殖民地幸存者们在赛昂占领下的新卡布里卡。有些人选择通敌，有些人选择抵抗。

　　“ 我不做有罪的事。”——威廉·阿达玛指挥官

　　赛昂人准备枪杀抵抗者。同时由于叛徒的出卖，舰队的营救行动濒临失败。

　　格伦·泰罗尔军士长带人劫了法场，200多人被解救。 莎伦·阿格森成功取得那些留在地面的飞船的启动钥匙，营救行动正式开始。

　　“ 你们一起成就了这次伟绩，你们的事迹将被世代传颂。”——威廉·阿达玛指挥官

　　壮烈解体，帕伽索斯撞向赛昂基地之星。浴血奋战，卡拉狄加救出新卡布里卡上的大部分人类。

　　“这不是我们所能控制的，这就是命运。”——殖民地总统 劳拉·罗丝琳

　　人类开始清算那些通敌者的罪行，他们的命运将是什么呢？

　　“我们都需要正义，我们都想要报仇，把这两者区分开，在现在是很难的。”——殖民地总统 劳拉·罗丝琳

　　戴安娜·贝丝使用一切手段折磨波塔尔，赛昂人认为病毒是博士设下的圈套。阿波罗提出用病毒作为武器将赛昂人灭族，但这一计划遭到了西洛的强烈反对。

　　“我们把他们灭族，那么，我们就和他们没有什么区别了。”——太空堡垒卡拉狄加战术执行官卡尔·阿格森上尉

　　一名被赛昂关押了三年的飞行员逃回舰队。他是归来，勾起了一段尘封的往事，威廉·阿达玛指挥官对此感到内疚。

　　“我们不能隐藏自己所做的事情，在这种情况下我别无选择。”——太空堡垒卡拉狄加 威廉·阿达玛指挥官

　　威廉·阿达玛指挥官利用一场拳击比赛的机会，警示人们不要松懈。同时，男女之间的爱情恩怨也被涉及。

　　“当你在和某人战斗时，他就不再是你的朋友。”——太空堡垒卡拉狄加 威廉·阿达玛指挥官

　　舰队的食物生产系统遭到污染，莎伦·阿格森独自驾驶猛禽在星团后面发现了一个盛产海藻的星球。然而如何飞越充满辐射的星团，成了摆在人们面前的一道难题。

　　“你尽力保护你的队员，你让他们感觉到安全进而英勇无畏。”——威廉·阿达玛上将

　　当阿波罗等人在星球上采集海藻时，格伦·泰罗尔军士长发现了一个远古的神庙。四艘赛昂基地之星突然出现。显然，他们为了神庙中的一件“神器”——通往地球的路标——“朱庇特之眼”而来...

　　“我能在这儿感觉到一些接近真理的东西。”——格伦·泰罗尔军士长

　　戴安娜·贝丝终于见到“终极五人”，然而，她随即被其他赛昂人无限期冷冻。在最后一刻，人们意外抓获了波塔尔博士，同时军士长发现，所谓的“朱庇特之眼”实际上指的是超新星爆发。

　　“我有我的宿命，一切都已是命中注定。”——卡拉·瑟瑞丝上尉

　　阿波罗与星芭的各自婚姻再亮红灯；舰队高层希望从波塔尔博士那里得到赛昂人的情报，但这个博士软硬不吃。

　　“如果我离开山姆，你还会离开小杜吗？”——卡拉·瑟瑞丝上尉

　　舰队中一种叫“梅罗莱克”的传染病在Sagittaron人群中流行。来自民间的传染病专家罗伯特医生是个极端种族歧视者，他利用了这个机会展开了对Sagittaron人的谋杀，只有西洛才能阻止这一切。

　　 “我们在某处迷失了，只留你在荒原中独自前行。”——威廉·阿达玛上将

　　结婚纪念日这天早晨，威廉·阿达玛指挥官回忆起他的妻子以及他们的家庭生活。也是在这一天，军士长与凯莉命悬一线——他们被困于一间正在减压的房间里......

　　“我只是认为，她从没爱过你。”——李·阿达玛少校

　　极其恶劣与危险的工作环境引起了舰队里生产工人的强烈不满，盖尤斯·波塔尔博士为个人辩护写的书也在人群中广为流传，起到了推波助澜的作用，格伦·泰罗尔军士长考虑是否重建新卡布里卡上的工会。

　　“民众被固定在他们的岗位，无法掌握自己的命运。”——格伦·泰罗尔军士长

　　卡拉·瑟瑞丝上尉被过去痛苦的回忆围绕着...

　　“你现在可以找回真正的自己了。”——李奥本·科诺

　　审判波塔尔博士的日子临近。李·阿达玛担任波塔尔第二个辩护律师罗默·拉姆金的护卫，他发现自己必须去反对父亲——已经成为五个主审之一的阿达玛指挥官。

　　“没有谁能比得上一个愿意走出父亲阴影的儿子。”——罗默·拉姆金律师

　　对波塔尔的庭审开始。控方出示了由泰上校和罗丝琳总统提供的有关波塔尔在新卡布里卡所犯叛国罪的证据。但这一证据引起广泛的争议。

　　“我们要做好准备，风暴即将来临了”——太空堡垒卡拉狄加临时执行官卡尔·阿格森上尉

　　盖塔中尉提供了波塔尔在新卡布里卡签署的死亡执行名单作为证据。而已成为波塔尔辩护律师的李·阿达玛则凭借对舰队以往所犯过错的陈述，成功使法庭宣判波塔尔无罪。

　　“如同人类一样，司法制度并非尽善尽美”——法官 Susan Hogan女士