Ondanks Leo’s verdwijning is Piper opmerkelijk goedgeluimd. Dit doet bij Paige het vermoeden rijzen dat hij het geheugen van haar zus gemanipuleerd heeft. Wanneer Paige deze spreuk ongedaan wil maken, wordt ze echter geconfronteerd met een onverwacht effect: Piper kan zich plots niets meer herinneren. Enkel wanneer de zussen Leo vinden, kan hier verandering in gebracht worden. Ze ontdekken dat Leo vastgehouden wordt op Valhalla, een mythisch eiland dat geregeerd wordt door vrouwelijke krijgers. Chris, de nieuwe Witte Lichter van het trio, probeert zijn aandeel in de verdwijning te verdoezelen door de vrouwen te helpen met hun vermomming. Ondertussen ontdekt Phoebe dat ze een nieuwe gave heeft. Ze weet nu precies wat de mensen in haar omgeving voelen.

Leo vertelt Paige en Phoebe de waarheid over Chris. Hij was namelijk reden waarom hij gedurende vijf weken op Valhalla gevangen zat. De zussen willen hem echter niet geloven. Hun belangrijkste zorg is het terughalen van Piper, die vrijwillig is achtergebleven op het eiland. Phoebe ziet een interessante mogelijkheid in haar nieuwe gave, die hen in staat stelt Piper terug te halen. Hiervoor moeten ze wel zo dicht mogelijk bij hun zus geraken en dat is gemakkelijker gezegd dan gedaan. Ondertussen zijn drie krijgers de heksen gevolgd naar San Francisco. Ze denken dat de ultieme strijd tussen goed en kwaad is uitgebroken, waardoor ze heel wat problemen in de stad veroorzaken.

Wanneer Wyatt, het zoontje van Piper en Leo, per ongeluk een draak tot leven brengt, komen de Cleaners, een neutrale groepering die voorkomt dat de waarheid over magie onthuld wordt, het kind weghalen. Ze wissen bovendien het geheugen van de drie zussen en ze vernietigen alle bewijzen van Wyatts bestaan. Piper, Phoebe en Paige beseffen dat er iets mis is, maar ze kunnen zich niets meer herinneren. Ze besluiten een toverformule te schrijven die hun geheugen moet opfrissen. Die spreuk heeft echter niet het verhoopte effect.

Wanneer drie blonde zussen met duistere krachten de magie en identiteit stelen van de Haliwell-zusjes, moeten Phoebe, Paige en Piper een manier vinden om Chris duidelijk te maken wat er gaande is. Dat is niet eenvoudig, aangezien niemand hen nog herkent en ze hun krachten niet meer kunnen gebruiken. Ondertussen ontdekt Paige dat magie altijd een onderdeel van haar leven zal zijn, welke job ze ook uitoefent. Leo gaat verder op zoek naar de persoon die hem naar het eiland van Valhalla heeft gestuurd.

Paige raakt verstrikt in een jarenlange vete tussen twee heksenfamilies, de Montana’s en de Callaways. Ze wil beide partijen rond de tafel krijgen om tot een wapenstilstand te komen, maar de vijandelijkheden breiden zich nog verder uit, wanneer blijkt dat de onlangs overleden Olivia Callaway vermoord werd door de broer van haar verloofde, Richard Montana. De wraakzuchtige geest van Olivia wil het hiernamaals delen met Richard en ze neemt het lichaam van Paige over om dit doel te bereiken.

Chris is ongerust dat Phoebe, Piper en Paige hun privé-leven verkiezen boven hun taak als heks. Hun dagelijkse bezigheden zorgen er ook voor dat de zussen steeds verder uit elkaar groeien. Chris wil hen een lesje leren door de demon Gith op te roepen. Die creëert een alternatieve realiteit op basis van de verlangens van de vrouwen. Wanneer hun diepste wensen dodelijk blijken te zijn, moeten ze hun krachten verenigen om Gith te vernietigen en te ontsnappen uit de irreële wereld. Ondertussen regelt Leo een hoorzitting met de Raad van de Ouderen. Hij wil bewijzen dat Chris een gevaar is voor de Charmed-zusjes.

De Vrouw van Het Meer roept de hulp in van Phoebe, Piper en Paige om Excalibur te beschermen, het legendarische zwaard dat vastzit in een steen. Tal van magische wezens proberen beslag te leggen op het wapen, maar het is uiteindelijk Piper die Excalibur uit de steen kan trekken. Hierdoor komt de mysterieuze Mordaunt tevoorschijn, die zich voorstelt als de leraar van het zwaard. Hij wil de nieuwe koningin dienen door haar te leren omgaan met Excalibur. In werkelijkheid gebruikt hij de goedgelovigheid van Piper echter om zelf aanspraak te maken op het wapen en zijn krachten.

Nadat Paige, Phoebe en Piper afrekenen met een Manticore-demon, ontdekken ze dat de duistere geest een baby achterlaat, die half mens, half demon is. Chris dringt er bij de zussen op aan het kind te doen verdwijnen maar hun moedergevoel steekt hier een stokje voor. De baby is immers nog te klein om een gevaar te vormen. Ze zijn er bovendien van overtuigd dat de kwaadaardigheid van de jongen bepaald wordt door zijn opvoeding. Ondertussen begeeft Phoebe zich op glad ijs, wanneer ze plots de diepste gevoelens van Jason verklapt.

Chris krijgt bezoek uit de toekomst: zijn verloofde Bianca wil hem overtuigen terug te keren. De Witte Lichter weigert echter: hij wil bij Wyatt blijven om ervoor te zorgen dat hij hem kan behoeden voor het kwade. Zijn antwoord valt niet in goede aarde bij zijn vriendin, die zijn krachten wegneemt en hem dwingt de tijdreis te maken. De Charmed-zussen moeten machteloos toekijken. Een toverspreuk van Bianca heeft hen immers stevig in zijn greep. Bovendien weten de heksen niet hoe ze de sprong naar de toekomst kunnen maken om Chris ter hulp te snellen.

Wanneer Paige de oude laarzen van haar grootmoeder aantrekt, wordt ze teruggeflitst naar de jaren zestig. Ze komt terecht in een tijdperk van vrije liefde en vrije magie. Haar geluk kan niet op wanneer ze haar grootmoeder ontmoet, een vredelievende hippie die de duistere krachten van het kwade wil bestrijden met liefde. Piper en Phoebe reizen hun zus achterna, om ervoor te zorgen dat Paige het verleden niet verandert. Ook moeten ze waakzaam toekijken dat hun oma haar lot niet ontsnapt. Anders kan de familiegeschiedenis ernstig verstoord worden. Ondertussen hebben Leo, Chris en de geest van hun oma de handen vol in het heden: zij bestrijden een hardnekkige, slijmerige demon die het huis is binnengedrongen.

Nadat Piper een onbekende demon in Wyatts kamer vernietigt, neemt ze een beslissing die haar leven voorgoed zal veranderen. Ze geeft haar zoektocht naar een man op, om meer aandacht te kunnen besteden aan haar zoontje. Phoebe en Paige broeden echter op een plan om hun zus op andere ideeën te brengen. Ze verenigen hun krachten om de ideale man te scheppen, die Piper op haar verjaardag zal verwennen. Ondertussen maakt Chris gebruik van de invloed die deze ware Jacob op de Halliwells heeft. Hij wil hen overtuigen de bovennatuurlijke krachten van Wyatt te beperken, zodat het zoontje van Leo en Piper zijn magie later niet ten dienste stelt van het kwade. Dit betekent echter ook dat Wyatt zichzelf niet meer kan beschermen tegen kwaadaardige demonen.

Phoebe en Jason zijn al vijftien maanden een koppel. Paige vindt dat de tijd is aangebroken om de vriend van haar zus de waarheid te vertellen over hun magische krachten. Phoebe twijfelt echter: zij vindt het nog veel te vroeg. Wanneer Jason hun magie per toeval ontdekt, voelt hij zich verraden en wil hij niks meer te maken hebben met zijn vriendin en haar hekserij. Ondertussen spreekt Richard een spreuk uit die hem moet verlossen van het slechte karma van zijn voorouders. Er gaat echter iets mis, waardoor de geest van Mata Hari, een dubbelagente en stripteaseuse uit de Eerste Wereldoorlog, zich nestelt in het lichaam van Phoebe. Daarnaast hebben Paige en Piper alle moeite van de wereld om komaf te maken met de Swarm Demons, de laatste belangrijke demongroepering op het lijstje van Chris.

Wanneer de magieschool geteisterd wordt door een gevaarlijke, donkere ruiter zonder hoofd, roept Leo’s oude leraar Gideon de hulp in van de Haliwell-zusjes. De geest heeft het gemunt op de hoofden van de leerkrachten, die het probleem zelf niet de baas kunnen. Terwijl Piper en Paige onderzoeken welke leerling verantwoordelijk is voor het oproepen van de ruiter, wordt Phoebe door een jonge sjamaan aangespoord om een persoonlijke, spirituele ontdekkingstocht te maken. Tijdens dit visioen wordt ze geconfronteerd met haar grootste angsten en doet ze een verrassende ontdekking over de ware identiteit van Chris.

Phoebe staat aan de grond genageld wanneer ze ontdekt dat Chris eigenlijk de jongste zoon is van Piper en Leo. Ze houdt haar twee zussen voorlopig in het ongewisse over deze nieuwe informatie. Samen met de jonge Witte Lichter gaat ze op zoek naar een manier om Piper en Leo snel terug samen te krijgen, zodat het verloop van de geschiedenis niet wijzigt en Chris op tijd verwekt kan worden. Ondertussen moeten de Charmed-zussen afrekenen met een sluwe geest uit een magische fles. Phoebe laat zich vangen om drie wensen te doen, waardoor ze zelf in de fles terechtkomt. Richard heeft het gevoel dat hij Paige aan het verliezen is en hij besluit van de gelegenheid gebruik te maken om zijn wensen in vervulling te doen gaan.

Een Duisterelichter heeft het gemunt op het leven van Leo. Tijdens zijn aanval stuurt hij Leo samen met Piper naar een tussenwereld voor geesten, waardoor Phoebe en Paige denken dat ze dood zijn. In deze wereld kunnen ze onmogelijk met elkaar communiceren. Toch heeft Phoebe een sterk gevoel dat het nog niet te laat is om hen te redden. De zussen roepen de hulp in van Gideon, een Oudere die lesgeeft aan de magieschool. Ondertussen raakt de tijd stilaan op voor Chris: hij begint al te vervagen en hij krijgt het bezoek van een Engel des Doods, die hem moet begeleiden naar het hiernamaals...

Terwijl Phoebe zich klaarmaakt om naar een reünie van haar middelbare school te gaan, tovert ze zichzelf per ongeluk om in een tiener, waardoor ze ook gaat denken en handelen als een zestienjarige. Op het feest raakt ze opnieuw aan de praat met haar oude vrienden, waarmee ze destijds heel wat kattenkwaad uithaalde. Ondertussen doet Piper een beroep op haar vader om uit te vissen waarom Chris haar negeert. Ze ontdekt dat een droevige gebeurtenis uit de toekomst aan de oorzaak ligt van zijn gedrag. Chris wil niemand echter vertellen wat er de familie Haliwell precies te wachten staat.

Piper is het doelwit van de Spider Demon, een geest die elke eeuw naar de aarde terugkeert om zich te voeden met een krachtig magisch wezen. Chris probeert zijn moeder te beschermen voor de aanval maar hij wordt geïnfecteerd door het gif van de spin. Hierdoor kant hij zich tegen de Haliwells en ontvoert hij Piper naar de schuilplaats van zijn meesteres. Paige en Phoebe zien geen andere oplossing dan Leo om hulp te roepen. Dit betekent wel dat ze hem moeten vertellen dat Piper opnieuw zwanger is. Dit nieuws komt als een grote schok aan bij de voormalige Witte Lichter.

Wanneer de magische krachten van Phoebe en Paige op video worden vastgelegd door een agente uit de politiebrigade van Darryl, moeten de Cleaners de sporen van hun interventie uitwissen. Ze doen dit door Darryl te laten opdraaien voor de dood van een bezeten misdadiger. De zussen willen deze beslissing ongedaan maken door hun zaak te bepleiten bij een rechtbank van demonen en Ouderen. Daar worden ze echter geconfronteerd met hun grootste vijand Barbas, die de rol van aanklager bekleedt. De demon maakt de zaak nog belangrijker: hij trekt de capaciteiten van de Charmed-zussen in twijfel door een reeks van misgelopen, magische gebeurtenissen aan de raad voor te leggen.

Aangezien Piper in de magieschool verblijft en Phoebe geen actieve krachten meer bezit, moet Paige voor al het werk opdraaien. Om de stress een beetje verzachten, roept ze haar ware Jacob op. Ze weet echter niet dat ze hiermee ook zijn slechte tweelingsbroer tot leven wekt. Die slaagt erin de duistere verlangens van de heks te gebruiken om haar te verleiden. Ondertussen wordt Chris gearresteerd voor het stelen van een wagen. In het verleden konden de Halliwells rekenen op de medewerking van hun vriend Darryl maar die weigert hen voortaan te helpen. Hij wil liever niets meer met hun magische praktijken te maken hebben.

Magieleraar Gideon vreest dat de Charmed-zussen hem zullen ontmaskeren en hij gooit het op een akkoordje met twee demonen, die de reality-show Witch Wars op touw hebben gezet. In dit tv-programma maken demonen jacht op heksen en hun magische krachten. Gideon kan de makers van Witch Wars ervan overtuigen de strijd aan te binden met de Halliwells, zodat de drie zussen afgeleid worden van zijn duistere bedoelingen. Chris vertelt zijn familieleden dat de tijd dringt om uit te zoeken wie het gemunt heeft op Wyatt. Zijn oproep valt niet in dovemansoren. Phoebe heeft nog steeds geen magische krachten, maar ze voert een intensief onderzoek op basis van professionele politietechnieken.

Chris moet voor zijn geboorte in het heden terug naar de toekomst zien te geraken. Leo wil zeker zijn dat zijn zoon in de juiste tijdsperiode belandt en hij staat erop om mee te gaan. Gideon doet alsof hij het duo helpt door een tijdsportaal te creëren. Hij stuurt hen echter naar de omgekeerde dimensie, waar iedereen van nature kwaadaardig is. Phoebe en Paige reizen Leo en Chris achterna, maar al gauw worden ze geconfronteerd met hun slechte en gevaarlijke tweelingzussen. Ondertussen breekt voor Piper het moment van de bevalling aan. Hierdoor kan Gideon haar andere zoon Wyatt ongestoord elimineren.

Tijdens de terugkeer naar hun eigen dimensie ontdekken Phoebe en Paige dat hun wereld nu te goedaardig is en dat elke inbreuk op de wet loodzwaar wordt bestraft. De onregelmatigheden binnen het universum hebben er bovendien voor gezorgd dat het geheugen van Piper werd gewist. Daardoor gelooft ze haar zussen niet wanneer zij beweren dat Gideon haar zoontje Wyatt probeert te vermoorden. Gideons kompaan Barbas gooit nog meer roet in het eten. Hij confronteert Piper en Leo met hun grootste angsten. Ondertussen neemt een moedige Chris het alleen op tegen Gideon, maar hij maakt geen schijn van een kans tegen de ervaren magieleraar.