Egy vonat robbanóanyaggal megrakott kisteherautóval ütközik. Sokan meghalnak, egy férfit meggyilkolnak a csuklójához bilincselt táskája miatt. Jack immár Heller védelmi miniszternek dolgozik és a miniszter lányával, Audreyval jár. Épp a terrorelhárítás irodájában van, amikor a minisztert és lányát elrabolják. Az emberrablók úgy hurcolják el őket, hogy Jack a telefonban mindent hall, de tehetetlen.

Jack ráveszi a terrorelhárítás vezetőjét, Driscollt, hogy engedje részt venni az akcióban. Az akció során be kell vinniük Chloe barátját, aki épp menekül a terroristák elől, mert el akarják tenni láb alól. A bevetés során az akciót vezető ügynök meghal, Jack önhatalmúlag úgy dönt, a menekülő terrorista után ered. A terroristák közlik, hogy Hellert saját bíróságuk elé állítják, és ha bűnösnek találják, kivégzik.

Jack követi a gyanúsítottat, mert meggyőződése, hogy elvezeti a terroristák rejtekhelyéhez, ahol a védelmi minisztert és lányát fogva tartják. Erin nem örül annak, hogy Jack a saját feje után megy és kiadja a parancsot, hogy fogják el és vigyék be a terrorelhárításhoz Jacket és a gyanúsítottat is. Jack egyetlen szövetségese Chloe, aki a forgalomfigyelő kamerákra csatlakozva szemtanúja lesz annak, ahogy barátját alaposan megverik a terroristák.

Jack arra kéri Chloét, irányítson át egy műholdat, hogy követni tudják Kalilt. Mivel mindez a terrorelhárítás vezetőjének tudtán kívül történik, az átlagosnál több időbe telik. Hogy a műhold átirányításáig időt nyerjen, Jack rablást színlel a benzinkúton, ahová a terrorista betért. Audrey és Heller eközben megkísérelnek megszökni, Dina pedig meggyilkolja Behrooz barátnőjét, mert kockázatot jelent a tervükre nézve.

Erin és Curtis egyetértenek abban, hogy Kalil valóban elvezeti őket a terroristákhoz, ezt támasztja alá a lehallgatott telefonbeszélgetés, amit Kalil Omarral folytatott. Egy országúti járőr gyanús viselkedéséből a terrorista rájön, hogy követik, ezért öngyilkos lesz: frontálisan ütközik egy kamionnal. Heller és Audrey is öngyilkosságot kísérelnek meg. Eltörnek egy, a cellájukban futó gázcsövet.

Jack egyedül vág neki Heller és Audrey kiszabadításának. A terroristák épp élő adásban állítják bíróságuk elé a szerintük háborús bűnös Hellert. Eközben az elnök parancsot ad a terroristák rejtekhelyének bombázására. Jack kiszabadítja a minisztert, az elnök lefújja a támadást. Curtis rájön, hogy a reggel felrobbantott vonat egyik utasánál egy fontos eszköz volt, a Dobson vezérlő, mellyel a terroristák átvehetik a hatalmat Amerika összes atomerőműve felett.

Jack magával viszi Audreyt egy külső helyszínre, hogy átnézzék az egyik partin készült felvételeket, mivel a lány úgy véli, hogy ott találkozott valakivel fogvatartói közül. A terroristák tudomására jut ottlétük, körülveszik és sarokba szorítják őket. Jack felhívja az egyetlen embert, akiben megbízik. Dina próbálja megmenteni Behroozt férjétől. Edgar mindent elkövet, hogy megakadályozza az atomerőművekben a reaktorok túlhevülését.

Jack és Audrey Tony lakásán húzzák meg magukat. Audrey felismeri a biztonsági cég felvételein az embert, aki ismerősnek tűnt. Keeler elnök elrendeli a veszélyeztetett települések evakuálását. Behrooz kórházba viszi anyját, hogy ellássák a lőtt sebet a karján. Heller miniszter saját embereit bízza meg azzal, hogy derítsék ki, ki szivárogtat ki információkat a terroristáknak a terrorelhárítás irodájából.

Tony vezeti Dina kihallgatását. A nő megígéri, hogy kiad néhány nevet, amennyiben az elnök kegyelemben részesíti a fiát. Curtis megpróbálja kiszedni Marianne-ból, hogy hol lehet a vezérlő. Marianne egy külső helyszínre vezeti Curtist, ahol állítólag fel tudja törni Powell gépét. A Terrorelhárítás eközben rájön, hogy a terroristák egyik búvóhelye, ahol a támadásokat kitervelték, egy olyan épületben van, melynek Audrey férje, Paul, az egyik tulajdonosa.

Miután kiderül, hogy Paul, Audrey férje, létfontosságú információval rendelkezhet a vezérlő hollétét illetően, Jack mindent elkövet, hogy szóra bírja. Audrey szeme láttára kínozza Pault. A nyom, amit Curtis követ, ígéretesnek bizonyul, ám időközben újabb öt atomerőmű reaktora túlhevül.

Az ártatlannak bizonyult Paul elkíséri Jacket a McLennan-Forster főhadiszállására, ahol a jelek szerint Marwan dolgozott. A cég vezetői bevetnek egy impilzusbombát, mely megsemmisít minden adatot a számítógépeken, nehogy Marwan cselekedetei rossz fényben tüntessék fel őket. Lánya öngyilkossága után Driscoll lemond, átmenetileg Tonyt bízzák meg a terrorelhárítás vezetésével.

A védelmi minisztérium beszállítója kommandósokat küld Jack és Paul likvidálására. A két férfi egy fegyverboltban húzza meg magát, ahol a bolt tulajdonosai, két közel-keleti származású fiú segít nekik megvédeni magukat. Tony megtudja, hogy volt feleségét, Michelle-t nevezték ki a Terrorelhárítás vezetőjévé. Marwan parancsot ad a légierő egyik pilótájának és családjának megölésére, hogy használhassák személyazonosságát.

Jack ráveszi Dinát, hogy próbáljon beférkőzni Marwan egyik terrorista sejtébe. Az akció nem jár sikerrel. Dinát megölik, Jacket túszul ejtik. Michelle visszahívja a korábban kirúgott Chloét, mert úgy érzi, Edgar nem áll a helyzet magaslatán. Miközben Jacket ellöki egy golyó elől, Paul súlyosan megsérül. Andersonnak sikerül bejutnia a légierő repülőterére, hogy megszerezzen egy lopakodót.

Hogy Andersonnak időt nyerjenek, míg egy lopakodóval az elnöki különgép közelébe jut, Marwan felhívja a Terrorelhárítást, és cserét ajánl: Jack Bauert Behroozért. Az irodában a cserére koncentrálnak, így a rendőrségi jelentéseket senki nem nézi át, pedig köztük van a kulcsfontosságú hír, miszerint eltűnt a légirő egyik pilótája. Curtis tovább faggatja Behroozt, mivel azt hiszik, a fiú fontos információk birtokában van, ezért olyan fontos a terroristáknak. Senkiben sem merül fel, hogy ez csupán egy elterelő hadművelet.

A Terrorelhárítás kommandója lerohanja a terroristák főhadiszállását, de Marawan kicsúszik a kezükből. Jack rájön, hogy a csere csupán elterelő hadművelet volt, kiderül, hogy Anderson egy lopakodóval az elnöki különgép felé tart. Jack megpróbálja lebeszélni a pilótát az elnöki különgép kilövéséről. Mivel a lopakodót nem jelzi a radar, a légierő nem tudja megsemmisíteni. A Terrorelhárításnál döbbenten hallgatják a kísérőgépek pilótáinak beszámolóját, miszerint az elnök gépét egy rakéta megsemmisítette.

Miután az elnöki különgépet kilövik, a Terrorelhárítás legnagyobb aggálya az, hogy a terroristák megszerzik az "atomtáskát", melyben az atomrakéták indítási kódjai vannak. A gép a sivatagba zuhan, két kempingező a roncsokhoz rohan, ők találják meg a táskát is. Jack minden reménye a két fiatalban van, akiket telefonon arra utasít, hogy rejtőzzenek el Marwan emberei elől, míg ő a helyszínre nem ér. Mivel az elnök a támadásban életét vesztette, Mike Novick mielőbb át akarja adni a hatalmat az alelnöknek.

Mivel Marwan nem tudta megszerezni az atomtáskát, Jack feltételezi, hogy abban mesterkedik, hogy találjon és aktiváljon egy nukleáris robbanófejet. Curtis egy Marwannal kapcsolatban álló gyanúsítottat vallat, ám Marwan emberi jogi ügyvédet küld a Terrorelhárításhoz, aki megakadályozza a vallatást. Jack azt kéri, engedjék szabadon a gyanúsítottat, ő pedig a parkolóban lecsap rá és erőszakkal kiszedi belőle a titkos információkat. Logan alelnök nehezen viseli a feszültséget, még soha nem kellett egy ország sorsáról döntenie. Tétovasága aggodalommal tölti el Mike Novickot.

A terrorelhárítást felhívja egy nő azzal, hogy azt gyanítja, a barátja kapcsolatban áll a terroristákkal, ugyanis gyanús fájlokat talált az otthoni számítógépén. Chloe először megy terepre, mióta a terrorelhárításnál van. Mivel nem taktikai ügynök, nem szívesen megy bele, és rossz előérzete beigazolódik, mivel megtámadják őket, menekülni kényszerülnek. Mike Novick ráveszi Logan elnököt, hogy hívja segítségül David Palmer egykori elnököt. Jack radikális módszereit egyesek nem nézik jó szemmel.

Palmer elnök engedélyez egy szigorúan titkos akciót, melynek során a kínai konzulátusról ki kell hozni egy ott rejtőzködő tudóst, aki kapcsolatban állhat Marwannal. Az akciót Jack és Curtis vezetik, ám a kínai őrök észreveszik a betolakodókat, és miközben lőnek rájuk, a konzult halálos lövés éri. Jack a terrorelhárításhoz siet a sérült tudóssal. Az orvosok épp Paul életéért küzdenek, de Jack kényszeríti őket arra, hogy Paul élete helyett a sérült tudóst mentsék meg. Paul meghal, Audrey Jacket vádolja.

Az elnök azzal a feltétellel engedélyezte a konzulátusba való behatolást, hogy nem derülhet ki, hogy a kormánynak bármi köze van az akcióhoz, ami diplomáciai feszültséget okozhat. A kínaiak azonban egy pillanatra meglátják az egyik kommandós arcát és sikerül beazonosítaniuk Buchanant, akinek alibire lenne szüksége. Logan elnök nem helyesli Palmer módszereit.

Jacknek nem sikerül megakadályoznia a nukleáris rakétafej kilövését. Richard Heller ismét gyanússá válik, újból beviszik a kihallgatásra. Maga Heller utasítja az ügynököket, hogy mindent módszert vessenek be, hogy kiszedjék a fiából, mit titkol. A Richardtól kapott információk alapján Tony kimegy egy címre, ahol Mandy túszul ejti.

Hogy elkerüljenek egy hatalmas nukleáris katasztrófát, Palmer és Logan előtt felmerül annak a lehetősége, hogy evakuálni kell az Egyesült Államok legnagyobb városait, mivel nem tudják, mi lehet a rakéta célpontja. A kínai konzulátus biztonsági emberei elrabolják a lebukott kommandóst, hogy kiderítsék, ki vezette a konzulátus elleni akciót. Michelle mindent elkövet, hogy megmentse Tonyt.

Jacknek meg kell találnia Marwant, hogy megakadályozza, hogy a nukleáris rakéta célba érjen. A dolog egyre sürgetőbb, mivel kiderül, hogy a célpont éppen Los Angeles. A kínaiak nyomására le akarják tartóztatni Jacket, hogy Kínában álljon bíróság elé, mivel a kínai konzulátusba való behatolás valójában kínai felségterületen zajlott.