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奈叶与由诺初次相遇。平凡的小学三年级学生高町奈叶，在学校归来的途中突然听到求助声。并发现了一只受伤的雪貂，将其送往了兽医医院。　　 当天夜里，再次听到求助声的奈叶赶到医院后，再次见到了正被巨大黑影袭击的雪貂。从“会说话的雪貂”尤诺接受了魔导器“旭日之心”，变成了魔法少女。但是她却面对黑影的挑战…

在结合自身的魔力与“旭日之心”一起将黑影击退，并将其本体“圣石之种”成功封印，并成功封印第二个“圣石之种”第21号。奈叶认识尤诺之后，对他的挫折和肩负的责任感到难望，决定志愿帮助他。“圣石之种”侵蚀小狗引起了异变，赶到现场的奈叶意外得不使用启动口令便发动了“旭日之心”，并成功封印第三个“圣石之种”第16号。

奈叶渐渐习惯了“圣石之种”的收集工作，此日深夜在学校成功封印第四个 “圣石之种”第20号。奈叶的父亲高町士郎是“翠屋”咖啡店老板兼翠屋JFC足球队教练，他的足球队的守门员少年所持有的“圣石之种”和女友一起发动，造成大规模破坏影响。 奈叶发动探索魔法，魔导器变化为射击模式后，使用了新的远距离射击魔法“天神烈破”成功封印第五个“圣石之种”第10号。

奈叶和菲特初次相遇 在月村铃鹿家中参加茶会的奈叶，发现了被小猫发动的“圣石之种”所产生变“大”的影响。在奈叶刚一变身时，菲特出现。菲特在击晕奈叶后封印了“圣石之种”第14号。

奈叶和菲特的使魔艾尔芙初次相遇，以及再次遭遇菲特 在奈叶家人和朋友一起前往海鸣市温泉游玩时，“圣石之种”被发动了。当奈叶刚赶到时菲特已经完成了封印。 然后，两人就对峙起来，但是奈叶明显落入下风，最后还被迫使旭日之心排出了一颗“圣石之种”。

由于菲特的出现让奈叶深感迷惘，使身边的朋友感到毫无理解，就连月村忍也非常关心。　　 晚上，菲特和艾尔芙使用魔法强制发动圣石之种，圣石之种第14号刚一发动奈叶和菲特就抢着封印，但都未成功。　　 奈叶以前很理解艾尔芙的心情，但并不理解菲特的心情，随之为演变成战斗冲突。最终双方魔导器都被损坏，并引发次元震。

4月27日,为了查明小规模次元震的原因，时空管理局舰船“阿斯拉”开始向奈叶所在的世界进发。 由于不满菲特对“圣石之种”的收集速度，母亲普蕾西亚严厉的体罚了菲特。　　 在海鸣临海公园，“圣石之种”第7号接触一棵树而发动，奈叶和菲特压制圣石之种后。刚要战斗时，被克洛诺·哈洛温执行官介入并阻止。

奈叶与菲特初次遇见克洛诺 在成功阻止第7号“圣石之种”之后，克洛诺进行了介入并阻止菲特和奈叶展开的战斗。该“圣石之种”被克洛诺回收。　　 阿斯拉舰长琳蒂提督和克洛诺得知此事后，晚上，奈叶与尤诺分别出于约定和责任的要求协助收集圣石之种。经过琳蒂同意后，两人临时入局。

由于时空管理局的支援，奈叶的“圣石之种”收集工作进行的非常顺利。　　 转移到阿斯拉之后10天的时间里。奈叶收集到了第8号、第9号、第12号三颗，而菲特收集到了第2号、第5号两颗，还剩下最后的六颗。　　 但是，同时发动六颗“圣石之种”的菲特陷入了危机，奈叶不惜违反命令出手相救。　　 最后在两人的合作下，六颗 “圣石之种”被成功封印。但是普蕾西亚的次元跳跃魔法击中菲特和舰船阿斯拉。双方再次陷入紧张状态，最终以艾尔芙和克洛诺分别捕获三颗后结束。

由于艾尔芙不忍心菲特被普蕾西亚虐待，最终发生冲突，被攻击重伤逃走后，掉落到奈叶所住的世界，退化成大型犬后被爱利莎收养。　　 对与偶然前来访问的奈叶和尤诺，和随后监视的克洛诺，艾尔芙以“解救菲特”为条件，向众人说明了整个事件的详细情况。　　 随后阿斯拉的任务即转换为了逮捕普蕾西亚，而奈叶则接受了解救菲特的任务。并在海鸣临海公园开始了与菲特之间的战斗。

双方赌上所拥有的全部“圣石之种”进行了最终战斗。最后，奈叶集中魔力炮“星光爆裂”命中菲特后获得胜利。而普蕾西亚的攻击击中菲特，夺走全部 “圣石之种”，暴露了自己的所在地。 时空管理局局员前去逮捕普蕾西亚，并在那里见到阿利西亚。　　 在得知真相的菲特，陷入绝望。与此同时，普蕾西亚不惜引发 “次元断层”的代价想要和阿利西亚一起前往遗忘之地“阿鲁哈扎”。

以克洛诺、奈叶、尤诺三人为首，时空管理局武装局员们执行了时之庭院突入作战。　　 本来已经崩溃的菲特，渐渐恢复。菲特决心结束自己的过去，而前往“时空庭院”向普蕾西亚解释自己终究还是她的女儿。并与奈叶合作，成功消灭强大的敌人。　　 但是已经疯狂的普蕾西亚并未听进，最终和阿利西亚的遗体一起掉落在无尽的裂缝。菲特又被刚赶来的奈叶救走。

事件结束后，奈叶在本事件中成功解决获得表彰，而菲特在本事件中引发次元犯罪而逮捕，前往时空本局进行审判。菲特和奈叶单独见面时，菲特想要回应奈叶“成为朋友”的愿望，却对此一无所知，奈叶告诉菲特如何做朋友，只要“首先从互相呼唤对方名字开始”，就会成为好朋友。两人约定了一定要再次相见后，交换了束发带，踏上了离别的旅途。

八神疾风在过生日的昨天晚上，她身边的暗之书突然启动…铃鹿与疾风在图书馆相识。当日晚上奈叶初次遭遇到维塔的袭击，两人发生战斗，并在战斗中负伤，“旭日之心”也受到相当程度的破坏。正在维塔要对奈叶进行最后一击时，重逢而来的菲特突然出现并救下了奈叶。

菲特和希格诺初次相遇。在艾尔芙和菲特的两人夹击下，维塔陷入不利。随后增援而来的希格诺和守护兽扎斐拉立刻再次扭转了局势。不仅尤诺也加入了战斗，而且奈叶仍处于不利的局面。但是奈叶带着负伤的身体使用“星光炮”成功打破了结界。刚一打破时，莎玛尔就已经夺取了奈叶的“念动之核”。与此同时克洛诺已经确认到“暗之书”的存在。

在总局治疗后的奈叶和菲特与时空管理局高官吉尔·格雷姆提督见面。随后，琳蒂提督将以奈叶为中心的“暗之书”进行调查，由于舰船阿斯拉不能使用，琳蒂提督就把司令部设在奈叶家附近，并将菲特安排在圣样私立小学与奈叶同班，菲特还与爱丽莎、铃鹿两人见面。而暗之书守护骑士因上次战斗被引起注意的原因，她们将前往远一点的世界收集魔力。

菲特第一次上小学，入读圣样私立小学三年级，与奈叶、爱丽莎、铃鹿同班。奈叶的“念动之核”经过一段时间修炼后以完全恢复，与此同时，旭日之心和雷光战斧已经修理完成。艾蜜刚刚作说明时，维塔和扎斐拉就已经被发现，并与克洛诺和局员们在结界内交战。奈叶和菲特因应急情况只好使用旭日之心和雷光战斧与它们交战。

疾风和莎玛尔在超市买了半价的新鲜肉，而且铃鹿也一起过来吃饭。与此同时，希格诺突入结界支援维塔和扎斐拉，并与奈叶、菲特、艾尔芙交战。双方发生第二次激战，能力不分上下。克洛诺就趁着她们交战在结界以外寻找暗之书主人。在情况不妙时，莎玛尔就已经被克洛诺逮住，随后来了一名不明身份的面具男子将克洛诺牵制住，让莎玛尔使用暗之书来破坏结界救出大家。在铃鹿家的疾风已经接到莎玛尔的电话，但疾风并不感到担心，也不会责备她们。

正在调查暗之书的克洛诺邀请尤诺明天来帮忙工作。与此同时，铃鹿邀请疾风在她家过夜，并找个机会与奈叶认识。自从暗之书在疾风家开启以来，疾风就与守护骑士希格诺、维塔、莎玛尔、扎斐拉初次相遇。虽然守护骑士们都臣服于任何一位主人，但是疾风把她们当做自己的家人对待。不久，疾风的双腿就受到暗之书的侵蚀，并激化了守护骑士们对暗之书的魔力收集。尤诺与罗蒂和艾丽娅初次见面，克洛诺要她们俩协助尤诺在“无限书库”收集资料。

菲特的朋友们为她推荐新的手机，而且琳蒂提督为她购买了她所想要的手机。琳蒂提督已经返回总局试航阿斯拉，指挥部的负责人就由艾蜜代理，而且就已经接到来自无人沙漠世界警报，菲特和艾尔芙前去迎战。奈叶再最后出击，阻止维塔。面具男子再次出现，阻止奈叶狙击维塔。奈叶在解开枷锁，两人就消失不见。菲特和希格诺在陷入疲倦情况下，刚要进行最后的胜负时，菲特就惨遭毒手，被面具男子抽取了“念动之核”。

疾风突然感到头晕、胸口疼和手抽经等感觉，石田医生就要求疾风住院观察。尤诺在“无限书库”里已经收集到一些有关资料，告诉了克洛诺和艾蜜。但是关于那名面具男子的特殊能力，实在觉得非常厉害。菲特身体恢复后又正常和奈叶一起上学，她们得知了疾风住院的消息，一起去探望疾风。但是却引起守护骑士们的恐慌。疾风受到的暗之书的侵蚀越来越高，并激起守护骑士们更加拼命地收集暗之书的魔力。

第二天，奈叶和菲特、铃鹿、爱丽莎一起去探望疾风时，偶然与守护骑士们碰面。疾风毫无疑问就是暗之书主人。为了不在疾风面前发生冲突，双方只对视了一会。随后，在高楼楼顶上，发生激烈冲突。两名面具男子出现，将所有人用枷锁捆绑起来，然后用暗之书将所有守护骑士们全部吞噬。接着，两名面具男子将奈叶和菲特关在水晶牢笼里，并变成了她们的样子在疾风面前上演了悲剧仪式，使得疾风的诅咒被完全激化。最后，暗之书主体封印得到解放。

奈叶和菲特与暗之书主体发生激战，克洛诺赶往现场将两名面具男子抓住，两名面具男子的真面目竟然是罗蒂和艾丽娅。暗之书主体在激战中发动奈叶的魔法攻击奈叶和菲特。铃鹿和爱丽莎也被困在结界中，被奈叶和菲特发现，抵挡住攻击后，她们俩已被传送到安全地方。奈叶和菲特想劝阻暗之书主体，但是暗之书主体还想在进入暴走状态时，继续要打倒奈叶和菲特。菲特在激战中被暗之书吸收进去，进入生与死的沉睡梦境中。

菲特在梦境中遇到阿利西亚、琳尼丝和母亲普蕾西亚，而她也很受普蕾西亚的宠爱。正与暗之书主体交战的奈叶，将战场转移到海上。而她的旭日之心做好了堵上性命的准备。在黑暗中的疾风遇到了暗之书主体，并拒绝了暗之书主体为她实现愿望的请求。还给她取了个新名字“天使之翼（琳福斯，琳芙丝）”。菲特也已经离开梦境，粉碎眼前的景象。奈叶在疾风的请求下，打败了面前的暗之书主体，使菲特和疾风从中脱离出来。

自动防御系统还要在几分钟后暴走，疾风使用管理者权限修复守护骑士系统，使维塔、希格诺、莎玛尔、扎斐拉都全部复活，并使用琳福斯的力量启动了她的骑士甲胄。克洛诺赶到现场向大家说明防御系统的两种解决方案，但是两种解决方案都不能通过。最后，奈叶、菲特、疾风三人决定一口气干掉，克洛诺只好同意了这种赌博性的方案解决。在大家的连续攻击下，将核传送到阿斯拉的前方，最终成功消灭。而疾风在这场战斗中晕倒…

天使之翼为了不再侵蚀疾风的身体，决定将自己消灭，但是守护骑士们和“夜天之书”就不再具有转身复活能力。天使之翼消失后，给疾风留下了一个沉睡中的魔导器。而疾风和守护骑士们被管理局进行监护观察，并入局工作，赎回以前的罪行。奈叶、菲特、疾风三人一起参加铃鹿家的圣诞宴会，让铃鹿和爱丽莎得知了她们三人相识以来发生的所有事情。晚上，奈叶的家人也从琳蒂提督那里得知了奈叶和菲特之间的所有事情。最后，暗之书事件将全部结束。

四年前，昴与奈叶初次相遇。自从昴被奈叶成功救出后，一直憧憬着奈叶。四年后，在相同地点，昴与搭档蒂安娜一起参加了陆战魔导师B级升级考试，昴和蒂安娜在参加考试时很快地消灭了许多障碍，她们的配合也赢得了菲特和疾风的好评。虽然蒂安娜为了救昴而不小心因意外扭伤了脚，但是对昴来说非常为难。快要放弃考试的蒂安娜最终相信了昴，最后两人成功地通过了让半数以上的考生不能通过的难关。考试过后昴和奈叶终于在四年后重逢。

四年前，菲特曾经和银河初次相遇，原来昴和银河是一对姐妹，也是中岛三佐的女儿。火灾被扑灭后的第二天，疾风考虑到地面总局在火灾现场的实际行动问题，想要组建的想法，最终受到了奈叶和菲特的支持。四年后，疾风邀请昴·中岛和蒂安娜·兰斯特作为陆战魔导师担任机动六科先锋。机动六科的另外两个先锋候选人一个叫艾力奥·曼迪尔，另一个叫凯珞·露·露茜，他们俩初次相遇，而且凯珞有一只小龙叫弗里德里希。

机动六科成立，奈叶和菲特派驻机动六科，并与格利斐斯重逢。菲特和希格诺也在机动六科重逢。疾风和菲特前去首都“库拉纳冈”的中央管理局并说明机动六科设立的原因。机动六科先锋们已经互相认识，奈叶就对他们进行训练，而且他们首次接触“拓发者”的模拟战训练。但由于“拓发者”本身有一种叫“AMF”的特性，先锋们陷入苦战。在奈叶的提示下先锋们很快地战胜了具有“AMF”特性的8台“拓发者”。

先锋们转入机动六科已经有两周时间，目前为止还没有接受过紧急出动的命令，而且还要经常训练。先锋们在疲倦的情况下，与奈叶进行回避射击训练。训练之后，菲特和疾风在同一辆车里从她们经过，菲特要去6号传送点去，疾风要和卡莉姆会谈。卡莉姆已查到一些情报，猜测出“拓发者”在今天或明天活动。先锋们洗完澡后，都得到了新的魔导器。然后，来自教会的警报响起，艾里莫山岳丘陵地区的运输列车出现“拓发者”和“圣遗晶石”的反应，先锋们因应急情况被迫出动。

拓发者航空型出现。菲特到达停车场后，飞速赶往现场，与同时出击的奈叶会合，并一同掩护空中的拓发者。先锋们全部出击，执行武力回收“圣遗晶石”任务，并与拓发者发生激战。艾力奥和凯珞与新型机拓发者发生激战。最后，凯珞用自己的稀有魔法成功召唤出弗里德里希的真正形态，并将自己的魔法支援到艾力奥身上，成功打败敌人。同时完成了“圣遗晶石”回收任务。

自从先锋们首次执行任务以来，仍然继续训练，而且维塔与菲特也都参与了教导任务，帮助先锋们训练。疾风前往108部队向中岛三佐委托调查“圣遗晶石”的走私途径，而且银河被任命为副官，菲特也在六科担任调查主任。为感谢银河的协助，六科还向她赠送一个魔导器为谢礼。菲特和莎莉在对一个新型机拓发者残骸进行研究，发现了“圣石之种”和“杰尔·斯卡利艾迪”的名字。

“圣遗晶石”的走私途径可能发生在阿哥斯塔宾馆中。因此，机动六科全员执行阿哥斯塔宾馆的警卫任务。奈叶、菲特、疾风三人化装成普通小姐，并执行内部警卫任务。扎斯特和璐缇希雅得知拓发者在附近活动，斯卡利艾迪想委托璐缇希娅趁着交战的时候，盗取古董作为实验素材。与拓发者发生激战的守护骑士们，退到防线守卫。而拓发者又被璐缇希娅传送到守卫防线的先锋们面前发生激战。蒂安娜过于冒险射击，误射到昴。

尤诺刚刚和艾克斯督察官一起同行参观拍卖会，碰巧与奈叶、菲特相遇。疾风也得知了艾克斯督察官和尤诺是朋友的关系。蒂安娜的情况有很多人非常了解，很理解她所犯下来的过错。所以蒂安娜因此就不断训练自己，就连昴也陪她一起训练。在第二天的2对1模拟战训练时，蒂安娜公然连同昴一起违反奈叶的教诲，被奈叶击昏过去。

东部海域上空出现航空型拓发者，那其实是斯卡利艾迪对拓发者进行实验运作。作为诱饵已被六科的队长们识破，奈叶、菲特、维塔三人前去出击。先锋们留在队舍里待命，由希格诺负责待命指挥。与奈叶发生激烈矛盾的蒂安娜从莎莉那里听说了奈叶的过去一身的“圣石之种事件”“暗之书事件”以及不明敌人袭击事件。蒂安娜在奈叶一番话后，又让她看清了自己未来的发展的正确方向，也对自己蛮干行为感到非常伤心。

机动六科先锋们已经完成第二阶段的训练，已经达到合格标准。下午先锋们放假。维塔和希格诺前去108部队和教会总部，对中岛三佐要建立协同调查总部进行商讨。维塔则对108部队的魔导师提供战技教导，而希格诺却成了菲特的副官。银河对一辆翻到事故的货车进行调查取证，并发现了拓发者残骸和生体容器。艾力奥和凯珞在第三区划发现了一名昏迷中的小女孩和一个圣遗晶石的箱体，并通告全课。

小女孩一抱上直升机后，拓发者就出现，维塔在中岛三佐的允许下前往现场，银河也参与行动。奈叶和菲特负责掩护天空中拓发者，先锋们往下水道寻找另一个箱体。天空中的拓发者越来越多，实际上是柯瓦特罗使用的幻术在迷惑她们。疾风在克洛诺提督的限定解除的情况下被迫出战，并使用S级魔导师的力量歼灭天空中的所有拓发者。银河与先锋们会合，终于找到箱子。但随后初次遭遇璐缇希娅和牙龙及埃基特发生激战，箱子被抢走。

与先锋们发生激战的璐缇希娅、牙龙、埃基特遭到前来会合的维塔和琳的逮捕。迪艾琦对运送小女孩的直升飞机进行狙击。萨依将先锋们的找到的箱子抢走后，并救走璐缇希娅。迪艾琦的狙击被奈叶抵挡住，菲特很快找到狙击地点，并对柯瓦特罗和迪艾琦进行武力逮捕。但是最终，她们被托瑞救走。而箱子里的圣遗晶石被先锋们在斗智斗勇时，成功地智取了，让战斗机人们没有完全得逞。

由于携带圣遗晶石的小女孩薇薇欧在圣王医院里消失，引起沙赫修女的恐慌。奈叶和薇薇欧初次相遇。地面总局对机动六科进行临时视察，奈叶、菲特和疾风前去教会总部与卡莉姆、克洛诺会谈。卡莉姆的稀有能力早已预言出地面总局会遭遇到危机的情况，而地面总局不相信这些预言，只能暗示这些情况。所以也成了机动六科设立的原因之一。

疾风叫蒂安娜一起到总局里去，并且，蒂安娜与克洛诺和艾克斯督察官相识。菲特和艾力奥、凯珞前去与银河一起调查现场。为了让奈叶成为薇薇欧的监护负责人，昴就让薇薇欧称呼奈叶为“妈妈”，最后两人就毫不犹豫地接受了。玛丽艾尔技术官在银河和六课查的资料已确认有“战斗机人”的存在。晚上，菲特作为薇薇欧的督察人也成了薇薇欧的“妈妈”。

在先锋们晨练时，银河被派驻在机动六科工作，并且与妹妹昴展开了一对一的模拟战。最终，银河只差一拳之差，模拟战就结束了。玛丽艾尔带着昴和银河一起到库拉纳冈的医疗中心进行定期健康诊断。雷吉亚斯向最高评议会通报了机动六科和传说中的三提督的有关情况，评议长就把陈述会交给了雷吉亚斯去办。距离时空管理局地面总部的公开意见陈述会还有7天。

奈叶、维塔、琳及先锋们前去陈述会会场参与警卫任务，疾风、菲特、希格诺则最后过去参加陈述会。到了第二天下午的陈述会时，斯卡利艾迪的恐怖活动开始了。战斗机人们和拓发者将所有局员们镇压住，堵在会场里面，战斗力完全剥夺。维塔和扎斯特在空中发生激战，奈叶和菲特到地下通道准备与先锋们会合。而先锋们初次与战斗机人发生激战，璐缇希娅向机动六科所在的地方过去……

正在与战斗机人们发生激战的先锋们已脱离她们的牵制，前去与奈叶和菲特会合。会合后，她们分头行动，星辰分队前去确认银河的安危，雷光分队返回机动六科。雷光分队返回时，菲特牵制战斗机人托瑞和塞缇的袭击，让艾力奥和凯珞返回。希格诺前去支援维塔，扎斯特打败维塔后就撤退。星辰分队已确认银河被战斗机人回收，但昴因激战的影响而受损。璐缇希娅和牙龙以武力抓走薇薇欧，与艾力奥发生冲突，但最终，艾力奥被蒂多打败。斯卡利艾迪已完成成了他的无血镇压的恐怖活动，地面总部也因此受到他的重创。

机动六科所有的伤病员已转移到圣王医院进行治疗。包括先锋们，她们也很担心银河和薇薇欧落在斯卡利艾迪的手里的下落与安危。疾风对雷吉亚斯有关的机密事情而与奥利丝发生争论。克洛诺、卡莉姆、菲特等人已经从中岛三佐得到有关线索。机动六科的总部因恐怖活动的影响已准备转移到舰船“阿斯拉”上。而斯卡利艾迪将圣遗晶石注入圣王躯体薇薇欧身上……

维斯在恐怖活动中被击昏后，阿露特替他驾驶直升飞机。璐基诺负责舰船“阿斯拉”的掌舵。机动六科现在的任务是搜索圣遗晶石和解救银河及薇薇欧，但目前没有进展。地面总部的兵器“战魂”受到战斗机人的破坏。艾克斯督察官和沙赫发现了斯卡利艾迪的老巢，并与拓发者发生激战。艾克斯督察官趁着激战向机动六科通报。乌诺将薇薇欧放入王座后，“圣王摇篮”开始驱动起来……

巨舟浮起后，克洛诺的次元航行舰队已展开行动，机动六科也同时展开行动阻止巨舟浮起。而最高评议会还在谈论斯卡利艾迪的事情。疾风很清楚最高评议会、雷吉亚斯、斯卡利艾迪三者的复杂关系，所以机动六科全员才被紧急出动，先锋们被派到地面与战斗机人以武力解救银河和逮捕战斗机人。奈叶、菲特、维塔、疾风四人在卡莉姆的限定解除的情况下，在巨舟外部寻找突入口。三名最高评议会成员全部被都艾杀害。

疾风指挥局员们与巨舟外面的拓发者进行战斗，奈叶和维塔也终于找到突入口进入内部。菲特和沙赫在斯卡利艾迪的老巢进行战斗，寻找斯卡利艾迪。先锋们成功地派到地面与战斗机人发生激战。但是蒂安娜被关在结界里，艾力奥和凯珞面对璐缇希娅的战斗，昴则面对银河进行难以选择的战斗。奈叶和维塔在巨舟里分头行动，维塔前往驱动炉，奈叶前往王座大厅。先锋们与战斗机人、璐缇希娅、牙龙、银河等人陷入苦战。希格诺和扎斯特初次相遇发生激战。　距离“摇篮”到达轨道地点还有2小时16分。

维斯遇到曾经被他狙击受伤的拉格娜，拉格娜很清楚维斯的心理，向他表示问候。艾力奥和凯珞与发生激战的璐缇希娅、牙龙它们都被斯卡利艾迪植入的芯片所控制，陷入苦战。菲特终于遇到斯卡利艾迪，但是她在战斗中被抓住。希格诺与扎斯特激战一会后，扎斯特脱离战斗赶往目的地。银河无法回应昴的声音，而且还继续发生战斗，将昴陷入苦战。奈叶很清楚薇薇欧的诞生方式，杀出一条血路并赶往王座大厅解救薇薇欧。距离“摇篮”到达轨道地点还有1小时44分。

奈叶赶往王座大厅遇到迪艾琦的狙击，但迪艾琦的狙击失败，被奈叶逮捕。刚一赶到王座大厅时，薇薇欧已经变成了圣王形态，与奈叶展开了生死的自相残杀。战斗机人欧特发现维斯在狙击拓发者，但是却被莎玛尔和扎斐拉发现逮捕。封锁蒂安娜的结界被解除，蒂安娜成功打败所有战斗机人。昴也成功打败了银河，解救银河。扎斯特以武力突入总部，与雷吉亚斯再次面对面地重逢。希格诺和琳在后面紧追不放，并遇到埃基特的阻挡。

八年前，雷吉亚斯的改革措施受到最高评议会的好评，并接受了他们给的“机密任务”。不久，扎斯特要去调查战斗机人事件时，连同部下们一同遇难，并成了斯卡利艾迪的试验品。艾力奥和凯珞成功打败璐缇希娅后，但菲特仍然被斯卡利艾迪抓住。在艾力奥和凯珞的话语下，菲特成功打败战斗机人并逮捕了斯卡利艾迪。乌诺被艾克斯督察官抓住，并获取了情报。沙赫打败了战斗机人萨依。蒂安娜成功治服诺威投降。昴打败银河后，成功让她苏醒并恢复过来。最后只剩下柯瓦特罗没有逮捕。奈叶和薇薇欧还在对峙中……距离“摇篮”到达轨道地点还有1小时35分。

奈叶和薇薇欧在王座大厅发生激战。维塔在疾风赶到时，最后成功破坏驱动炉。斯卡利艾迪的老巢发生坍塌，菲特连同斯卡利艾迪被困。奈叶终于找到并打败柯瓦特罗，而薇薇欧体内中的“圣遗晶石”已被她破坏，成功让薇薇欧恢复过来。但是她们连同刚赶来的疾风和琳被困在“摇篮”里。扎斯特把所有情报和埃基特交给了希格诺，最后死去。昴和蒂安娜在维斯的带领下突入“摇篮”。

昴和蒂安娜在维斯的接送下和狙击掩护下，成功突入“摇篮”内部。 希格诺在埃基特的融合下成功歼灭空中所有的拓发者。艾力奥在凯珞的魔法支援下成功解救被困的菲特，奈叶、薇薇欧、疾风、琳等人已被昴和蒂安娜解救出来。最后，克洛诺的次元舰队成功击沉巨舟“摇篮”。 所有的相关犯人全部收押，璐缇希娅在监狱里等待母亲的苏醒。 机动六科解散后，先锋们与队长们在最终的告别会上展开了机动六科最后的模拟战……

主角高町奈叶是个平凡的小学三年级女生，与好友在如同日常作息的前往补习途中，发现了从异世界米德其路达来的雪貂尤诺·斯克莱亚。他利用心灵感应告诉奈叶，他来到这个世界的理由是为了回收他所挖掘到的太古遗产（平行次元中的高度文明的遗产）“圣石之种”。奈叶为了保护可能因为圣石之种暴走被破坏的城镇，决定代替尤诺出面回收。不料，这却只是一连串事件的开端。他们遇见，与他们一样目的，因为回收圣石之种而出现的谜样金发少女魔导师到底是……

战斗结束后，半年过去了，奈叶一边在宁静的生活中继续练习着魔法，一边期盼着和朋友们的再会。突然有一天，她遭到了神秘人物的袭击，在随后出现的菲特的帮助下，两人终于击退了敌人，可是奈叶的魔力却被夺走了。原来这是一群阴谋计划完成禁断的魔导书“暗之书”的人在四处收集魔力。两人随后结识了掌握宿命之匙的少女八神疾风，三个少女一同勇敢面对命运的争斗……

有一对负责研究“行星重生”的夫妇和两个女儿一起生活在Eltria（エルトリア）的世界中。 当Eltria世界快接近于毁灭危机的时候，父亲不幸病倒了。 两女儿之中的妹妹缇丽耶·弗洛里昂为了救助父亲和“行星重生”的研究，把希望寄托在了“遥远的异世界（遥か远い异世界）”上。 而另一位大女儿阿米缇娅·弗洛里昂作为姐姐得知后就跟随阻止缇丽耶。 最终来自Eltria世界的阿米塔（阿米缇娅）、缇丽耶和Iris（イリス）等三人的行为一直影响到了高町奈叶、菲特· T·哈洛温、八神疾风等人所生活的世界“地球”上来了。

行星艾尔托利亚（エルトリア）的来访者缇丽耶·弗洛里昂为了拯救快濒死的父亲和星球，来到地球上找到“永恒结晶”时，被同行来的伊丽丝骗了。伊丽丝的目的是为了“永恒结晶”内的Yuri（ユーリ）进行复仇。同时被伊丽丝唤醒的暗王（Dearche）、星光（Stern）、雷刃（Levi）三人、与跟随缇丽耶和伊丽丝而来到地球的阿米缇娅·弗洛里昂、地球当地魔导师高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风等人各自发生了伊丽丝与Yuri两人之间的战斗。