前总统大卫帕尔默于早晨7点左右洛杉矶遭暗杀身亡了，美国总统洛根正准备会见俄国总理事务，与此同时两位ctu（反恐部）前探员遭袭（蜜雪儿代斯勒和托尼阿尔梅达）与帕尔默有关ctu探员克洛伊也受到威胁并被杀手追击，上一季中只有四个人知道杰克还活着现三个已经死了克洛伊最后剩下那一个情急之下克洛伊拨通了杰克电话们约洛杉矶见面不料克洛伊却被那些杀手跟踪杰克以敏捷身手抓住杀手并逼问其原因，原来前总统帕尔默这次主要目标其只个幌子这样可以陷害杰克让外人以为杰克干，杀手还提到那些杀帕尔默人目灭口为不能让说出某些事来，那到底帕尔默知道什么不可告人秘密呢。

ctu已经陷入坏人奸计当中们开始怀疑杰克杀了前总统大卫帕尔默，而杰克也开始着手调查到底谁下毒手想去帕尔默，被暗杀现场看看能不能找到什么线索克洛伊帮助下们开车来到帕尔默，被暗杀大楼停车场电脑显示这里汇聚着167个FBI杰克乘机扮成FBI潜入书房察看帕尔默的电脑正要打开一份加密文件之时帕尔默和弟弟wayne突然进来情转直下紧迫关头杰克以自己真心说服了wayne，但更糟总部发现了杰克并对进行围追堵截杰克运用调虎离山之计轻松逃脱只克洛伊被抓住送回ctu总部之后杰克马上动身赶往安大略机场去调查另一线索 —— 显示于帕尔默电脑上名叫chevensky人，chevensky马上嗑药自杀杰克却恰逢恐怖分子挟持机场乘客，恐怖分子们到底要怎样以这些人质为筹码与总统谈条件呢。

杰克推测到帕尔默知道的秘密可能就是恐怖分子会在今早会劫持机场人员，所以他打电话给反恐部部长比尔，他们开始合作，恐怖分子冷酷无情，接通电视台作了一番现场演说，告诉总统他们要的条件——终止签署两国协议，还在电视前残忍的枪杀一人以示警告，因为总统身边有内奸，向恐怖分子头头通风报信，杰克的隐藏在机场这件事暴露无疑，恐怖分子以杰克女朋友的儿子德里克作要挟，要求杰克现身。杰克为救那男孩，主动现身。

总统夫人前一晚与帕尔默通话的纪录被人更改，于是她便想通过自己的方法查出内奸。而另一边，恐怖分子用德里克的性命威胁杰克打电话回总部，误导他们进入已设圈套，好乘机袭击特种部队，杰克因为答应过德里克的妈妈要把他安全带回，不得不打了这通电话。幸好总统派到ctu的专员林查出杰克电话已被控制，得以及时改变营救计划，成功解除此次恐怖袭击。美国总统也与俄罗斯总统正式会晤，签署了协议。然而之后潜伏着更大的危机，杰克开始查找一名人质，他是恐怖分子的同伙，并拿了一张很重要的钥匙卡逃离现场，打开了装满毒气弹的容器，准备运输。总统夫人突然受袭，由她掌握的证据被盗；杰克的谋杀嫌疑未被解除，被遣送回CTU总部。

坏人们想方设法铲除障碍，首先是想使总统夫人回到神经病院疗养，远离总统，其次是派职业杀手到ctu内部暗杀杰克，与此同时，CTU总部内也发现一个内鬼，杀手就是通过他进入总部大楼的。内鬼最终爆出是谁指使他做这些事的，幕后黑手开始慢慢浮出水面。至少他们现在知道总统身边的walt cummings，（总统的首席幕僚和朋友）是一大祸患。但在没有确凿证据之前，ctu动他不得，就此开始，杰克算是与大人物杠上了。

杰克进一步推测到帕尔默知道walt cumming和恐怖分子之间的关系，cumming当时想暗杀帕尔默嫁祸于杰克，可惜栽赃不成，于是就想杀人灭口。为了找到神经毒气，他们决定分头行动，杰克去与总统身边另一红人mike raines谈谈，其他人从cumming的背景调查入手，搜寻线索。杰克被扣留，在情急之下，他当着总统的面用尖刀逼问cumming，cummings终于承认毒气是被分离主义者盗取，但他也有内线在其中并暗中修改了密码，不幸的是当特种部队去到指定地点，坏人们已经杀死了内线，转移了毒气弹，并打电话声称会让美国付出代价。

柯宁斯解释说，内森生把自己打扮成一个爱国狂热分子，编出一套关于石油安全的理论，因此他才跟对方合作，但现在他们失去了联系。林的妹妹詹妮打电话向林借500美元。林很生气，詹妮赌咒发誓说自己不再吸毒了，还威胁说拿不到钱就自杀。林不愿意让同事们知道自己有个吸毒的不肖妹妹，便要她在办公楼对面的停车场等自己。玛莎非常生气丈夫不相信自己。诺维克建议掩盖柯宁斯的犯罪事实，以保护总统。但玛莎坚持认为美国人民有权得知事实真相。洛根同意了她的意见。这时，他们接到通知，柯宁斯上吊自杀了。林见到妹妹，给了她一张名单，上面是一些享有盛名的戒毒康复医师。突然，一个男子跳出来，把林打倒在地，抢走了他的钱包。詹妮对哥哥说了声对不起，匆匆和男子离开了。杰克跟踪一条线索，找到了为恐怖分子编制毒弹控制程序的工程师卢斯勒，在他房间里发现了一个显然受过虐待的十五岁女童伊恩莎。卢斯勒百般拷打下仍然坚持除非特赦和带走伊恩莎，否则他绝不说出恐怖分子的下落。CTU命令杰克接受卢斯勒的要求。以为自己从此逃脱的伊恩莎听说自己还要被送回给卢斯勒，呆住了。虽然杰克百般劝慰，她仍然对杰克说：“你跟他一样坏。”CTU警员前来带走卢斯勒，伊恩莎突然从怀里掏出枪，朝卢斯勒开了两枪，卢斯勒死了，杰克的线索又断了。

林回到CTU，忐忑不安。所有的线索都断掉了，杰克打算装作是卢斯勒的手下和恐怖分子接头。柯宁斯死了，没人承担责任，一切很可能算在总统的头上，诺维克建议洛根总统不要公开柯宁斯自杀的真正原因，而将其归咎于死者一直以来的“抑郁症”。洛根其实非常赞同，但担心玛莎不同意。与此同时，艾维琳也在和玛莎讨论柯宁斯的死。艾维琳很怀疑柯宁斯是否真的是自杀，但玛莎说一定是因为他被揭露了叛国的阴谋自觉无颜见人才自杀的。杰克和恐怖分子接头，一切进展顺利。但恐怖分子不打算让杰克离开，他们要杰克随他们回营地。CTU从监听耳机里听到了一切，奥德莉要求立刻停止行动，让柯蒂斯救出杰克，但林反对，布坎南也同意林的意见，因为这是找到毒弹的最后机会。白宫办公室把柯宁斯描绘成了一个英雄，只是因为不堪压力而自杀。玛莎怒气冲冲地指责丈夫只顾自己的利益而放弃真相。总统却说柯宁斯的遗孀马上就回来认领尸体，如果玛莎认为合适，就由她来告诉柯宁斯的遗孀真相好了。玛莎坚持认为不管有多么痛苦，人民应该知道真相。运送杰克一伙人的卡车上就放有一颗神经毒弹，卡车向一座大型购物中心驶去。CTU和杰克同时意识到恐怖分子准备在购物中心释放毒弹。林却下令，在没有其余几颗毒弹的下落前，不准任何人干涉恐怖分子的行动，即使这意味着购物中心将有上百无辜群众死亡。布坎南一时也不能决定，他向总统求助。总统迟疑不决。布坎南和林认为既然是战争，就会有伤亡，眼下重中之重是要找回其余19颗毒弹。而奥德莉大声抗议，说没人可以决定牺牲其他人的生命，即使是为了正义。总统听从了布坎南的建议，而杰克却站在奥德莉一边，坚持不肯合作，并及时拆除了毒弹。然而，已经有部分毒气通过空调系统散放到购物中心内。柯宁斯的遗孀来了，泣不成声。玛莎准备好的说词再也无法说出口。

林不断给妹妹詹妮打电话，要她还给自己钱包里的CTU密钥卡。詹妮对哥哥还有几分手足情，打算还给他，但她男友杜恩不同意。林沮丧地告诉总统，CTU已经失去了所有线索，总统怒斥林不听从命令。受了斥责的林气急败坏，下令逮捕杰克。柯蒂斯接到命令，告诉杰克自己也帮不了忙，随即下了杰克的枪。奥德莉看到林发布的命令一条条证明于事无补，和布坎南商量要架空林。这时，内森生打电话来，警告奥德莉不准追踪这通电话，并要她用安全线路接通杰克的手机。内森生承认是自己在戴维总统遇刺事件中陷害了杰克，表示如果杰克肯为他提供保护，他就供出其余恐怖分子同伙的消息。杰克打昏柯蒂斯，驱车去和内森生见面。林听说杰克接到奥德莉的电话后就开车逃跑，认定是奥德莉帮助了杰克，但她矢口否认。奥德莉要克洛伊删掉自己手机的通话记录。正在自己办公室里查看奥德莉通话记录的林发现屏幕上的信息迅速消失，知道奥德莉在搞鬼。有人给柯宁斯的手机打来电话，声称有神经毒弹的消息，但只肯跟总统谈。比埃克告诉洛根，自己是现在这伙恐怖分子的头目，他的目标是攻击俄国，对美国完全没有兴趣。如果总统肯帮助提供来访俄国总统的行车路线以及安全保卫方面的细节信息，作为交换，他将把神经毒弹交换给美国政府；如果不肯合作，他就在接下来的十五分钟内释放全部毒弹。杰克找到了内森生，但其余恐怖分子人多势众，杀死了他，内森生只来得及递给杰克一块芯片，没说出那是什么就死了。玛莎听说洛根打算帮助恐怖分子刺杀俄国总统，大为惊骇。在劝说无效后，她只得通过保镖告诉丈夫，自己将随同俄国总统的车队一同前往机场，希望用自己的生命来胁迫丈夫放弃决定。林变得疑心重重，步步紧跟奥德莉，企图通过监视她来找到杰克，并且拘留了布坎南，声称他在帮助杰克逃亡。

洛根知道玛莎的决定后大为恼怒，但又不能通知保安部门改变路线，因为这会使前功尽弃。诺维克担心玛莎会告诉俄国总统事实真相，让白宫陷入极为被动的局面。他问总统要不要通知送行车队撤回来，总统没有说话。玛莎在车里坐着跟俄国总统及夫人聊天，一分钟一分钟过去，她越来越绝望。内森生交给杰克的芯片上记录有一家公司Omicron，是毒弹的制作商。公司一名高层人员汉德森是杰克当年在CTU的师父，但后来他被陷害被迫离开CTU,杰克对此也负有一定责任。杰克到达Omicron公司，并成功地混入了汉德森的办公室。然而，早有准备的汉德森击倒了杰克，并拿走了他的枪。汉德森解释说，自己的公司是为国防部定制毒弹，对其他事情一概不知情。他听说正是自己公司的产品在这日早先杀死了购物中心11条无辜生命，大为惊骇。奥德莉和柯蒂斯、克洛伊、埃伽秘密商议，要架空林，让布坎南重新回来主持工作。按照规章，当CTU主管无法工作时，CTU二号负责人可以接替他的工作。奥德莉要柯蒂斯立刻采取行动。洛根终于绝望地认识到，他不能牺牲成千上万人的生命来保护俄国总统，同样，他也不能为了玛莎而牺牲其他人。玛莎只能为了她的理想主义付出生命了。正当柯蒂斯还在犹豫不决时，克洛伊和埃伽的电脑突然被强行关闭了。林带着警卫来到他们面前，要逮捕两人，并命令柯蒂斯把奥德莉从CTU办公室里赶出去。柯蒂斯迟疑不决，林命令警卫把他也一起关押。柯蒂斯被迫采取行动，声称林精神状态不再适宜领导CTU工作，要警卫带走林，并命令释放布坎南。CTU通知白宫，有信息表示恐怖分子可能要刺杀俄国总统。车内的保镖皮尔斯听说了消息，及时命令车子调头。虽然恐怖分子还是投放了炸弹，但因为车子本身防弹性能极好，车内人员侥幸逃生。汉德森把杰克骗进小房间，锁死了门，房间内有一颗定时炸弹。

比埃克打来电话，告诉洛根总统，美国人民将为他的决定付出代价。比埃克的一名手下奥斯托夫给詹妮的男友杜恩打去电话，要他带着CTU的密钥卡来交易。詹妮和杜恩梦想能换来一大笔钱，好继续吸毒。杰克前往汉德森的家，去继续寻找线索。汉德森夫人和杰克以前私交极好，在外界都认定杰克去世的那段时间里一直照顾着杰克的女儿金。杰克不想这样，但不得不硬起心肠对汉德森夫人举起枪，要她说出丈夫的秘密。但汉德森夫人根本不相信自己的丈夫会和恐怖袭击有瓜葛。她反而认为杰克对自己的丈夫抱有不公平的仇恨。克洛伊告诉杰克，汉德森电脑里有最近他和别人通话的记录，但文件被密码稳妥地保护着，如要破译需要一天时间，他必须从其他途径得到密码。这时，比埃克的手下已在一家公众医院里又释放了一颗毒弹。托尼从昏迷中苏醒过来，知道米歇尔已死，他崩溃了。林要求和妹妹通话，布坎南拿给他一支手机，电话中，他威胁詹妮，再不还给他密钥卡，他就报警。詹妮害怕起来，要男友归还，但杜恩说密钥卡已被他卖了2万美元。汉德森回家了，杰克把他铐了起来。汉德森声称自己对毒弹一无所知。杰克打开汉德森的手提箱，发现成堆成堆的美元钞票。汉德森夫人大吃一惊，问丈夫是否一直在骗她。汉德森强硬地回答自己一直都在为国家服务，如果杰克不相信自己就尽管开枪好了。杰克对着汉德森夫人开了一枪。疼痛中的汉德森夫人尖声大叫，乞求丈夫告诉杰克一切。汉德森硬着心肠说：“很遗憾，我什么都不知道。”意识到汉德森心里已不再关心其他人，杰克打电话叫来救护车。奥斯托夫杀了詹妮和杜恩，打电话给比埃克说自己已经得到了密钥卡。

奥斯托夫改动了CTU密钥卡的内置程序，更换了持有者照片。杰克的女儿金和另一名男子来到了CTU，此时的她还不知道父亲还在世。奥德莉问杰克要不要由她来先告诉金这个消息，被押在后座上的汉德森插话说，金的前男友切斯离开她后，她整个人都崩溃了。是他和他妻子一直在关心金，但杰克却对自己的亲生女儿不管不问。金看着CTU的环境，百感交集，因为她的父母都死在了这里。奥德莉告诉她，杰克还在世，至于为什么一直把她蒙在鼓里，是因为这样才能更好地保护她。金被这个消息震得目瞪口呆。副总统加德纳来到白宫，建议基于目前的紧急事态，宣布洛杉矶地区立刻进入戒严，而不经过国会批准这是违反宪法的。诺维克非常反对，但洛根认为这样能让全国人民看到白宫还在掌控事态发展，同意了副总统的建议。汉德森被押进了CTU，此时，奥斯托夫也用修改过的密钥卡混入了CTU。杰克和金终于见面了，但并不愉快。金抽泣着说，她以为父亲死了，自己陷入了心理崩溃，不得不去看心理医生。而父亲现在好端端活着，让自己所受的一切折磨都失去了意义。诺维克劝说玛莎去说服洛根总统不要听取副总统的建议，但玛莎经历了这么多事，已经对丈夫有了新的认知，回答说洛根总统并没有他们认为的那么易受操纵。奥斯托夫在CTU的空调系统作了手脚。工程师加丽立刻发现了问题，向埃伽报告。忙碌的埃伽要她自己去查一下出了什么问题。加丽进入控制室，立刻看到了毒弹，正当她掏出手机呼救的时候，奥斯托夫杀死了她。布坎南告诉林他妹妹及男友遇害的消息，并说凶手很可能是职业杀手。林终于说出了自己密钥卡被盗的事情。毒气释放了，克洛伊封闭了部分房间的门，以使毒气扩散更慢。没有来得及撤退到房间里的人们三三两两地倒在地上死了，其中也包括埃伽。

托尼和汉德森被关在了一起，托尼夺过刑讯人员的枪，指着汉德森的头，称他要为米歇尔报仇。杰克从监视器里看到了这一切，大声呼唤托尼，请求他停下来，因为他们还需要汉德森来拯救成千上万条生命。托尼最后放下了枪，悲伤不已。然而，尽管刑讯人员用尽方法，汉德森仍然咬紧牙关，坚持不肯说出自己电脑的密码。由于CTU受到严重损失，国防部的一位高级官员凯伦·海尔斯建议由国防部接管CTU在恐怖分子一案上的工作，总统批准了。　　副总统坚持要总统批准紧急戒备，总统犹豫不决。这时，比埃克命令手下，把其余毒弹准备好，用于下一个目标。CTU的空气密闭室响起了警报，毒气中含有腐蚀性气体，蚀坏了密封封条。克洛伊判断还有二十分钟毒气就会把封条完全腐蚀，进入密封区。　　克洛伊找到了停止空调系统的办法，然而她需要关掉办公楼里另一台计算机上的程序。那台计算机无法通过远程操纵，只能进入房间手动关闭，而唯一进入房间的途径就是通过林所在的房间。杰克在电话里向林解释了目前的处境。然而，一旦林离开所处的房间，毒气就会立刻弥漫，这意味着林和所在房间的警卫都只有死路一条。林取得了警卫的同意，告诉杰克自己会去做该做的事。警卫在电话里和孩子道别，林走出了房间，关掉了计算机，慢慢倒下了。克洛伊仍在努力破译汉德森计算机的密码，另一间房间里，汉德森仍在受审，托尼在旁边观看，越来越不耐烦。

奥德莉可能是内奸的消息传回CTU，布坎南虽然也震惊不已，但立刻下令克洛伊查清楚奥德莉过去几年的行踪，以及她是否有机会和汉德森或是柯宁斯有什么来往。奥德莉被拘留了，她一口否认自己是叛徒，而另一边，刑具已经运到了拘留室。布坎南对杰克说，他绝不相信奥德莉是叛徒，但是也许她无意中知道了一些可以帮助破案的线索。克洛伊发现奥德莉和柯宁斯曾经在马里兰州的一家旅馆过夜，证人是旅馆的经理。杰克非常吃惊。杰克怒斥奥德莉撒谎，奥德莉痛苦万分，说自己是清白的，只是和柯宁斯有私人关系而已，但绝无叛国行径。布坎南和凯伦在摄像机的另一端观察着一切。布坎南认为奥德莉是无辜的，但凯伦却认为她在欺骗杰克。取代埃伽的新工程师莎瑞和麦尔斯有些不愉快，她对克洛伊说，几年前自己曾经和麦尔斯同事，而她举报过麦尔斯对她性骚扰。特工皮尔斯一直想办法打韦恩的手机，但总和他联系不上。另一名保安告诉皮尔斯，半小时前韦恩就已经通过了设限的路口。皮尔斯决定自己去找韦恩，叮嘱手下不要露出一丝口风。　　这时，比埃克带着手下进入天然气公司，枪杀了保安，让经理带他们进入中央控制室，准备把毒气混入天然气气舱内。杰克向柯莱特逼供，柯莱特终于说出，是比埃克交代她，一旦被捕就交出奥德莉的名字来混淆视听，并且供出了比埃克的下一个攻击目标是一家天然气生产公司，但不知道是哪一家。莎瑞读过化学，立刻说如果要混入毒气，天然气的气压必须降低。克洛伊查到了目标工厂的名字。布坎南轻轻拍了拍莎瑞的肩膀以示鼓励，莎瑞立刻对克洛伊说，她觉得布坎南在骚扰她。克洛伊瞠目结舌。

杰克抓到了比埃克，但意识到事情远远没有结束，汉德森是从一个比他地位高很多的人那里接指示做事。“我认为事情远远超出了我们的想象。”杰克向布坎南汇报说。　　副总统要求凯伦立刻接管CTU，尽管她争辩说CTU仍在运转良好，而且工作卓有成效。麦尔斯建议用误抓奥德莉一案来指控布坎南管理不善。另一方面，布坎南对奥德莉说，国防部正在吃掉CTU，但他想不明白为什么副总统这么急于接管CTU。皮尔斯和韦恩见面了，韦恩告诉他，第一夫人玛莎的助理艾维琳是前总统戴维在白宫的情报源。他认为正是艾维琳提供给戴维的情报导致他被刺身亡。现在，有人又在阻止韦恩去白宫和艾维琳见面。在皮尔斯的帮助下，他们见到了艾维琳。艾维琳承认自己的确知道一些事情，但不敢说，因为有人绑架了她的女儿。韦恩答应帮她救回女儿，并向杰克求救。麦尔斯起草了一份声明，要求奥德莉签署，声明上写道这日发生的所有事情都是由于布坎南指挥不力，并且威胁她说，如果她不签署，她所代表的部门也将分担部分责任。奥德莉轻蔑地拒绝了。杰克给奥德莉打来电话，称他怀疑副总统也卷入了这日的阴谋，因为他太急于接管CTU，而显然这伙恐怖分子是在听从某位政府高官的命令。他要求奥德莉帮助他，而不能显露出来。为了取得必要的资源，奥德莉找到麦尔斯，在声明上签了字。布坎南被赶出了办公室，不理解地望着奥德莉。奥德莉也望着他，希望他能从自己的目光中理解，自己并不是一个弄权的小人。杰克救出了艾维琳的女儿，但艾维琳腿上中了一枪。杰克抓住艾维琳追问：“阴谋的主使人是不是副总统？”艾维琳大喊：“副总统和这一切没有任何关系！”汉德森给一个人打电话：“我并没有预料到杰克会出现，但，我将立刻干掉杰克和韦恩，不会让您失望。”电话另一端，总统洛根慢慢放下电话，显示出复杂的表情。

艾维琳匿藏有洛根总统和汉德森的电话录音，能够清楚地显示总统才是这日恐怖活动背后的操纵人，她把保险箱的钥匙给了杰克。杰克打电话给奥德莉，请她寻求她父亲的帮助，因为现在没有什么人值得信任。凯伦私下里对麦尔斯说，她觉得真的没必要接管CTU，因为CTU工作仍然井井有条而且高效。洛根打电话给CTU，要求他们立刻把杰克作为刺杀前总统的嫌犯逮捕，因为“我们手里有了新的证据。”凯伦对此非常不满，因为她觉得目前的首要任务还应该是抓住汉德森。奥德莉驱车离开，一面打电话给自己正在飞机上的父亲，请求他回洛杉矶来，因为事关重大。海勒部长相信女儿的判断，叫飞行员立刻掉头。正在负责CTU事务的副总统问总统，到底发现了什么新证据表明杰克才是凶手。洛根总统拒绝谈这件事，皮尔斯在一边听到了。在旅馆里休息的艾维琳想过去帮助哭泣的女儿，不小心摔了一跤，昏倒在地上。女儿本能地拨了911电话，告诉了接线员母亲的名字。皮尔斯打电话给杰克，告诉他总统签发了关于他的逮捕令。杰克告诉他事实真相，并说他们将寻求海勒部长的帮助。

洛根非常恼怒，因为汉德森还是没有干掉杰克，反而让他拿到了对自己不利的证据。汉德森建议用CTU来追捕杰克。另一方面，杰克也在向布坎南寻求帮助，他请布坎南带韦恩去安全的地方，自己去见海勒部长。当着海勒部长和奥德莉的面，杰克播放了录音，里面洛根总统的声音清清楚楚，他在给恐怖分子下命令，是他把神经毒弹交给了恐怖分子，虽然他的原计划是毒弹到达莫斯科之前就引爆它们。这样，他就足够的理由来和俄国总统签署关于武器合作方面的条约了。而且，这也为美国干涉中东石油问题提供了很好的借口。杰克认为戴维·帕默总统正是因为发现了这一点而遭到暗杀。海勒部长非常了解洛根总统，相信他能做出这种事情来。但是，海勒部长不同意杰克的做法，他认为公开录音只会在这个时候动摇美国人民对政府的信心，从而危害这个国家。他准备用这盘录音逼迫洛根总统引咎辞职。他命令手下把奥德莉和杰克捆起来。杰克大叫：“相信那个人你会很危险！”凯伦找到了奥德莉的踪迹，一边派出CTU特工去逮捕他们，一边汇报给总统，而洛根却让她立刻撤回CTU的人马，他会另派军队过去。凯伦对此感到很疑惑，打电话给诺维克。诺维克也不知道总统此举何意。诺维克问了副总统，副总统仍在恼怒总统没有采取他的建议，说总统这么做一定有他的理由。诺维克又给洛杉矶的驻军司令打去电话，驻军司令很肯定地说他们并没有接到命令去机场捉拿犯人。海勒单独会见了洛根总统，要求他引咎辞职，并且保证奥德莉和杰克的人身安全，作为交换条件，他可以把录音还给总统。正当海勒逼迫总统把副总统叫来做为辞职的见证人时，洛根正不得不在辞职信上签下自己的名字，他接到一个电话，汉德森说已经拿到了录音。洛根的脸色马上变了，告诉副总统他不得不请求海勒辞职，因为他无根据地指控自己才是恐怖活动的幕后指使人。

杰克正在给奥德莉止血，海勒打来电话，说总统拒绝引咎辞职，他们失败了。杰克向正在布坎南家的克洛伊打电话求助，克洛伊冒着被CTU发现的危险利用CTU的卫星资源帮助杰克搜寻汉德森。杰克抓住了汉德森，但汉德森威胁说，他的手下已经跟上了海勒部长。一旦他出事，海勒马上就会死。杰克打电话给海勒确认，海勒经提醒发现自己车子上空的确盘旋着一部直升飞机，并且从飞机上射下的镭射光线也紧紧咬住了他的车子。汉德森要求杰克释放自己，作为交换海勒性命的条件。但性情刚硬的海勒从电话里听到了汉德森的话，说自己宁可死，也不愿意受恐怖分子威胁。他把方向盘一歪，车子翻下山崖，坠入湖中。洛根给另一个叫格汉姆的人打电话，通知他针对汉德森的行动取消。格汉姆提醒洛根，玛莎已经对他的行动有所怀疑，正在到处问东问西。与此同时，玛莎还在追踪皮尔斯的下落。一名保镖把玛莎骗进小黑屋锁了起来。经克洛伊帮助，杰克找到了录音带的下落，此时正被人携上一架即将起飞的飞机。杰克混上了飞机。充满疑窦的凯伦叫来莎瑞，详细追问她关于克洛伊逃脱时的话，听说总统可能是陷害杰克和刺杀帕默总统的幕后真凶，凯伦陷入了沉思。洛根对妻子承认，虽然自己从来没有下令刺杀帕默，但他的手下却的确杀害了帕默总统。玛莎惊呆了。麦尔斯终于找到了克洛伊的下落，他如获重宝，立刻派人去搜捕克洛伊。凯伦却偷偷给布坎南家里打去电话，叫他立刻让克洛伊离开。

凯伦命令CTU特工小组把布坎南带回CTU总部审讯，麦尔斯不理解她的这一命令，认为应该就在布坎南家对其严刑逼供，找出克洛伊的下落。逃出布坎南家的克洛伊在附近找了一间咖啡馆，立刻上网和凯伦联系，要她把杰克所在飞机的乘客座位表发给杰克。被关在卧室里的玛莎唤人要安眠药，但保镖已经得到命令不能给她服用。无可奈何下，玛莎叫来了诺维克，向他索要药丸。诺维克看到六神无主的玛莎，不知道为什么她如此不安，但许诺说尽力帮她。洛根总统接到消息，听说杰克已经混上了一架外交免检飞机，正在搜查录音带，一下子慌了神。他给格汉姆打电话，格汉姆建议他直接命令军方打下飞机。听到总统命令击落飞机，诺维克和凯伦都惊呆了。诺维克提出质疑，但总统坚持要这么做。虽然凯伦疑心总统要掩盖自己的罪行，但她无权阻止总统的命令。克洛伊仔细核对过了飞机上的乘客名单和乘务机组名单，发现几小时之前副驾驶员被一名来自汉德森公司的私人飞行员代替，立刻通知了杰克。杰克从那人手里拿到了录音带。

杰克打电话告诉凯伦，他已经拿到了证据，马上就要降落地面，但决不能让总统那方的人先得到它。凯伦派柯蒂斯的小组赶去机场，掩护杰克逃跑。总统仍在犹豫不决，格汉姆的电子工程师发出了一个假信号，表面看起来好像是从杰克所在的飞机上来的，这表明被劫持飞机很可能撞向地面目标。根据美国法律，为了更多人的生命安全，此时总统有权命令打下飞机。凯伦和布坎南肩并肩走出拘留室，麦尔斯奇怪地看着他们。凯伦说关于杰克一案有了新进展，但她不肯说具体细节。空中管理局官员建议立刻打下飞机，然而深深熟悉杰克品行的诺维克却认为他决不可能危害平民的生命。然而空管局官员却坚持己见。总统终于下令，派F-18战斗机去击落飞机。接到消息的凯伦立刻通知了杰克。冒着生命危险，杰克命令飞机立刻迅速下降，并且在一千英尺的高空就伸出降落架。F-18战斗机飞行员立刻汇报洛根总统，飞机正在降落，没有进行空中攻击的意图。空管局官员马上建议停止袭击。然而，洛根却坚持无论如何都要击落飞机。诺维克提醒他，在没有必要的情况下牺牲无辜者的生命会对自己的政治生涯造成很不利的影响。总统终于让步了，但仍派军队去降落地逮捕杰克。杰克在柯蒂斯的帮助下逃脱了，听到这一消息的总统仿佛被判了死刑，面如死灰。在场的诺维克注意到了他的反常，感到非常奇怪。洛根从盒子里拿出一把手枪，正准备扣动扳机，电话响了，是麦尔斯打来的。

和最高检察官、国会长官的电话会议准备好了，克洛伊再次试放录音，然而除了噪音以外什么都没有。克洛伊想起来麦尔斯曾经进过办公室。怒气冲冲的杰克勒住麦尔斯的脖子，麦尔斯得意洋洋地称自己现在直接受总统管辖。凯伦扇了他一个耳光。他趾高气扬地离开了办公室。玛莎仍在思念皮尔斯，她把皮尔斯的手机递给一名保镖，请他转交给皮尔斯。她以为皮尔斯被转派去外地工作，没想到他被关押了起来。洛根去看皮尔斯，威胁他和自己合作，但皮尔斯根本不买帐，称他是叛国者。比埃克在转移的途中被劫走，幸存的一名保镖说，恐怖分子提到还有一颗毒弹完好无损。CTU立刻把所有资源转移到找到这颗毒弹上面。汉德森知道唯一能够保住自己性命的录音带已经不存在了，作为交换，他告诉了杰克一张人名单，要杰克放自己和妻子秘密离开这个国家远走高飞。在走廊里吸烟的玛莎看到一部车离开车库，感到有些好奇，便跟过去看个究竟，没想到无意中救下了被总统命令秘密处决的皮尔斯。皮尔斯请求玛莎回去，装作什么事情都没有发生，但要把真相告诉诺维克。玛莎称自己本来打算沉默，但洛根为了保护自己不惜牺牲无辜者的做法震惊了她，她无法再置之不理。

比埃克和手下用毒弹劫持了一部潜艇。杰克带着汉德森到潜艇上。汉德森向杰克索要一把枪保护自己，杰克递给他。然而，解决了比埃克之后，汉德森立刻把枪口对准了杰克：“你从来没想过让我平安离开，对不对？”他一面说，一面扣动了扳机。然而枪里面没有子弹。杰克把枪对准汉德森：“你杀了我的朋友戴维，托尼，还有米歇尔，现在是你偿债的时候了。”他扣动了扳机。解决了一切，杰克溜走了，要求克洛伊协助他捉拿总统归案。克洛伊不假思索地答应了。知道恐怖分子终于不再是威胁的洛根得意万分，打算立刻召开记者招待会，命令诺维克为他起草文件。玛莎叫走诺维克，让他和皮尔斯见了面，对他说了事情真相。一直就存有疑虑的诺维克相信了。杰克打来电话，说自己准备混上总统座机，逼迫总统承认一切，但需要总统的飞机延迟起飞二十分钟。诺维克暗示玛莎只有她可以做到。玛莎和总统虚与委蛇，洛根本以为已经和妻子的感情彻底破裂，发现还有机会挽回，非常珍惜。这时，CTU迎来了一位新工程师——莫里斯·奥布赖恩，克洛伊的前夫。

在诺维克的帮助下，杰克用伪造的证件成功地混上了总统的座机。他把飞机劫持到另一个地点。洛根大惊失色。　　杰克把洛根带到一座废弃的仓库里，搜走了他的所有物品，让他在准备好的摄像机前说出自己的罪行。洛根知道自己的救援部队马上就会来临，咬紧牙关坚不吐实，料想杰克拿他毫无办法。救援队到了，他们救出总统，逮捕了杰克。在CTU办公室，克洛伊打开了仪器。总统拿回了被搜走的东西，命令手下特工把杰克单独关押起来。总统座机降落了，诺维克和玛莎等在机场。诺维克低声告诉玛莎，杰克失败了，现在已经被捕，玛莎非常失望。帕默总统的遗体被抬了出来，现场气氛非常庄严。玛莎崩溃了，大声控诉总统才是真正的谋杀犯。洛根命令特工把玛莎推进空无一人的飞机库。他跟进来，掌掴了玛莎，骂她伙同外人欺骗自己。玛莎反驳说，他杀了帕默总统和其他无辜者，以掩盖自己的阴谋，他才是真正的骗子。洛根说：“我做的一切是为了国家的利益。”克洛伊电话请来了最高检察官，她解释说杰克把一个窃听设备装在了总统身上，设下圈套骗他入彀。克洛伊播放了录音，总统在飞机库里的话音传了出来：“我所做的一切是为了这个国家。”正当洛根总统深情致辞，称帕默总统是一位伟人的时候，他注意到人群后面有些骚动，几名特工上前来，对他说最高检察官请他立刻去见面。洛根不明所以，特工从他胸前的口袋中掏出了一支钢笔，倒出了里面的窃听设备。洛根一下子崩溃了。