Los colonos sobreviven en la Nueva Caprica ocupada por los Cylon, que los mantienen en una seminormalidad pero bajo libertad vigilada.

A bordo de la Galactica, Adama y su reducida tripulación debaten si volver o no a rescatar a los que han quedado atrapados en Nueva Caprica.

La Sharon de Galactica se infiltra entre los Cylons de Nueva Caprica para organizar la liberación. Por otra parte se organiza una resistencia entre los refugiados. Saul Tigh descubre la traición de su esposa.

Tras el rescate, comienzan a bordo de la Galactica las venganzas y juicios ilegales contra los supuestos colaboracionistas. Como Baltar ha sido abandonado con los Cylon, se convence a Roslin para que vuelva a asumir la presidencia.

Una base Cylon es infectada con una extraña plaga mortal tras descubrir una sonda de origen desconocido, que solo afecta a los Cylon. Baltar demuestra su valor con los Cylon, explorando la nave infectada, y descubriendo cada vez más detalles de la vida y creencias de los Cylon.

Un plan de Lee Adama para usar esa plaga contra los Cylon finalmente no se lleva a cabo porque Helo mata a los Cylons contaminados antes que la nave resurrección esté en el parámetro deseado.

Tras un largo periodo reaparece el piloto que iba a bordo de la nave espía que Adama ordenó destruir antes de que la guerra Cylon iniciara. La culpa que siente Adama por estos hechos que pudieron ser relevantes para el comienzo de la guerra se hace patente.

Se celebra un torneo de combate "sin rangos" a bordo de la Galactica para calmar las tensiones entre los que se quedaron en Nueva Caprica y los que huyeron en la Galactica, Kara y Lee tienen la oportunidad de enfrentarse y reconciliarse.

La Flota debe pasar una zona espacial fuertemente radiactiva en su camino a la Tierra. Tigh finalmente vuelve a su puesto tras superar la muerte de su esposa.

En el planeta de las algas se descubre el Templo de los Cinco, donde se guarda el Ojo de Júpiter, según la leyenda un marcador muy importante en el camino hacia la Tierra.

D'anna y Gaius aterrizan en el planeta de las algas para llegar al Templo de los Cinco antes de que los humanos lo destruyan, y así revelar las identidades de los últimos cinco cylons.

Gaius Baltar es interrogado por Roslin y Adama tras ser capturado y llevado a una celda de Galactica. Mientras, Kara y Lee intentan resolver el entramado sentimental en el que están inmersos junto a Sam y Dualla.

Un grupo de humanos originarios de la peculiar colonia de Sagittaron son llevados a Galactica. Cuando una enfermedad comienza a propagarse entre ellos y un doctor de Caprica es encargado de atenderles, surge la desconfianza entre los sags, que rechazan la medicina. Tras la muerte de su hijo, la señora King pide ayuda a Helo para desenmascarar al médico, al que considera culpable.

En su aniversario de boda, Adama recuerda a su esposa, mientras la vida de Tyrol y Cally depende de una peligrosa misión de rescate.

Las ideas propagadas desde su celda de Galactica por Gaius Baltar son el germen de una huelga entre los sectores más desfavorecidos de la flota, que acabará siendo liderada por Galen Tyrol.

Kara Thrace tiene alucinaciones, no sabe que le pasa, y ve una nave misteriosa, en la atmósfera del planeta junto el cual la flota esta repostando.

Lee Adama se enfrenta a su padre, para seguir los pasos de su abuelo, y defender que el juicio de Baltar sea justo, y ayudar a la defensa.

Varios miembros de la nave oyen una música incompleta. Empieza el juicio de Gaius Baltar, donde hay confesiones y encerronas. Lee dimite como miembro de la flota, y su padre reniega de él como soldado.

Sigue el juicio contra Baltar, tras el testimonio de Lee Adama Baltar es encontrado "No culpable" por 3 votos contra 2, lo que provoca la reacción del público. Tras el jucio la flota salta hacia una nebulosa, y se produce una falla masiva en la portencia de todas las naves. 4 tripulantes de Galactica son guiados a una habitación mientras escuchan una canción en la nave y se descubren como 4 de los 5 Cylons Perdidos. Mientras tanto Baltar es llevado por un grupo de seguidores fuera de Galactica. Al regresar la energía a la Flota se descubre que también la Flota Cylon está en la nebulosa. Apolo se une a los pilotos en su Viper y sale a verificar una señal desconocida en su radar que resulta ser Starbuck, que le dice que conoce el camino a la Tierra y va a guiarlos a todos.