Meer dan een jaar is er verstreken sinds de gebeurtenissen van dag een. President David Palmer is aan het vissen met zijn zoon in Oregon wanneer hij wordt geïnformeerd over een noodsituatie. Bij CTU wordt George Mason bevolen om Jack Bauer op te roepen. Jack heeft sinds de dood van zijn vrouw niet meer gewerkt. Hij heeft geen interesse in de klus, maar bedenkt zich wanneer Palmer hem persoonlijk vraagt om zijn hulp.

Jack werkt aan zijn cover om in contact te kunnen komen met een kleine groep binnenlandse terroristen. Hij komt erachter dat hun target heel dicht bij huis is.

Jack waarschuwt Lynne over de dreigende bombardement van CTU, maar haar pogingen om Palmer te informeren worden gesaboteerd door Eric, die zijn eigen agenda heeft. George lokaliseert het magazijn waar de nucleaire bom zou kunnen zijn. Zijn ontdekking leidt tot een onverwachte tragedie. Kim neemt Megan mee naar CTU, in de overtuiging dat dat de veiligste plek voor hen beiden moet zijn.

George keert terug naar CTU, waar hij de medici beveelt om de zwaargewonde Paula bij bewustzijn te brengen. Palmer rekent Eric zijn bedrog aan. Kim neemt Megan mee naar het ziekenhuis, waar het personeel haar beschuldigt van misbruik. Jack lokaliseert de leider van de Amerikaanse terroristische groepering. Hij komt achter de identiteit van de opdrachtgeefster.

George weigert Jack te laten helpen bij het verhoor van Nina. Jack zoekt zijn toevlucht in chantage van George, om zijn gedachten te veranderen. Palmer en Stanton hebben een ontmoeting met een ambassadeur uit het Midden-Oosten. Tony bezoekt het huis van de Warner's en vraagt Reza over zijn mogelijke band met Syed Ali.

Jack begint zijn ondervraging van Nina en gaat tot het uiterste om haar de naam te laten noemen van haar contact. Palmer is verbaasd en achterdochtig wanneer zijn ex-vrouw Sherry terugkeert. Kim en Miguel zijn van plan om Megan te ontvoeren uit het ziekenhuis, om haar mee te nemen uit LA.

Jack dwingt Nina mee te helpen met een zaak tegen haar contact, in de hoop dat hij hen naar de bom kan leiden. Palmer en Mike proberen achter de loyaliteit van Stanton te komen tijdens het onderzoek naar de helikoptercrash. George heeft een laatste gesprek met zijn zoon.

Kim en Miguel worden gearresteerd en de politie is van plan om ze mee terug te nemen naar LA. Tony ondervraagt Bob Warner bij CTU en komt meer te weten over zijn banden met de overheid. Palmer ontdekt een verrader in zijn gelederen wanneer de journalist die hij vasthield vrij is gelaten. Nina zorgt ervoor dat ze onmisbaar wordt in de zoektocht naar de bom.

George zet Bob tegen Reza op in de hoop dat een van beide zal toegeven dat ze werken met Second Wave. Sherry en Lynne botsen over de toespraak van Palmer aan de pers. Kate wordt ondervraagd door Syed Ali, die gelooft dat ze te veel weet over de bom. Jack en Nina bestrijden een groep afvallige soldaten tijdens het wachten totdat de hulp is gearriveerd. Ze ontsnappen bijna maar dan neemt Nina Jack in gijzeling en eist ze een gesprek met de president.

Twee verraders worden ontrafeld. Een daarvan is de mol in de staf van Palmer. De andere is iemand van de Warner familie die Syed Ali helpt om de bom het land in te krijgen. Jack komt achter de locatie van Ali en probeert Kate te redden. Kim en Miguel verzinnen een ontsnappingsplan om uit de buurt van LA te blijven, maar het resultaat is desastreus.

Kate helpt Jack met het opsporen en identificeren van Syed Ali. Palmer arresteert Stanton. Palmer beseft dat hij ver moet gaan om Stanton te laten praten. Kim bereikt haar dieptepunt van de dag, als ze een poema tegenkomt in het bos.

Jack komt in een strijd met Syed Ali. George vraagt Bob Warner's hulp met betrekking tot Marie's motieven. Kim wordt gered door een mysterieuze jager die haar onderdak aanbiedt. Lynne krijgt een ernstige waarschuwing van Sherry.

Jack en Kate proberen te Marie te breken in hun zoektocht naar de locatie van de bom. Palmer confronteert zijn ex-vrouw met de informatie die Stanton hem heeft gegeven. George stapt eindelijk op als directeur van CTU en geeft de positie over aan Tony.

Palmer, Mike en Lynne bespreken verschillende scenario's met betrekking tot de tikkende bom. Ze concluderen dat de woestijn de beste plaats is om het te kunnen controleren. Jack begrijpt dat een mens het vliegtuig met de bom moet besturen. Hij offert zich op voor deze klus. Palmer vertrekt naar Los Angeles, zodat hij dicht op het nieuws zit, met betrekking tot de bom.

Jack en Michelle ondervragen Syed Ali, die beweert dat de audio-opnames vals zijn. Palmer bereidt zich voor op een oorlog tegen de drie landen die betrokken waren bij het nucleaire aanval. Kim raakt gevangen bij een gijzeling. Jack is benaderd door een man die informatie wil ruilen voor Kate Warner.

Jack ontmoet de enige overlevende Coral Snake Commando, die Kate Warner eist in ruil voor informatie over de opnamen. Tony en Carrie bespioneren Michelle wanneer ze vermoeden dat ze samenwerkt met Jack. Mike en de Vice-President zetten de druk op Palmer, wanneer hij zijn twijfels uit over de dreigende oorlog.

Jack, Kate en Wallace vechten zich een weg naar buiten in een dodelijke confrontatie met commando's. Palmer besluit sterker in te gaan grijpen tegen de burgerlijke onrust als gevolg van de bomexplosie. Tony's vertrouwen in Michelle is helemaal weg wanneer hij haar verdenkt van verraad. Kim's zorgen lijken weg te zijn wanneer de aanklachten tegen haar is vervallen.

Jack is gevangen genomen en wordt gemarteld door mannen die de chip willen hebben. Kate en Yusuf worden overvallen voordat ze de chip bij CTU af kunnen geven. Tony en Michelle hebben een intens moment samen nadat haar broer door is gedraaid. Palmer neigt ernaar om de aanvallen af te blazen en Lynne ontdekt een geheime operatie die de vice-president aan het opzetten is tegen Palmer.

Jack vindt een bondgenoot die kan hem helpen ontsnappen van Kingsley's mannen. Lynne wordt geconfronteerd met de plannen tegen Palmer, nog voordat ze hem erover kan waarschuwen. Chappelle gaat tegen Tony's plannen om Jack te helpen in. Kate beloofd haar ontvoerders geld in ruil voor de chip.

Palmer's kabinet roept het 25e amendement aan in een poging om hem af te zetten. Ze veroordelen hem voor het uitblijven van een reactie tegen de nucleaire bom. Jack en Michelle werken tegen de klok om te bewijzen dat het bewijsmateriaal vals is.

Jack vindt de man die geknoeid heeft met het audio-bewijs, maar zijn pogingen om op te pakken worden gesaboteerd door Sherry Palmer. Kim keert terug naar het huis van de Matheson's, waar ze ontdekt dat haar problemen nog lang niet voorbij zijn. Palmer is op zoek naar een bondgenoot die hem zal helpen. Tony en Michelle zetten Chappelle buitenspel wanneer hij hen belemmert om Jack te helpen.

Wanneer Jack op een dood spoor zit, beseft hij dat hij Sherry ervan moet overtuigen om hem te helpen. Allerlei dingen gaan er mis bij CTU wanneer Divisie de afwezigheid van Chapelle verdacht begint te vinden. Mike en Prescott vragen Palmer om hen te helpen wanneer de bommenwerpers dichter bij hun target komen.

Jack maakt gebruik van Sherry om Kingsley naar een openbare plek te lokken, maar Kingsley vermoedt een valstrik. Palmer's advocaat vindt het bewijs met betrekking tot Kingsley en overtuigt Mike ervan om Palmer vrij te laten uit zijn voorarrest.