Zapovjednik Adama bori se za život, a predsjednica Roslin je u zatvoru te u to vrijeme najveće krize pukovnik Tigh postaje jedini vođa. Ali to nije najgore. Hitni skok kojim bježe pred Sajloncima ne uspijeva i Galactica ostaje sama u svemiru, odsječena od flote i medicinske njege koju sada treba Adama. Da bi se vratila floti, Galactica mora ponoviti skok u suprotnom smjeru - opasan potez jer će brod ostati bez obrane od Sajlonaca.

Galactica se ponovno spojila s flotom, ali platila je i užasnu cijenu. Sajlonski je virus ušao u brodsko računalo i sajlonski su centurioni sada na brodu. Lee Adama, koji je u zatvoru s predsjednicom, uspio je marince uvjeriti da ga puste i s odabranim ljudima kreće u obranu broda...

Dok se dr. Cottle bori za život zapovjednika Adame, Tigh polako shvaća da zapovjedništvo ne znači samo izdavanje zapovijedi. Novinari traže odgovore, svi žele odluke i Tigh se sve češće okreće starom prijatelju i neprijatelju - boci. Kvorum dvanaestorice stigao je na Galacticu i zahtijeva sastanak s predsjednicom. Tigh se nećka, ali ga žena uvjeri da dopusti susret koji će samo učvrstiti njegovu vlast jer je predsjednica poludjela.

Nametanje prijekog suda prijeti razdorom u posadi. Prva je žrtva Tyrol koji se našao u zatvoru pod sumnjom da je Sajlonac. Zbog njega ostali brodovi prestaju slati gorivo i namirnice Galactici. Ipak, Tigh ne popušta. Pod utjecajem alkohola i ambiciozne žene Ellen šalje vojsku na jedan od brodova kako bi silom uzeo namirnice i sve završava u krvoproliću u kojem stradaju i civili. Baltar iskorištava Sharoninu ljubav prema Tyrolu i izvlači iz nje koliko je Sajlonaca u floti.

Zapovjednik Adama vraća se kao heroj s nezavidnim zadatkom. Da bi zadržao kontrolu nad brodom, mora pronaći sina Leeja i predsjednicu Roslin, koji se skrivaju negdje u floti. Adama zapovijedi da pretraže sve brodove. Lee i Roslin spremni su poslati poruku brodovima tražeći opću potporu. No Lee ipak ne može javno osuditi oca. Predsjednici Roslin ostaje još samo vjera. Ona objavljuje da je glas proročice Pitije.

Slijedeći predsjednicu Roslin i Toma Zareka, više od jedne trećine flote odvojilo se od Galactice i skočilo u orbitu Kobola. Napetost raste među pobunjenicima kad se Zarek sa svojim šefom osiguranja Meirom suočava s Leejom Adamom. Kara i Helo vraćaju se sa Sharon i predsjednica Roslin zapovijedi da pogube Sharon. No mijenja zapovijed jer je Sharon njezina jedina nada da nađe Atenin grob i put na Zemlju.

Flota je ponovno ujedinjena i stari se sukobi rasplamsavaju. Kritika vojske sve je glasnija nakon pokolja na Gideonu kad su marinci s Galactice otvorili vatru na civilne pobunjenike na civilnom brodu. Tigh je zapovijedao marincima u tom napadu i zbog toga mu netko prijeti smrću. Ubrzo ga sabotiraju. Predsjednica Roslin i zapovjednik Adama pokušavaju popraviti odnose između vojske i civila i D'Anni Biers, reporterki novina flote nude neograničen pristup posadi Galactice. Ubrzo se nađu drugi koji D'Annu Biers žele iskoristiti u političke svrhe.

Zapovjednik Adama svjestan je da je moral nizak nakon mjeseca unutarnjih borbi i razdora. Tyrona još progone sjećanja na prvu Sajlonku Sharon i sumorno je raspložen. Zbog toga se svađa s Leejom Adamom i kasnije s Heloom koji je zaljubljen u sadašnju Sharon. Sajlonski virus ulazi u kompjutore Galactice. Cijeli je brod u opasnosti i Sharon koja je u zatvoru na Galactici zamole da izbriše virus iz kompjutora. Dok flota skače na nove koordinate, Galactica ostaje dok ne izbriše virus iz kompjutora. U tom se trenutku suoči s velikim napadom Sajlonaca. Ali Sharon uspijeva okrenuti virus protiv Sajlonaca i omogući Galactici pobjedu bez žrtava.

Raspoloženje na Galactici se naglo popravlja kad se niotkuda pojavljuje Pegasus za kojega su mislili da je uništen s ostatkom kolonijalne flote. Admiralica Helena Cain, zapovjednica Pegasusa, objašnjava Adami kako je Pegasus izbjegao svoju tragičnu sudbinu. Malo prije sajlonskog napada na Pegasusu su isključili kompjutore radi redovnog održavanja i tako izbjegli nuklearni genocid. Otada Pegasus neumorno progoni i uništava Sajlonce...

Kara Starbuck Thrace sprečava smrtonosni obračun između Galactice i Pegasusa kad se vraća s neslužbene misije i donosi fotografije sajlonskog broda. Adama i admiralica Helena Cain sklapaju primirje u pokušaju da zajednički unište sajlonski brod. No Adama je na oprezu, jer sazna da je Cain zapovijedila Pegasusu da napusti civile u pokušaju da preživi. Predsjednica Roslin naslućuje da će isto ponoviti i s civilnom flotom Galactice.

Pegasus i Galactica vode ogorčenu bitku protiv sajlonskih brodova, koja može izmijeniti tijek rata. Kara Thrice vodi rat sa svojom savješću, jer po Adaminoj zapovijedi mora ubiti admiralicu Cain. Lee Adama sazna za zapovijed i napada oca zbog nje, ali zapovjednik Adama ne odustaje. Bitka se za to vrijeme pojačava i posade obaju brodova morat će pokazati koliko su svoje ljudskosti spremni žrtvovati kako bi preživjeli.

Predsjednica Laura Roslin leži na umoru u Hitnoj službi Galactice. Ali još je lucidna i zapovijedi pobačaj sajlonke Sharon kad su u fetalnoj krvi otkrivene neobjašnjive tvari. Gaius Baltar se protivi i smatra da bi sajlonsko-ljudsko dijete bilo idealno za istraživanje. Ipak, Adama namjerava izvršiti naredbu sve dok ne sazna kako hibridne krvne stanice imaju fantastične iscjeliteljske moći.

Crno tržište hrane, lijekova i luksuzne robe cvjeta unutar flote na korist bogataša, a štetu sirotinje. Kad je zapovjednik Pegasusa Jack Fisk pronađen ubijen, okružen cigaretama, pićem i nakitom, Lee Adama postaje glavni istražitelj. Adama otkriva da je Fisk bio na čelu krijumčarske organizacije u kojoj su se nalazili među ostalim i Tom Zarek i potpredsjednik Gaius Baltar. Baltar se razbjesnio na prijedlog predsjednice Roslin da da ostavku. Istraga poprima osobnu notu kad krijumčari otmu prostitutku Shevon s kojom je Lee u intimnim odnosima i prijete da će ubiti nju i njezinu kćer ako on smjesta ne odustane od istrage.

Rudarski brod Majahual radi 24 sata na dan kako bi izvukao što više potrebnih kovina iz asteroida. Flota je krenula dalje, a ostala je Galactica na straži čuvajući umorne rudare od upornih sajlonskih napada. Noćna mora posade Galactice je Scar, reinakarnacija bezbrojnih sajlonskih ratnika, koji se skriva u asteroidskom pojasu i napada pilote Galactice, desetkujući ih i tjerajući da iskusne pilote zamijene neiskusnim mladićima. Strah i napetost očituju se na pilotima koji zaborav često traže u piću i bučnim zabavama. Na jednoj su se sukobile i por. Kara Thrace i mlada i drska Louane Katraine. Među njima dolazi do opasnog natjecanja zbog kojega obje upadnu u Scarovu zasjedu...

Paranoja se širi Galacticom kad se sazna da je Sajlonka Sharon živa i na brodu. Sesha Abinell, čiji je muž stradao u sajlonskom napadu nekoliko tjedana ranije, bijesni na samu pomisao da je Sajlonka na brodu i da ljudi ovise o njezinim informacijama. S trojicom simpatizera Sesha poduzima drastične mjere. Oružjem uzima taoce u baru luksuznog broda Cloud Nine, među njima Ellen Tigh i nevoljki ljubavni trokut - Leeja Adamu, Anastasiju Duallu i Billyja Kekeiyu. Seshin je zahtjev jednostavan: pogubiti Sajlonku Sharon ili će taoci umrijeti.

Na Galactici pronalaze slijepog putnika, 17-godišnju trudnu djevojku Ryu Kibby. Ona traži da je odvedu doktoru Cottleu. Želi pobaciti, a doktor Cottle već je nekoliko mjeseci pobačaje obavljao ženama u floti i sada to postaje politička tema. Frakcija Gemenon koja se bori protiv pobačaja prijeti da će prestati podupirati predsjednicu Roslin ako smjesta ne osudi pobačaje i učini ih protuzakonitima. Rasprava se rasplamsala i predsjednica mora zauzeti stajalište. Znajući da je svaki život važan u sve manjoj ljudskoj populaciji, Roslin donosi odluku čije će posljedice znati iskoristiti Gaius Baltar u svojoj kampanji za predsjednika.

Reinkarnirana Broj 6 i Sharon dočekane su kao heroji Sajlona zbog važne uloge koje su odigrale u uroti za uništenje ljudske rase. No one nisu sretne. Broj 6 progone uspomene na Baltara. Sharon neprestano razmišlja o ljubavi prema Tyrolu i lažnom ljudskom životu na koji je pristala kao sajlonska špijunka. Na Carprici Samuel Anders, Karin ljubavnik priprema osvetu, ma kako besmislena bila, protiv Sajlonaca... Uhvaćena Sharon na Galactici rađa Heru, dijete koje je začela s Heloom. Djevojčica se bori za život i već je tema urote.

Kara daje upute marincima i posadi Raptora, koji odlaze na Capricu kako bi spasili preživjele civile. Uz pomoć uhvaćene Sajlonke Sharon navigacijski sustav Raptora uključili su u mnogo jači navigacijski sustav otetog sajlonskog broda. Na Galactici predsjednica Roslin i potpredsjednik Baltar pripremaju se za prvu predsjednički TV debatu. Dok se Roslinova priprema, Baltara uvjeravaju da ima vjere i da će se izbori odvijati prema Božjoj želji. Nakon rasprave predsjednica je u prednosti. Ali tada senzacija! Jedan od raptora u spasilačkoj misiji slučajno je naišao na planet koji mogu nastaniti u dijelu svemira koji će ih skriti pred Sajloncima. Taj planet Baltar odmah koristi kao svoju političku prednost.

U zoru na Caprici Kara i Anders otkrivaju da su Sajlonci nestali. Brat Cavil tvrdi da je to čudo. Ali kad se vrate na Galacticu, postaje im jasno zašto su preživjeli. Brat Cavil je Sajlonac i došao je s porukom: junakinje Sajlona, Broj 6 i Sharon, uvjerile su svoje vodstvo da je istrebljenje čovječanstva pogreška. Odsad će svi živjeti u miru. U međuvremenu, prebrojavanje glasova je u tijeku i Laura traži od Baltara, da, ma tko pobijedi, pristane na to da se novootkriveni planet ne naseljava dok ga dobro ne prouče. Baltar je odbije i ona nakon toga od svog pomoćnika traži da prijevarom ukrade izbore. Otkriveni su i postoji opasnost da Baltar, optužen da je suradnik Sajlonaca, postane predsjednik. Dok Baltar polaže zakletvu, njegova sajlonska ljubavnica Gina osvećuje se floti tako da detonira nuklearnu bojnu glavu. Unatoč tome što je uništeno nekoliko brodova, kolonizacija novog planeta, nazvanog Nova Caprica, teče prema planu. Jedino je Adama nesretan. On predviđa dolazak Sajlonaca. A onda, nakon godinu dana...