Cylonit ovat miehittäneet Uuden Caprican, ja osa ihmisistä kapinoi heitä ja Baltarin nukkehallintoa vastaan. Galacticalle ja laivueeseen jääneet ihmiset harjoittelevat pelastusoperaatiota varten.

Kapinalliset jatkavat itsemurhaiskuja eversti Tighin johdolla ja he odottavat pelastusoperaatiota, mutta cylonien otteet kovenevat ja ihmisiä pidätetään sankoin joukoin.

Galactican tiedustelujoukko on saapunut Uuteen Capricaan, ja pelastusoperaation valmistelut alkavat planeetalla, mutta kaikki ei sujukaan suunnitelmien mukaan.

Galactica iskee joukkoineen Uudelle Capricalle, ja ihmisten joukkopako alkaa, mutta mikä onkaan pelastuksen hinta?

Väkeä alkaa kadota koko laivastosta, kun salainen tuomioistuin jakaa tuomioita cylonien kanssa vehkeilleille pettureille.

Eräs cylonien emäalus on pulassa, ja Baltar lähetetään tutkimaan sitä. Galactican väen ja planeetalla olleiden kesken on yhä enemmän eripuraa.

Apollon partio käy tartunnan saaneella emäaluksella, ja cylonien sairaudesta tehdään järisyttävä havainto. Baltar saa kokea valheensa seuraukset cylonien käsissä.

Ystävä amiraali Adaman menneisyydestä ilmestyy Galacticalle, ja vanhat salaisuudet pulpahtavat pintaan. Mikä olikaan syy cylonien hyökkäykselle Siirtokuntiin?

Galactican miehistö purkaa paineita keskinäisissä nyrkkeilyotteluissa samalla, kun jotkut näkevät takautumia elämästä Uudella Capricalla.

Koko laivastoa vaivaa paha ruokapula, ja tilanteen korjaamiseksi tehdään uhkarohkea suunnitelma. Baltar ja D'Anna saavat erikoisen johtolangan hybridiltä.

Galactica löytää leväplaneetalta temppelin, jossa pitäisi olla johtolankoja reitistä Maahan. Valitettavasti cylonitkin ovat kiinnostuneita asiasta, ja yhteenotto vaikuttaa väistämättömältä.

D'Anna ja Baltar menevät leväplaneetalle etsimään Jupiterin Silmää. Tätä eivät ihmiset eivätkä muut cylonit katso hyvällä. Sharon päättää pelastaa lapsensa cylonien emäalukselta.

Baltar on vankina Galacticalla. Adama ja Roslin haluavat hänen paljastavan tietonsa keinolla millä hyvänsä.

Galacticalla puhkeaa epidemia, kun sagittaronilaiset tulevat alukselle. Kapteeni Agathonin epäilykset heräävät, kun moni heistä kuolee.

Päällikkö ja Cally ovat huoltamassa rikkinäistä ilmalukkoa, kun he jäävät ansaan. Amiraali Adaman mieleen tulvii vanhoja muistoja entisestä vaimostaan.

Laivaston jalostamoaluksella kytee kapinahenki, kun työoloja ei ole parannettu, ja päällikkö Tyrol joutuu kahden tulen väliin.

Starbuck näkee yhä painajaisia Leobenista ja oudosta symbolista. Hän jahtaa lennolla cylon-alusta, kun tapahtuu kummia.

Apollo määrätään Baltarin asianajajan turvamieheksi, kun valmistelut Baltarin oikeudenkäyntiä varten käynnistyvät. Starbuckin kohtalo heittää varjon kaiken päälle.

Baltarin oikeudenkäynti alkaa, eikä yllätyksiltä vältytä. Lee Adaman sukset menevät ristiin lähes kaikkien kanssa.

Baltarin oikeudenkäynti päättyy ja tuomio julistetaan. Galacticalla herää uusia cylon-epäilyjä, ja Joonian tähtisumussa tulee uusia yllätyksiä vastaan.