Stan komandora jest ciężki. Pułkownik Tigh przejmuje obowiązki dowódcy. Prezydent Roslin i Lee Adama trafiają do aresztu. Rozbitkowie przemierzają Kobol, szukając schronienia i drogi powrotu.

Na pokład Galactiki dostają się Cyloni. W systemie pojawia się wirus. Statek pogrąża się w ciemnościach. Tymczasem na Kobolu żołnierze wciąż walczą o życie.

Między żołnierzami na Kobolu dochodzi do coraz ostrzejszych spięć. Tymczasem na Galactice decyzje militarne i polityczne zaczynają przerastać pułkownika Tigha. Zdając się nie widzieć innego wyjścia wprowadza on stan wojenny.

Pułkownik Tigh podejrzewa, że szef Tyrol może być Cylonem. Przedzierając się przez okupowaną Capricę Helo i Starbuck spotykają członków ruchu oporu. Laura Roslin i Lee Adama uciekają z Galactiki.

Komandor Adama ponownie obejmuje dowództwo. Próbuje odnaleźć i sprowadzić na Galactikę zbiegów: prezydent Roslin i swojego syna. Podczas strzelaniny na Caprice Starbuck traci przytomność i budzi się w szpitalu polowym.

Flota wciąż jest podzielona. Starbuck wraz z Helo i Sharon wraca na pokład statku, na którym ukrywają się Lee Adama i prezydent Roslin. Przywozi ze sobą strzałę Apollo.

Komandor Adama decyduje się ustąpić, by połączyć flotę na nowo. Wraz z Roslin i jej zwolennikami odnajduje na Kobolu grobowiec Ateny, a w nim mapę prowadzącą na legendarną Ziemię.

Chcąc zapobiec złej prasie przez emisję materiału o masakrze na statku Gideon, komandor Adama daje dziennikarce D'Annie Bierswolny wstęp na Galactikę. Powstaje reportaż o codziennym życiu załogi.

Flota napotyka dawno uznany za zniszczony okręt Pegasus. Radość ze zjednoczenia rujnuje wyraźnie dająca się zauważyć różnica między rozważnym stylem dowodzenia Adamy a brutalnymi metodami admirał Heleny Cain.

Rozdźwięk między Adamą a Cain narasta, jednak chwilowo musi on zejść na dalszy plan. Załogi obu battlestarów łączą siły, próbując zniszczyć tajemniczy cyloński okręt. Stan prezydent Roslin się pogarsza.

Okręt Przebudzenie zostaje zniszczony, ale myśliwiec Apollo rozbija się, a on sam dryfuje w przestrzeni. Baltar uwalnia Szóstkę z aresztu Pegasusa. Admirał Cain ponosi konsekwencje swojego okrucieństwa.

We flocie rodzi się ruch postulujący pokój z Cylonami. Prezydent Roslin jest bliska śmierci. Niespodziewanie odkryte właściwości krwi płodu Sharon dają nadzieję na wyleczenie Laury.

Zamordowano komandora Fiska. Lee Adama rozpoczyna śledztwo. Wkrótce okazuje się, że śmierć dowódcy Pegasusa jest ściśle powiązana z kwitnącym we flocie handlem czarnorynkowym.

Myśliwce Galactiki osłaniają pracujące na asterodzie statki górnicze przed Cylonami. Jeden z nich, Scar, staje się prawdziwą udręką pilotów floty, zaś pokonanie go przedmiotem rywalizacji między Starbuck i Kat.

Na Cloud Nine dochodzi do ataku. Sesha Abinell, przywódczyni terrorystów, wini Cylonów za śmierć swojego męża, chce wymienić zakładników na życie Sharon Valerii. Lee Adama zostaje ciężko ranny.

Kara Thrace dowodzi pilotami na Pegasusie. Nie potrafi jednak porozumieć się z nowym komandorem battlestara. Dochodzi do kolejnego wypadku. Tymczasem na Galactice prezydent Roslin staje przed problemem natury etycznej.

Na odbudowywanej przez Cylonów Caprice odradzają się dwie cylońskie bohaterki: Szóstka i Boomer. Każda z nich na swój sposób przeżywa kryzys tożsamości. Na Galactice doktor Cottle odbiera poród Sharon.

Starbuck wraca na Capricę po członków ruchu oporu, po drodze odkrywając przypadkiem zdatną do zasiedlenia planetę. Trwają wybory prezydenckie. Zwolennicy Roslin próbują sfałszować wyniki, by zapewnić jej zwycięstwo.

Świeżo wybrany prezydent Baltar zarządza osiedlenie się na Nowej Caprice. Rosną animozje, zmieniają się układy. Ocaleni z Dwunastu Kolonii miesiącami budują na nowo społeczeństwo. Jednak i tu odnajdują ich Cyloni.