18 Monate sind seit den Ereignissen von Tag 4 vergangen. Mit Ausnahme von David Palmer, Tony Almeida, Michelle Dessler und Chloe O'Brian glaubt die Welt, dass Jack Bauer tot ist. Jack lebt in der Nähe von LA unter dem Namen Frank Flynn, arbeitet auf einer Bohrinsel und lebt mit Diane Huxley und ihrem Sohn Derek zusammen. In LA besucht David Palmer seinen Bruder Wayne, als er von einer Kugel eines Attentäters getötet wird. Während sich die CTU bemüht, mehr Informationen zu sammeln, tötet eine explodierende Autobombe Michelle und verletzt Tony. Chloe wird ebenfalls von einer unbekannten Gestalt verfolgt, aber sie entzieht sich ihm und schafft es, Jack um Hilfe zu bitten.

Jack ist zurück, doch nun ist er derjenige, der von der CTU verdächtigt wird David Palmer ermodet zu haben. Nicht nur die Suche nach dem wahren Mörder, sondern auch der Beweis seiner eigenen Unschuld stehen nun an erster Stelle für ihn und Chloe.

Das Geiseldrama am Ontario-Flughafen geht weiter und Lynn McGill übernimmt durch die Anordnung des Weißen Hauses das Kommando in der CTU. Während seines Dienstes fällt ihm auf, dass der letzte Anruf von Jack ein Notsignal enthielt, das codiert war. Durch dieses Signal sollten Curtis und die CTU gewarnt werden, woraufhin Lynn den Angriff in letzter Sekunde stoppt.

Walt Cummings hat den Auftrag gegeben, dass Jack Bauer ermordet werden soll. Dafür wird er in die CTU-Hauptzentrale gebracht. Den Terroristen ist derweil die Flucht vom Flughafen gelungen. Das Nervengas konnten sie ebenfalls in ihren Besitz bringen und damit planen sie nun einen Anschlag auf Moskau.

Bevor sie sich noch einmal unterhalten konnten, werden Jack und Novick verhaftet. Doch Jack schafft es den leitenden Secret-Service-Agenten davon zu überzegen, dass Walt Cummings in den Nervengasdiebstahl verwickelt ist. Somit kann er mit dem Präsidenten reden und droht Cummings Folter an, wenn er nicht gesteht.

Erwich gibt Rossler den Auftrag, den Fernzünder für die Giftgasbehälter scharf zu machen. Die CTU kann Rossler jedoch daran hindern. Jack droht ihm, jedoch zeigt sich Rossler nicht beeindruckt und stellt enorme Forderungen für eine Zusammenarbeit. McGill gibt Jack grünes Licht für die Forderungen und so wird ein Treffen zwischen Erwich und Rossler arrangiert.

Jack nimmt Rosslers Identität an und trifft sich mit den Terroristen, um ihnen den Chip für den Fernzünder zu übergeben. Alles scheint in Ordnung zu sein, doch dann wird Jack von den Terroristen entführt. Sie wollen einen der Giftgasbehälter testen – und das mitten in einem Einkaufszentrum.

Nathansons Leben ist in Gefahr, da die Terroristen ihn verfolgen. Jack will einen Deal vorschlagen, um ihn zu retten. Bierko hat sich derweil mit Präsident Logan in Verbindung gesetzt und will wissen, welche Route der russische Präsident zum Flughafen nimmt. Wenn Logan nicht kooperieren sollte, dann würde Bierko das Giftgas auf die amerikanische Bevölkerung loslassen.

Präsident Logan muss eine folgenschwere Entscheidung treffen: Wenn er seine Frau rettet, indem er dem Secret Service von dem geplanten Anschlag berichtet, muss er damit rechnen, dass Bierko die Nervengasbehälter sprengen und hunderttausende Unschuldige töten wird.

Jack, der Hendersons Falle entkommen konnte, will nun in dessen Haus Beweise sichern. Dabei greift er zu drastischen Mitteln, um an Computer-Passwort von Henderson zu kommen. Währenddessen ist es den Terroristen gelungen an eine CTU-Keycard zu gelangen.

Einer der Terroristen schafft es in die CTU-Zentrale einzudringen und kann so einen Nervengasbehälter im Lüftungssystem installieren. Jack entdeckt ihn und kann ihn töten, doch es ist schon zu spät für eine Evakuierung.

Jack und Andere konnten sich in abgesicherte Räume retten. Doch das Nervengas frisst sich durch die Abdichtungen und bedroht auch diese Bereiche. Ein Programm blockiert Chloes Versuche das Problem zu lösen. Lynn McGill ist der Einzige, der an den Computer kommt, um das Programm zu schließen. Als Tony erfährt, dass Henderson sich im Nebenraum befindet, will er sich an ihm rächen.

Während Henderson entkommen konnte, untersucht man bei der CTU seinen Computer. Jack und das TAC Team verfolgen die Spur einer Frau, die mit Bierko in Kontakt steht. Wayne Palmer ist auf dem Weg zu Aaron Pierce, doch sein Kommen bleibt nicht unbemerkt.

Collette Stenger nennt Audrey als ihre Kontaktperson. Jack glaubt ihr nicht, nimmt Audrey jedoch in Gewahrsam und verhört sie. Bierko und seine Männer treffen in einer Verteilerzentrale für Erdgas ein. Das Nervengas soll über die Leitungen zu den Haushalten geführt werden.

Karen Hayes und ihre Mitarbeiter übernehmen die CTU. Wayne kontaktiert Jack. Martha Logans Assistentin hat Beweise, die Davids wahren Mörder belasten. Ihre Tochter wird jedoch von Hendersons Leuten festgehalten. Jack vermutet, dass der Vizepräsident an den Ereignissen beteiligt ist.

Jack und Wayne verschaffen sich Zugang zu der Bank, in der Evelyn die Aufnahme versteckt hat. Audrey bittet ihren Vater um Hilfe. Präsident Logan ordnet einen Haftbefehl gegen Jack an. Er habe neue Beweise für Jacks Beteiligung an Palmers Tod.

Das Treffen mit Heller verläuft anders als erwartet. Henderson und seine Männer sind weiterhin hinter Jack und der Aufnahme her. Martha wird misstrauisch. Sie bittet Aaron Pierce um ein Gespräch, doch am Treffpunkt findet sie nur sein Handy.

Als Martha zu viele Fragen stellt, wird sie in einem Zimmer eingeschlossen. Charles gesteht ihr, dass er den Mörder von David kennt. Jack und Audrey verfolgen mit Chloes Hilfe Henderson. Er hat die Aufnahme jedoch nicht mehr bei sich.

Chloe versucht herauszufinden, an wen Henderson die Aufnahme übergeben hat. Jack sucht währenddessen im Flugzeug danach. Graham macht dem Präsidenten klar, was es für ihn bedeutet, sollte Jack die Aufnahme veröffentlichen.

Jack hat die Aufnahme und will sie zur CTU bringen. Logan plant, das Flugzeug abzuschießen, um das zu verhindern. Karen weiht Miles in ihre Arbeit mit Chloe und Buchanan ein. Miles wendet sich an den Präsidenten.

Bierko konnte während seinem Transport entkommen. Er plant einen weiteren Anschlag. Henderson soll helfen Bierkos Ziel ausfindig zu machen. Jack ist nicht begeistert. Sollte Henderson sich nicht an ihre Abmachung halten, hat er vor ihn zu erschießen.

Jack, Henderson und das TAC Team fahren zu Natalia um Bierko aufzuhalten. Es kommt zur entscheidenden Konfrontation zwischen Jack und Henderson. Jack beschließt, sich alleine um Logan zu kümmern und bittet Mike Novick um Hilfe.

Jack bringt Logan in eine verlassene Lagerhalle. Er fordert ihn auf, ein Geständnis abzulegen. Doch nicht nur Logan wird mit seinen Taten konfrontiert. Auch Jack wird von seiner Vergangenheit eingeholt.