Scorpion (Kara Thrace), data per dispersa due mesi prima, riappare dal nulla e si unisce alla battaglia contro l'armata Cylone. Mentre infuria il combattimento un caccia nemico si trova faccia a faccia con Anders (uno degli ultimi cinque Cyloni ancora nascosti), l'iride dell'occhio sinistro di Anders si illumina di rosso per un attimo, come per rispondere ad un segnale di riconoscimento lanciato dal nemico Cylone. L'intera armata Cylone cessa immediatamente le ostilità lasciando molto perplessi i comandanti del Galactica. La flotta fugge effettuando un salto. Scorpion torna sul Galactica dopo essere scomparsa per più di due mesi, destando molti interrogativi: è convinta infatti di aver trovato la Terra e di essere ritornata per guidare la flotta verso casa. Il presidente Roslin si oppone a questa teoria, poiché condivide il contenuto dei propri sogni con Caprica Sei (prigioniera a bordo), la quale rivela che gli ultimi cinque Cyloni ancora sconosciuti sono sul Galactica, aprendo così l'ipotesi che anche Kara Thrace sia un agente Cylone. Gaius Baltar si salva da un'aggressione e riesce a conquistare ancora più fiducia da parte della comunità che lo ospita in quanto un bambino malato per cui lui aveva pregato guarisce "miracolosamente". Scorpion è convinta di sentire nella sua testa un segnale che indica la direzione per la Terra ma nonostante la propria insistenza non viene creduta. Dopo un altro salto della flotta percepisce che la direzione dettata dal presidente Roslin la sta allontanando dalla Terra così, dopo essersi armata, assale le guardie che proteggono l'alloggio della Roslin. L'episodio termina con Scorpion che punta una pistola al volto del Presidente.

Scorpion (Kara Thrace) con l'arma in pugno supplica la Roslin di crederle, è convinta di sentire il segnale della Terra, e che questo segnale si stia indebolendo. Pur di essere creduta le consegna la pistola, invitandola a fare fuoco; il presidente Roslin spara un colpo colpendo solo una foto sopra un mobile, nella stanza entrano le guardie di sicurezza con l'ammiraglio che intanto erano giunte all'ingresso ed arrestano Scorpion ormai fuori di senno. Sulla nave base cylone si discute di riprogrammare i caccia, visto che questi si rifiutano di attaccare la flotta degli umani, ma altri cyloni si oppongono a questa lobotomia, dopo una votazione si decide per la riprogrammazione scatenando discordie coi cyloni contrari a queste modifiche. Sul Galactica Lee Adama accetta il posto vacante nel consiglio dei dodici offertigli da Tom Zarek (vicepresidente) e si trasferisce sul Colonial One. I cyloni contrari alla lobotomizzazione dei caccia affrontano una discussione con Numero Uno, il modello cylone che sembra comandare sugli altri. Uno non intende fermare la riprogrammazione, allora due centurioni, ai quali è stato rimosso l'inibitore cefalico, uccidono l'intero consiglio cylone, Numero Uno compreso. L'ammiraglio Adama decide di liberare Scorpion e le affida una nave per permetterle di cercare la Terra seguendo un'altra rotta.

Il Numero Uno viene resuscitato, la flotta cylone è divisa in due, fra quelli che vogliono dare il libero arbitrio a tutti e quelli che vogliono mantenere il controllo sugli altri, la nave base cylone dove è avvenuta l'uccisione del Numero Uno è in mano alle Sei ed ai suoi alleati.

Cally, la moglie del capo Tyrol si sveglia col pianto del suo bambino, ma il marito non c'è. Lo trova al bar in compagnia di Tory la quale lo sta accarezzando.

Lee Adama si insedia quale rappresentante della popolazione di Caprica come delegato membro del consiglio e si scopre che Kara Thrace (Scorpion) ha proseguito la ricerca della Terra seguendo un'altra rotta con la nave Demetrius affidatale dall'amimiraglio. Sulla Demetrius intanto dopo ventidue giorni di navigazione l'equipaggio è scontento del comando di Kara, impartisce ordini contrastanti e la ricerca non ha portato ancora a nulla.

Il redivivo Numero Uno tornato sulla nave base cylone controllata dalle Sei discute su come ricomporre la frattura che si è creata nella flotta cylone, gli viene chiesto dalle Sei di smettere di lobotomizzare i caccia e resuscitare le Numero Tre (modello D'Anna) che fino ad ora erano state disattivate. Numero Uno non è d'accordo sul ripristino delle D'Anna, ma le Sei insistono che vogliono ricostruire la grande unita dei cyloni con tutti e dodici i modelli che la compongono. Numero Uno afferma di non credere che ciò sia possibile ma esporrà queste richieste al resto della sua flotta, i centurioni lo scortano fuori dalla nave base cylone. Con un tranello i Numero Uno tendono un'imboscata alle navi delle "ribelli" Sei, le attaccano nello spazio fuori dalla portata della nave resurrection, esse moriranno per sempre.

Sul Galactica Cally con l'assunzione di psicofarmaci è diventata paranoica, segue il marito Tyrol e assiste, nascosta dietro una paratia, ad un incontro del marito con Saul e Tory, capisce che sono tutti e tre cyloni anche il suo amato compagno. Più tardi, tornata al suo alloggio, colpisce il marito Tyrol rubandogli la chiave del quadro comandi che apre il portello di lancio nello spazio. Prende dal lettino suo figlio e raggiunto il ponte di lancio inserisce la chiave nel quadro, pronta al suicidio. Tory raggiunge Cally al portello, Cally l'aggredisce verbalmente dicendole che ormai sa chi è lei, e che conosce anche gli altri cyloni nascosti sul Galactica. Tory però la convince a fidarsi di lei, una volta avuto suo figlio in braccio la colpisce, raggiunto il quadro comandi interno Tory fa aprire il portello e lancia Cally nello spazio uccidendola. L'episodio termina con l'ammiraglio e Tyrol seduti uno di fronte all'altro in silenzio in un piccolo alloggio, Tyrol è molto provato in volto, si capisce che l'ammiraglio in persona è venuto a comunicargli la tragedia del suicidio della moglie.

L'episodio si apre con il rito funebre per Cally. Il colonnello Tigh fa visita a Caprica Sei in cella, tutti i giorni. Tory e Saul Tigh visitano il neo vedovo Galen Tyrol e lo rimproverano per il suo strano comportamento, potrebbe rivelare la loro identità di cyloni. Tory chiede a Tyrol perché Cally si sia suicidata (ma è stata Tory stessa ad ucciderla, vedi ep. precedente), Tyrol è convinto che il suicidio sia dovuto al fatto che Cally credesse che lui e Tory avessero una relazione, cosa non vera. Saul consiglia a Tyrol di affrontare il dolore da uomo, forte, mentre Tory gli ricorda che loro sono cyloni per cui devono mettere da parte i sentimenti. Un gruppo di uomini col volto mimetizzato (i figli di Ares) gettando una granata fumogena, irrompono nella comunità dove risiede Gaius Baltar, picchiano le donne e devastano gli arredi alla ricerca di Baltar, ma il raid non porta risultati e gli aggressori dopo soli due minuti fuggono. Intanto il capo Galen Tyrol con la mente oppressa dai recenti accadimenti sbaglia a sostituire un ricambio su un caccia e questo provoca un grave incidente di volo. Gaius dopo l'assalto subito assale a sua volta un gruppo di religiosi in preghiera degli antichi dei (Zeus, Afrodite, Artemide), sfiorata la rissa arrivano due marines della sicurezza che lo arrestano. L'ammiraglio ed il presidente Roslin sono preoccupati per l'escalation di violenza a sfondo religioso, dopo una visita a Baltar in cella il presidentre lo fa rilasciare. L'ammiraglio raggiunge Tyrol al bar e cerca di consolarlo per la perdita di Cally, ma lui reagisce male, tanto che Adama gli revoca l'incarico di capo meccanico e lo assegna ad altro. Il presidente Roslin emana un decreto per impedire le assemblee pubbliche sopra un certo numero di partecipanti, il consiglio non è d'accordo con questa misura restrittiva. Saul Tigh visita caprica Sei nella cella, spegne le telecamere di sicurezza e allontana il personale di guardia, dopo un discorso sul dolore Caprica Sei lo picchia a sangue sul volto chiedendogli "Che cosa provi Saul? Riesci a vedere le cose con chiarezza?". Gaius Baltar viene picchiato da un marine che obbediva all'ordine di restrizione delle assemblee, Gaius voleva solamente entrare nei suoi alloggi e andare a dormire, ma dentro c'erano altre persone il cui numero superava quello prefissato dalla legge. Sopraggiunge Lee Adama con altri marines che annuncia l'annullamento delle restrizioni per le assemblee, il consiglio ha votato per la cancellazione del decreto restrittivo. Adama continua a leggere alla Roslin mentre questa si sottopone alle cure. Gaius ferito e sanguinante attira ancora più a sé le sue seguaci. In cella Caprica Sei ammette lo sbaglio di aver picchiato Saul e capisce che lui ha bisogno d'amore, lo bacia. L'episodio si conclude con Gaius che parlando alla folla di seguaci afferma: "Voi dovete amare voi stessi, come potrete amare gli altri se non amate voi stessi? Voi siete perfetti perché Dio vi ama come siete per cui ognuno di voi è perfetto, voi siete perfetti così come siete.". La folla lo applaude.

L'episodio inizia sulla Demetrius, la nave data a Kara per cercare la Terra, siamo al 58º giorno di navigazione. Kara continua a dipingere la sua visione della rotta per la Terra, è agitata e sembra un po' stanca e fuori di testa, non è riuscita ancora a trovare la direzione giusta verso casa. Sul Galactica Gaius Baltar predica ai suoi discepoli, usa anche una trasmittente come una piccola stazione radio pirata. Sulla Demetrius l'equipaggio è stanco degli insuccessi di Kara, desidera ricongiungersi alla flotta e lo si farà fra due giorni. Kara esce in ricognizione con un viper, sotto i commenti negativi degli altri membri della Demetrius. Hot Dog è in ricognizione con lei quando il Dradis segnala un contatto non identificato, si tratta di un caccia cylone molto danneggiato. Sul caccia c'è Leoben, è venuto a cercare Kara per offrire una tregua fra i cyloni e gli umani ed aiutarla a trovare la Terra. Leoben attracca con il caccia sulla Demetrius e viene condotto ammanettato davanti a Kara. Le dice che il l'equipaggio non si fida più di lei e che l'ibrido che controlla la nave base cylone vuole parlarle per aiutarla a trovare la Terra. Leoben viene portato negli alloggi di Kara come da suo espresso ordine. Sul Galactica Tyrol non riesce a capire il suicidio della moglie Cally, come poteva suicidarsi abbandonando un figlio piccolo? Tory cerca di calmarlo ma accenna anche al fatto che sua moglie potrebbe aver scoperto che lui, Galen, fosse un cylone. Sulla Demetrius Anders trova Leoben e Kara che dipingono insieme la solita visione ossessiva avuta dalla donna, colpisce Leoben e lo fa rinchiudere nel magazzino. Leoben rivela ad Anders che gli altri cyloni li hanno attirati in una trappola, li hanno attaccati e da allora con la nave base danneggiata stanno andando alla deriva, gli propone un'alleanza, gli umani devono salvare questi cyloni dai loro fratelli che vogliono ucciderli ed in cambio l'ibrido indicherà a Kara la rotta per la Terra. L'equipaggio, venuto a conoscenza di questa proposta la valuta come una trappola mentre Kara decide di verificare il racconto di Leoben per non rinunciare alla possibilità di ritrovare la rotta. Sul Galactica Gaius Baltar continua a predicare mentre Tyrol e Saul Tigh si confrontano sui rispettivi problemi personali. Sulla Demetrius il sergente Matias muore ucciso dall'esplosione di gas mentre controlla il caccia cylone ancorato allo scafo. Sul Galactica Tyrol dopo aver aggredito Baltar impugna una pistola pronto a farla finita. Sul Demetrius Kara accusa Leoben della morte di Matias, lui insiste col racconto di essere stati attaccati dagli altri cyloni ed invita Kara ad ucciderlo, la nave resurrection è fuori portata e lui morirebbe definitivamente. Kara torna sul ponte della Demetrius, l'equipaggio è molto sospettoso e scontento, lei vuole cercare la nave base, gli altri vogliono tornare alla flotta. Sul Galactica Gaius fa visita a Tyrol, gli chiede scusa per aver parlato della moglie (Cally) morta e riceve il perdono, con una stretta di mano. L'episodio termina sulla Demetrius, con il rifiuto di tutti gli ufficiali di effettuare il salto alla ricerca della base cylone danneggiata, ordine impartito da Kara: l'XO, Helo, la solleva dall'incarico di capitano della nave.

L'episodio inizia con la situazione di contrasto venutasi a creare sul ponte di comando della Demetrius tra Scorpion al comando ed i suoi ufficiali capeggiati da Helo (XO) che si oppongono alla decisione di Kara di effettuare il salto alle coordinate indicate dal numero due cylone trovato a bordo della navetta da trasporto danneggiata e poi esplosa. Helo dichiara che Scorpion è sollevata dal comando e ordina di metterla agli arresti facendola immobilizzare dai marine, ma Anders vista la situazione decide di rimanere fedele a Scorpion puntando la pistola sui tutti i presenti. Helo ordina a Gaeta di effettuare un salto per ricongiungersi alla flotta, ma Anders reagisce sparando a Gaeta per fermarlo ferendolo gravemente ad una caviglia. A questo punto tutti i presenti con in testa Scorpion vanno in aiuto di Gaeta ferito. Ristabilito l'ordine, Scorpion e Helo raggiungono un accordo: Scorpion a bordo di un raptor, insieme ad Athena e al numero due cylone, salteranno alla ricerca della nave cylone indicata dal due, gli altri a bordo della Demetrius aspetteranno fino allo scadere del tempo prefissato per il ricongiungimento con il Galactica, 15 ore e 7 minuti. Scorpion e gli altri a bordo del Raptor saltano e si trovano nel bel mezzo dei rottami in fiamme delle navi cyloni ribelli distrutte dagli uno. Solo una nave cylone si è parzialmente salvata, quella da cui proviene il due, e che assomiglia nell'orbita di un pianeta gassoso alla stella cadente vista nelle visioni di Kara. Salite a bordo Scorpion ed Athena, trovano le sei, le otto e i due che avevano disubbidito agli uno. La nave è molto danneggiata ed i caccia cyloni sono inservibili. Nel contempo sulla Demetrius Gaeta molto grave, temendo di perdere la gamba, chiede a Helo di anticipare il salto per ricongiungersi alla flotta, ma Helo rifiuta. La sei che sembra essere il leader della nave spiega a Kara l'accaduto, e che sono disposte ad allearsi con i coloniali al fine di poter ritrovare gli ultimi cinque e recuperare il modello della tre inscatolato dagli uno. Per far ciò è necessario riacquisire il controllo della nave, visto che l'ibrido non funziona più correttamente dopo l'attacco subito dall'astronave. Athena propone di scollegarlo e interfacciare i sistemi di comando dell'astrobase con il raptor per poter effettuare il salto e ricongiungersi con la Demetrius che li aspetta. Kara (Scorpion) e Athena insieme alle sei si recano nella sala dell'ibrido dell'astrobase, dove questo prima di essere disattivato, guardando Kara le dice "tu sei l'araldo della morte, li condurrai tutti alla morte". L'episodio si conclude con l'astrobase che salta giusto in tempo per potersi ricongiungere con al Demetrius.

I Cylon ribelli cercano un accordo con Adama, Roslin e la flotta coloniale per ottenere il ritorno di D'Anna e quindi i Final Five. Ma anche gli umani hanno bisogno dei Final Five per trovare la rotta per la Terra, almeno stando a quanto detto dall'ibrido a Starbuck...

Con la scomparsa del presidente e di metà della flotta Viper, l'ammiraglio Adama conduce le ricerche con scelte tali da rendere la flotta vulnerabile. Lee sconsiglia al vicepresidente (furente per l'operare dell'ammiraglio) di subentrare alla Roslin, poiché Adama con le sue forze militari non lo riconoscerebbe. Lee si mette alla ricerca di un possibile candidato ad interim, con l'aiuto del difensore del processo di Baltar. Nel frattempo l'ammiraglio fa arrestare Athena per l'omicidio della Sei. L'ammiraglio apprende poi dal dottore che la Sei imprigionata è incinta del comandante Tigh. Le ricerche dell'ammiraglio scoprono che la nave Resurrection è stata distrutta, ma nessuna traccia della nave scomparsa. Infine, Romo Lampkin riesce a far ragionare Adama facendogli capire che sta mettendo a rischio l'intera flotta perché coinvolto sentimentalmente nella ricerca dei dispersi e in particolare della Roslin. L'Ammiraglio decide dunque di non dividere più la flotta ma aspettare in un raptor sul punto del randezvous il ritorno della nave ribelle..Per questo rasenta le sue dimissioni, lasciando il comando a Tigh, a cui impartisce di liberare Athena come ultimo ordine. Per quanto riguarda la ricerca di un candidato alla presidenza, alla fine la scelta cade su Lee che presta giuramento.

Gli eventi di questo episodio si svolgono contemporaneamente a quelli dell'episodio precedente. Nell'hub di ressurrection la 3 viene riattivata per mettere fine al conflitto. Il suo risveglio è sentito dall'ibrido della nave base ribelle, alla presenza del presidente, la quale discute col marito di Athena se sia onesto violare i termini dell'accordo con i cyloni. La nave base ribelle raggiunge l'hub di ressurrection e dà il via all'attacco, distruggendo innanzitutto l'FTL. Nel frattempo Baltar è ferito da un'esplosione sulla nave base ribelle. Il presidente gli presta soccorso, ma si tira indietro quando Baltar le confessa di aver permesso ai cyloni di ottenere i codici di difesa delle colonie, per poi ripensarci di nuovo. Recuperata la 3 i viper lanciano un attacco nucleare distruggendo l'hub. La Tre è portata dal presidente, ma rifiuta di fare i nomi dei cinque senza prima sentirsi al sicuro.Durante tutto l'episodio, a ogni salto della nave, la Roslin ha visioni di lei morente in varie circostanze, e immagina di parlare al suo subconscio, personificato dalla sacerdotessa Elosha. Questa le dice che era diventata troppo cinica e che non poteva giudicare se una persona era meritevole o meno di morire. Inoltre, le dice che ''ha bisogno di amare qualcuno''.La nave ribelle salta infine alle coordinate dove l'ammiraglio Adama si era messo ad aspettare.Quando lui rincontra la Roslin, i due confessano finalmente i loro sentimenti per l'altro.

La nave base cylone che ha distrutto la Resurrection e portato via D'Anna si ricongiunge alla Flotta coloniale. D'Anna, che la controlla, tiene in ostaggio la squadra di recupero umana fino a quando gli ultimi 4 cyloni presenti nella flotta andranno sulla nave base. Tory va subito sulla nave base e si fa riconoscere dai cyloni, gli altri 3 sul Galctica sentono una musica che li porta al viper con cui è tornata Kara e che capta un segnale coloniale che indica la rotta per la Terra. Anche gli altri 3 cyloni nella flotta si rivelano. Tutta la flotta coloniale e la nave base arrivano sulla Terra e la trovano in condizioni invivibili.

Dopo la scoperta della Terra devastata, tra gli equipaggi delle navi coloniali inizia un periodo di sconforto e desolazione. Numerosi sono i casi di suicidio ed il morale è a terra. Quando Lee Adama dichiara al Consiglio delle 12 Colonie l'intenzione di cercare nuovi sistemi solari che possano ospitare la vita, il tenente Dualla, dopo essersi riavvicinata all'ex marito Lee lo saluta con un ultimo bacio prima di togliersi la vita sparandosi un colpo di pistola alla tempia. Nel frattempo sul pianeta vengono ritrovati i resti di un Viper con un pilota morto. Il cadavere non è riconoscibile, anche se i capelli biondi sotto il casco lasciano intuire la sua identità. Kara Thrace si avvicina al corpo e prende la targhetta identificativa, scoprendo il suo stesso nome. Kara non è in grado di spiegare l'accaduto, decide allora di bruciare il corpo e non fare parola con nessuno dell'accaduto. Nel frattempo i 4 componenti della flotta che fanno parte degli ultimi 5 ricordano improvvisamente scene di vita vissuta sulla Terra. L'episodio si chiude con Tigh che rievoca la sua vita passata e improvvisamente ha un'illuminazione: il quinto componente degli ultimi 5 è sua moglie Hellen.

Nella flotta l’idea di rendere permanente l’alleanza genera dissenso. Con la tecnologia cylone gli FTL potrebbero essere aggiornati fino a triplicare le capacità di salto, aumentando le possibilità di trovare un pianeta abitabile, ma i cyloni in cambio chiedono diritti civili (protezione) e politici (rappresentanza al consiglio), suscitando il disappunto di Gaeta che organizza una riunione segreta di soldati scontenti. Nel frattempo il capo Tyrol apprende dal dottore di non essere il padre di suo figlio (in infermeria perché ammalato). L'ammiraglio scopre poi che il presidente ha interrotto le cure perché ha bisogno di ''vivere un po' prima di morire. Ad un sermone di Baltar, il capo Tyrol interviene per picchiare il vero padre del figlio e i due si ritrovano poi insieme in infermeria accanto al bambino. Una nave di propellente si ammutina istigata dal vicepresidente Zarek. Adama ordina di arrestare Zarek, che in cella riceve da Gaeta l’offerta di un colpo di Stato. L'episodio si conclude con la Roslin e Adama che si danno la buonanotte abbracciati a letto.

Negli alloggi dell'ammiraglio, Saul Tigh comunica ad Adama che molte navi si rifiutano di far salire a bordo il personale Cylone (che deve procedere all'upgrade dei motori FTL) e che si registra un'ostilità crescente nella flotta verso i nuovi alleati. Adama, tramite Lee, fa sapere al consiglio dei 12 di essere pronto di imprigionare, al pari di Zarek, chiunque si rifiuti di collaborare.

Nel frattempo Felix Gaeta fa fuggire Zarek, e lo fa tornare sul Colonial One, dove Zarek comunica di essere stato liberato da Adama. Lee alla vista di Zarek resta contrariato e decide di rientrare sul Galactica per chiarire col proprio padre il perché di tali ordini contrastanti.

Sul Galactica intanto i rivoltosi alleati di Gaeta, tra cui anche diversi civili, iniziano ad armarsi. Gaeta ha una posizione privilegiata nel CIC per sabotare le comunicazioni e tirare le fila dell'ammutinamento.

Lee al rientro sul Galactica viene aggredito dai rivoltosi, e solo il pronto intervento di Kara, che nel frattempo di è accorta dell'ammutinamento in corso, gli salva la vita.

I rivoltosi imprigionano nella cella che già ospita Caprica 6, Sam, Helo, Athena e la figlia.

Nel CIC anche Adama e Saul vengono fatti prigionieri: Adama prova ad usare la propria autorità per intimorire i rivoltosi ma senza risultato. Prima di lasciare il CIC verso la cella dove dovranno venire rinchiusi in attesa di processo, Adama minaccia Gaeta: la rivolta non avrà successo, e Gaeta sarebbe morto per nulla. Lungo la strada per la cella Adama e Saul sopraffanno i marines e riescono a liberarsi.

Nel frattempo Lee e Kara recuperano il presidente Roslin e la portano nel rifugio di Baltar, dove Galen Tyrol sta organizzando la resistenza. Il presidente finalmente ritorna in sé, ed utilizzando l'impianto wi-fi di Baltar lancia un appassionato messaggio alla flotta, di non appoggiare i rivoltosi guidati da Gaeta.

In una stiva di carico Tyrol riesce a far arrivare un Raptor dalla nave base, di modo di permettere al presidente e a Baltar di lasciare il Galactica: anche Adama e Tyrol riescono a raggiungere la stiva di carico. Adama saluta la Roslin che sale sul Raptor; lui e il colonnello Tigh restano nella stiva di carico assediata dai marines a copertura della partenza del Raptor, mentre Lee, Kara e Tyrol rientrano nel condotto da cui sono venuti per continuare la resistenza.

Appena decollato, Gaeta vede il Raptor sul dradis ed ordina di abbatterlo.

Hot Dog si rifiuta di abbattere il Raptor con a bordo il presidente Roslin, che atterra sulla nave Cylone. Qui il presidente convince gli alleati Cyloni a non fuggire ed a schierarsi al centro della flotta per non venire attaccati dal Galactica.

L'ammiraglio ed il colonnello Tigh vengono nuovamente catturati: mentre Tigh viene condotto in cella con gli altri Cyloni, l'ammiraglio viene condotto nei suoi ex alloggi, ora occupati da Gaeta, per subire un rapido processo, che vede Gaeta come PM e Zarek come giudice. L'esito del processo farsa è la condanna a morte tramite fucilazione.

Nel frattempo Zarek fa fucilare tutti membri del consiglio del 12 - meno Lee che non è presente - perché questi si rifiutano di schierarsi con lui, portando così a compimento il colpo di stato.

Lee e Kara liberano i prigionieri Cyloni più Helo, durante la fuga della cella però Sam viene colpito da un proiettile vagante alla testa.

L'ammiraglio viene condotto davanti al plotone d'esecuzione, ma Lee e Tigh lo salvano: con le armi in pugno, si dirigono verso il CIC. Lungo la strada reclutano nuovi marines, soldati e ufficiali che oramai non stanno più dalla parte di Gaeta e Zarek. Il CIC ed il Galactica sono riconquistati, Gaeta e Zarek sono condannati a morte per tradimento e fucilati dal plotone di esecuzione.

Determinante è stato il supporto di Tyrol, che ha disattivato i motori FTL impedendo al Galactica di saltare lasciando le navi della flotta non schierate coi rivoltosi: durante questa operazione, Tyrol nota una crepa di grandi dimensioni nello scafo del Galactica.

Nel corso del recupero dalla ferita alla testa, Sam Anders inizia a ricordare gli eventi dell'antica Terra. Nel frattempo, il quinto cylon deve affrontare la vendetta di uno dei modelli umanoidi, irato di essere stato creato ad immagine degli esseri umani. Tyrol informa l'ammiraglio Adama dei danni strutturali subiti dalla Galactica.

Boomer ed Ellen raggiungono il Galactica: il capo Tyrol riconosce Boomer e sembra rivederla con piacere, ma Adama ordina che ella sia immediatamente confinata in cella.

Ellen aggiorna Adama, Lee e la Roslin sulle intenzioni di Cavil di ripristinare la resurrezione, dopo di che fa appassionatamente l'amore con Saul. Saul le racconta di stare con Caprica 6, ed Ellen fa una scenata di gelosia.

Caprica 6 viene aggredita a "Dogsville", dove i marines non riescono più a tenere l'ordine fra la gente affamata.

Gli ultimi 5 si ritrovano al capezzale di Sam, anche una 6 e una 8 sono presenti: la 6 e la 8 propongono agli ultimi 5 di lasciare la flotta che non è più sicura per loro, soprattutto ora che la figlia di Saul e di Caprica non li rende più dipendenti dagli umani per la riproduzione. Alla notizia della gravidanza Ellen impazzisce letteralmente di gelosia: il personaggio pacato e riflessivo visto nel precedente episodio ha lasciato spazio ad una persona tormentata da passioni umane. Saul decide di restare sul Galactica, Tyrol e Tori di andarsene, assumendo il voto di Sam come identico a quello di Saul, la decisione spetta ad Ellen, che chiede più tempo per decidere.

Ellen va a trovare Caprica 6 e le fa sapere di aver fatto l'amore con Saul, dopo di che convoca una nuova riunione con tutti i Cyloni a bordo del Galactica, per comunicare di aver deciso che i Cyloni lasceranno la flotta. Saul ancora una volta si oppone, Ellen lo accusa di amare il Galactica e William Adama più di chiunque altra persona. La lite si fa furibonda, nel frattempo Caprica 6 si sente male. Portata in infermeria, nonostante le rassicurazioni di Saul ed Ellen perde il bambino. Saul va negli alloggi dell'ammiraglio a cercare conforto: i due si abbracciano, il bambino si sarebbe chiamato "Liam", diminutivo di William.

Baltar richiede ed ottiene dall'ammiraglio di poter armare le proprie "devote", per poter difendere se stessi e i viveri all'interno di Dogsville.

Le riparazioni del Galactica ad opera dei Cyloni con tecnologia e materiali Cyloni continuano, nonostante Adama sia quantomeno preoccupato.

Al termine dell'episodio, il capo Tyrol va a trovare Boomer in cella, mentre l'encefalogramma di Sam mostra segni di attività.

Kara in qualità di CAG dirige una squadra mista caccia coloniali e incrociatori Cyloni alla ricerca di un pianeta abitabile: i ranghi sono ridotti, le missioni noiose e ripetitive, i motori FTL al limite dell'usura, l'equipaggio demotivato. Kara è distrutta da questa routine e dai continui incubi che riguardano la scoperta del proprio cadavere sulla Terra.

Nel frattempo il Galactica riscontra sempre più problemi dovuti ai danni strutturali: le riparazioni con la sostanza Cylone gli consentiranno solo qualche altro salto.

Il capo Tyrol va a trovare Boomer in cella: la numero 8 dichiara di amarlo ed assieme condividono una "proiezione" di Boomer in cui hanno una vita assieme, una casa ed una figlia.

Una numero 6 di nome Sonia è eletta nel nuovo consiglio dei capitani che sostituirà il consiglio dei 12: la prima richiesta di Sonia è l'estradizione di Boomer, per poterla condannare a morte per i crimini commessi nella guerra civile Cylone. Tyrol è contrario, ma la Roslin firma la richiesta di estradizione. Tyrol, sconvolto, sfrutta la sua conoscenza della nave per far fuggire Boomer.

Nel frattempo Kara al bar incontra un misterioso pianista che sta componendo una melodia. Sul pianoforte il pianista tiene un cappello nero dove raccoglie qualche spicciolo. Affascinata dalla musica (anche il padre di Kara era pianista - vedi prima stagione) i due entrano in confidenza e Kara si confida con lui. In seguito va a trovare Helo perché questi ha uno scatolone contenente alcune sue cose; Kara preleva solo un vecchio album del padre ed un disegno che le regala Hera, un elenco di puntini colorati. Kara, aiutata dal pianista, cerca di suonare una vecchia melodia al piano che le aveva insegnato il padre tanti anni or sono prima di andarsene di casa senza dire nulla: utilizzando il disegno di Hera sovrapposto a un pentagramma, il pianista e Kara suonano la canzone, che è la stessa che aveva riattivato 4 degli ultimi 5. Al termine della canzone, il pianista e Kara hanno un gesto d'intesa identico a quello che Kara faceva nei propri ricordi col padre. Il colonnello Tigh, Ellen e Tory si fanno vicino al piano, il pianista è scomparso.

Boomer va da Athena: la stordisce, la lega e la costringe a vedere se stessa che fa l'amore con Helo - che non l'ha riconosciuta - poi va all'asilo, rapisce Hera e si prepara a decollare con un Raptor. Anche se scoperta, riesce comunque a fuggire, saltando coi motori FTL nei pressi del Galactica e causando ad esso ulteriori danni. Il presidente Roslin avverte che Hera è stata portata via, e cade a terra esanime. Il capo Tyrol, che capisce di essere stato raggirato, è disperato. La fuga di Ellen era quindi l'ennesima macchinazione - riuscita - di Cavil che voleva Hera.

Come ha fatto Hera a comporre la melodia, si domanda Saul? Ellen afferma che ella è "sintonizzata" con qualcosa che li sta manovrando tutti.

Kara assiste Sam: uno stereo riproduce l'album del padre di Kara, Dreilide Thrace - Live at the Helice Opera House. La copertina raffigura un uomo coi capelli lunghi, chino sul piano, che indossa un cappello nero.

Altre 61 persone, di cui 26 Cyloni, perdono la vita durante le riparazioni del Galactica per i danni causati da Boomer al momento del salto FTL. Oramai il Galactica sembra giunto al capolinea: i tecnici Cyloni non gli danno più di 5 ulteriori salti, mentre i capitani delle altre navi litigano per accaparrarsi eventuali pezzi di ricambio estratti dal Galactica stesso.

Ellen afferma che Cavil potrebbe aver portato Hera alla "Colonia", vale a dire dove i centurioni e gli ultimi 5 si erano ritirati dopo la prima guerra con gli umani. Anche se riluttante, l'ammiraglio acconsente a far partire un caccia pesante per verificare se Hera sia stata effettivamente portata lì. Il caccia pesante raggiunge la colonia ma la trova abbandonata. Helo chiede un Raptor per una nuova ricerca ma l'ammiraglio rifiuta.

La Roslin è in infermeria, oramai morente, e confessa ad Adama che gli ultimi mesi passati assieme a lui sono stati i più belli della sua vita. Nel frattempo Athena, Caprica 6 e la stessa Roslin continuano ad avere lo stesso sogno che Hera al teatro dell'Opera che se ne va con Baltar e Caprica 6.

Boomer durante il viaggio si affezione ad Hera: assieme condividono la proiezione di Boomer della casa con Tyrol (che quindi non era fasulla per raggirare il capo). Anche se la bambina è solo per metà Cylone, Hera è in grado di fare la proiezione. Arrivati a destinazione in un misterioso luogo, Boomer consegna Hera a Cavil.

I Cyloni sul Galactica collegano Sam ad un dispositivo neurale simile a quello degli ibridi sulla loro nave: Sam apre gli occhi e si mette a parlare come un ibrido. Tramite la sostanza Cylone con cui si sta riparando il Galactica, Sam si collega a tutti i dispositivi elettronici, inclusi i motori FTL, per questa ragione Tigh ordina di disattivarlo.

Kara porta le piastrine che ha ritrovato sulla terra a Baltar: questi le esamina ed appura che il DNA su di esse è effettivamente di Kara. Al funerale dei 61 morti, Baltar annuncia davanti a tutti che Kara è effettivamente morta ed ora è un angelo in mezzo agli uomini.

Lee dimostra a Kara il suo amore ed il suo affetto indipendentemente da quello che sia successo, ma Kara affigge la propria foto tra quella degli altri morti in battaglia, poi va da Sam e lo riattiva: assieme a lui vuole capire il perché della canzone e la propria vera natura.

Adama e Tigh, nell'alloggio dell'ammiraglio, decidono che è giunto il momento di smantellare ed abbandonare il Galactica.

L'inizio dell'episodio ci porta su Caprica qualche anno prima dell'attacco Cylone: William Adama sta discutendo con qualcuno, sembra aver ricevuto un incarico che non gli piace; Gaius Baltar, in compagnia di Caprica 6 che sembra aver appena conosciuto, si reca a soccorrere il padre infermo che ha assalito la propria badante. Gaius non sa come gestire la situazione e sarà Caprica 6 a trovare una sistemazione adeguata al padre di Gaius, questo è probabilmente il primo gesto che fa invaghire Gaius di Caprica 6. Lee incontra per la prima volta Kara a casa di quest'ultima, dove viene invitato a cena dal fratello Zak, fidanzato di Kara. Quando Lee vede Kara, ne resta folgorato. Rientrato a casa ubriaco, Lee trova un piccione in casa, e lo scaccia con la scopa. Laura Roslin ha da poco festeggiato il compleanno di una delle due sorelle, incinta, quando riceve dalla polizia una tremenda notizia: in un incidente d'auto, provocato da un ubriaco, entrambe le sorelle ed il padre di Laura perdono la vita. Un foto sul comodino li raffigura tutti e 4 assieme, evidentemente la madre è già morta da qualche tempo. Sconvolta, Laura entra in un parco e si immerge sotto il getto d'acqua di una fontana, sotto gli sguardi allibiti dei passanti. Qualche tempo dopo, un conoscente al telefono le offre di partecipare alla nuova campagna presidenziale. Sam, star dello sport, intervistato da una giornalista rivela di non essere attratto dalla fama né dalle vittorie, quanto dalla ricerca della creazione del gesto perfetto.

Nel covo dei Cyloni, nonostante le proteste di Boomer Cavil decide di fare esaminare e sezionare Hera, per scoprire come riuscire a far riprodurre i Cyloni.

Sul Galactica in via di smantellamento Gaius chiede a Lee di poter entrare nel governo, ma questi rifiuta. Il Capo Tyrol è in galera per aver fatto fuggire Boomer, ed in un faccia a faccia con Helo rivela di essere oramai convinto che tutti i Cyloni da lui creati altri non siano che sole macchine. L'ammiraglio passando nel corridoio dove sono affisse le foto di tutti i caduti vede la foto di Hera: dopo un tentennamento iniziale l'afferra, e si reca da Sam. Dopo aver detto a Kara che non gli importa quello che lei sia, per lui è come una figlia, fa "riattivare" Sam, il quale rivela dove sia il covo dei Cyloni, in cui è nascosta Hera. L'Ammiraglio decide di effettuare un'ultima missione di salvataggio, ordina la liberazione di alcuni detenuti dopo l'ammutinamento e traccia una riga rossa sul ponte: chiunque si voglia unire volontario, deve varcare questa linea. Lee, Caprica 6, Hellen, Tigh, Tory, il Capo Tyrol, Helo, addirittura il presidente Roslin che a fatica riesce oramai a stare in piedi per la malattia e tanti altri varcano la soglia, ma non Baltar che, seppur tentato - soprattutto dalla presenza di Caprica 6 - non trova il coraggio. L'ammiraglio impedisce al Dottor Cottol di unirsi ai volontari, affermando che alla gente che resterà serve un dottore.

Racetrack e Skulls fanno una ricognizione e scoprono il covo dei Cyloni: trovandosi in prossimità di un buco nero, esiste un solo punto d'accesso, chiaramente ben difeso. Apollo, che ha re-indossato (finalmente) la divisa mostra sulla mappa come si tratti probabilmente di una missione senza ritorno ma ciò nonostante l'Ammiraglio ordina l'attacco conclusivo di una guerra.