העונה מתחילה כשנה וחצי לאחר אירועי העונה הקודמת. ג'ק באוור, שעובד כעת עבור שר ההגנה, נקרא ללוט"ר לאחר פיצוץ שארע ברכבת בכדי למנוע את הפיצוץ הבא...

ג'ק מבקש מדריסקול להציב אותו כסוכן בלוט"ר כדי שיעזור למצוא את הלר. ג'ק ורוני יוצאים לאסוף את אנדרו, אבל האיש של שרק מקדים אותם. חוטפי המזכיר הלר מודיעים שהם מתכוונים לשפוט אותו על פשעי מלחמה.

ג'ק עוקב אחרי הטרוריסטים שחטפו את אנדרו, אך הוא לא מצליח למנוע מהם לענות אותו בעבור מידע. אמא של בהרוז מזמינה את דבי אליה הביתה כדי לברר מה בדיוק היא יודעת.

ג'ק מנסה לעכב את חליל חסן ומביים שוד במכולת, אך המצב משתבש כששוטר שמגיע למקום מזעיק תגבורת וג'ק לוקח את חסן כבן ערובה. בינתיים, בהרוז מגלה עד כמה רחוק אמא שלו מוכנה ללכת כדי להבטיח את הצלחתה של המשימה הסודית שלהם.

ג'ק ודריקסול מסכימים על הפסקת אש ביניהם ומחליטים לעבוד יחד כשהמשטרה עושה טעות קריטית בטיפול המקרה של חליל. בינתיים, הנשיא מחליט לפוצץ את הבניין שבו כלואים המזכיר הלר ובתו, כדי להימנע ממבוכה בינלאומית...

ג'ק הולך עם אודרי לצפות בצילומי מצלמות האבטחה מאירוע שבו השתתף אדם שאודרי זיהתה כאחד משוביה, אך בדרך הם מותקפים על ידי בריונים. בינתיים, אדגר מנסה לכתוב תוכנה שתנתק את הכורים הגרעיניים מהרשת.

טוני מגן על ג'ק ואודרי לאחר שהם מצליחים להימלט מהטרוריסטים. בהרוז לוקח את דינה לבית החולים לקבלת טיפול רפואי. בינתיים, המזכיר הלר מנסה לחשוף מי החפרפרת בלוט"ר, אלא שהראיות מובילות לכיוון הלא נכון...

ג'ק וטוני מאתרים את דינה שמובילה אותם למקום הימצאו של בהרוז, שמצליח לחמוק מידיהם. בינתיים, ג'ק מאתר שיחות שבוצעו מהטלפון הנייד של האיש שאודרי זיהתה, ואדגר מנסה להציל את אמו המתגוררת בסמוך לאחד הכורים הגרעיניים.

לאחר בדיקה מתגלה שפול ריינס, בעלה של אודרי, עובד בחברה שבבעלותה הבניין שבו הטרוריסטים תכננו את מתקפות הבוקר. ג'ק מבקש ממנה להיפגש איתו ולעכב אותו עד שהוא וצוותו יגיעו אליו. בינתיים, בהרוז ודינה נשלחים לחקירה בלוט"ר.

דינה מספרת לטוני שמרוואן מחזיק במתקן השליטה בכורים הגרעיניים. בינתיים, ג'ק מצליח לסחוט מפול מידע לגבי אדם בשם בארנס, ומתברר שזהו שמו הבדוי של חביב מרוואן.

ג'ק ופול מגיעים למשרדי ההנהלה של חברת מקלנן-פורסטר כדי לשלוף מידע על מרוואן, אך מישהו בחברה מנסה לעצור אותם בדרך מתוחכמת...

ג'ק ופול מצליחים איכשהו לדלות מידע על מרוואן, אך יחידת קומנדו השייכת לחברת מקלנן-פורסטר מנסה לעצור אותם. כשאין להם דרך ליצור קשר עם לוט"ר, פונים השניים לעזרת שני אחים ממוצע ערבי שבבעלותם חנות נשק, ומנסים להשיב מלחמה.

לאחר שג'ק מגלה כי מאחד המסמכים שהוא ופול הביאו הצליחו לשלוף שם של אדם שקשור למרוואן, הוא ודינה יוצאים במסווה כדי להשיג מידע נוסף. בינתיים, קלואי שבה לעבוד בלוט"ר לבקשת מישל.

מרוואן יוצר קשר עם לוט"ר ודורש שימסרו לידיו את בהרוז אראז בתמורה לג'ק באוור. בלוט"ר מתכוננים לקראת החילוף, אך לא לפני שהם חוקרים את בהרוז ושותלים עליו מכשירי איתור...

אנשי לוט"ר פושטים על מקום מחבואו של מרוואן, אך הוא מצליח לחמוק מבין אצבעותיהם. למזלם ג'ק מגלה מידע שיכול להיות לעזור למצוא את המטרה הבאה של מרוואן.

כשמטוס ה-"אייר פורס 1" מתרסק, בני זוג שנופשים במדבר נתקלים במזוודת הגרעין שמכילה את סיסמאות ההפעלה לראשי הנפץ הפזורים ברחבי ארה"ב. הזוג יוצר קשר עם המשטרה ודרכה מגיעים לג'ק שמנסה להגיע אליהם לפני שמישהו אחר יעשה זאת.

בלוט"ר מגלים שאחד מראשי הנפץ של ארה"ב נעלם, ועושים מאמצים לאתרו. בינתיים, מתגלה אדם שעשוי להוביל אל מרוואן, אך ליחידה מגיע עורך דין עם צו בית משפט שמונע מיחידה לחקור אותו.

חברה של אחד הטכנאים שעובדים עם מרוואן מתקשרת ללוט"ר ומספרת שמצאה תרשים חשוד במחשב של החבר שלה, והיא חושדת שיש לו קשר לפיגועים. בינתיים, הנשיא לוגן מתחיל להילחץ מהסיטואציה ומורה לעצור את ג'ק באוור.

ללוט"ר נודע על מדען סיני שסייע למרוואן, וברח לקונסוליית סין, לחפש מקלט. פאלמר מבקש מהקונסול שיסגיר אותו לארצות הברית, אלא שתהליך ההסגרה יימשך כשלוש שעות, וראש הנפץ צפוי להתפוצץ בעוד פחות משעתיים...

בזמן שג'ק וקרטיס סוגרים על מרוואן, ביוקנן מחפש אליבי כשנציג מטעם קונסוליית סין חוקר את הפשיטה על השגרירות. ג'ק מצליח לאתר את לי ומביא את אותו למרפאת לוט"ר, לאחר שלי מתאושש הוא מוסר לג'ק את המיקום של מרוואן.

הטלפון הסלולרי של מרוואן נמצא, ובכרטיס הסים מופיעה שיחה שבוצעה מהטלפון של ריצ'רד הלר, שמובא לחקירה. כשמתברר שאת השיחה ביצע זוג שביקר אצלו אחרי בילוי לילי, יוצאים ג'ק וצוותי שטח לאתר את הזוג החשוד.

האישה שחטפה את טוני מתקשרת למישל ואומרת לה שתורה לצוותי השטח לזוז כדי שהיא תוכל לברוח, אחרת היא תירה בטוני. הסינים תופסים את הסוכן ברן ומאלצים אותו למסור את שם החשוד שאחראי על תקיפת הקונסוליה.

בפרק סיום העונה, טכנאי לוט"ר מצליח לשלוף מידע ממחשב כף יד שנמצא על גופתו של מרוואן, ומתברר שאלו נקודות הציון של נתיב הטיל. לסינים נמסר שג'ק היה אחראי למבצע החדירה לקונסוליה, והם דורשים שהוא יוסגר לידיהם.