כשמטוס ה-"אייר פורס 1" מתרסק, בני זוג שנופשים במדבר נתקלים במזוודת הגרעין שמכילה את סיסמאות ההפעלה לראשי הנפץ הפזורים ברחבי ארה"ב. הזוג יוצר קשר עם המשטרה ודרכה מגיעים לג'ק שמנסה להגיע אליהם לפני שמישהו אחר יעשה זאת.

בלוט"ר מגלים שאחד מראשי הנפץ של ארה"ב נעלם, ועושים מאמצים לאתרו. בינתיים, מתגלה אדם שעשוי להוביל אל מרוואן, אך ליחידה מגיע עורך דין עם צו בית משפט שמונע מיחידה לחקור אותו.

חברה של אחד הטכנאים שעובדים עם מרוואן מתקשרת ללוט"ר ומספרת שמצאה תרשים חשוד במחשב של החבר שלה, והיא חושדת שיש לו קשר לפיגועים. בינתיים, הנשיא לוגן מתחיל להילחץ מהסיטואציה ומורה לעצור את ג'ק באוור.

בפרק סיום העונה, טכנאי לוט"ר מצליח לשלוף מידע ממחשב כף יד שנמצא על גופתו של מרוואן, ומתברר שאלו נקודות הציון של נתיב הטיל. לסינים נמסר שג'ק היה אחראי למבצע החדירה לקונסוליה, והם דורשים שהוא יוסגר לידיהם.

שנה לאחר אירועי העונה הקודמת, ג'ק באוור שנחשב כמת, חי תחת זהות בדויה עם חברתו ובנה. השלווה מהר מאד מתפוגגת כששורת אירועי התנקשות מתרחשת בסמוך למועד חתימת הסכם פירוק נשק גרעיני בין ארה"ב לרוסיה.

לאחר אירוע ההתנקשות בחייו של פאלמר, ג'ק הופך לחשוד העיקרי. כדי למצוא ראיות מנסה ג'ק להסתנן לביתו של פאלמר ונתפס על ידי ויין, שמשתכנע שג'ק לא אשם. בינתיים, בזמן הגעת הנשיא הרוסי, העניינים יוצאים משליטה.

ג'ק מסתתר בהאנגר שבשדה התעופה ומעביר מידע על הטרוריסטים לחבריו בלוט"ר. העניינים מתחילים להסתבך כשהטרוריסטים מאיימים להוציא להורג בני ערובה אם לוגן לא ימלא אחר דרישותיהם.

הטרוריסטים חושפים את ג'ק ומורים לו לשנות את מערך התקיפה של לוט"ר, אך ג'ק מנסה להעביר מסר לחבריו ביחידה ולידע אותם שהוא פועל תחת לחץ. בינתיים, מרתה מנסה לספר לבעלה על ההוכחות לשיחתה עם פאלמר, אך וולט מפריע לה.

קלואי מתריעה על פעילות חשודה של אחד העובדים. ג'ק חוקר את המקרה ומגלה חפרפרת. במקביל, מרתה נשלחת לאשפוז אבל נעלמת, ולוט"ר מגלים שמצבור של גז עצבים הועבר מהנגר בשדה התעופה.

כדי לאתר את גז העצבים במהירות, ג'ק מגייס את עזרתו של מייק נוביק כדי להשיג מידע מפליל על וולט קאמינגס. במקביל, ביוקאנן מתעמת עם לין בנוגע להפרת הוראותיו של הנשיא בזמן שהרוסים מנסים להימלט עם הגז.

ג'ק מאתר את מיקומו של אדם שיש לו קשר לטרוריסטים ולוגן נאלץ להעניק לו חסינות בתמורה למידע על מקום הימצאם. בינתיים, קלואי מחזירה זמנית את ספנסר לתפקידו, וג'ק מגיע אל רוסלר, שאמור לתכנת מחדש את מנגנוני הנפץ של פחיות הגז.