八神疾风在过生日的昨天晚上，她身边的暗之书突然启动…铃鹿与疾风在图书馆相识。当日晚上奈叶初次遭遇到维塔的袭击，两人发生战斗，并在战斗中负伤，“旭日之心”也受到相当程度的破坏。正在维塔要对奈叶进行最后一击时，重逢而来的菲特突然出现并救下了奈叶。

菲特和希格诺初次相遇。在艾尔芙和菲特的两人夹击下，维塔陷入不利。随后增援而来的希格诺和守护兽扎斐拉立刻再次扭转了局势。不仅尤诺也加入了战斗，而且奈叶仍处于不利的局面。但是奈叶带着负伤的身体使用“星光炮”成功打破了结界。刚一打破时，莎玛尔就已经夺取了奈叶的“念动之核”。与此同时克洛诺已经确认到“暗之书”的存在。

在总局治疗后的奈叶和菲特与时空管理局高官吉尔·格雷姆提督见面。随后，琳蒂提督将以奈叶为中心的“暗之书”进行调查，由于舰船阿斯拉不能使用，琳蒂提督就把司令部设在奈叶家附近，并将菲特安排在圣样私立小学与奈叶同班，菲特还与爱丽莎、铃鹿两人见面。而暗之书守护骑士因上次战斗被引起注意的原因，她们将前往远一点的世界收集魔力。

菲特第一次上小学，入读圣样私立小学三年级，与奈叶、爱丽莎、铃鹿同班。奈叶的“念动之核”经过一段时间修炼后以完全恢复，与此同时，旭日之心和雷光战斧已经修理完成。艾蜜刚刚作说明时，维塔和扎斐拉就已经被发现，并与克洛诺和局员们在结界内交战。奈叶和菲特因应急情况只好使用旭日之心和雷光战斧与它们交战。

疾风和莎玛尔在超市买了半价的新鲜肉，而且铃鹿也一起过来吃饭。与此同时，希格诺突入结界支援维塔和扎斐拉，并与奈叶、菲特、艾尔芙交战。双方发生第二次激战，能力不分上下。克洛诺就趁着她们交战在结界以外寻找暗之书主人。在情况不妙时，莎玛尔就已经被克洛诺逮住，随后来了一名不明身份的面具男子将克洛诺牵制住，让莎玛尔使用暗之书来破坏结界救出大家。在铃鹿家的疾风已经接到莎玛尔的电话，但疾风并不感到担心，也不会责备她们。

菲特的朋友们为她推荐新的手机，而且琳蒂提督为她购买了她所想要的手机。琳蒂提督已经返回总局试航阿斯拉，指挥部的负责人就由艾蜜代理，而且就已经接到来自无人沙漠世界警报，菲特和艾尔芙前去迎战。奈叶再最后出击，阻止维塔。面具男子再次出现，阻止奈叶狙击维塔。奈叶在解开枷锁，两人就消失不见。菲特和希格诺在陷入疲倦情况下，刚要进行最后的胜负时，菲特就惨遭毒手，被面具男子抽取了“念动之核”。

疾风突然感到头晕、胸口疼和手抽经等感觉，石田医生就要求疾风住院观察。尤诺在“无限书库”里已经收集到一些有关资料，告诉了克洛诺和艾蜜。但是关于那名面具男子的特殊能力，实在觉得非常厉害。菲特身体恢复后又正常和奈叶一起上学，她们得知了疾风住院的消息，一起去探望疾风。但是却引起守护骑士们的恐慌。疾风受到的暗之书的侵蚀越来越高，并激起守护骑士们更加拼命地收集暗之书的魔力。

第二天，奈叶和菲特、铃鹿、爱丽莎一起去探望疾风时，偶然与守护骑士们碰面。疾风毫无疑问就是暗之书主人。为了不在疾风面前发生冲突，双方只对视了一会。随后，在高楼楼顶上，发生激烈冲突。两名面具男子出现，将所有人用枷锁捆绑起来，然后用暗之书将所有守护骑士们全部吞噬。接着，两名面具男子将奈叶和菲特关在水晶牢笼里，并变成了她们的样子在疾风面前上演了悲剧仪式，使得疾风的诅咒被完全激化。最后，暗之书主体封印得到解放。

奈叶和菲特与暗之书主体发生激战，克洛诺赶往现场将两名面具男子抓住，两名面具男子的真面目竟然是罗蒂和艾丽娅。暗之书主体在激战中发动奈叶的魔法攻击奈叶和菲特。铃鹿和爱丽莎也被困在结界中，被奈叶和菲特发现，抵挡住攻击后，她们俩已被传送到安全地方。奈叶和菲特想劝阻暗之书主体，但是暗之书主体还想在进入暴走状态时，继续要打倒奈叶和菲特。菲特在激战中被暗之书吸收进去，进入生与死的沉睡梦境中。

菲特在梦境中遇到阿利西亚、琳尼丝和母亲普蕾西亚，而她也很受普蕾西亚的宠爱。正与暗之书主体交战的奈叶，将战场转移到海上。而她的旭日之心做好了堵上性命的准备。在黑暗中的疾风遇到了暗之书主体，并拒绝了暗之书主体为她实现愿望的请求。还给她取了个新名字“天使之翼（琳福斯，琳芙丝）”。菲特也已经离开梦境，粉碎眼前的景象。奈叶在疾风的请求下，打败了面前的暗之书主体，使菲特和疾风从中脱离出来。

自动防御系统还要在几分钟后暴走，疾风使用管理者权限修复守护骑士系统，使维塔、希格诺、莎玛尔、扎斐拉都全部复活，并使用琳福斯的力量启动了她的骑士甲胄。克洛诺赶到现场向大家说明防御系统的两种解决方案，但是两种解决方案都不能通过。最后，奈叶、菲特、疾风三人决定一口气干掉，克洛诺只好同意了这种赌博性的方案解决。在大家的连续攻击下，将核传送到阿斯拉的前方，最终成功消灭。而疾风在这场战斗中晕倒…

天使之翼为了不再侵蚀疾风的身体，决定将自己消灭，但是守护骑士们和“夜天之书”就不再具有转身复活能力。天使之翼消失后，给疾风留下了一个沉睡中的魔导器。而疾风和守护骑士们被管理局进行监护观察，并入局工作，赎回以前的罪行。奈叶、菲特、疾风三人一起参加铃鹿家的圣诞宴会，让铃鹿和爱丽莎得知了她们三人相识以来发生的所有事情。晚上，奈叶的家人也从琳蒂提督那里得知了奈叶和菲特之间的所有事情。最后，暗之书事件将全部结束。