Másfél évvel színlelt halála után Jack Bauer, aki Frank Flynn néven él egyszerű olajipari munkásként, visszatér Los Angelesbe, amikor megtámadják azt a négy embert, aki tudott arról, hogy életben van. Logan elnök egy fontos egyezményt készül aláírni Oroszország elnökével. A first ladyt megviselik az események.

Martha próbálja meggyőzni férjét arról, hogy előző este beszélgetést folytatott a meggyilkolt Palmer elnökkel, de a beszélgetésnek nincs nyoma. Jack és Chloe bejutnak Wayne Palmer lakosztályába, árulkodó nyomokat keresnek. Eközben Nathanson elindítja a terrorcselekmények második fázisát az Ontario reptéren.

Jacknek sikerül bejutnia a reptérre, onnan figyeli az orosz szeparatistákat, akik túszokat szedtek. A túszok között van Diane fia is. Jack odabentről tájékoztatja Curtist és a rohamosztagot a terroristák helyzetéről, akik azt állítják, folytatják a túszok kivégzését, amennyiben Logan elnök nem áll el a orosz-amerikai egyezmény megkötésétől. Martha rájön, hogy az archívumban talán megvan még a Palmerrel folytatott beszélgetésének átirata.

A terroristák tudomására jut, hogy Jack az épületben van, és Dereket használják fel, hogy előcsalják. Logan elnök nem hajlandó engedni a terroristák követelésének. Martha próbálja meggyőzni a férjét arról, hogy a telefonbeszélgetés valós volt, ám Cummings közbelép és minden bizonyítékot eltüntet. A Központ egy új embert küld a Terrorelhárításhoz, aki aláássa Buchanan hatalmát.

Jack bemegy a Terrorelhárításhoz, ahol Audrey elképedve döbben rá arra, hogy a férfi életben van. Curtis próbál az oroszok nyomára bukkanni, akik a reptéri incidenst csupán egy gyilkos gáz megszerzésére találták ki. Cummings bérgyilkost küld a Terrorelhárításhoz, hogy végezzen Jack-kel. Chloe rájön, hogy Spenser titkol valamit. Cummings meggyőzi az elnököt arról, hogy Martha jobb helyen lenne a világ szemétől távol, egy szanatóriumban.

Jack találkozik Mike Novickkal, abban a reményben, hogy bizonyítékot szerezhet Cummings ellen. Martha Aarontól kér segítséget, mert úgy véli, az elnök emberei el akarják hallgattatni. Walt ráveszi Logant, hogy tartóztassák le Bauert. Buchanan összetűzésbe kerül Lynnel, mert felülbírálja az elnöki utasítást. Az orosz szeparatisták eközben megpróbálnak megszökni az ideggázzal.

Jack tudomást szerez egy bizonyos Jacob Rossler nevű programozóról, aki a jelek szerint kapcsolatban áll Erwich-csel. Charles Logan, Mike Novick és Martha Logan megvitatják a Cummings-ügyet. Lynnt felhívja a kábítószerfüggő testvére, és találkozót kér tőle. Lynn titokban találkozik a lánnyal, de a lány barátja leüti és elviszi a tárcáját a belépőkártyájával együtt.

Jack Rosslernek adja ki magát, hogy megpróbálja eltitkolni a terroristák elől a programozó halálát, és sikerül az egyik Sentox-tartály nyomára bukkannia. A terroristák egy bevásárlóközpontban akarják kiengedni az ideggázt. Jack megtagadja az elnök parancsát, hogy megmentse többszáz ártatlan ember életét. A first lady és az elnök ellentétesen vélekednek arról, hogy nyilvánosságra hozzák-e Cummings öngyilkosságának valódi okát.

Vladimir Bierko megöli Ivan Erwichet. Amikor Chloe elemzi a Jack által szerzett chipen lévő adatokat, felbukkan az Omicron vállalat neve. Lynn rájön, hogy a Terrorelhárításon belül valaki a háta mögött cselekszik, ezért őrizetbe veteti Buchanant. Bierko megzsarolja az elnököt, aki végül kiadja az orosz elnöki konvoj útvonaltervét a terroristáknak. Martha az utolsó pillanatban beszáll a Suvarovékat szállító autóba.

Jack felkeresi és kifaggatja Henderson feleségét, majd amikor Henderson hazaér,belelő a felesége combjába, hogy a férfit szóra bírja. Lynn sikertelenül próbálja visszaszerezni a belépőkártyáját. A terroristák azt tervezik, hogy ideggázt vetnek be egy kórházban. Tony magához tér, és Michelle hogyléte felől érdeklődik.

Jack Bauer nehéz helyzetbe kerül, amikor lányával kell találkoznia. Kim nem hajlandó megbocsátani az apjának, hogy eltitkolta előle, hogy életben van. A terrorelhárítást megtámadják, bevetik az ideggázt, és csak néhány embernek sikerül bemenekülnie az izolálható helyiségekbe.Hal Gardner alelnök és Logan elnök a szükségállapot elrendelését fontolgatják.

Jack Bauer és a Terrorelhárítás izolált zónáiban rekedt munkatársai menekülési tervet készítenek, az ideggáz ugyanis szétmarja a szigetelőanyagot. Chloe-ra nemigen számíthatnak, mert Edgar halála teljesen letaglózta. Tony bosszút forral Henderson ellen Michelle halála miatt. Martha nem nézi jó szemmel, hogy az alelnök ennyire befolyásolni tudja a férjét.

A Terrorelhárítás egy új nyomot követ, mely elvezetheti őket Bierkohoz, ám a német titkosszolgálat ügynökébe botlanak, aki nem igazán akar együttműködni velük. Martha nem ért egyet a kijárási tilalom bevezetésével. Az alelnök utasítására a Belbiztonsági Hivatal emberei a Terrorelhárításhoz érkeznek, hogy átvegyék az irányítást. Eközben Palmer elnök fivére, Wayne Palmer, felhívja Aaron Pierce-t és találkozót kér tőle.

A terroristák egyik kapcsolata azt állítja, Audrey Raines-től kapta az információkat. Audrey-t azonnal őrizetbe veszik, és megkezdik a kihallgatását. Az elnöki birtokon Wayne Palmer és Aaron Pierce fegyveres támadók elől menekülnek. Vladimir Bierko és a terroristák egy gázelosztó központban akarják bevetni az ideggázt, hogy a vezetékeken Los Angeles jelentős részébe eljuttassák a Sentoxot.

Wayne azért ment az elnöki birtokra, mert tudja, hogy David Palmer informátora a first lady asszisztense, Evelyn Martin volt. Evelyn perdöntő bizonyítékokkal rendelkezik, ám nem hajlandó elárulni semmit, mivel félti a kislányát, akit a terroristák elraboltak. Jack azt gyanítja, hogy az alelnök áll az események mögött. Audrey Raines látszólag támogatja Buchanan elmozdítását, de cserébe azt kéri, hogy Chloe mellette maradhasson.

Mivel a Belbiztonsági Hivatal átvette az irányítást a Terrorelhárítás felett, Jack már nemigen bízik az irodában. Wayne és Jack megpróbálják kiszabadítani Evelyn kislányát, hogy a nő cserébe átadja nekik a leleplező bizonyítékot. Audrey és Chloe titokban segítik Jack akcióját.

Noha Logan elnök kijelenti, hogy a terrortámadás veszélye elmúlt, a szükségállapotot nem oldja fel, továbbra is érvényben marad a kijárási tilalom. Logan elnök arra utasítja a Terrorelhárítás új vezetőjét, Karen Hayest, hogy minden eszközzel Jack Bauer elfogásán dolgozzanak. Audrey ráveszi apját, a védelmi minisztert, hogy titokban találkozzanak, és ismertesse az újonnan előkerült bizonyítékokat.

Jack próbálja visszaszerezni a szalagot, eközben az elnöki birtokon furcsa dolgok történnek, és Martha gyanakodni kezd férjére, amikor megtudja, hogy Pierce ügynököt állítólag áthelyezték. Chloe Buchanan lakásáról próbálja segíteni Jacket, aki a felvétel útját követi. Heller minisztert eközben megtámadják.

Jack a leleplező felvételeket követve titokban felszáll egy diplomáciai gépre, mert feltételezi, hogy az egyik utas Henderson embere. Noha Karen Hayes szeretne segíteni Buchanannak, nyíltan nem teheti meg, ezért kénytelen bevitetni a Terrorelhárításhoz, mert így esélyt ad Chloenak a menekülésre. Az elnöki birtokon Martha egyre kétségbeesettebb. Az elnöknek azt tanácsolják, lövesse le a gépet, hogy Jack Bauer ne szerezhesse meg a felvételt.

Logan elnök elhatározza, hogy terrorveszélyre hivatkozva lelöveti a gépet, amelyen Jack Bauer utazik, hogy az összeesküvésben való bűnrészességét bizonyító hangfelvétel megsemmisüljön. A Terrorelhárításnál Chloe, Audrey és Buchanan, Karen Hayes beleegyezésével segítik Jacket. A gép leszáll, mielőtt a hadsereg gépei kilőhetnék. Logan elnök az öngyilkosságot fontolgatja. Miles, Karen asszisztense, döntő lépésre szánja el magát.

Jack, Chloe, Bill és Karen rájönnek, hogy a kulcsfontosságú hangfelvételt Miles fondorlatos módon megsemmisítette, így semmivel nem tudják bizonyítani az elnök bűnrészességét. Figyelmüket leköti egy újabb esemény. Bierko átszállítása közben megszökik, és azt gyanítják, hogy újabb terrorcselekményre készül. Jack kénytelen együtt dolgozni Hendersonnal, hogy megakadályozzon egy újabb csapást.

Henderson segítségével Jack bejut egy Bierko emberei által elfoglalt tengeralattjáróba. Egy tengerészaltiszt segítségével, aki egy izolált kamrában nem lélegezte be az ideggázt, sikerül ártalmatlanná tenni a terroristákat. Eközben Logan elnök Palmer búcsúztatójára készül, ezt akarja kihasználni Jack, hogy vallomást csikarjon ki belőle.

Mivel Bierko és Henderson immár halottak, csak úgy bizonyítható az elnök bűnössége, ha bevallja, hogy részt vett az összeesküvésben. Jack Mike Novick, Aaron Pierce és a first lady segítségét kéri, hogy tőrbe csalják Logan elnököt. A terv kudarcot vall, ám a first lady nem hagyja annyiban. Ő maga készít hangfelvételt, melyen az elnök bevallja tetteit. A felvételt hallva az igazságügyminiszter utasítást ad az elnök letartóztatására.