平凡的小学3年级女生（自称）奈叶，在一次偶然的情况下遇到了来自异世界的尤诺，从而掌握了魔法的力量。在围绕着异世界的神秘遗产的战斗中，结识了一起为自己的战斗提供支援的时空管理局的人们，并且与异世界的少女菲特在曾经的战斗中结下深厚的友情。

　　战斗结束后，半年过去了，奈叶一边在宁静的生活中继续练习着魔法，一边期盼着和朋友们的再会。突然有一天，她遭到了神秘人物的袭击，在随后出现的菲特的帮助下，两人终于击退了敌人，可是奈叶的魔力却被夺走了。原来这是一群阴谋计划完成禁断的魔导书“暗之书”的人在四处收集魔力。两人随后结识了掌握宿命之匙的少女八神疾风，三个少女一同勇敢面对命运的争斗……

曾經是普通的小學三年級生的高町奈葉，在一次偶然的機會中遇見了魔法的力量。擁有了魔法的力量後，她卷入了關於異世界遺產「聖石之種」的相遇和戰鬥，這是從「普蕾希雅·泰斯塔羅薩事件」開始的日子，已經過去半年有餘。她的朋友尤諾賜予她與魔法相遇的經歷，而時空管理局的眾人支持她參與戰鬥。在戰鬥中相遇、並結成羈絆的少女，菲特·T·哈洛溫。在期待與懷念的同伴再次相聚的同時，奈葉安靜地生活著，卻突然出現了一場驚人的事件。這是一本被視為禁忌的魔導書，名為「闇之書」。命運拉開了它的帷幕，交織著各種情感的戰鬥之日開始了。面對這場戰鬥的是高町奈葉和菲特·T·哈洛溫，這兩位少女魔導師。宿命的關鍵掌握在坐輪椅的少女，八神疾風手中。接受這一切的是充滿勇氣的心靈。她們手中緊握著連結心靈的魔法杖。環繞著這三位少女的命運之輪，此刻靜靜地開始轉動——。

After the events of the Lost Logia case, Nanoha waits patiently for the day she can reunite with her newfound friend, Fate. Although being an exceptionally powerful mage, Nanoha spends her days normally with her friends on Earth. But peace is once again suddenly shattered, as Nanoha is without warning attacked by a powerful mage. A group of violent mages have been attacking anything with magic power for their own goals. Nanoha and Fate, along with their friends Yuuno, Arf, Chrono and the Space/Time Administration Bureau must once more band together to stop these renegade mages from hurting anyone or anything else. Takes place after the first season of Lyrical Nanoha.

平凡な小学三年生だったはずが、偶然をきっかけに魔法の力と巡り会った少女、高町なのは。魔法の力を手に、異世界の遺産「ジュエルシード」を巡っての出会いと戦いを繰り広げた日々「プレシア・テスタロッサ事件」から、半年あまり。自らに魔法との出会いをくれた友人、ユーノ。戦いを支えてくれた時空管理局の面々。戦いの中で触れあい、絆を結びあった少女、フェイト・テスタロッサ。懐かしい一同との再会を楽しみにしながら静かに暮らすなのはのもとに、突然の驚異が現れる。禁断の魔導書「闇の書」。運命がその幕を開け、いくつもの想いが交錯する戦いの日々が始まってゆく。立ち向かうのは、高町なのはとフェイト・テスタロッサ、二人の少女魔導師。宿命の鍵を握るのは、車椅子の少女、八神はやて。受け止めたのは勇気の心。手にするのは、心をつなげた魔法の杖。三人の少女を巡る運命の輪が、いま静かに回り出す―――――。

Dziewięcioletnia, niepełnosprawna dziewczynka Hayate Yagami zawiera umowę z inteligentną bronią o nazwie Księga Ciemności. W wyniku tej umowy czterej rycerze Belkan: Signum, Vita, Zafira i Shamal pojawia się przed Hayate, aby spełnić zadanie wypełnienia stron Księgi Ciemności poprzez uchwycenie magii z różnych źródeł. Z chwilą, gdy strony Księgi zostaną wypełnione, jej mistrz, Hayate, będzie mogła wypowiedzieć jedno życzenie.

Podczas gdy rycerze zapełniają strony Księgi Ciemności, Nanoha wraz z Fate usiłują ich powstrzymać i odzyskać Księgę z pomocą TSAB. Jednak pomimo ich wysiłków i ze względu na zamierzoną, ale nieudaną ingerencję Gila Grahama i jego chowańców, Księga Ciemności zostaje ukończona. Jednakże Księga traci panowanie nad sobą mimo życzenia Hayate. Dzięki wspólnemu wysiłkowi Hayate, Fate, Nanohy i ich sprzymierzeńców udaje się pokonać Księgę i później zniszczyć ją całkowicie.