사일런에게 붙잡혀 모진 고문을 당하던 타이 대령은 아내 덕에 풀려나 다시 저항군 세력을 지휘한다. 한편 카라는 자신을 사랑한다는 사일런 레오반에게 갇혀 지옥 같은 시간을 보내게 된다. 정체 모를 발타 당국 내의 정보원으로부터 뉴카프리카 경찰학교 졸업식 보안 문서를 입수한 저항군은 발타 대통령이 참석한다는 소식을 알게 된다. 이에 경찰에 잠입한 덕을 통해 발타를 없애려 작전을 세우지만 티롤은 무의미한 희생을 삼가자며 작전 취소를 건의한다. 이에 타이 대령은 발타를 제거할 기회를 놓칠 수 없다며 계획을 강행하려 하는데…

저항군의 자살 폭탄 공격이 계속되자 사일런은 관련 지도부 인사를 모두 체포한다. 발타 대통령은 로슬린을 만나 자살 공격을 공개적으로 비난하자고 설득하지만 그녀는 냉정히 거절한다. 한편 카라는 레오반이 자신의 난자로 출생시킨 딸인 케이시를 만나게 된다. 카라는 처음에는 딸을 애써 외면하려 하지만 자신의 잘못으로 케이시가 다치자 모성애를 느끼게 된다. 갤럭티카호에서 아다마 함장은 사일런이 숨긴 지상 함선의 이륙 장치를 회수하기 위해 사일런인 샤론을 중위로 복귀시켜 투입한다. 하지만 샤론과 저항군은 접선 장소에서 공격을 받게 되고 사일런이 사형 집행을 결정한 사람들은 트럭에 실려 사형지로 향하게 되는데...

아내 칼리가 사형수 명단에 올라 처형된다는 소식을 들은 티롤은 사형장 위치를 파악해 가까스로 사형수들을 구출해낸다. 한편 함대 연락 장교로 저항군과 접선한 샤론은 미리 매복 중이던 사일런의 공격을 받지만 해병대의 지원으로 무사히 탈출한다. 사일런 시체에서 자신이 기록한 지도를 발견한 앤더스는 타이 대령의 아내 엘렌이 배신자라는 사실을 알게 된다. 저항군들이 본격적으로 탈출 계획을 세우는 동안 샤론은 수용 시설로 잠입해 지상 함선의 이륙 장치를 회수하지만 죽은 줄 알았던 그녀의 딸이 살아있다는 계시를 받았다는 사일런 3호의 말에 순간적으로 갈등하게 되는데...

아내인 엘렌이 사일런 측에 협조해 배신한 사실이 밝혀지자 타이 대령은 직접 아내에게 독약을 먹인다. 한편 갤럭티카는 마침내 뉴카프리카 궤도로 점프해 유인 작전을 펼치며 본격적인 구출 임무에 나선다. 사일런의 기함이 늘어나면서 갤럭티카 호 승무원들은 실패를 예감하지만, 때마침 등장한 페가수스의 지원으로 무사히 탈출하게 된다. 탈출한 갤럭티카는 민간 함대를 이끌고 집결지로 향하고, 페가수스 호는 적진에서 장렬히 자폭하며 마지막 임무를 완수하는데...

사일런과 결탁한 반역자들을 처단하는 비밀 위원회가 구성되면서 유죄를 선고받은 이들은 위원회에 의해 사형을 당한다. 발타 곁에서 반역 행위를 했다고 알려진 가에타 역시 변절자로 처단받을 위기에 놓인다. 위원회에 환멸을 느끼고 탈퇴한 앤더스 대신 카라가 동참하고, 위원회는 가에타에게 유죄를 선고한다. 한편 자렉 대통령이 비밀리에 이와 같이 사람들을 처단해온 위원회를 인가한 사실을 밝혀낸 로슬린과 아다마 함장은 대통령의 횡포라며 적극 반대하지만 자렉은 불가피한 조처라며 설득한다. 하지만 로슬린은 대통령 취임식에서 화해의 길을 열고 미래를 개척하자는 의미에서 모든 시민에게 사면을 선포하는데...

카라와 타이 대령은 뉴카프리카에서 지낸 후, 방황하며 함대원들과 크게 마찰을 빚는다. 이를 참지 못한 아다마 함장은 둘 다 정신 차리라며 호통을 친다. 한편 사일런과 갤럭티카는 동시에 지구를 찾기 위한 탐사 작업에 본격적으로 착수하고 각각 지구를 찾는 이정표인 사자 성좌의 붉고 푸른 눈빛을 찾아 정찰팀을 보낸다. 하지만 발타의 좌표를 따라 정찰에 나선 기함이 알 수 없는 질병에 전염되고, 이에 발타는 스스로 자원해 기함에 승선한다. 기함에서 질병의 원인으로 짐작되는 고대의 인간이 만든 기계를 발견한 발타는 이 사실을 사일런에게 숨기는데...

알 수 없는 질병에 전염된 사일런 기함을 조사하던 갤럭티카 수색 팀은 전염병의 원인인 듯한 부표를 발견하고 살아남은 사일런 5명을 포로로 이송한다. 이후 포로를 취조해 정보를 캐낸 후 감염된 사일런이 다운로드를 통해 부활선까지 오염시킬 수 있다는 사실을 밝혀낸 함대원들은 이를 기반으로 사일런 종족 전체를 말살시킬 작전을 마련하지만 힐로 대위는 반인륜적 학살이라며 반대한다. 결국 로슬린의 인가로 사일런 말살 작전을 개시한 갤럭티카 호는 사일런 구역으로 점프하고, 부활선이 나타나자 포로를 처형한 후 부활선을 전염시키려한다. 하지만 미리 힐로가 포로들을 몰살시킨 탓에 실패로 돌아가고 함대로 복귀한 제독은 로슬린에게 3천 년 전 13번째 부족이 코볼을 떠날 시기에도 똑같은 전염병이 발생했다는 사실을 알려주는데...

사일런 침공 직전 비밀 작전 중 전사한 줄로만 알았던 스텔스기 조종사 불독 중위가 사일런 레이더를 훔쳐 타고 갤럭티카로 탈출한다. 아마다 함장은 로슬린 대통령에게 진정한 비밀 임무 내용을 숨긴 채 자신이 알아서 처리하겠다며 나선다. 하지만 과거 사일런을 정탐하기 위해 휴전선을 일부러 침범한 불독의 정찰선이 사일런에게 공격당하자 적에게 발각되는 것을 막기 위해 어쩔 수 없이 아다마 함장이 그를 격추시킨 사실을 불독이 밝혀내고 함장은 아들인 리에게 자신이 전쟁을 발발시켰다며 눈물겨운 고백을 한다. 사일런 감옥에서 자신을 탈출시켜주리라 믿었던 아다마 함장이 오히려 자신을 격추시켰다는 사실을 알아낸 불독은 분노에 휩싸여 함장을 유인한 후 지난날의 복수로 그를 죽이려 하는데...

일명 댄스파티라 불리는 함대 복싱 대회가 열리자 모두 서로에게 쌓였던 앙금을 풀며 불만을 해소하는 기회를 갖는다. 하지만 느슨해진 부하들의 정신 상태가 못마땅한 제독은 직접 갑판장 티롤과 링에 오른다. 그리고 처절히 패배한 후 전쟁 기간 동안 군인으로서 태도를 철저히 유지할 것을 모두에게 지적한다. 한편 리에 대한 미련으로 방황하던 카라는 싸우기 싫다는 리를 자극해 함께 링에 오르고 지난날 뉴카프리카에서 서로의 마음을 확인한 후 가슴 아프게 헤어졌던 과거를 회상하며 처절하게 서로를 매질하는 동시에 상대를 향한 진심을 확인하게 되는데...

가공 공정 중의 오염 사태로 함대 전체에 식량이 바닥났다. 랩터 편대원들은 방사능 성단 내로 민선을 유도해 식량을 조달하는 위험한 작전을 전개한다. 한편 발타는 비어스가 계속 자살하면서 부활 과정을 통해 환상을 좇는 사실을 알아채고 함께 하이브리드를 찾아가 사일런 최후의 다섯 모델에 관한 중대한 실마리를 얻는다. 캣은 지난날 마약 운반책으로 활동했던 어두운 과거를 아는 앤조가 등장해 먹을 것을 달라고 협박하자 냉정하게 거절한다. 하지만 결국 카라가 이를 알아내 추궁하자 솔직히 고백하며 스스로 아다마 함장에게 털어놓겠다고 약속한다. 곧 마지막 5차 민선 수송 중 성단에서 배가 실종되자 캣은 마지막으로 목숨을 걸며 민선을 찾기 위해 나서는데...

행성에서 식량 조달을 위해 파견된 티롤 갑판장은 자기도 모르게 무언가에 이끌려 걷다 13번째 부족의 고대 유적인 다섯의 신전을 발견하고, 갤럭티카에서는 갑판장에게 신전에서 주피터의 눈에 대한 실마리를 찾아보라고 지시한다. 하지만 곧 사일런 함대가 등장해 주피터의 눈을 넘기지 않으면 전부 몰살시키겠다고 협박하자 아다마 함장은 함대나 지상 병력을 공격할시엔 행성에 핵탄두를 퍼붓겠다고 대응한다. 발타와 비어스가 실제 주피터의 눈을 찾으러 병력을 끌고 행성으로 출격하자 아마다 함장은 모두의 반대에도 불구하고 결국 핵탄두 발사 명령을 내리는데...

갤럭티카에서 행성을 목표로 핵탄두 발사 채비를 완료하자 사일런 기함에선 행성으로 출격시킨 랩터를 철수하고자 한다. 하지만 3호는 모두의 반대를 무릅쓰고 발타와 비어스를 행성에 착륙시킨다. 한편 신전 사수 작전에 돌입한 리는 아내인 두알라에게 격추된 스타벅을 구하라고 명령한 후 앤더스와 함께 매복해 센추리온을 공격한다. 결국 티롤 갑판장이 끝까지 주피터의 눈을 찾지 못하자 리는 신전을 폭파하려 하지만 비어스와 발타의 방해로 무산되고 비어스는 신전에서 최후의 사일런 다섯 모델과 마주한 뒤 아름답다는 말만 남기며 죽는다. 함께 신전에 있던 발타는 갑판장에게 발각돼 갤럭티카로 체포되고 비어스는 사일런 전체의 결정에 따라 모델 폐기라는 사망 선고를 받게 되는데...

갤럭티카로 체포된 발타가 단식 투쟁을 하며 심문에 응하지 않자 아다마 함장은 약물을 통한 심문 방법을 시도하기로 결정한다. 한편 카라에 대한 마음 때문에 술로 세월을 지새우던 리는 아내로부터 결별 통보를 받는다. 카라 역시 앤더스에게 리를 사랑한다면 붙잡으라는 말을 듣게 된다. 약물 요법을 통해 발타를 취조하던 아다마 함장은 사일런 최후 다섯 모델에 관한 진실을 접하게 된다. 하지만 심문 중 그의 생명이 위험하게 되자 중단하고 다른 방법으로 발타를 설득하는데...

테라시타 호 고장으로 갤럭티카로 피난민을 승선시키던 중, 사지테런 주민들 사이에서 전염병이 돌기 시작한다. 민간인 의사인 로버트 박사는 이들을 치료하려 하지만 오래전부터 의술을 거부하는 전통 때문에 모두 박사의 진료를 외면한다. 결국 갤럭티카에선 부족한 약품 재고량을 고려해 병의 징후를 나타내는 주민에게만 백신을 접종할 것을 결정하고, 힐로는 로버트 박사가 사지테런만 골라 살해한다는 소문을 듣고 박사를 의심하기 시작한다.힐로는 함장과 코틀 박사를 찾아가 로버트 박사가 환자에게 위험한 인물이라며 보고하지만, 근거 없는 비난이라는 질책만 듣게 되는데...

임무 수행 중이던 랩터가 연료 문제로 대통령 전용선에 충돌하자 사건 경위를 조사하던 로슬린 대통령은 발타가 감옥에서 쓴 책을 인용하며 위협하는 연료선 주임을 체포하고 아다마 함장은 연료선 작업 재개를 위해 반장 티롤을 파견한다. 한편 연료선의 열악한 작업 환경을 목격한 티롤은 대통령과 함장에게 처우 개선이 시급하다고 보고하지만 일언지하에 거절당하고 결국 연료선 기계 고장으로 소년 한 명이 큰 부상을 당하자 파업을 선언한다. 하지만 아다마 함장은 티롤을 체포한 후 항명 행위는 용서치 않겠다며 아내는 칼리를 항명죄로 즉각 총살하라는 명령을 내리는데...

카라는 힐로에게 자신이 어릴 때부터 그려온 그림이 고대 13번째 종족의 신전에 등장한 문양과 똑같다는 소리를 듣는다. 이후 함대 재급유 임무를 수행하던 중 레이더상으로 확인되지 않는 정체불명의 적기를 쫓는 사건이 있어난다. 이 일로 인해 주변에서 망상에 시달린다는 소리를 듣고, 카라는 어머니가 등장하는 망상으로 인해 혼란스러워한다. 결국 스스로를 믿지 못하고 비행을 포기하려던 카라는 리의 위로로 함께 다시 한 번 정찰 임무에 나서고, 또 다시 다른 사람에게는 보이지 않는 적기를 본다. 이를 따라 꿈속에 등장한 문양과 똑같은 폭풍 속에 휩싸이게 되는데...

카라의 죽음으로 슬픔에 젖어 방황하던 리는 발타의 변호사가 폭탄 테러로 사망하자 아다마 함장의 지시로 발타의 새 변호사인 램킨의 경호를 맡게 된다. 발타와 넘버 식스를 면담하는 램킨의 모습을 지켜본 리는 그들의 대화를 들으며, 인간의 악한 본성에 대해 생각하게 된다. 이 후 자신의 방으로 향하던 램킨이 폭탄 테러로 크게 부상당하는 일이 발생하고, 리는 물건을 슬쩍하는 게 버릇이라는 램킨의 고백을 통해 범인을 밝혀낸다. 아버지인 아다마 함장이 편대장으로 복귀하라는 명령을 거부한 리는 자신이 직접 램킨의 변호 일을 돕겠다며 나서게 되는데...

발타의 재판이 시작되면서 함대 전체가 술렁이게 된다. 한편 경계 임무에 나선 랩터가 사일런에게 추적당한 사실을 보고하고, 갤럭티카에선 넘버 식스를 통해 사일런이 연료선의 특이한 방사선 신호를 이용해 추적한다는 사실을 밝혀낸다. 아다마 함장은 타이 대령이 법정에서 창피를 당한 일을 놓고 리가 변호사에게 밀고한 것이라고 의심한다. 아버지에게 아무 잘못한 것도 없이 추궁당한 리는 억울한 마음에 군복을 벗겠다고 선언한다. 이 후 법정에선 리는 로슬린 대통령의 카말라 복용 사실을 캐묻기 시작하는데...

운명의 재판 발타의 재판이 시작되면서 함대 전체가 술렁이게 된다. 한편 경계 임무에 나선 랩터가 사일런에게 추적당한 사실을 보고하고, 갤럭티카에선 넘버 식스를 통해 사일런이 연료선의 특이한 방사선 신호를 이용해 추적한다는 사실을 밝혀낸다. 아다마 함장은 타이 대령이 법정에서 창피를 당한 일을 놓고 리가 변호사에게 밀고한 것이라고 의심한다. 아버지에게 아무 잘못한 것도 없이 추궁당한 리는 억울한 마음에 군복을 벗겠다고 선언한다. 이 후 법정에선 리는 로슬린 대통령의 카말라 복용 사실을 캐묻기 시작하는데...