18 Monate sind seit den Ereignissen von Tag 4 vergangen. Mit Ausnahme von David Palmer, Tony Almeida, Michelle Dessler und Chloe O'Brian glaubt die Welt, dass Jack Bauer tot ist. Jack lebt in der Nähe von LA unter dem Namen Frank Flynn, arbeitet auf einer Bohrinsel und lebt mit Diane Huxley und ihrem Sohn Derek zusammen. In LA besucht David Palmer seinen Bruder Wayne, als er von einer Kugel eines Attentäters getötet wird. Während sich die CTU bemüht, mehr Informationen zu sammeln, tötet eine explodierende Autobombe Michelle und verletzt Tony. Chloe wird ebenfalls von einer unbekannten Gestalt verfolgt, aber sie entzieht sich ihm und schafft es, Jack um Hilfe zu bitten.

Jack ist zurück, doch nun ist er derjenige, der von der CTU verdächtigt wird David Palmer ermodet zu haben. Nicht nur die Suche nach dem wahren Mörder, sondern auch der Beweis seiner eigenen Unschuld stehen nun an erster Stelle für ihn und Chloe.

Derek gehört zu den Geiseln, die am Flughafen festgehalten werden. Jack versucht alles, um ihn zu befreien, doch das erweist sich alles andere als leicht.

Das Geiseldrama am Ontario-Flughafen geht weiter und Lynn McGill übernimmt durch die Anordnung des Weißen Hauses das Kommando in der CTU. Während seines Dienstes fällt ihm auf, dass der letzte Anruf von Jack ein Notsignal enthielt, das codiert war. Durch dieses Signal sollten Curtis und die CTU gewarnt werden, woraufhin Lynn den Angriff in letzter Sekunde stoppt.

Walt Cummings hat den Auftrag gegeben, dass Jack Bauer ermordet werden soll. Dafür wird er in die CTU-Hauptzentrale gebracht. Den Terroristen ist derweil die Flucht vom Flughafen gelungen. Das Nervengas konnten sie ebenfalls in ihren Besitz bringen und damit planen sie nun einen Anschlag auf Moskau.

Bevor sie sich noch einmal unterhalten konnten, werden Jack und Novick verhaftet. Doch Jack schafft es den leitenden Secret-Service-Agenten davon zu überzegen, dass Walt Cummings in den Nervengasdiebstahl verwickelt ist. Somit kann er mit dem Präsidenten reden und droht Cummings Folter an, wenn er nicht gesteht.