På sit nye job for forsvarsministeriet holder Jack møde med CTU efter en bombeeksplosion på et tog og bliver inddraget i bestræbelserne på at forhindre endnu et angreb.

Jack er midlertidigt tilbage hos CTU for at hjælpe med at få Andrew i sikkerhed. Audrey og Heller holdes fanget af terroristerne, som bekendtgører, at Heller vill blive anklaget for folkemord og henrettet hvis han bliver fundet skyldig.

Jack forfølger terroristerne, som har kidnappet Andrew, men tøver med at gribe ind. Chloe er rystet over, at Jack sætter Andrews liv på spil. Driscoll ansætter Curtis' ekskæreste selvom hun bærer nag til ham.

Jack røver en døgnbutik for at trække tiden ud og forsinke Kalil. Heller lader, som om han får et hjerteanfald for at slippe væk fra terroristerne. Dine beordrer Behrooz til at "tage sig af" Debbie.

Kalil regner ud, at nogen følger efter ham og forsøger at lave den ultimative undvigelsesmanøvre. Heller og Audrey forsøger at begå selvmord for at undslippe Hellers retssag hos terroristerne. Debbies mor tager til Araz-huset for at lede efter sin datter.

Jack redder Heller og Audrey fra terroristerne. Navi arrangerer at få sin egen søn dræbt... og afslører at Hellers retssag blot var en afledningsmanøvre for at skjule organisations faktiske plan.

Jack og Audrey angribes af bøller, som har fået et tip om at de er på vej til et sikkerhedsfirma. Edgar udfører en risikabel hacking i et forsøg på at afbryde forbindelsen til de sårbare kraftværk. Navi finder ud af, at Behrooz stadig er i live.

Jack finder Dina og hun fører ham til Behrooz, men det lykkes Navi at komme dem i forkøbet. Imens forsøger Edgar at få sin mor evakueret efter en ulykke på et nærliggende atomkraftværk.

Efter Jack redder Behrooz, leder Dina Jack til det sted, hvor terroristerne planlagde deres angreb. Curtis tager Marianne med til Powells kontor, og Audrey opdager, at hendes mand har en forbindelse til terroristerne.

Da CTU-agenterne opdager, at Marwan har forbikoblingsenheden i en kontorbygning, slutter Jack sig til Curtis dér, mens uret tikker mod nedsmeltning på de andre atomkraftværker.

Jack og Paul ransager McLennan-Forster for oplysninger om Marwan, mens en leder i firmaet samtidig udløser en elektronisk bombe for at slå alle systemer ud.

Jack og Paul konfronterer McLennan-Forster-kommandostyrkerne og bruger en sportsforretning som bunker. Tony og Michelle har besvær med at arbejde sammen igen. Marwan påbegynder næste fase af hans plan.

Jack og Dina går undercover for at få en terrorist til at hjælpe dem med at finde Marwan. Da Paul bliver opereret, indser Audrey, at hun stadig har følelser for ham. Chloe vender tilbage til CTU.

Da Marwan foreslår at bytte Jack for Behrooz, ved CTU-medarbejderne ikke, at udvekslingen er en afledningsmanøvre. Anderson forklæder sig som flymekaniker for at få sit fly på vingerne.

Jack og CTU-agenterne ransager Marwans skjulested, men Marwan slipper væk. Mens agenterne leder efter Mitch Anderson, stiger han til vejrs i jagten på Air Force One.

Da Air Force One styter ned, forsøger Jack "atomfodbolden" væk fra terroristerne, mens vicepræsident Logan modvilligt overtager præsidentembedet.

Det lykkes CTU-agenterne at fange en mand, der har forbindelse til Marwan, men Marwans juridiske intriger forhindrer dem i at udspørge ham på lovlig vis.

Da præsident Logan forkludrer en mission for at fange Marwan ved at beordre Jack arresteret under missionen, tilkalder han en rådgiver med mere erfaring. Chloe forfølger et tip, som måske leder til Marwans samarbejdspartnere.

Sikkerhedschefen i det kinesiske konsulat, Cheng Zhi, finder ud af, at Jack og CTU udførte det angreb, der var skyld i konsulens død. Palmer og Buchanan gør alt, hvad de kan for at undgå Chengs spørgsmål. Jack får rede på, hvor Marwan befinder sig og skynder sig derhen.

Sikkerhedschefen i det kinesiske konsulat, Cheng Zhi, finder ud af, at Jack og CTU udførte det angreb, der var skyld i konsulens død. Palmer og Buchanan gør alt hvad de kan for at undgå Chengs. Jack finder ud af, hvor Marwan er, og skynder sig derhen.

Mens sprænghovedet er på vej mod en ukendt destination, undslipper Marwan CTU's varetægt. CTU finder ud af, at Richard Heller var den forbindelse, som Marwan brugte til at planlægge kidnapningen af Heller.

For at slippe væk narrer Mandy CTU til at tro, at hun har dræbt Tony. Kineserne kidnapper agent Bern, og håbet om at finde missilet bliver mindre. Præsident Logan giver Palmer skylden for krisen.

CTU finder endelig det manglende atommissil. Præsident Logan går med til - imod Palmers ønske - at udlevere Jack til kineserne for hans rolle i angrebet på konsulatet.