Supuestamente muertas, las hermanas Halliwell comienzan su existencia libre de demonios con nuevas identidades creadas a través de un hechizo que alteró su apariencia para el mundo externo pero no para aquellos más cercanos a ellas. Phoebe, emocionada por comenzar una nueva vida, se sorprende al ver a Dex Lawson, un guapo artista que apenas conocía, en su funeral y se sorprende aún más cuando tiene una premonición en la que ve que se casará con él. Ahora, capaz de tener una vida familiar normal, Piper se obsesiona con la idea de que los demonios descubrirán que las hermanas siguen con vida. Al asistir a su funeral disfrazada de la supermodelo Janice Dickinson, Paige se da cuenta de que ha pasado demasiado tiempo en el mundo mágico, pronto comprende que no puede escapar a sus instintos como luz blanca y responde ante la llamada de un nuevo cargo - una joven bruja llamada Billie.

Inspirada en la obra homónima de Lewis Carroll. Alicia, una joven de 19 años, acude a una mansión victoriana para asistir a una fiesta de la alta sociedad. Cuando está a punto de recibir públicamente una propuesta de matrimonio, sale corriendo tras un conejo blanco y va a parar al País de las Maravillas, un lugar que había visitado diez años antes, aunque ya no lo recuerda. Ese país era un reino pacífico hasta que la Reina Roja derrocó a su hermana, la Reina Blanca, pero las criaturas que viven en él, dispuestas a rebelarse, esperan contar con el apoyo de Alicia, a la que ayudan a recordar su primera visita al fantástico reino.

Buscando un nuevo camino profesional, Piper va a una entrevista de trabajo, pero pronto es arrestada cuando el origen de un cheque revela que la apariencia física que ha adoptado es la de una mujer buscada por asesinato. Las hermanas se proponen aclarar el nombre de la mujer pero Billie las impresiona cuando surge con el plan perfecto. Mientras tanto, Phoebe tiene una premonición en la que ve que un terremoto tendrá lugar la noche de la apertura de la galería de arte de Dex; Leo organiza un grupo de juego en la casa y se sorprende cuando una de las madres lo confunde con un padre soltero; y Paige se enfada con Billie por su falta de respeto por el arte de la brujería.

Un juego escolar de Wyatt pone de manifiesto la naturaleza competitiva de Piper cuando el traje hecho a mano de Wyatt y su habilidad como madre se ven atacados por Mandi, la perfecta madre de Stepford. Piper se hace amiga de Wyatt con el propósito de secuestrarlo para usar sus poderes para traer de vuelva a la Fuente y crear la perfecta familia demoníaca. Mientras tanto, aburrida ante la idea de aprender los fundamentos de la magia pero intrigada con la idea de una escuela de magia, Billie utiliza una poción para enviarse a si misma y a Leo a la escuela. Una vez allí, se dan cuenta de que la escuela ha sido tomada por los demonios que han secuestrado a Wyatt.

Las embrujadas están ayudando a la Seguridad de la Patria y los reporteros quieren detalles. Los de Seguridad contaron a la prensa que el gobierno fingió la muerta de las hermanas. Los reporteros, incluido uno del Bay Mirror, se encuentran fuera de la casa tratando de conseguir información. Más tarde, Paige se reúne con el reportero del Bay Mirror e intenta, con la ayuda de Piper, que deje la historia. Billie se ofrece para ocuparse de los demonios ya que la prensa no la conoce. El nuevo demonio en la ciudad (y en la escuela de magia desde que es una central demoníaca) es El Dogon. Este demonio elimina otros demonios para conseguir más poderes para, finalmente, gobernar el Inframundo. Los demonios saben que las Embrujadas no están muertas. Este demonio es parecido a uno que Billie vio cuando era niña y quien entonces trajo a su hermana de vuelta.

Queriendo recuperar su antiguo trabajo de trabajadora social, el plan de Paige cambia cuando su padre luz blanca, Sam, le pide ayuda sobre JD, un futuro luz blanca que hace poco reapareció después de 50 años. Paige y Sam se enteran de que JD escapó de Vaklav, un demonio que secuestra gente a través del tiempo para tenerlos como rehenes en un collage de fotos demoníaco. Mientras tanto, Piper y Leo van a ver a un asesor matrimonial mágico el cual intercambia sus cuerpos, forzando a cada uno a caminar una milla en los zapatos del otro. Phoebe visita un banco de esperma con la esperanza de encontrar al donante perfecto como padre de su hijo; y Billie se culpa a sí misma por no ser capaz de proteger a JD.

Las embrujadas ayudan al agente Murphy en casos paranormales. Zira, el demonio que ubica su cuartel general en la Escuela de Magia, quiere más poder para derrotar a su jefe, un demonio llamado Tai y a sus seguidores, así sus subordinadas, podrán gobernar el Inframundo. En la escuela, Billie se encuentra en una clase donde se discute sobre la guerra de los sexos. Sus opiniones acerca del tema no pasan desapercibidas. Billie requerirá de la protección de las hermanas después de ponerse el Cinturón Dorado de Gaea, que da a una mujer mucho poder y seduce a la persona que lo usa hasta el punto de volverse loco. Zira quiere usar el cinturón para vencer a Tai. El efecto del cinturón no se puede eliminar fácilmente y los poderes demoníacos no pueden usarlo. Piper tiene problemas para contratar a un grupo para un concierto con el propósito de recaudar dinero para las victimas de un huracán. Paige tiene un nuevo protegido llamado Seed, un adolescente que no tiene un brillante historial. Su

Resulta ser que lo que está matando demonios en el Inframundo es un misterioso virus que está afectando a todo el mundo mágico (demonios, brujas, etc). Las Embrujadas temen que el virus mate a todos los seres mágicos por lo que necesitan encontrar una cura. Phoebe ha decidido tomarse un descanso con los hombres. En la Escuela de Magia, dos demonios están rodeando a un moribundo demonio Krychek. Uno de ellos es un demonio llamado Emrick; el otro es un adivino demoníaco. Emrick quiere rematar al demonio Krychek pero el otro demonio le dice que no puede mientras "Margoyle lo quiera vivo" para aprender cómo se ha vuelto tan poderoso. Desde luego, Margoyle quiere reunir tantos poderes como pueda para gobernar el Inframundo. Billie aún intenta encontrar información sobre el demonio que se llevo a su hermana hace quince años. Henry pide ayuda a Paige para cuidar al bebe de una mujer que ha sido enviada a prisión.

Leo quiere comprar un camión Ford del 41 pero Piper no está convencida con la idea. Piper ve al Ángel de la Muerte lo que la lleva a pensar que alguien cercano a ella está a punto de morir. En la Escuela de Magia, Billie y Phoebe están luchando contra demonios, incluyendo a uno que se parece al que Billie vio en su pesadilla. Finalmente Billie encontrara respuestas sobre su hermana. Un demonio, Burke, pone a sus victimas en tubos criogénicos y los conserva como trofeos. Phoebe y Billie se centran en él. Paige y Henry pasan tiempo juntos. Más tarde Piper convoca a un Anciano y a un Avatar con la esperanza de salvar a Leo.

La nueva teoría de Billie acerca de que el secuestro de su hermana fue una conspiración demoníaca la lleva a contactar con las víctimas de varios secuestros mágicos, incluido Dalvos, socio de una poderosa compañía que resulta ser, sin que Billie lo sepa, un demonio haciéndose pasar por humano. Con el estrés de intentar encontrar a su hermana mientras sus padres están de visita, Billie descubre su poder de proyección cuando involuntariamente transforma a sus padres en asesinos a sangre fría, quienes son contratados por Dalvos para asesinar al CEO de la companía. Mientras tanto, Piper trata de hacerse a la idea de que Leo se ha ido; Phoebe es víctima de falta de inspiración; Paige finalmente conecta con Henry; y Billie descubre que sus padres nunca finalizaron la búsqueda de su hermana.

Billie continúa intentando averiguar la identidad del demonio que secuestró a su hermana. Incluso tortura a un demonio Possessor llamado Rohtul para conseguir información. Finalmente, Rohtul escapa y se dirige a la Central Demoníaca (Escuela de Magia) donde se reúne con otros demonios, que se encuentran hartos de que Billie mate demonio tras demonio para encontrar respuestas. Los demonios se ponen de acuerdo en que es el momento de matar a Billie. Rohtul se ofrece para cometer el asesinato. Uno de los demonios sabe quién secuestró a la hermana de Billie... Más tarde, Billie va al banco donde está Paige con Henry. Vivirán en el banco una experiencia como rehenes. Paige y Billie no pueden usar sus poderes debido a que hay policías y periodistas en el banco. Los demonios esperan utilizar esta situación para encargarse de Billie pero va a ser difícil debido a que ellos tampoco pueden utilizar sus poderes en el banco. Phoebe ayuda a Piper a preparar una fiesta de cumpleaños para Wyatt.

En la Escuela de Magia, tres malvadas mujeres llamadas Phoenix, Patra y Pilar se transforman en las Embrujadas y se entrenan para convertirse en ellas tras la vigilante mirada del demonio estratega, Savard. Ellas se han estado entrenando durante años para llegar a dominar el poder y el estilo de las hermanas pero aún no han conseguido su poder colectivo, el poder de tres. Hasta que eso pase, nunca serán capaces de reemplazar a las Embrujadas. Savard y las mujeres demonio han sido esclavos trabajando para el Rey de los esclavos. Ellos se han escapado con el propósito de conseguir los poderes suficientes para regresar y destruir al rey. Deciden atrapar a las hermanas en una casa de muñecas (un juguete réplica de la casa) con la esperanza de ser capaces de canalizar hacia ellos el poder de tres, poder que necesitan para derrotar al Rey. Billie ha empapelado el cuarto de Phoebe con recortes de prensa del rapto de Christy.

En la Escuela de Magia, un grupo de monjes oscuros dejan una cripta gigante en el suelo. Dentro de esa cripta, hibernando, está Novak, que se despierta descubriendo que muchas cosas han cambiado desde el año pasado, sobre todo teniendo la Escuela Mágica abierta a los demonios. Uno de los monjes oscuros le dice al demonio que no todo ha cambiado y que la ceremonia para mantener el ciclo eterno es esa misma noche. El monje informa a su señor que no sólo han localizado a los Zodíacos sino también el lugar donde Lo Pan, uno de los servidores de los Zodíacos, ha mudado el Jardín Sagrado: a la Chinatown de San Francisco. Planean tenderle una emboscada al primer Zodíaco que llegue, el que tiene el bastón de Buda, y así hacerse con él, romper el ciclo y comenzar un año de mal.

Billie encontrará a su hermana secuestrada Christy poco antes del nuevo año. Por desgracia, ella ha estado encerrada en una jaula durante 15 años y no ha sobrevivido tan bien como Wentworth Miller. Además se oye la llegada de Cupido para ayudar a Phoebe a encontrar el amor y se quedará durante un tiempo.

Piper esta organizando la boda de Paige y Henry, pero la relación se enfría. Phoebe se da cuenta que un hombre extraño la ha estado siguiendo, y pronto descubre que es Cupido. Mientras tanto, un demonio secuestra a Christy para engañar a las Embrujadas y que ataquen a la Tríada y evitar que asuman el control del Inframundo.

En la Escuela de Magia, dos demonios Noxon llamados Pator y Rondok torturan a un joven llamado Ryan, quien resulta que ha torturado a estos demonios durante un año. Los demonios son detenidos por uno de los integrantes de la Tríada, Candor, quien está con Christy. Candor les ordena liberar ir a Ryan. La Tríada está tratando de cambiar el mundo y Ryan no tiene nada que ver con esto. Billie trata de explicarle a sus padres porqué Christy no los quiere ver. Jen, otra estudiante de la escuela de magia y Ryan van a la casa de las Halliwell en busca de Leo, quien había atrapado y encantado a estos demonios para ser usados en clases de combate. Christy ve a Ryan y se agita al identificarlo. El estudiante le explica a Piper que los demonios escaparon hace una semana y que están tras los estudiantes de esa clase y Piper acepta ayudarlos. Candor pide ayuda de los Noxon para empujar el balance entre el bien y el mal, y mientras lo hacen, las hermanas, Leo y todos los seres queridos saldrán heri

Christy quiere que Billie descanse mientras ella se encarga de los demonios...En la Escuela de Magia, Creo (un demonio que apareció en Payback´s a Witch) le ordena a cuatro poderosos demonios que encuentren a Pator (del episodio Generation Hex). Creo quiere a Pator vivo para que lo ayude a separar a Billie de las Halliwell. Christy aún trabaja para el lado oscuro y quiere mostrarle a Billie que las hermanas no son de fiar, que sólo la están usando... Las hermanas también están tratando de encontrar a Pator ya que él sabe dónde esta el Máximo poder. Cúpido le dice a Phoebe que encontrará al hombre perfecto aunque no se alegra al escuchar esto. La quiere unir con Mitchel, alguien que trabaja en The Bay mirror. Paige pide ayuda a Cupido ya que ella está teniendo unos problemas con Henry.

Mikelle, un futuro luz blanca de 20 años de edad, se enfrenta a un luz negra llamado Sid. Paige llega al lugar y orbita con su nuevo protegido. Sid escapa y orbita a la guarida de los luz negra en donde Salek está muy decepcionado porque Sid no pudo matar a Mikelle y a Paige. Ahora que sabe que Mikelle es protegido de las Embrujadas, Salek está más impaciente por matarle pues esto le dará una oportunidad de encargarse de las hermanas. Paige lleva a Mikelle a la casa. Enfadada, Piper convoca a una Anciana, llamada Sandra, para confirmar sus sospechas de con quién tendrán que luchar para conseguir que Leo regrese. Billie y Christy encuentran una manera de tener a las Halliwells juntas en la casa. Christy envía a las hermanas a un mundo de los sueños, un lugar en donde todo tiene significado, con el fin de poder recopilar información sobre ellas. Christy envía también a Billie al mundo de los sueños pero como una jugadora, con el fin de que ella haga que las hermanas crean que es sólo p

Después de que Billie diga que no está con ella para lastimar a las Halliwells, Christy pide ayuda a Dumain, el amigo imaginario de la niñez de Jenkins, para convencer a Billie que debe luchar contra las Embrujadas. Ellos quedan en la escuela de magia en donde Dumain explica a Billie que él ha sido siempre sincero Billie duda en creerle pues ella todavía no ve a las Embrujadas como malas brujas. Dumain, que le enseña una versión del holograma de Wyatt malvado. Phoebe y Cupido comparten un momento apasionado.

Las Embrujadas matan a unos Jóvenes Turcos. Dos de ellos, Nomed y Zohar, ven la escena con gran interes, siguen mandándoles otros demonios para pelear contra las embrujadas y así conocer por qué las Halliwells se ocultan en el Inframundo. Nomed y Zohar saben que deben encontrar la forma de aumentar su poder sobre la Tríada, si tarde o temprano quieren gobernar el Inframundo. Ellos necesitarán ayuda. Los demonios creen que podrán conseguir la ayuda de las Embrujadas para derrotar a la Tríada como ellos saben, las Halliwells quieren dejar su antigua vida atrás (la columna de Pregúntale a Phoebe, el levantamiento de Wyatt y Chris, el comienzo de una vida con Henry). Las hermanas tendrán que ir al "lugar oscuro" para combatir a las Jenkins y quienes quiera que las ayuden, necesitarán convocar El Vacio. Victor cuidará de sus nietos. El fantasma de Leo aparece ante Piper.

Piper y Leo viajarán al futuro para determinar el presente. Allí, se encontrarán con ellos mismos a los 70 años, quienes les darán las instrucciones necesarias para fijarlo todo. Los viejos Leo y Piper les dan pistas para arreglar las cosas, pero no pueden ayudarles directamente (para evitar la alteración en el tiempo), pero mayoritariamente les ilustran con la vida feliz que está reservada para ellos si todo va bien...El capitulo final de Embrujadas abarca 80 años de la vida de las chicas, desde la decada de 1970 hasta el 2050, aproximadamente, con numerosas paradas entre medias.