Ondanks zijn nieuwe baan bij het Ministerie van Defensie heeft Jack direct na een bomexplosie in een trein toch een bespreking bij de CTU. Al snel raakt hij betrokken bij pogingen tot het verijdelen van een eventuele op handen zijnde tweede aanval door Turkse terroristen.

Jack wordt tijdelijk teruggeplaatst bij de CTU om te assisteren bij het in veiligheid brengen van Andrew. Audrey en Heller worden vastgehouden door de terroristen die verkondigen dat Heller terecht zal staan voor genocide en geëxecuteerd zal worden indien hij schuldig wordt bevonden.

Jack volgt de terroristen die Andrew ontvoerden maar aarzelt om te bemiddelen, ook wanneer het leven van Andrew gevaar loopt. Chloe blijft Jack achter de schermen helpen, zelfs wanneer zij met ontzetting constateert dat ze het leven van Andrew in gevaar brengt. Driscoll neemt een ex-vriendin van Curtis in dienst die een wrok tegen hem koestert.

Jack berooft een buurtwinkel om tijd te rekken en Kalil vast te houden. Heller simuleert een hartaanval in een poging aan de terroristen te ontsnappen en Dina verzoekt Behrooz om voor Debbie "te zorgen".

Kalil komt erachter dat hij wordt gevolgd en knijpt er tussenuit. Heller en Audrey doen een zelfmoordpoging om aan het verhoor door de terroristen te ontkomen, terwijl de moeder van Debbie naar Araz' huis gaat om haar dochter te zoeken.

Jack bevrijdt Heller en Audrey uit de handen van de terroristen. Navi organiseert de moord op zijn eigen zoon... en ontdekt dat het proces van Heller alleen maar een afleidingsmanoeuvre was om de ware plannen van zijn organisatie te verhullen.

Jack en Audrey worden aangevallen door gewelddadige schurken die waren getipt over hun bezoek aan een beveiligingsbedrijf. Edgar voert een riskante 'computerhack' uit in een poging de kwetsbare krachtcentrale 'offline' te brengen. Navi ontdekt dat Behrooz nog leeft wanneer Behrooz contact met Dina opneemt en ze elkaar ontmoeten in een treinstation.

Tony houdt Jack en Audrey schuil, terwijl Jack een mysterieuze man probeert te identificeren en er probeert achter te komen welke CTU-medewerker hier achter zit. Behrooz brengt Dina naar het ziekenhuis, maar de arts rapporteert haar verwondingen aan de politie.

Jack vindt Dina en zij brengt hem bij Behrooz, maar Navi is er eerder. Edgar probeert tevergeefs zijn moeder te evacueren na een 'meltdown' van een atoomcentrale vlakbij haar huis.

Nadat Jack en Dina Behrooz hebben bevrijd, brengt Dina Jack naar het kantoor van waaruit de terroristen hun aanvallen planden. Curtis haalt met behulp van Marianne dossiers terug uit het kantoor van Powell. Audrey komt er achter dat haar echtgenoot connecties heeft met de terroristen en Driscoll stelt zowel Sarah als Tony weer in actieve dienst bij de CTU.

Wanneer de CTU-agenten ontdekken dat Marwan het ontstekingsmechanisme in een kantoorgebouw heeft voegt Jack zich daar weer bij Curtis. Terwijl de klok richting meltdown van de overblijvende krachtcentrales tikt, zoekt Driscoll een oplossing voor de crisis van haar dochter bij de CTU-kliniek.

Terwijl Jack en Paul op zoek zijn naar McLennan-Forster om informatie te krijgen over Marwan, brengt een "sleutelfiguur" van de organisatie een elektronische bom tot ontploffing, met als doel alle elektronische systemen in een straal van 1,5 km te vernietigen.

Jack en Paul komen tegenover een commandotroep van McLennan-Forster te staan waarbij ze een winkel in sportartikelen als bunker gebruiken. Tony en Michelle spannen zich in om weer samen te werken en Marwan begint met de uitvoering van de volgende fase van zijn plan.

Jack en Dina gaan undercover om nog een terrorist ervan te overtuigen om hen te helpen Marwan te vinden. Wanneer Paul wordt geopereerd, realiseert Audrey zich hoeveel ze eigenlijk nog om hem geeft. Chloe komt weer werken voor de CTU.

Wanneer Marwan voorstelt Jack tegen Behrooz te ruilen realiseert de directie van de CTU zich niet dat de uitwisseling alleen maar als afleiding dient. Anderson doet zich voor als vliegwerktuigkundige om zijn aan de grond gehouden vlucht in de lucht te krijgen.

Nadat Air Force One is neergestort, probeert Jack de "nucleaire voetbal" weg te houden van de terroristen. Vice-president Logan neemt met tegenzin het presidentschap over.

Terwijl de mensen van Marwan een kernkop in Iowa stelen nemen de CTU-agenten een man gevangen die verbonden is met Marwan, maar zij worden bij de ondervraging tegengewerkt door de juridische intriges van Marwan.

Nadat President Logan een missie in de war schopt om Marwan gevangen te nemen door de arrestatie van Jack te eisen tijdens deze missie, schakelt hij een adviseur met meer ervaring in. Chloe trekt een tip na die mogelijk leidt naar de medewerkers van Marwan.

Met toestemming van Palmer, ontvoert Jack een Chinese staatsburger die wellicht de enige link is naar Marwan. Chloe worstelt met haar emoties nadat zij haar aanvaller heeft vermoord en Audrey is met afschuw vervuld wanneer Jack opzettelijk het leven van Paul in gevaar brengt tijdens een spoedoperatie.

Cheng Zhi, hoofd beveiliging van het Chinese consulaat, realiseert zich dat Jack en de CTU achter de aanval zaten die leidde tot de dood van de Consum, Palmer en Buchanan stellen alles in het werk om het onderzoek van Cheng te dwarsbomen. Jack verneemt waar Marwan zich bevindt en haast zich om hem gevangen te nemen, terwijl Marwan maakt zich gereed om de gestolen kernkop te lanceren.

Terwijl de kernkop met onbekende bestemming voortraast, ontsnapt Marwan aan zijn gevangenneming door de CTU. De CTU ontdekt dat Richard Heller de link was die Marwan gebruikte voor de ontvoering van Minister Heller en de zegsman van het Huis vindt het vertrouwen van Logan in Palmer verdacht.

Om haar ontsnapping te vereenvoudigen, misleidt Mandy de CTU door hen te laten geloven dat zij Tony heeft vermoord. De Chinezen ontvoeren agent Bern, zijn hoop dat de raket wordt gevonden vervliegt en President Logan geeft Palmer de schuld van de crisis.

De CTU lokaliseert uiteindelijk de vermiste kernraket. President Logan stemt ermee in, tegen de wil van Palmer, om Jack aan de Chinezen over te leveren voor zijn rol in de overval op het consulaat.