שנה לאחר אירועי העונה הקודמת, ג'ק באוור שנחשב כמת, חי תחת זהות בדויה עם חברתו ובנה. השלווה מהר מאד מתפוגגת כששורת אירועי התנקשות מתרחשת בסמוך למועד חתימת הסכם פירוק נשק גרעיני בין ארה"ב לרוסיה.

לאחר אירוע ההתנקשות בחייו של פאלמר, ג'ק הופך לחשוד העיקרי. כדי למצוא ראיות מנסה ג'ק להסתנן לביתו של פאלמר ונתפס על ידי ויין, שמשתכנע שג'ק לא אשם. בינתיים, בזמן הגעת הנשיא הרוסי, העניינים יוצאים משליטה.

הטרוריסטים חושפים את ג'ק ומורים לו לשנות את מערך התקיפה של לוט"ר, אך ג'ק מנסה להעביר מסר לחבריו ביחידה ולידע אותם שהוא פועל תחת לחץ. בינתיים, מרתה מנסה לספר לבעלה על ההוכחות לשיחתה עם פאלמר, אך וולט מפריע לה.

קלואי מתריעה על פעילות חשודה של אחד העובדים. ג'ק חוקר את המקרה ומגלה חפרפרת. במקביל, מרתה נשלחת לאשפוז אבל נעלמת, ולוט"ר מגלים שמצבור של גז עצבים הועבר מהנגר בשדה התעופה.

כדי לאתר את גז העצבים במהירות, ג'ק מגייס את עזרתו של מייק נוביק כדי להשיג מידע מפליל על וולט קאמינגס. במקביל, ביוקאנן מתעמת עם לין בנוגע להפרת הוראותיו של הנשיא בזמן שהרוסים מנסים להימלט עם הגז.

ג'ק מאתר את מיקומו של אדם שיש לו קשר לטרוריסטים ולוגן נאלץ להעניק לו חסינות בתמורה למידע על מקום הימצאם. בינתיים, קלואי מחזירה זמנית את ספנסר לתפקידו, וג'ק מגיע אל רוסלר, שאמור לתכנת מחדש את מנגנוני הנפץ של פחיות הגז.

ג'ק מתחזה לרוסלר ומוסר לטרוריסטים שבב שמותקן עליו מכשיר איתור, אך העניינים משתבשים כשהטרוריסטים מפזרים פחית גז בקניון הומה אדם.

הדרמה מגיעה לעיצומה כשהטרוריסטים דורשים לדעת את הנתיב המדויק של רכב הנשיא סוברוב או שהם ישחררו את הגז בארה"ב. הנשיא לוגן נוטה להיכנע לדרישותיהם, אך מרתה מתנגדת ומוכנה להקריב את עצמה.

לוגן מגלה היכן מרתה ומנסה לשכנע אותה לסגת מהחלטתה לפני שההתקפה מתרחשת. בינתיים, ג'ק יוצא לחקור את אחד הבכירים בחברת אומיקרון שעבד בעבר בלוט"ר ונחשד במכירת סודות מדינה.

ג'ק חוקר את אשתו של הנדרסון בנוגע לקשריו של בעלה עם הטרוריסטים. במקביל, בלוט"ר מגלים שהוטמנה פחית גז בבית חולים.

ג'ק מביא את הנדרסון לחקירה בלוט"ר. מייק פונה למרתה לעזרה בזמן שלוגן עומד בפני לחץ מצד סגן הנשיא להכריז על משטר צבאי בלוס אנג'לס. לין מחבר את חלקי הפאזל ומבין כי גניבת הכרטיס שלו קשורה לתקיפת מטה היחידה.

ג'ק ולין חייבים לפעול כשמתברר שגז העצבים חודר למרכז הפיקוד של הלוט"ר ומאיים על הניצולים. קלואי עושה מאמצים לפזר את הגז באמצעות שליטה במערכת האוורור, ובמקביל המחלקה לביטחון פנים מתכננת להשתלט על לוט"ר.

ג'ק מנהל משא ומתן עם סוכן ביון גרמני כדי להגיע אל אישה שמכרה מידע לביירקו. בינתיים, ביוקאנן מנסה למנוע מהמחלקה לביטחון פנים להשתלט על לוט"ר, ואהרון מבקש לתאם פגישה חשאית עם ויין פאלמר.

ג'ק חוקר את אודרי כשהראיות מראות על כך שייתכן והיא קשורה לטרוריסטים. ויין ופירס חומקים מחבורת חמושים שקיבלו הוראה מהנדרסון לחסל אותם. ביירקו ואנשיו משתלטים על מפעל גז במטרה להפיץ את הגז.

ג'ק ו-ויין מאתרים את המקור בממשלתו של לוגן שמחזיק במידע על ההתנקשות בחייו של דיוויד פאלמר. העניינים מסתבכים כשהנדרסון עומד בדרכם. בינתיים, המחלקה לביטחון פנים משתלטת על לוט"ר ומעמידה את אודרי בפני בחירה לא פשוטה.

ויין וג'ק משיגים ראיה המקשרת את הנשיא לוגן לטרוריסטים, אך הנדרסון מנסה לעכב אותם. לוגן מנסה לטשטש את עקבותיו ומורה למחלקה לביטחון פנים להוציא צו מעצר נגד באוור. במקביל, אודרי פונה לאביה לעזרה וקלואי מסייעת לג'ק.

אודרי וג'ק משמיעים למזכיר המדינה הלר את ההקלטה בתקווה שהוא יעזור להם להפיל את לוגן, אך להלר יש תכניות משלו. קלואי מובילה לוט"ר בטעות למקום הימצאו של ג'ק. בינתיים, ביוקנאן מתעמת עם לין בזמן שהרוסים מתכוננים לברוח עם הגז.

ג'ק מצליח לתפוס את הנדרסון ומנסה להשיג ממנו את ההקלטה המפלילה, אך הנדרסון לא מוכן למסור אותה בקלות. לוגן מתוודה במעורבות שלו בהתנקשות הנשיא דיוויד פאלמר. מיילס מאתר את קלואי והייס חושד במניעיו של לוגן.

ג'ק מצליח להסתנן למטוס בו נמצאת ההקלטה ונעזר בקלואי שמנסה לגלות מי יכול להחזיק בהקלטה. בסופו של דבר מוצא עצמו ג'ק במשא ומתן עם טייס המטוס שמסרב לשתף איתו פעולה. בינתיים, נוביק חושש שמרתה מסתירה ממנו מידע.

ג'ק מחפש מקום בטוח להנחית את המטוס, בזמן שלוגן הורה ליירט אותו. בינתיים, קארן מתכוננת להעביר את ביירקו למתקן מאובטח, בעוד אודרי מקבלת חדשות טובות על אביה.

ביירקו מצליח לברוח ומחפש נקמה. ג'ק נאלץ לשתף פעולה עם הנדרסון בכדי למצוא את ביירקו, אך הנדרסון דורש תמורה לעזרתו. לוגן נוקט בצעדים דרסטיים כדי להשתיק את אהרון.

ג'ק והנדרסון מתקיפים את הצוללת, כשביירקו מתכונן לפתוח במתקפה על לוס אנג'לס. קלואי מגייסת מישהו מעברה כדי לסייע לה. מרתה ואהרון מגייסים את עזרתו של מייק בכדי לחשוף את לוגן.

בפרק סיום העונה, מרתה חושפת בפני העיתונות את שנאתה כלפי בעלה. ג'ק מנסה לעשות הכל כדי להוציא מלוגן וידוי על מעורבותו בהתנקשות הנשיא פאלמר. כשנראה שאירועי היום מאחוריו, מגלה ג'ק שהבעיות שלו רק מתחילות...