Sajlonci su zauzeli ljudsko naselje na Novoj Caprici. Predsjednik Baltar i ljudska policija oruđe su u sajlonskim rukama. Kara Thrace zatočenica je Sajlonca Leobena. U njegovu je stanu i on se s njom ophodi vrlo pristojno. Iako mu ona odgovara nasiljem, on strpljivo obnavlja tijelo svaki put kad ga ona ubije. Ta nadrealistična domaća atmosfera i njegova besmrtnost izluđuju je do granica izdržljivosti. Leoben se, pak, nada da će na taj način uspjeti osvojiti njezino srce. Prošla su tri mjeseca otkad su Galactica, Pegaz i ostali brodovi pobjegli u svemir. Ali bitka nije završila. Na Novoj je Caprici buknula pobuna. Pa iako još ima samo nekolicinu neiskusnih pilota, admiral Adama riskirat će sve kako bi suludo hrabrim napadom spasio ljude koje je ostavio na cjedilu.

Sajlonski vođe frustrirani su Duckovim bombardiranjem koje su shvatili kao prepreku svom plemenitom pokusu da mirno žive s ljudima. Zbog toga zapovijede ljudskoj policiji da uhite stotine urotnika. Iako vođe ustanka, Tyrol, Anders i Tigh, izbjegavaju uhićenje jer u skrovištu pokušavaju radiovezom dobiti Galacticu, Tyrol po povratku kući nalazi samo napušteno uplakano dijete. Njegova je žena nestala u sajlonskom zatvoru. Galactica se, u međuvremenu, vraća kako bi se sastala s urotnicima, dok bi Lee na Pegazu civile trebao odvesti još dublje u svemir.

Sajlonci brutalno kreću na ljude na Novoj Caprici, no na njihovo zaprepaštenje ljudi su predvidjeli sajlonske planove. Na sastanku s Andersom i njegovim pobunjenicima Sharon Agathon predvidi sajlonsku zamku i čak postavlja svoju. Njezini ljudi masovno ubijaju Sajlonce čim su oni krenuli u napad. I Tyrol je saznao za sajlonski plan da pogube stotine pobunjenika među kojima je i njegova žena Cally. S grupicom ljudi napada u trenutku kad je streljački vod već spreman pucati u osuđenike. U zadnji je tren oslobodio Cally, Lauru Roslin i Toma Zareka. Ti uspjesi, s vijestima da Galactica stiže u misiji spašavanja, donose novu nadu napaćenim ljudima.

Lee Adama govori svojoj ženi kako njegov otac i Galactica nemaju šanse preživjeti spasilačku misiju na Novoj Caprici. Dualla ga tješi i govori mu da će uspomena na njih živjeti među civilima zbog kojih se žrtvovala cjelokupna posada. Na Novoj Caprici sve je spremno za ustanak. Na zvuk prve eksplozije, ljudi bježe u unaprijed označena skloništa. Anders sa svojim ljudima napada zatvor, Tigh i Tyrol kreću na brodogradilište, a Laura Roslin ljude vodi u borbu za svoj stari dom Colonial One. Stiže Galactica i spašava ljude na tlu. Ali na povratku u svemir, opkole je četiri sajlonska broda. Kad se već čini da je Galactica osuđena na uništenje zajedno s posadom, stiže spas...

Tyrolov je osjećaj za dobro i loše stavljen na kušnju kad postane sudionik tajnog suda koji u odsustvu osuđuje ljudske simpatizere Sajlonaca na Novoj Caprici, a kad su oni uhvaćeni, po kratkom ih postupku osuđuju na smrt zbog izdaje. Jedini se Tyrol usuđuje postaviti pitanje kojega se svi boje. Što ako je sud pogriješio? Što ako su pogubili nevina čovjeka?

Baltar je sajlonski zatvorenik, živ samo zato jer Sajlonci vjeruju da ih on može odvesti u novi dom: Zemlju. U nadi da će naći mitski planet, Baltar je odredio nebulu koja je možda bila navigacijska točka 13. plemenu na drevnom putovanju na Zemlju. Sajlonci šalju brod da to istraži. Na Galactici Gaeta istodobno dešifrira Baltarove bilješke i također otkriva nebulu. U želji da što prije nastavi potragu za Zemljom, Roslin zapovijedi Adami da je istraži.

Apollo stvara plan koji prijeti samom postojanju sajlonske kulture. Adama i Roslin moraju odlučiti hoće li provesti taj plan i upotrijebiti biološko oružje protiv sajlonaca. D'Anna Biers vjeruje da Balthazar zna tko je stvorio virus koji je zarazio i onesposobio sajlonski brod. Spremna je na sve kako bi saznala istinu.

U jednom okršaju sa sajloncima Adama u sajlonskom brodu otkriva pilota Daniela Novaceka za kojega je dugo mislio da je mrtav. DNK analize potvrđuju da je on doista Novacek. Odvodi ga predsjednici Roslin koja sluša jednostavnu priču o čovjeku kojega su na zadatku uhvatili neprijatelji, držali ga tri godine u zatvoru iz kojega je napokon pobjegao i vratio se na Galacticu. Ali priča je prejednostavna i ona ne vjeruje u nju. Adama tek sinu otkriva pravu istinu o Novaceku i mračnu tajnu koja ga godinama opsjeda.

Boksački turnir na kojemu se ne gledaju činovi tradicija je na Galactici i na njemu časnici i posada iskaljuju bijes i frustracije. Novi takav turnir izvući će stare svađe i zamjerke, pa će šakama svoje nesuglasice pokušati riješiti čak i Adama i Tyrol. Iz tog okršaja Adama izlazi krvav i poražen. Ipak, to mu je prilika da upozori svoje ljude kako trebaju prihvatiti svu težinu rata i ne dopustiti osjećajima da ih vode u teškim odlukama. Nakon toga Tigh prekida turnir i kad svi odlaze i svjetla se gase, glavna borba tek počinje. Starbuck i Apollo moraju raščistiti mnogo toga.

Slučajna kontaminacija sustava za proizvodnju hrane izaziva velike nevolje, jer flota više nema što jesti. Deseci tisuća ljudi umiru od gladi i piloti ulaze u opasne situacije vodeći flotu u nepoznate dijelove svemira u potrazi za novim izvorima hrane. Na osobnom planu otkriva se tajna Katine prošlosti, D'Anna je sve bliže opasnoj tajni sajlonaca.

Dok ekipe civila skupljaju hranu na planetu alga, Starbuck i Apollo uživaju u ljubakanju oslobođeni nadzora svojih bračnih partnera, a Tyrol odlazi s polja alga preko brda do neobične kamene strukture. U njoj otkriva izgubljeni drevni Hram petorice i Jupiterovo oko, tajanstveni predmet koji pokazuje put prema Zemlji. To otkriće izaziva novi sukob sa Sajloncima koji vjeruju da je Jupiterovo oko ostavilo 13. pleme.

D'Anna se sukobljava s Adamom zbog Hrama petorice. Atena moli Heloa za pomoć u spašavanju Here. Na planetu alga Apollo zapovijedi Dee da napusti svoj položaj kako bi pomogla Kari. Anders i Apollo odbijaju sajlonski napad.

Na Galactici Baltara čeka optužba za veleizdaju. On razmišlja o samoubojstvu uz pomoć Broja 6. Ostaju pitanja o njegovu pravom identitetu. Je li on sajlonac ili nije? Apollo pokazuje Tyrolu Joeov bar na Galactici. On razmišlja o Kari i o tome vrijedi li spašavati brak s Dee.

Sagittonci se bune jer smatraju da doktor ima nešto protiv njih. Helo istražuje i počinje sumnjati da su optužbe točne i da doktor možda čak i ubija pacijente. Athena dovodi Heru doktoru.

Tyrol i njegova žena zatočeni su u zrakopraznom prostoru. Adama se na godišnjicu braka prisjeća pokojne žene Carolanne. Odnos s predsjednicom Roslin sve je prijateljskiji i osobniji.

Predsjednica Roslin zamalo da ne strada u nesreći i Adama traži od Tyrola da u floti provede sigurnije radne uvjete. Tyrol odbije i tako postaje meta štrajkaša.

Kara i dalje sanjari o Leobenu i mandali koju je naslikala u stanu na Caprici. Dok je u ophodnji u svom Viperu, nailazi na sajlonski brod. Kasnije će teško dokazati da ju je udario sajlonski brod. Admiral Adama i Dee brinu se za njezino mentalno zdravlje.

Baltharovo svjedočenje prijeti stabilnosti flote. Lee pomaže Romu Lampkinu u Baltarovoj obrani. U floti Balthara počnu smatrati božanskim bićem. Iako on to odbacuje, Broj 6 tvrdi da sljedbenici možda znaju više o njegovoj pravoj prirodi od samog Balthara.

Baltarovo suđenje bliži se kraju, a ključni članovi flote otkrivaju da su možda posljednjih pet Sajlonaca. Tigh pokušava odgonetnuti značenje glazbe koja mu odzvanja u glavi. Kolonijalna flota susreće se sa Sajloncima.