火災。巻き込まれてしまった小さな少女は、炎の中でただ、涙することしかできなかった。しかし、痛みと苦しみに瞳を閉じかけたその時。炎を貫いて現れたのは、自分よりもほんのいくらか年上なだけの、ひとりの少女だった。管理局の魔導師。炎も、障害も、すべてを貫いて自分を助け出してくれた年上の少女の姿に、小さな少女はまた涙した。それは悲しみや痛みの涙ではなく無力な自分と、痛みと苦しみを前に、なにもできない自分の弱さへの涙だった。小さな少女は心に決めた。「強くなる」ことを。４年の時が過ぎ、小さな少女の手足と背丈は、あの時出会った年上の少女と同じくらいには伸びていた。小さな少女はいくらか前、あの時自分を助けてくれた年上の少女の名前を知った。「高町なのは」それは、管理局航空部隊のエースオブエース。雲の彼方、空の向こうよりまだ遠い、星のような存在だった。しかし、小さな少女はもう決めていた。空を飛ぶことができなくても、星にたどり着くことができなくとも。自分の足で大地に立って自分の腕で、空に向かって、星に向かって手を伸ばすこと。小さな少女は、空を見上げる。スバル・ナカジマ、１５歳。憧れに向かって、前に進むために。

Minęło dziesięć lat od wydarzeń z poprzedniej serii. Nanoha, Fate i Hayate jako zasłużone magiczki klasy S zakładają Sekcję Szóstą (jakby nie patrzeć StrikerS też daje w skrócie SS), która ma się zajmować kataklizmami, magicznym terroryzmem i niebezpiecznymi artefaktami zaginionej cywilizacji. Tylko czy pomiędzy kolejnymi sesjami treningowymi z nowymi rekrutami znajdą czas, żeby poradzić sobie z każdym z tych zagrożeń.