Quelques semaines après la prise de pouvoir d'Allison Taylor. La Cellule Anti-Terroristes de Los Angeles a été démantelée pour violation des Droits de l'Homme. Ses principaux acteurs ont comparu devant une Commission Sénatoriale pour être jugés de leurs actes, et parmi ces membres de la CTU, il y'a Jack Bauer, qui a sillonné le monde ces 4 dernières années. Alors qu'il comparait devant le sénateur Mayer dans un tribunal de Washington DC, il est appelé par le FBI pour venir immédiatement à leurs bureaux. En effet, les transports aériens de la ville sont sous contrôle terroriste, et une des personnes apparemment derrière tout ça est une vieille connaissance de Jack... De son côté, un ingénieur, Michael Latham, est enlevé en pleine rue de DC par ses hommes cagoulés sous les yeux de sa fille adolescente, Emily.

Alors que la tour de contrôle de l'aéroport JFK à Washington demande à parler immédiatement au FBI après qu'ils se soient rendus compte qu'ils avaient perdu le contrôle des communications radios avec un avion, les équipes du FBI déployées autour du building Columbia recherche le sniper qui vient de tuer Gabriel Schecter, cerné dans l'immeuble, et l'ancien président Motobo a un entretien avec la présidente Taylor tandis que le mari de cette dernière va rencontrer Samantha Roth, l'ancienne petite-ami de Roger Taylor, tué il y'a plusieurs mois en s'étant apparemment suicidé.

Tony est ramené au siège du FBI pour interrogatoire alors qu'Alan Tanner, l'homme qui a 'conduit' Renee et Jack au bateau où se trouvait Tony et Masters, a été blessé par balle sur le pont quelques minutes plus tôt et doit être emmené d'urgence à l'hôpital. Alors qu'Henry Taylor est ramené à la Maison-Blanche, il apprend par Ethan Kanin que son fils se serait suicidé à cause d'un blanchissement d'argent, il se serait fait repéré et n'aurait pas supporté de devoir répondre de ça. Henry reste malgré tout suspicieux et ne croit toujours pas au suicide pour une raison de la sorte.

Après leur spectaculaire échappée du siège du FBI, Jack et Tony, accompagnés de Bill Buchanan, se rendent à l'endroit où Bill et Chloé travaillent. Jack demande de sérieuses explications sur certaines questions comme le fait que Tony est vivant et pourquoi ce dernier ne travaille-t-il pas pour Dubaku comme le FBI le croit. De son côté, Henry Taylor se rend à un rendez-vous fixé par Samantha Roth, au sujet du suicide de son fils. Il a désormais la confirmation que ce n'en est pas un et que son meurtre fait partie d'une conspiration, au sein même du Gouvernement, liée aux évenements au Sangala...

Bauer et Almeida ont aidé à kidnapper Matobo et son épouse pour remonter jusqu'à Dubaku et au module. Ils ont dû sacrifier en route l'agent Walker, pour rassurer Emerson sur leur entière coopération. Dubaku, de son côté, apprend que la Président Taylor n'a toujours retiré ses troupes. Le temps est venu de faire une démonstration de force...

La Présidence n'ayant toujours pas accédé à sa demande, Dubaku prépare une nouvelle attaque sur le territoire américain. Jack et ses anciens complices de la CAT suivent la trace des Matobo, livrés à Dubaku. Ils espèrent ainsi remonter la filière et arrêter le massacre...

Ignorant que son époux est tombé entre les mains de Dubaku, la Présidente Taylor fait une déclaration publique assurant au peuple américian qu'elle ne cèdera pas aux pressions des terroristes. Jack, Bill, Renée et Matobo se rendent à la Maison-Blanche pour convaincre la Présidente d'unir leurs forces afin de neutraliser Dubaku...

Pris au piège, Dubaku se prépare à quitter le pays. La Présidente Taylor est informée du déroulement des derniers événements. En dépit d'une invasion militaire à gérer et de taupes infiltrées au sein des services secrets, elle décide de prendre le risque de se rendre à l'hôpital au chevet de son époux...

La fuite de Dubaku n´aura pas duré longtemps après qu´il ait décidé d´emmener, malgré tout, sa copine avec lui. Jack et Renée sont à ses trousses. Les taupes au sein du FBI sont démasquées lorsque les talents de décryptage de Chloé sont mis à l´épreuve par Sean, qui tente de sauver sa peau coûte que coûte.

Dubaku ayant échoué dans sa mission, c'est son boss, le général Juma lui-même, qui décide de prendre les choses en main. Ce dernier est à Washington avec une troupe de soldats... De son côté Jack suit la piste de Tony et avec l'aide de Chloé, il se rend à la maison blanche pour interroger le suspect...

Renee Walker sait désormais que la cible est la maison blanche, mais elle est poursuivie par le fils de Dubaku... Elle n'a ni arme, ni téléphone. L'opération de Jack est un échec, ce dernier est en état d'arrestation. Les terroristes s'infiltrent dans la maison blanche... Renee parvient finalement à prévenir le FBI qui alerte immédiatement les services secrets...

La vie de sa fille étant menacée, la Présidente Taylor se rend entre les mains de Juma. Celui-ci veut l'obliger à faire une déclaration publique rendant responsables les Etats-Unis d'actes criminels au Sangala...

Jack est poursuivi par le FBI, il se rend avec l'aide de Renée chez le sénateur Mayer pour essayer de trouver qui a aidé Juma. Ce qui va entraîner l'arrestation de Renée et un sort dramatique pour le Sénateur.

Jack, avec l'aide de Tony tente de trouver l'arme biologique alors qu'il est toujours traqué par toutes les agences fédérales. Mais de nouveaux éléments vont aider Larry à croire de plus en plus en l'innocence de Jack. Pendant ce temps, Ethan Kanin remets sa démission au Président Taylor...

Tony est aidé par Greg Seaton,le bras droit de Hodges, contre son immunité présidentielle il va indiquer l'endroit où sont cachées les armes biologiques. Jack a bel et bien été infecté . A la maison blanche Olivia Taylor remplace provisoirement Ethan Kanin.

Alors que Jack est avec Renée au FBI aidant Tony à s'infiltrer dans les locaux de l'ennemi. A la Maison Blanche, la riposte se met en place avec L'agent Moss, tandis qu'Olivia s'éclipse en pleine crise...

Jack arrive à convaincre la Présidente qu'il faut faire exploser la base de Starkwood, Tony resté sur les lieux va réussir à détruire le site. Mais un homme va réussir à s'échapper avec une capsule contenant l'agent pathogène. Pendant ce temps là, Kim Bauer arrive au siège du FBI...

La santé de Jack se dégrade toujours, Mais il va s'entêter à repartir sur le terrain contre l'avis de Renee pour découvrir qui est responsable des derniers évènements qui a refroidi le FBI et la maisn Blanche...

Jonas Hodges est en soins intensifs et survéillé au FBI. JAck va avoir l'autorisation de la Présidente de l'interroger et passer un marché. Tony Almeida Tente de Convaincre ses employeurs qu'il faut mettre en place une nouvelle attaque sans plus attendre.

Jack révèle à Chloé qu'il est condamné, Malgré le peu de temps qu'il lui reste il préfère s'acharner à retrouver Tony, Renee va lui laisser le commandement des opérations. Pendant ce temps à la Maison Blanche Olivia commandite l'assassinat de Jonas Hodges...

Tony finalise les derniers détails de l'attentat dans la métro, Kim est à l'aéroport attendant son avion, mais elle se sent surveillée, Janis et Cloé vont parvenir à localiser Tony malgré la tension montante entre elles, Jack finira par réussir à contacter Jibraan dans le métro...

Jack n'a pas d'autres choix que d'aider Tony à s'échapper mais il informe tout de même Renee des raisons de sa trahison. Lui et Tony échappent au FBI et Jack est prit en otage : comme il a été infecté par l'arme biologique, l'agent pathogène peut être recréé à partir de lui. A l'aéroport, Kim commence à douter du couple avec qui elle a fait connaissance. Renee parvient à la contacter pour la mettre en garde. Ethan Kanin récupère l'enregistrement audio prouvant la participation d'Olivia dans la mort de Jonas Hodges. Olivia essaie de détruire l'enregistrement mais Ethan réussi à l'échanger contre une copie vierge. De retour à l'aéroport, les agents du FBI sont sur le point de sauver Kim et d'arrêter les complices de Tony. L'homme parvient à s'échapper mais est poursuivit par Kim qui transmet sa position au FBI et sauve l'ordinateur portable qu'il a utilisé pour la surveiller. Chloé, Kim et Renee se servent de l'ordinateur pour localiser Cara Bowden. Tony continu de négocier sa monté en grade avec l'un des principaux conspirateurs en révélant son plan pour lancer une nouvelle attaque biologique. Willson accepte avec réticence une rencontre face à face avec Tony. Jack parvient à échapper au médecin qui essai d'extraire l'agent pathogène de son corps.

Afin de localiser Jack, Chloé essaie de remonter à la source des communications reçues par l'ordinateur portable du complice de Tony. Pendant ce temps, Jack se cache dans un garage et tente de s'échapper, ou à défaut, de s'immoler pour empêcher Tony d'utiliser son corps pour recréer l'agent pathogène. Tony parvient à recapturer Jack. A la Maison Blanche, Ethan révèle à Olivia qu'elle n'a pas détruit le vrai enregistrement audio. Supporté par l'agent Pierce, Ethan donne la possibilité à Olivia d'avouer la vérité à sa mère. Alan Wilson, le mystérieux instigateur du complot et responsable de la mort de Michelle Dessler, accepte de rencontrer Tony. Tony révèle à Jack que son plan a toujours été de venger la mort de sa femme. Alors que Wilson arrive sur les lieux du rendez-vous, le FBI envahit le complexe. Cara et Wilson parviennent à s'échapper mais Tony les rattrape. Il tue Cara mais l'arrivé de Jack et Renee l'empêche d'exécuter Wilson. Wilson est placé en garde à vue mais nie toute participation au complot. A la Maison Blanche, Olivia se confesse à ses parents. En tant que présidente des États-Unis, la Présidente Taylor décide qu'elle ne peut pas dissimuler les actions de sa fille. L'état de santé de Jack se détériore rapidement mais il accepte son sort. Cependant, Kim n'est pas prête à laisser son père mourir et se soumet à la procédure du traitement par cellule-souche.