Terwijl Jack worstelt met zijn persoonlijke problemen, dreigt een groep terroristen een dodelijk virus los te laten tenzij hun leider wordt vrijgelaten uit de gevangenis.

Jack komt achter de relatie tussen Kim en Chase en gaat samen met Chase op zoek naar informatie over de contacten van Goss. Wayne ontdekt een geheim over Anne.

Jack vindt Kyle's zak met het verdachte witte poeder. Palmer komt meer te weten over de beschuldigingen aan het adres van Anne en Chase raakt geïrriteerd als hij door Jack buiten het onderzoek wordt gehouden.

Wanneer CTU Kyle's spoor kwijtraakt en Palmer geconfronteerd wordt met de keuze toe te geven aan de terroristen of een catastrofale virusuitbraak te riskeren, stelt Jack een riskante derde optie voor.

Tijdens hun ontsnappingspoging uit de gevangenis worden Jack en Salazar gegijzeld door de andere gevangenen. CTU komt steeds dichterbij Kyle. Kim en Chloe komen achter Jacks drugsgebruik.

Nadat Kyle gevangen genomen is, proberen de CTU agenten Jack te weerhouden te ontsnappen met Ramon Salazar.

Terwijl Jack Ramon probeert te weerhouden hem te vermoorden, komt CTU erachter dat Gael samenwerkt met de Salazars, en gaat Chase op eigen houtje op zoek naar Jack.

Tony legt uit hoe hij en Gael Jack hebben geholpen opnieuw te infiltreren bij de Salazars. Jack probeert een ontmoeting op te zetten tussen de Salazars en de verkopers van het virus.

Jack en de Salazars komen erachter dat ze een rivaal hebben bij de veiling van het virus. Chase wordt gemarteld door Salazars mannen. Palmers belangrijkste geldschieter eist het ontslag van Wayne en Kim en Michelle realiseren zich dat Tony misschien niet fit genoeg is om zijn werk te doen.

Jack volgt Nina naar haar ontmoeting met Amador. Claudia helpt Chase te ontsnappen aan zijn achtervolgers en Wayne vraagt Julia Milliken te helpen haar man te weerhouden wraak op Palmer te nemen.

Terwijl Jack en de Salazars zich voorbereiden op Nina's ontmoeting met Amador, neemt Chase zijn plaats in in CTU's Delta Team, en Sherry helpt Palmer terug te vechten tegen miljardair Alan Milliken.

Wanneer Nina het virus aanneemt van Amador neemt CTU positie in om het te onderscheppen. Sherry's eerste poging om Milliken te chanteren mislukt en Kim komt erachter dat Chloe's baby niet van haar is.

Terwijl Jack en Nina terugvliegen naar LA treed er een virus in werking op het CTU kantoor. Sherry confronteert Milliken met zijn betrokkenheid bij een dodelijk ongeval.

Jack brengt Nina terug naar CTU waar ze wordt ondervraagd door Tony. Jack wordt ondervraagd door iemand van Interne Zaken.. Kim confronteert Chase met de baby en Sherry probeert de sporen uit te wissen van haar betrokkenheid wanneer Millikens dood wordt ontdekt.

Jack heeft eindelijk Michael Amador te pakken, maar pas nadat Marcus Alvers is ontsnapt met het virus en dreigt het los te laten in een hotel. De politie komt erachter dat Sherry op Millikens landgoed was toen hij stierf.

Jack laat Amador ontsnappen, zodat hij hem kan achtervolgen. Er breekt paniek uit wanneer het virus zich verspreidt door het hotel en Palmer moet beslissen of hij zal liegen om Sherry te beschermen.

Jack komt erachter dat de man achter de virusaanvallen een voormalige collega van hem is. Saunders maakt zijn eisen kenbaar aan President Palmer en Michelle en Tony beginnen het lot te accepteren van de geïnfecteerde mensen in het hotel.

Terwijl Jack zich voorbereidt om Chapelle te vermoorden omsingelen Chase en zijn aanvalsteam het appartement van Saunders. Michelle komt erachter dat een man die is blootgesteld aan het virus, uit het hotel is ontsnapt.

Wanneer agenten van CTU Saunders dochter gebruiken om zijn locatie te bepalen, gebruikt Saunders ze om te ontsnappen. Michelle's virustest is negatief, maar nadat Adams zuster positief is getest, probeert Chloe Tony ervan te overtuigen dat hij niet langer in staat is zijn functie uit te oefenen.

Terwijl Jack probeert uit te vinden hoe Saunders heeft kunnen ontsnappen, probeert Tony in het geheim Jane Saunders te ruilen voor Michelle. Sherry Palmer biedt een deal aan Palmers opponent.

Terwijl Jack op jacht gaat naar Tony en Jane Saunders ontsnapt Michelle aan Jane's vader. Senator Keeler confronteert Palmer met bewijzen van zijn leugens tegen de politie.

Nadat Saunders de locatie heeft gegeven van 10 van de 11 virusbuisjes, gaat Jack op zoek naar het laatste flesje welke zich bevindt op een snelweg naar Los Angeles. Sherry betrapt Wayne en Foxton terwijl ze inbreken in haar woning.

Jack achtervolgt de man met het laatste virusbuisje. Wayne vertelt Palmer wat er gebeurd is met Sherry en Tony wordt beschuldigd van landverraad.