Piper en Leo proberen elk op hun eigen manier het verlies van hun toekomstige zoon Chris te verwerken: Piper reageert overbezorgd over alles wat te maken heeft met de veiligheid van haar twee kinderen, terwijl Leo zint op wraak na het verraad van zijn mentor Gideon. Toch slagen Paige en Phoebe erin het koppel te overtuigen opnieuw een stapje in de wereld te zetten. Ze wonen een Indische huwelijksplechtigheid bij, maar daar vallen ze ten prooi aan een mysterieuze betovering, die hen de krachten geeft van het Indiase godenkoppel Shakti en Shiva. Om de wereld te behoeden van de volledige vernietiging, moeten Phoebe en Paige ervoor zorgen dat Piper en Leo zo ver mogelijk uit elkaars buurt blijven.

Paige is vastberaden de strijd aan te gaan met de Ouderen, die besloten hebben de deuren van de Magieschool te sluiten. Een verveelde student maakt haar werk er echter niet makkelijker op, wanneer hij per ongeluk de historische figuren Lady Godiva en Lord Dyson oproept. In deze wereld is Lord Dyson een demon die zich voedt met de onderdrukte gevoelens uit zijn omgeving en hij groeit al snel uit tot een geduchte tegenstander voor de drie zussen. Ondertussen vindt Phoebe dat haar vervanger Leslie geen al te beste beurt maakt bij het beantwoorden van lezersbrieven en het schrijven van haar dagelijkse column. Ze besluit de proef op de som nemen en ze schotelt hem een echt vrouwenprobleem voor.

Paige en Phoebe besluiten hun grootmoeder Penny op te roepen voor de wicca-doopplechtigheid van Chris. Piper wil niet dat haar jongste zoontje magische krachten ontwikkelt, maar haar zussen zijn moeilijk van hun stuk te brengen en gaan onverstoord door met hun plannen. Penny merkt al snel dat Wyatt jaloers is op de aandacht die zijn broertje krijgt. Door middel van een speciale spreuk wil ze een einde maken aan de rivaliteit tussen de jongens, maar er gaat iets mis : Paige, Phoebe en Piper beginnen plots ruzie te maken als een stel tieners. Ondertussen blijft Leo jacht maken op demonen die zijn zoontjes bedreigen. Maar zijn zoektocht heeft een averechts effect : hierdoor verwaarloost hij zijn gezinsleven.

Paige, Phoebe en Piper onderzoeken de mysterieuze verdwijningen van heksen in San Francisco en ze stuiten hierbij op kapitein Black Jack Cutting, een beruchte piraat uit de 18e eeuw die op zoek is naar een manier om de fontein van de eeuwige jeugd tot leven te wekken. Driehonderd jaar geleden heeft een heks immers een vloek over hem uitgesproken zodat hij wel veroudert, maar nooit sterft. Door deze vloek over te brengen op Paige, verplicht hij hen hem te helpen met zijn zoektocht. Ondertussen heeft Leslie een briljante publiciteitsstunt voor de krant uitgedacht : hij organiseert een wedstrijd waarvan de winnaar zich mag opmaken voor een romantisch etentje met Phoebe. Hij zorgt er echter wel meteen voor dat hij als winnaar uit de bus komt.

Wanneer de demon Sirk zijn familieleden vermoordt om zijn menselijke afkomst voorgoed te vernietigen, spreekt Paige een beschermingsspreuk uit over één van zijn bloedverwanten. De spreuk mist zijn doel niet, maar zorgt er ook voor dat er niemand meer kan sterven op aarde. Hierdoor worden de plannen van de Engel Des Doods verstoord, die de zielen van pas overleden mensen moet verzamelen. Hij eist dat de Charmed-zussen het evenwicht in het universum herstellen. In afwachting hiervan dwingt hij de ziel van Piper hem te helpen bij zijn zware taak.

De Raad der Ouderen start een onderzoek naar de dood van hun collega Zola. Al hun aanwijzingen doen vermoeden dat Leo iets met de zaak te maken heeft, waardoor ze Piper, Paige en Phoebe een nieuwe Witte Lichter toewijzen. Voor Leo’s vervanger zijn taak kan aanvangen, wordt hij echter verscheurd door gevaarlijke monsters. Dit zorgt voor nog meer wantrouwen bij de Ouderen, die er zo goed als zeker van zijn dat Leo de man heeft toegetakeld. De Charmed-zussen delen deze mening niet : ze willen de onschuld van Leo bewijzen en zetten een valstrik op. Zodra de nacht valt en er een blauwe maan in de hemel verschijnt, veranderen ze echter zelf in monsters.

Paige onderzoekt de mysterieuze moord op één van haar professoren in de Magieschool. Door het drukke leven van haar zussen is ze echter genoodzaakt de hulp in te roepen van agent Brody. Hun enige leidraad is een misdaadroman, die naast het lichaam van de leraar werd aangetroffen. Het boek werd meer dan twintig jaar geleden geschreven door twee leerlingen van de Magieschool, maar ze slaagden er nooit in de roman af te maken. Voor Paige en Brody het goed en wel beseffen, belanden ze midden in het verhaal. Daar proberen ze te ontkomen aan een bende schietgrage gangsters, maar ze kunnen enkel terugkeren naar de echte wereld als Piper en Phoebe een einde voor het boek verzinnen.

Leo doet zijn uiterste best om het goed te maken met Piper, maar die vermoedt dat haar echtgenoot iets verzwijgt. Ten einde raad besluit hij haar de waarheid te vertellen: hij maakt sinds kort deel uit van de Avatars, die hem hebben beloofd dat hij een normaal leven kan leiden als hij hen helpt met het beëindigen van de strijd tussen goed en kwaad. Deze bekentenis valt niet in goede aarde bij de drie Charmed-zussen, maar Piper gunt hem het voordeel van de twijfel. Haar eerste prioriteit is het vernietigen van een groepje buitengewoon gevaarlijke demonen, die een hele wijk terroriseren. Paige en Phoebe brengen agent Brody op de hoogte van Leo’s verklaring, maar ze weten niet dat de agent al eerder in contact kwam met de Avatars en op wraak zint.

Leo krijgt een loodzware opdracht voorgeschoteld : de Avatars vragen hem de demon Kira te beschermen. Kira bezit namelijk belangrijke informatie die alle demonen voorgoed zou kunnen vernietigen. Ze is bereid haar soortgenoten te verraden, op voorwaarde dat de Charmed-zussen ervoor zorgen dat ze menselijk wordt. Leo probeert Piper, Paige en Phoebe voor zijn kar te spannen, maar dat is niet eenvoudig. Ondertussen ontdekken Darryl en Phoebe dat agent Brody een duister verleden met zich meezeult. Zo heeft hij één van Darryls ex-collega’s doen verdwijnen in een psychiatrisch ziekenhuis.

Nadat Kyle een nieuwe moordpoging op Leo onderneemt, wil Phoebe hem naar het verleden sturen zodat hij met zijn eigen ogen kan zien wie zijn ouders heeft vermoord. Kyle is ervan overtuigd dat de Avatars verantwoordelijk zijn voor de aanslag op zijn ouders, terwijl Leo blijft ontkennen dat zijn collega’s een rol speelden in het incident. Ondertussen doet Phoebe haar uiterste best om ook Piper te overtuigen van de goedheid van de Avatars. Phoebe besluit haar zus te confronteren met haar laatste visioen, maar dit kan enkel als ze even van krachten wisselen. Voor de heksen de overdracht kunnen afronden, worden ze echter aangevallen door de machtige demon Zankou.

Kyle is nog steeds niet overtuigd dat de komst van de Avatars een zegen is en hij probeert de hulp van de Raad der Ouderen in te roepen. Zijn hulpkreet wordt echter opgepikt door Zankou, die hem kan overtuigen de Avatars in een valstrik te lokken. Paige, Phoebe en Piper zijn zich van geen kwaad bewust en maken zich op voor de grote transformatie, die de wereld verandert in Utopia : een plaats waar goed en kwaad niet langer bestaan. De eerste fase van het proces wordt in gang gezet wanneer de drie heksen hun krachten bundelen met de Avatars. Hiermee wordt het dagelijkse leven voor enkele uren stil gelegd, zodat de transformatie geleidelijk kan plaatsvinden. Zankou probeert hier echter een stokje voor te steken.

De conflictvrije wereld Utopia is een feit. Leo begint echter te twijfelen aan de transformatie van de wereld, nadat hij ontdekt dat de mensen op aarde geen vrije wil meer bezitten . Bovendien kunnen enkel de Avatars beslissen wie leeft en wie sterft. Demon Zankou deelt Leo’s mening en hij wil dat hij hem helpt de veranderingen ongedaan te maken. Zonder de hulp van de Charmed-zussen staan ze echter nergens. Leo doet een poging om door te dringen bij Phoebe en Piper, maar hij beseft dat er maar één manier is om hun ogen te openen : hij moet zijn leven opofferen. Enkel dan zullen Phoebe, Piper en Paige beseffen dat er ook een keerzijde aan de medaille is.

Paige gaat op zoek naar een nieuwe leraar literatuur voor de Magieschool. Tijdens haar onderzoek naar het verleden van de belangrijkste kandidaten ontdekt ze dat één van hen, Drake, een voormalige demon is. Om menselijk te worden sloot hij een pact met een tovenaar, maar er schuilt een addertje onder het gras : hij mag zijn magische krachten niet meer gebruiken. Gebeurt dit wel, dan krijgt de tovenaar deze krachten. Drake doet zijn uiterste best om Paige te overtuigen van zijn goede bedoelingen, maar ze twijfelt en roept de hulp in van haar zussen. Die kunnen echter niet meteen voor duidelijkheid zorgen. Ondertussen kan Piper amper van Valentijnsdag genieten. Ze denkt voortdurend aan de straf die Leo te wachten staat.

Detective Morris vraagt de Charmed-zussen om een gunst : hij vermoedt dat zijn voormalige collega Mike bezeten wordt en hij hoopt dat de heksen de geest kunnen uitdrijven. Phoebe, Paige en Drake ontdekken dat de man nabij een werf werkte, waar tegen het einde van de negentiende eeuw een zware brand woedde in een cabaretgebouw. Honderden mensen kwamen hierbij om. Eén van de slachtoffers heeft bezit genomen van Mikes lichaam en smeekt de zussen om hulp zodat de zielen van de overleden cabaretbezoekers eindelijk rust kunnen vinden. Phoebe en Drake besluiten terug te keren naar het jaar 1899 om de brand te verhinderen en de aanwezige demonen te vernietigen, maar dan ontdekken ze dat er hen onvoldoende tijd meer rest.

Na lang overleg heeft de Raad der Ouderen eindelijk een besluit genomen : Leo moet een loodzware test ondergaan die van levensbelang is voor zijn toekomst. Hiervoor worden zijn krachten hem ontnomen, zijn geheugen wordt volledig gewist en hij wordt als gewone sterveling terug naar aarde gestuurd. Als hij zijn weg terug naar Piper vindt, wordt hij menselijk en mag hij voor altijd bij zijn gezin blijven. Als dit niet gebeurt, mag hij hen nooit meer zien en maakt hij voor altijd deel uit van de Raad der Ouderen.

Terwijl Leo en Piper leren omgaan met de nieuwe taakverdeling in hun huishouden, stuurt Zankou zijn demonen op de Charmed-zussen af. Hij wil hen uit het huis lokken zodat hij er op zoek kan gaan naar de Nexus. Zodra hij die gevonden heeft, moet hij in staat zijn bezit te nemen van de Schaduw, de ultieme kracht. Ondertussen hebben de manschappen van Zankou de Nexus in de kelder van het huis gevonden.

Wanneer de mythologische Doos van Pandora in de handen van de demon Katya belandt, beginnen de Charmed-zussen een gevecht tegen de tijd om te voorkomen dat ze geopend wordt. Dit zou de wereld namelijk hullen in ontroostbaar verdriet. Phoebe en Piper starten de zoektocht naar Hope, de nieuwe bewaker van de doos die de taak van haar voorgangster moet verder zetten. Het meisje weet echter niets van het lot dat haar te wachten staat en ze wil ook liever helemaal niets te maken hebben met magie. Ondertussen krijgt Paige haar allereerste opdracht als Witte Lichter, maar ze is allesbehalve gelukkig met deze uitbreiding van haar takenpakket.

Nadat Phoebe het slachtoffer wordt van een mysterieuze spreuk van de gevaarlijke tovenares Imara, verwisselen de zielen van beide vrouwen van lichaam. Phoebe wordt vervolgens gevangen gezet in de onderwereld, terwijl Imara van Phoebes identiteit en krachten gebruikt maakt om af te rekenen met haar vijanden op aarde. Piper en Paige zijn zich van geen kwaad bewust en zakken naar de onderwereld af om Imara uit de weg te ruimen. Pas na hun aanval beseffen ze echter dat ze hun zus onder vuur hebben genomen. Ondertussen krijgt Paige een nieuwe opdracht als Witte Lichter: ditmaal moet ze een ontgoochelde heks weer op het juiste pad brengen, zodat die zijn krachten weer aanwendt om mensen te helpen.

Piper en Leo maken zich zorgen over Wyatt, die zich de laatste tijd opmerkelijk veel afzondert van de andere kinderen in de kleutertuin. Ze vermoeden dat hun zoon een ingebeeld vriendje heeft, maar niets is minder waar : Wyatt krijgt soms het gezelschap van Vicus, een demon die enkel hij kan zien. Vicus doet zijn uiterste best om het vertrouwen van de jongen te winnen, zodat hij de duistere kant van magie verkent en boosaardig wordt. Ondertussen is Vicus erin geslaagd het vertrouwen van de jonge Wyatt te winnen. De effecten bij de volwassen Wyatt zijn onmiddellijk te merken.

Phoebe, Paige en Piper worden opgeschrikt door enkele mysterieuze moorden in hun nabije omgeving. Telkens gaat het om een onschuldig slachtoffer die zijn band met één van de Charmed-zussen met de dood moet bekopen. Enkele uren na hun dood veranderen de lijken bovendien in wraakzuchtige zombies en dat zet het trio aan het denken. Er is maar één demon die machtig genoeg is om deze aanvallen te orkestreren : Zankou. Die heeft zijn krachten verenigd met een machtige tovenaar om het drietal uit balans te krijgen en hen op de knieën te dwingen. Ondertussen raakt Darryl in nauwe schoentjes, wanneer zijn collega steeds dichter bij de waarheid over de Halliwells komt.

Nu Zankou in het bezit is van het Boek der Schaduwen, ligt de weg naar de Nexus en de Schaduw in het huis van de Halliwells volledig open. Phoebe, Piper en Paige proberen zijn aandacht van de Nexus af te leiden, maar Zankou laat zich niet in de maling nemen door de zussen. Door middel van een spreuk uit het Boek der Schaduwen slaagt hij er zelfs in de magische krachten van Phoebe en Piper te stelen. Hierdoor weet hij perfect wat het Charmed-trio van plan is. Ondertussen worden Phoebe, Piper en Paige nauwlettend in het oog gehouden door agente Sheridan en de veiligheidsdienst van de overheid. Die zijn op de hoogte van de paranormale bezigheden van de drie vrouwen en hebben bijna genoeg bewijzen verzameld om hen te arresteren.