核爆弾テロから3年。ジャックは本格的にCTUに復帰し、工作部門を率いていた。相棒は若くて優秀な部下チェイス、さらに娘のキムも今やCTUの一員だ。ジャックは、1年にもおよぶ苛酷な潜入捜査の末、ついに中南米の麻薬王ラモン・サラザールの逮捕に漕ぎつけた。だが、その代償としてジャックの身体は麻薬に蝕まれ、中毒状態となっていた……。

衛生局から、「死体は麻薬の売人デイヴィッド・ゴスで、ウィルスは白い粉状のものだ」という報告が入る。CTUはゴスの住所を割り出し、ジャックとチェイスは現場へ急行。ゴスの部屋にいたザックを捕らえ、情報を吐かせる。

ジャックは、衛生局長ダンカンおよび危険物処理班と共にカイルの自宅に急行。しかし、カイルは大金の出所について父親と口論となり、その過程で、あろうことかドラッグの袋が破れてしまった。

カイルはリンダと共に逃走するが、ヘクターの手下に拉致監禁されてしまう。緊急手術中のトニーの代わりにCTUの指揮を執るミシェルの元に、サラザール一味から、ラモン引き渡しの条件を告げる電話が入る。

討論会がスタート。予想通りキーラーはアンに対する新薬の治験データ改竄疑惑を持ちだし、パーマー大統領は窮地に追い込まれる。その頃、刑務所内は暴動騒ぎで混乱状態。

ヘリの無線を切ってしまったジャックに、CTUはカイル確保を知らせることができない。そこに本部から乗り込んで来たシャペルが、今後は自分が指揮を執り、軍にヘリの撃墜を要請すると告げる。

シャペルは、生物テロの危険が去ったことをスタッフに報告。ジャックとラモンの捜索が最優先事項である、と告げる。キムをIT室に監禁したガエルは仕事に戻るが、アダムが縛られたキムを発見。

トニーはパーマー大統領に電話をし、ジャックみずからが事の詳細を語っているビデオを見せる。ウィルス騒ぎも脱獄も、すべてサラザール兄弟の信頼を得るために仕組んだおとり捜査だったというのだ。

ジャックは、なんとかラモンを信用させたものの、チェイスと揉み合い発信機を壊してしまう。ジャックの居所がつかめなければ、ウィルス兵器を押収する作戦も水の泡だ。CTUでは、ジャックの行方を全力で捜索するが、いまだつかめず……。

あろうことかウィルスはニーナが落札。サラザール兄弟は用なしのジャックを殺そうとするが、ジャックはニーナからウィルスを取り戻す、と説得。ヘクターからCTUのガエルのもとに電話が入り、ニーナの件やチェイスのことを話し、ジャックに替わる。

ラモンはヘクターを射殺。ジャック、ニーナと共に廃鉱に向かう。現場にはすでにチェイスが、その後方にはデルタチームが待機していた。緊張感の高まるCTUでは、もう一つ問題が起きていた。

ミリケン邸でシェリーはジュリアに詰め寄り、夫が男の拉致にかかわった証拠を探すよう要求。しかし、当のミリケンに気づかれ、シェリーと口論になった末に彼は発作を起こす。

赤ん坊の件で業務から外されていたクロエの活躍で完全にダウンする寸前、ネットワークはなんとか復帰。ニーナを連れてCTUに戻ったジャックは彼女の尋問を始めようとするが、シャペルの指示で逆に麻薬についての尋問を受けるハメに。

CTUの警報を聞いたキムがニーナを撃とうとした直前、ジャックがニーナを射殺。正当性を疑うシャペルはジャックを聴取。その途中、アマドールの居所が判明し、ジャックはシャペルを説得しチェイスと現場へ。

ミシェルとガエルはあわやのところで間に合わず、なんとウィルスはガエルの眼前で拡散。ガエルはたちまち発症。ミシェルが捕らえたアルバースを問い詰めると、促進剤で潜伏期間を14時間より速めたと言うのだ。その上、不審に思った従業員が火炎報知器を鳴らしてしまい、ホテル内はパニック状態となる。

ホテルにはスワットと衛生局職員が到着し完全封鎖。ミシェルがアルバースから雇い主の特徴を聞き出し、CTUで照合の結果、犯人はコソボでジャックと共に仕事をした元MI-6のメンバー、スティーブン・サンダースと判明。彼はコソボ作戦で置き去りにされたため、アメリカ政府を恨んでいたのだ。

ガエルの死に続き、ホテルの人々が次々と発症。そんな中、1人の女性が、一緒に来た情事の相手がいなくなった、と申し出る。ミシェルは指紋からその男を割り出す。同じ頃、その男コールは、自宅のバスルームで止まらない鼻血に悪戦苦闘していた……。

時間内にサンダースを発見できずシャペルを犠牲にしたジャックは、ウェインとトニーにシャペルの死亡を知らせる。逆にトニーは、サンタバーバラの大学に通うサンダースの娘ジェーンを見つけたことを告げる。

パーマーは、世界中に潜伏する秘密工作員の名前を公表しろ、さもないと二大都市にウィルスをバラまく、というサンダースの要求に頭を悩ませていた。さらに、キムが身がわりになりジェーンは拘束できたものの、すぐにサンダースにジャックが娘を拉致していることがバレてしまう。

ジャックとチェイスのチームは、サンダースの隠れ家を急襲。しかし、もぬけの殻だった。ジャックは、捜査官の1人からトニーに別の場所へ移動するよう命令されたと聞く。不審に思ったジャックが電話で尋ねると、トニーは何かの間違いだろう、とごまかす。

CTUでは、トニーがジェーンを連れ出したことが発覚。監視衛星でクロエがトニーの車を突き止め、ジャックが追う。行く手を阻止したジャックに、トニーは真相を告げ、見逃してほしいと頼む。

凄まじい銃撃戦の末、ジャックはついにサンダースを逮捕。ウィルスの入った11本のビンのありかを問い詰めるが、サンダースは拒絶。しかたなくジャックは、サンダースとジェーンをヘリに乗せ、チャンドラー・プラザ・ホテルへ。

10本のビンは無事に回収。残り最後の1本を追い、ジャックはロサンゼルスの地下鉄へ。もう少しで確保、というところで思わぬ事態が発生し……。