Gegen 7:00 Uhr entgleist an der Westküste ein Pendlerzug - alles deutet auf einen terroristischen Anschlag hin. Jack Bauer ist in seiner neuen Funktion als Vertreter des US-Verteidigungsministeriums gerade auf dem Weg zu einem Meeting mit dem CTU. Dort angekommen wird er sofort in die Arbeit der Einheit verwickelt, denn ein zweiter Anschlag durch türkische Topterroristen soll unmittelbar bevorstehen...

Jack Bauer wird provisorisch wieder als CTU-Agent aktiviert, um Andrew Paige in Sicherheit zu bringen. Verteidigungsminister James Heller und seine Tochter Audrey werden währenddessen vom Terroristen Omar und dessen Helfern in einer alten Lagerhalle gefangen gehalten.

Jack spürt Kalil mit Chloes Hilfe auf, muss aber hilflos zusehen, wie Andrew zur Informationsgewinnung gefoltert wird. Behrooz fleht seine Eltern an, als sie ihm befehlen, Debbie zur Befragung zu sich nach Hause zu bringen. Curtis verhört Hellers Sohn mit harten Methoden, während Driscoll weiter nach Jack sucht.

Jack tritt als Bandit auf und nimmt sich Geiseln, um Chloe mehr Zeit für die Satellitenüberwachung zu verschaffen. Währenddessen muss sich Chloe Edgar anvertrauen, wenn Driscoll misstrauisch wird. Behrooz entdeckt, inwieweit seine Mutter bereit ist, den Erfolg ihrer geheimen Mission sicherzustellen. Heller und Audrey versuchen, Omar zu entkommen, während Driscoll ihren Einfluss nutzt, um mit einer persönlichen Krise umzugehen.

Kalil erkennt, dass er verfolgt wird, und beendet durch einen spektakulären Unfall sein Leben, um die CTU nicht zu Omar zu führen. Verteidigungsminister Heller und seine Tochter versuchen sich unterdessen das Leben zu nehmen, um dem terroristischen Schauprozess, den Omar plant, zu entgehen.

Jack Bauer schafft es in letzter Minute, den Verteidigungsminister und Audrey aus den Händen der Terroristen zu befreien. Audreys Ehemann Paul kommt nach L.A., um seine Frau zurückzuerobern. Derweil erteilt Navi Araz einem Killer namens Tariq den Auftrag, seinen Sohn Behrooz zu töten.

Nachdem die Experten in der CTU erkannt haben, dass die Terroristen einen Anschlag auf US-Kernkraftwerke planen, beginnt ein Wettlauf mit der Zeit: Die Terroristen versuchen, die Kontrollsoftware der Reaktoren zu manipulieren, um eine Kernschmelze in die Wege zu leiten. Derweil unternimmt die CTU alles, um die Katastrophe doch noch abzuwenden...

Der CTU ist es gelungen die meisten Atomkraftwerke vom Netz zu nehmen. Doch sechs Kernreaktoren sind nach wie vor unter der Kontrolle der Terroristen. Derweil erhärtet sich der Verdacht, dass es eine undichte Stelle in der CTU-Zentrale gibt. Immer wieder sickern geheime Informationen nach draußen.

Audrey bringt sich in eine kompromittierende Lage, als sie und Jack von der möglichen Verwicklung ihres Mannes mit den Terroristen erfahren. Marianne bietet Curtis Informationen über den Standort des Kontrollgeräts im Austausch für eine mildere Strafe an, aber der Spieß dreht sich bald um und Curtis erkennt, dass es noch einen anderen Spieler im Spiel gibt. Sarah feilscht um eine stärkere Position in der CTU, während Tony die Verhöre von Dina und Behrooz übernimmt.

Die CTU steht kurz davor, das Kontrollgerät zu finden, doch noch immer stellen sich die beiden einzigen Zeugen, Paul Raines und Dina Araz, quer. Jack bzw. Tony müssen bei ihren Verhörmethoden auf andere Mittel zurückgreifen.

Jack und Paul machen sich auf den Weg zu Marwans Arbeitsplatz, um seinen Computer nach Dateien zu durchsuchen. Derweil versucht Heller Driscoll davon zu überzeugen, nach dem Tod ihrer Tochter lieber nach Hause zu gehen.

ack und Paul sind im Gebäude von McLennan-Forster und versuchen, mit dem Dokument zu fliehen. Dies ist jedoch nicht ganz leicht, da Conlon bereits seine eigenen Truppen angefordert hat. In der CTU gibt es derweil einige Spannungen zwischen Tony und Michelle.

Jack erfährt die Identität eines Mannes, der ihn vielleicht zu Marwan führen kann. Er zwingt Dina, ihm bei einer vorgetäuschten Geiselnahme zu helfen, die ihn in die Nähe des Verdächtigen bringen soll. Michelle bittet Chloe um Hilfe, als Edgar unter dem Druck zu zerbrechen beginnt. Währenddessen sieht Audrey zu, wie ein schwer verletzter Paul in den OP gebracht wird. Marwans Plan geht weiter, als sein Handlanger einen unwilligen Piloten benutzt, um sich Zugang zu einem Flugplatz zu verschaffen.

Mitch Anderson macht sich auf der Air Force-Basis bereit, mit einem Jet abzuheben. In der CTU wird Behrooz derweil verhört – jedoch ist er sehr unkooperativ. Marwan, welcher Jack noch immer in seiner Gewalt hat, schlägt einen Tausch vor.

Die CTU verübt eine Razzia in Marwans Versteck, aber es gelingt ihm, den Beamten zu entwischen. Glücklicherweise findet Jack eine Spur, die ihm helfen könnte, Marwans nächstes Ziel zu identifizieren. Tony wird misstrauisch, was Michelles Privatleben angeht, während Audrey wieder mit Paul zusammenkommt und das Ausmaß seiner Verletzungen erfährt. Anderson kommt seiner Beute näher, während Präsident Keeler nach Worten sucht, die die amerikanische Öffentlichkeit trösten sollen.

Nachdem Air Force One abgestürzt ist, gibt es einige offene Fragen: Lebt der Präsident? Und Wo ist Marwan? – die wichtigste ist aber wohl: Wo ist der nukleare Football – jenes Gerät, mit dem der Präsident die Kontrolle über das Atomarsenal der USA hat.

Logan wurde zum Präsidenten vereidigt und hat immer mehr Schwierigkeiten, wichtige und vor allem richtige Entscheidungen zu treffen. Die CTU hat einen Mann gefangen nehmen können, der möglicherweise Marwan kennt und weiß, wo sich dieser aufhält, doch ein Verhör ist nicht so einfach wie Anfangs gedacht. Marwan hat sich derweil einen Atombombe beschaffen können.

Chloe wird unerwartet in die Feldarbeit versetzt, nachdem eine Frau berichtet, dass ihr Freund Teil der terroristischen Verschwörung sein könnte. Jack und Curtis müssen feststellen, dass ihre jüngsten Bemühungen, Marwan in eine Falle zu locken, vom Secret Service vereitelt werden, der den Befehl hat, Jack wegen Ungehorsamkeit zu verhaften. Mike bittet Ex-Präsident David Palmer um Hilfe, da Logan weiterhin einen Mangel an Führungsstärke an den Tag legt.

Nachdem Logan Palmer ermächtigt hat, die Leitung in der Krise zu übernehmen, erteilt Palmer Jack und Curtis die Erlaubnis, in einer verdeckten Operation die chinesische Botschaft zu infiltrieren, um einen Verdächtigen zu fassen. Tony und Michelle stoßen nach wie vor auf das Privatleben des anderen, während Buchanan seinen Ärger darüber zum Ausdruck bringt, dass er aus der Mission herausgehalten wird. Jack sieht sich Audreys Zorn ausgesetzt, als ein medizinisches Dilemma Pauls Leben in Gefahr bringt.

Audrey zeigt Jack nach seiner Aktion die kalte Schulter. Palmer hat alle Hände voll zu tun, sich mit den Chinesen zu beschäftigen, während die CTU weiterhin nach der Atomrakete und Marwan sucht.

Im Bunker des Weißen Hauses drückt ein Abgeordneter Besorgnis darüber aus, dass Palmer sich hier befindet, wo doch Logan der Präsident ist. Im Lagerhaus zeigt sich Marwan noch immer recht stur, doch die CTU hat eine neue (bzw. alte) Spur: Richard Heller.

Tony wurde von Mandy gefangen genommen – doch noch weiß niemand, wer die Terroristin ist – und vor allem, was bereits alles auf ihr Konto geht. In Washington gibt es immer mehr Konflikte mit den Chinesen. Agent Bern soll nun aus LA ausgeflogen werden, um ein wasserdichtes Alibi zu erhalten.

Mandy redet endlich und sagt, wo sich Marwan befindet. Noch immer ist der Ort, an dem die Rakete einschlagen soll, unbekannt. Die Chinesen fordern nun die Auslieferung von Jack, doch der Sicherheitsberater von Logan hat eine „bessere“ Idee.