בזמן שג'ק מגלה על יחסיהם של קים וצ'ייס, הוא וצ'ייס יוצאים לבדוק כתובת שבה התגלתה גופה נגועה בוירוס. השניים מגלים רמז חדש בקשר לחקירה ומנסים לעצור את הווירוס מלהתפשט. בינתיים, פאלמר מציע לבטל את הדיון למרות רוחו של ויין.

ברגע האחרון מנהל הכלא מגלה שג'ק רוצה להבריח את סלסאר, אך ג'ק מנסה להיחלץ ומקים מהומה שבה משתחררים כל האסירים מתאיהם. בינתיים, קים ואדם מצליחים לאתר את קייל סינגר.

בזמן שג'ק ורמון מתחמקים מהרשויות, קים מגלה מי החפרפרת בלוט"ר, וריאן שאפל מתמנה למפקד לוט"ר ומתחיל לערוך שם שינויים. בינתיים, פאלמר נאלץ לבטל את הדיון בשל המהומות בכלא.

טוני פועל בחשאי כדי למצוא דרך להוציא את ג'ייו סונדרס מלוט"ר ולשחרר את מישל, לפני שג'ק וצ'ייס יעלו עליו. שרי פאלמר פונה לסנטור קילר, שמתמודד נגד פאלמר בבחירות לנשיאות, ומציעה לו עסקה...

בזמן שג'ק מנסה למצוא את טוני וג'יין, מישל מצליחה להתחמק מידיו של סונדרס. סנטור קילר מתעמת עם הנשיא פאלמר לגביי טיוח מותו של מיליקן.

ג'ק וצ'ייס מנסים לאתר את המבחנות שמכילות את הנגיף. בינתיים, ויין פורץ לביתה של שרי כדי למצוא ראיות מפלילות, כשבמקביל ג'וליה מילקין מגיעה למקום כדי להתעמת עם שרי.

בפרק סיום העונה, טוני עלול לאבד את הפיקוד על לוט"ר ולעמוד לדין באשמת בגידה לאחר שפעל להצלת מישל, והנשיא פאלמר מחליט לפרוש מהמרוץ לנשיאות.

העונה מתחילה כשנה וחצי לאחר אירועי העונה הקודמת. ג'ק באוור, שעובד כעת עבור שר ההגנה, נקרא ללוט"ר לאחר פיצוץ שארע ברכבת בכדי למנוע את הפיצוץ הבא...

ג'ק מבקש מדריסקול להציב אותו כסוכן בלוט"ר כדי שיעזור למצוא את הלר. ג'ק ורוני יוצאים לאסוף את אנדרו, אבל האיש של שרק מקדים אותם. חוטפי המזכיר הלר מודיעים שהם מתכוונים לשפוט אותו על פשעי מלחמה.

ג'ק עוקב אחרי הטרוריסטים שחטפו את אנדרו, אך הוא לא מצליח למנוע מהם לענות אותו בעבור מידע. אמא של בהרוז מזמינה את דבי אליה הביתה כדי לברר מה בדיוק היא יודעת.

ג'ק ודריקסול מסכימים על הפסקת אש ביניהם ומחליטים לעבוד יחד כשהמשטרה עושה טעות קריטית בטיפול המקרה של חליל. בינתיים, הנשיא מחליט לפוצץ את הבניין שבו כלואים המזכיר הלר ובתו, כדי להימנע ממבוכה בינלאומית...

הנשיא מבטל את ירי הטילים על הבניין שבו מוחזקים הלר ובתו, וג'ק יוצא לחלץ אותם. בעלה של אודרי מגיע ללוט"ר ואומר לה שהוא רוצה לחזור אליה ולשקם את היחסים ביניהם.

ג'ק הולך עם אודרי לצפות בצילומי מצלמות האבטחה מאירוע שבו השתתף אדם שאודרי זיהתה כאחד משוביה, אך בדרך הם מותקפים על ידי בריונים. בינתיים, אדגר מנסה לכתוב תוכנה שתנתק את הכורים הגרעיניים מהרשת.

טוני מגן על ג'ק ואודרי לאחר שהם מצליחים להימלט מהטרוריסטים. בהרוז לוקח את דינה לבית החולים לקבלת טיפול רפואי. בינתיים, המזכיר הלר מנסה לחשוף מי החפרפרת בלוט"ר, אלא שהראיות מובילות לכיוון הלא נכון...

ג'ק וטוני מאתרים את דינה שמובילה אותם למקום הימצאו של בהרוז, שמצליח לחמוק מידיהם. בינתיים, ג'ק מאתר שיחות שבוצעו מהטלפון הנייד של האיש שאודרי זיהתה, ואדגר מנסה להציל את אמו המתגוררת בסמוך לאחד הכורים הגרעיניים.

דינה מספרת לטוני שמרוואן מחזיק במתקן השליטה בכורים הגרעיניים. בינתיים, ג'ק מצליח לסחוט מפול מידע לגבי אדם בשם בארנס, ומתברר שזהו שמו הבדוי של חביב מרוואן.

ג'ק ופול מגיעים למשרדי ההנהלה של חברת מקלנן-פורסטר כדי לשלוף מידע על מרוואן, אך מישהו בחברה מנסה לעצור אותם בדרך מתוחכמת...

לאחר שג'ק מגלה כי מאחד המסמכים שהוא ופול הביאו הצליחו לשלוף שם של אדם שקשור למרוואן, הוא ודינה יוצאים במסווה כדי להשיג מידע נוסף. בינתיים, קלואי שבה לעבוד בלוט"ר לבקשת מישל.

אנשי לוט"ר פושטים על מקום מחבואו של מרוואן, אך הוא מצליח לחמוק מבין אצבעותיהם. למזלם ג'ק מגלה מידע שיכול להיות לעזור למצוא את המטרה הבאה של מרוואן.