De dunne scheidingslijn tussen mensen en de Cylons verandert wanneer Starbuck uit de dood herrijst en zegt dat ze Aarde heeft gevonden.

Conflicten lopen hoog op tussen de Cylons vanwege het mysterie van de Laatste Vijf. Kara staat onder druk wanneer vrienden niet geloven dat ze op Aarde is geweest.

Terwijl Kara wanhopig Aarde zoekt, spelen politieke intriges en echtelijke ruzies aan boord van de Galactica. Ook de solidariteit van de Cylons staat onder druk.

Door de opvattingen van Baltar ontstaat discussie onder de aanhangers van de twaalf Heren van Kobol. De dood van een bemanningslid drukt de stemming onder de kolonisten.

Door de zoektocht naar Aarde ontstaat spanning onder Kara en haar bemanningsleden aan boord van de Demetrius.

Er worden onwaarschijnlijke verbonden gesloten nadat de zoektocht naar Aarde een onverwachte wending heeft genomen.

President Roslin wordt op de proef gesteld als de bemanning van de Galactica samen met Cylon-opstandelingen het verrijzeniscentrum van de vijand wil vernietigen.

Nadat president Roslin is ontvoerd door de hybride Cylons, ontstaat er een machtsstrijd binnen de koloniale vloot.

In een poging om het verrijzeniscentrum van de vijand te vinden, werken Viper-piloten en Cylon-opstandelingen voorzichtig samen aan een aanvalsplan.

Een bende opstandige Cylons gijzelt president Roslin en probeert de Laatste Vijf uit hun schuilplaats op de Galactica te lokken.

Na de cliffhanger halverwege het seizoen gaan de vloot en de Cylon-bondgenoten samen op zoek naar Aarde, maar treffen een verwoeste wereld aan.

De weerstand tegen het verdrag met de Cylons wordt steeds grimmiger en voorstanders van het verdrag worden aangevallen.

Rebellen nemen de Galactica over en ondernemen stappen om Roslin en Adama te elimineren.

Op het basisschip van de Cylons gaat Cavil de confrontatie aan met het laatste lid van de Laatste Vijf.

Terwijl de situatie op de Galactica blijft verslechteren, moet Ellen een beslissing nemen die gevolgen kan hebben voor de Laatste Vijf, mensen en Cylons.

Tyrol komt in de problemen wanneer Boomer wordt aangeklaagd wegens verraad. Kara ontmoet een pianist die haar een schokkend inzicht in haar lot geeft.

Terwijl de situatie op de Galactica blijft verslechteren, verlaat Adama zijn schip niet. In de tussentijd verschijnt Baltar met een onwaarschijnlijke boodschap.

Terwijl de Galactica wordt gestript voor onderdelen, worden vrijwilligers gezocht voor een laatste missie.

Cylons en mensen staan voor een belangrijke keuze nu conflicten een hoogtepunt bereiken.