Sono passati due mesi da quando Leo ha ucciso Gideon ed ora, l'Anziano, è ossessionato dalla possibilità che Barbas possa essere pericoloso per i suoi figli. Leo passa le sue giornate a cercarlo e non si fida più di nessuno, nemmeno degli altri Anziani. Barbas fa leva su questa sua paura e lo induce ad attaccare un Anziano. Phoebe e Paige cercano di distrarre Leo da questa sua ossessione e anche di far in modo che Piper non segreghi in casa i suoi figli per proteggerli dai pericoli esterni.

Le Halliwell devono salvare Lady Godiva, uscita da un libro con un incantesimo fatto da uno studente alla Scuola di Magia, da Lord Dyson prima della sua storica cavalcata. Phoebe intanto, in aspettativa dal lavoro, dubita che il suo sostituto Leslie possa dare consigli alle donne. Paige intanto cerca disperatamente di salvare la Scuola di Magia che rischia di chiudere. Alla fine dell'episodio le sorelle riportano Lady Godiva al suo tempo e Paige ottiene dagli Anziani il permesso di tenere aperta la Scuola ma deve essere lei a organizzarla e diventarne la preside.

Paige incontra Black Jack Cutting, un pirata del XVIII secolo alla ricerca della Fontana della Giovinezza, che rapisce streghe per rubar loro la giovinezza. Intanto Leslie cerca di uscire con Phoebe. Paige, cercando di salvare l'ultima strega catturata, viene colpita da una maledizione e invecchia in un lampo fino a diventare una donna anziana. Piper e Phoebe, per salvarla, fanno un patto col pirata: devono rubare un calice d'oro per attivare la Fontana della Giovinezza. Il pirata rompe il patto e il trio lo uccide e salvano Paige. Intanto l'ispettrice Sheridan e un federale, Brody, scoprono il loro segreto. Nel frattempo Phoebe e Leslie si baciano.

Tentando di bloccare il mezzodemone Sirk che uccide i suoi parenti umani per diventare un demone completo, Paige fa un incantesimo di protezione, con il quale involontariamente ferma ovunque ogni tipo di decesso. Ben presto si farà vivo l'Angelo della Morte, poiché Paige con il suo incantesimo ha bloccato la morte in tutto il mondo, sconvolgendo così il grande disegno. L'Angelo della Morte è quindi costretto a collaborare con il demone pur di annullare l'incantesimo di Paige, dopodiché recluta Piper per aiutarlo a ristabilire il Grande Disegno. Piper, spaventata dopo aver letto sulla lista delle prossime anime da prendere il nome di Phoebe, raccomanda alla sorella di non muoversi dalla scuola di magia, dove è al sicuro.

Mentre una strana luna blu appare nel cielo, alle sorelle Halliwell viene assegnato un nuovo Angelo Bianco, ma questo viene ucciso da strani demoni simili a pantere. Si viene a scoprire che questi demoni non sono altro che le sorelle, che si trasformano con la luna blu. Leo continua a sentire le presenza di un "nuovo potere". L'agente Brody si confida con Paige e lei scopre che lui le vuole contattare per il problema del "nuovo potere". Leslie se ne va e prima di partire lui e Phoebe confessano i loro sentimenti.

Un uomo scampa per un soffio ad un incendio. Brody scopre che ci sono state altre tre vittime di misteriosi incendi e che il responsabile è il demone Sarpedon, che cattura gli angeli custodi delle vittime per proteggersi dalle Incarnazioni, il "nuovo potere". Paige viene privata del suo Angelo Custode e quando va via per salvare Kyle Brody, il demone attacca e uccide Piper e Phoebe, ma viene eliminato a sua volta. Per salvare Piper e Phoebe, Leo diventa una Incarnazione e acquisisce il potere di resuscitare i morti.

Alla scuola di magia muore un insegnante mentre legge una lista di libri da lui banditi. Paige, che era presente, chiama Brody affinché l'aiuti nelle indagini, ma vengono entrambi risucchiati in un libro. Questo testo fu iniziato vent'anni prima da due studenti della scuola di magia ed è incompiuto. Paige e Brody si ritrovano così in un film anni '30 (in bianco e nero) inseguiti da gangster alla caccia del Falcone. Le sorelle li faranno uscire scrivendo il finale del libro. Kyle e Paige a fine puntata si baciano.

Leo rivela alle sorelle di essere un'Incarnazione. Appena Kyle, il fidanzato di Paige, che odia le Incarnazioni, lo scopre lancia una pozione contro Leo e quest'ultimo gli lancia un fulmine uccidendolo. Quando sta per morire Leo fa ritornare indietro il tempo prima di rivelare alle sorelle il suo segreto.

Leo riceve una visita dalle Incarnazioni che gli chiedono di proteggere un demone (Kira, la Veggente) al fine di convincere, con le sue premonizioni, le sorelle Halliwell ad allearsi con loro. Le streghe all'inizio sono molto restie a difendere Kyra da Zankou, uno dei demoni più potenti e più malvagi, ma poi decideranno di proteggerla. Kyra vuole diventare umana e Leo intercede per lei presso gli Anziani, per ottenere delle informazioni utili a combattere i demoni. Zankou viene liberato dalla sua prigione da un gruppo di demoni per contrastare le incarnazioni, intanto Paige e Brody hanno un incontro romantico: una cena a casa Halliwell. La Veggente rivela che Leo è una Incarnazione e aiuta Phoebe a vedere Utopia ovvero il futuro voluto dalle Incarnazioni. Questa visione di un mondo senza demoni inizia a convincere le sorelle sulla bontà delle Incarnazioni. Alla fine dell'episodio Zankou riesce ad uccidere Kyra.

Zankou, riportato in vita per eliminare le Incarnazioni, ritiene che la minaccia non siano le Incarnazioni, ma le Halliwell. Poiché Phoebe vuole mostrare a Piper come sarebbe il futuro di Utopia, le due sorelle decidono di fare un incantesimo per scambiarsi momentaneamente i poteri, in modo che Piper possa avere una premonizione; al momento dello scambio vengono però attaccate da Zankou, e i loro poteri vanno a finire in due innocenti, Denise e Ronnie. I due all'inizio decidono di usare i poteri per arricchirsi, ma quando Phoebe mostra a Ronnie la sua visione di un futuro senza il male, entrambi si convincono a restituire i poteri alle Halliwell. Intanto Brody, attraverso un viaggio nel tempo assieme a Paige, scopre che i suoi genitori sono stati uccisi dai demoni e non dalle Incarnazioni come credeva; tuttavia continua a non fidarsi delle Incarnazioni e prima di tornare nel presente prende una fiala di pozione per eliminarle.

Le Incarnazioni informano le Halliwell che per trasformare il mondo nella loro Utopia devono "addormentare" tutti per un paio d'ore, così da poter uccidere tutti i demoni rimasti. Quando le sorelle addormentano il mondo Zankou rapisce Kyle, che accetta di aiutarlo a fermare le Incarnazioni usando la pozione della paranoia su Piper, Phoebe e Paige. Durante la trasformazione Kyle usa la paranoia di Paige per attirare ed uccidere L'Incarnazione Beta, ma viene egli stesso ucciso nello scontro. Le Incarnazioni allora addormentano anche le sorelle per avere il loro potere. E Utopia ha così inizio.

Mentre le Halliwell si godono la trasformazione, Leo scopre che le Incarnazioni controllano il destino di ogni essere umano eliminando chiunque si comporti male. Leo cerca di fermarle e Zankou lo vuole aiutare, mentre cerca la ricetta egizia per la pozione per eliminare le Incarnazioni. Ma anche Leo viene eliminato e Phoebe riesce a far ricordare il dolore alle sorelle, un dolore che le Incarnazioni avevano soppresso. Le sorelle vanno quindi da Zankou e si alleano con lui per combattere contro le Incarnazioni. Lo convincono poi a tornare indietro nel tempo, prima che tutto iniziasse. E Utopia svanisce. Kyle diventa un angelo bianco.

Alla scuola di magia si presenta Drake, un ex demone, per occupare il posto di insegnante di letteratura. Per convincere le sorelle che non rappresenterebbe una minaccia per gli studenti se venisse assunto trasforma se stesso in Robin Hood e Phoebe nella sua Lady Marion. Lo stregone che fece diventare Drake umano, per ottenere i poteri di Drake, getta un incantesimo su di lui in modo che creda di essere davvero Robin Hood e che Phoebe sia veramente la sua Marion. In seguito prende in ostaggio John Norman. Alla fine lo stregone viene eliminato e Drake confessa a Phoebe che, per via del patto con lo stregone, gli rimangono solo due settimane di vita. Intanto, Piper è preoccupata perché Leo dovrà affrontare gli Anziani e la punizione che gli sarà inferta per via della sua unione alle Incarnazioni.

Darryl teme che un suo amico sia posseduto e Phoebe, Paige e Drake, investigando, scoprono che l'amico di Morris è davvero posseduto da un uomo che lavorava in un cabaret distrutto da un incendio nel 1899. Le anime delle persone morte nell'incendio sono tenute prigioniere per via di un patto che il proprietario, il Conte Roget, fece col demone Sargon già eliminato dalle Halliwell. Con un incantesimo, Phoebe e Drake tornano nel cabaret per cercare di liberare le anime, ma rischiano di rimanere intrappolati nel 1899 perché il Conte Roget si impossessa del corpo di Drake. L'epoca moderna spaventa il Conte Roget e in questo modo le sorelle possono mandare all'Inferno il Conte e liberare le altre anime e riportare Drake al presente.

Mentre Piper e Paige danno la caccia a un gruppo di demoni-spina, uno dei quali ferisce Piper a una mano, per Leo arriva il momento di affrontare il giudizio degli Anziani, che devono decidere se perdonarlo o punirlo per aver appoggiato l'utopia delle Incarnazioni. Nell'incontro, Essi ammettono la loro parte di colpa, per via della faccenda di Gideon; ma impongono a Leo una difficile prova: privarlo della memoria e spedirlo lontano da San Francisco come uomo in carne e ossa. La prova consiste nel testare il suo amore per Piper, costringendolo a fare una scelta tra la vita di Anziano e quella di padre-marito-cognato: se Leo riuscirà a ritrovare Piper nonostante la lontananza e la perdita della memoria, ciò sarà il segno che il loro amore è superiore a ogni elezione dall'alto; in caso contrario, dovrà tornare ad essere un Anziano a tempo pieno.

Dopo che Leo è diventato mortale, Wyatt "imprigiona" lui e Piper nella casa delle bambole in soffitta con l'intento di proteggere i genitori. Zankou approfitta di ciò per impossessarsi della casa e tentare di assorbire il potere del Nesso in cantina mentre Phoebe e Paige cercano Piper e Leo. Zankou cattura anche le altre due Halliwell e le costringe, insieme a Piper, a liberare il Nesso ma esso, non sapendo decidere tra il Potere del Trio e quello di Zankou, entra nell'unica entità imparziale: Leo. Leo usa il potere del Nesso per liberare Casa Halliwell dai demoni e, una volta fatto, le Halliwell rispediscono il potere del Nesso in cantina. Alla fine dell'episodio Piper e Phoebe convincono Leo a diventare il nuovo preside della scuola di magia prendendo il posto di Paige così facendo ella si può dedicare maggiormente alla sua vita mentre per Leo, può diventarne un nuovo incarico.

Il mitologico Vaso di Pandora, il vaso contenente tutti i mali del mondo, è stato rubato dal demone Katya. Mentre Paige è intrappolata in un ascensore, Piper e Phoebe cercano Hope, la nuova custode del vaso, poiché essa è l'unica che può rimettere nel vaso i Mali che Katya ha liberato. Alla fine le Halliwell restituiscono a Hope il vaso ed eliminano Katya.

Il demone Imara grazie ad una ciocca di capelli di Phoebe pronuncia un incantesimo e l'anima sua e quella di Phoebe si scambiano e Imara cerca di assumere il controllo del mondo sotterraneo uccidendo i tre luogotenenti di Zankou con i poteri di Phoebe. Piper e Paige si accorgono di questo e, grazie all'aiuto di Mitchell Haines (il primo protetto di Paige), riportano Phoebe nel suo corpo ed eliminano Imara. Leo, intanto, inizia a lavorare come preside alla Scuola di Magia e Phoebe ritorna all'università.

Il piccolo Wyatt ha un nuovo amico immaginario di nome Vicus che in realtà è un demone che cerca di portarlo dalla parte del male. Piper, inavvertitamente, porta indietro dal futuro il Wyatt venticinquenne e quando Vicus lancia una maledizione sul piccolo Wyatt il grande Wyatt diventa malvagio e rapisce se stesso in modo che le Halliwell non lo facciano ritornare al bene. Tutto si sistemerà e Wyatt tornerà ad essere buono.

Non riuscendo a impossessarsi del Libro delle Ombre, che sfugge a ogni tentativo di contatto, Zankou decide di mirare direttamente al segreto del suo potere: il rapporto di interdipendenza che lo lega alle sorelle. Infatti indebolendo la fiducia delle Halliwell in se stesse e nella loro magia, anche le difese del Libro ne risulterebbero abbassate. Zankou interferisce quindi nella vita del Trio causando la morte di un collega di Phoebe all'università e di una giovane protetta di Paige, e alimentando in loro un lacerante senso di colpa, reso ancora più amaro dai pesanti sospetti dell'ispettrice Sheridan che sorveglia Morris ventiquattro ore al giorno per arrivare al Trio.

Rifugiatesi nella Scuola di Magia, le sorelle cercano di non farsi prendere dal panico per la perdita del Libro, ma intuiscono lo scopo dell'ennesimo attacco di Zankou: accedere al Nesso; assorbendo quell'immenso potere, il demone potrebbe infatti eguagliare la forza del Trio ed eliminarlo. Nel frattempo i servizi segreti che indagano sulle Halliwell hanno messo a punto uno stretto piano di controllo, con l'ispettrice Sheridan continuamente agguerrita e desiderosa di sbattere in cella le ragazze, per cui difendersi diventa ancora più complicato. Zankou s'installa nella villa con la sua folta schiera di demoni, che iniziano a scavare nel pavimento della cantina; quando cerca di assimilare il Nesso, però, questo sfugge in quanto il potere di Zankou non è abbastanza forte da contenerlo, al che il demone intuisce che l'unico modo per farlo proprio è impossessarsi dei tre poteri individuali delle Halliwell.