Из-за всего произошедшего с Адамой место капитана занимает Сол Тай. Однако его первое решение в качестве командующего оказывается не самым удачным; теперь флот разбросан по космосу. Сумеет ли экипаж под командованием нового главы найти пропавшие гражданские суда? Тем временем Кара вступает в конфликт с Хило, но их перепалка приводит лишь к ухудшению ситуации. На Коболе группа выживших пытается укрыться от вражеского преследования, однако не всем членам разведывательного отряда удается спастись.

В результате проникновения сайлонов на борт крейсера, а их вируса — в компьютерную систему корабля, жизням членов экипажа угрожает опасность. Вслед за отключением электроэнергии лазутчики неприятеля учиняют кровавую резню по всему периметру «Галактики», преследуя ведомую лишь им одним цель. Пока Тай, Адама и оказавшаяся на корабле Рослин пытаются уничтожить неприятеля, на Каприке Хило с Карой навещают жилище Старбак, а Тиролю на Коболе приходится принять сложнейшее в жизни решение.

На Галактику наконец прибывает врач и немедленно начинает лечение Адамы. Полковнику Таю становится все сложней выполнять обязанности командира, что заставляет самонадеянного капитана принять шокирующее общественность решение. Тем временем на крейсер прибывают члены кворума, требующие встречи с президентом Рослин. Ей же без доступа к лекарствам становится все хуже. А на Коболе группа раскрывает замысел сайлонов и, чтобы предотвратить уничтожение отправленного за экипажем спасательного корабля, решает дать им бой.

Прибывший на крейсер Тироль запросто может оказаться сайлоном, и после допроса его отправляют за решетку к Валерии. В срочном порядке Балтару приказывают доработать свой детектор. Тем временем военное положение вызывает волну протестов, что вынуждает Тая начать принудительные рейды по захвату продовольствия. Однако это оказывается очередным неудачным решением. На Каприке меж тем Страбак с Хило подвергаются нападению одного человеческого отряда, которому просто чудом удалось выжить после вторжения! Рослин при поддержке Ли принимает рискованное решение, а Гай использует навыки доктора, чтобы получить интересующие его сведения.

Адама возвращается к своим обязанностям и приказывает ввести режим карантина для поисков президента. Сама же Рослин решает разыграть религиозный козырь и распространяет по флоту сообщение-призыв. Тем временем на Каприке раненая Кара приходит в себя в странном госпитале. Она внимательно наблюдает за неизвестным доктором и анализирует его действия. Именно так ей удается узнать кое-что новое о деятельности сайлонов. Не менее интересные события ждут и Хило, который в поисках соратницы заручается помощью нежеланной знакомой. Благодаря ей он получит не только возможность спасти подругу, но и шанс вернуться на Галактику.

Адама хочет найти Рослин и вновь объединить флот. Для этого он изучает манускрипты и отправляется на Кобол. Зарек и Мейер разрабатывают план по ликвидации Ли. Как кстати им для этого подвернулся сайлон! И хотя появление Уильяма разрушает их планы, Мейер все-таки посеял зерна сомнения в уме Шэрон. Правда, плоды их окажутся совсем не такими, каких ожидали сообщники. А спутники тем временем добираются до цели, где, как и было предсказано, получают подсказку к нахождению Земли. Между тем на крейсере старания Шести заставляют Балтара сильно сомневаться в собственном здравомыслии. Главное же: ему удается понять главный замысел неприятеля.

Узнав, что журналист Анна Байерс готовит материал о недавнем трагическом инциденте на Гидеонском корабле, командор и президент просят ее снять репортаж о Галактике. Как они надеются, таким образом будет восстановлено доверие к военным. От внимания настырной журналистки не ускользают трения между пилотами и ремонтной бригадой, а также проблемы старпома и его супруги, которым угрожает кто-то пока неизвестный. Однако Анна раскапывает еще кое-что, что Уильям лично просит не раскрывать общественности.

Пытаясь справиться с последствиями своего неудачного романа, Тироль с головой уходит в строительство нового корабля. Кара сталкивается с пренебрежительным отношением окружающих к Агатону. Между тем затаившийся компьютерный вирус сайлонов вновь активируется и методично выводит из строя все системы крейсера. Справиться со столь высокотехнологичным вирусом можно лишь заручившись поддержкой Шэрон, которая предупреждает Адама о грозящей флоту опасности.

На флот выходит считавшийся погибшим крейсер под командованием Хелены Кейн. Адама вынужден передать ей управление как стоящей выше по должности. Но несмотря на воодушевление от встречи с выжившими он решает все же побольше узнать о прибывших, тем более что на их корабле тоже есть пленный сайлон. Радость от притока новых людей и техники у некоторых переходит в неприязнь: самоуверенные новоприбывшие берутся устанавливать на крейсере собственные правила. И одно из них приводит к катастрофическим последствиям.

Узнав о смелом поступке Старбак, Кейн с Адамой отодвигают амбиции на второй план и заключают перемирие ради уничтожения неприятельского корабля. За проявленную инициативу Кара получает повышение. Воспользовавшись ситуацией, она помогает другу вернуться в строй. Между тем Уильям с Солом узнают о жестоком решении адмирала насчет гражданских кораблей, сопровождавших когда-то Пегас. Балтару удается раскрыть предназначение таинственного корабля сайлонов. Рослин дает командору недвусмысленный совет на будущее, прислушавшись к которому тот получает шанс сохранить собственную жизнь.

Кора и полковник Фиск получают задания, к которым еще нужно морально подготовиться. А у Старбак и Ли что-то не ладится: Ли погряз в собственных проблемах и не находит сил поддержать подругу в решающий момент, когда она доверяет ему свою тайну. Переломный момент наступает в судьбах Тироля и Хило. Балтар находит общий язык с заключенным сайлоном. Тем временем Пегас с Галактикой объединяются для уничтожения стратегически важного вражеского корабля, а благодаря стечению обстоятельств и стараниям Гая, конфликтная ситуация между командирами флотов разрешается сама собой.

Дни Рослин подходят к концу. Она все глубже погружается в воспоминания, особенно о временах до вступления на пост президента. В минуты просветления, понимая, что править ей осталось недолго, Лора решает защитить флот от угроз весьма неожиданным методом. Тем временем среди гражданского населения флота появляется радикальная группировка, призывающая наладить отношения с сайлонами. Ко всеобщему удивлению ее предводительница оказалась знакомой Балтара. Последний же благодаря своему открытию полностью меняет положение дел на корабле. А еще истинное отношение к нему президента теперь видится доктору Гаю гораздо яснее.

Рослин становится лучше, и она возвращается к своим обязанностям. Первое, что ее беспокоит недостаток продовольствия и расцвет черного рынка. Адамо тем временем занят убийством недавно назначенного командором Фиска. Расследовать происшествие отправляется Ли. Оказывается, жертва была причастна к незаконной торговле припасами. Конечно, Ли пытается выйти на убийц, тем более что они оставили недвусмысленное послание. Но параллельно с этим Аполло одолевают воспоминания, как он сам однажды прибегнул к нелегальной торговле это был единственный способ спасти дочь его близкой знакомой. Правда, связь с ней вскоре едва ли не приведет Аполло к гибели.

Столкновение с неуловимым истребителем противника оказалось смертоносным погиб еще один пилот. Теперь отношения Старбак и Кэт накаляются: Кэт бросает Каре вызов и держит пари совсем скоро она уступит ей свое превосходство. Старбак очень тяжело переживает нежелание командного состава помочь оставшимся на Каприке, среди которых присутствует Андерс. Однако Рослин не намерена бросать залежи столь ценного ископаемого ради нескольких десятков людей. Повинуясь, пилоты находят способ за способом уничтожить единственную преграду между ними и их целью.

Связь Адамы с плененным сайлоном не удается скрыть. Узнав о ней, вдова одного из служащих флота собирает группу террористов и, конечно, возглавляет ее. Дальше она действует еще решительнее: берет в заложники посетителей бара на Седьмом небе и выдвигает командору условия их освобождения. В плену у жаждущей мести женщины оказываются Ли и Дуалла. Попадает туда и Билли, мысли которого сейчас заняты совсем другим он так хотел сделать шаг вперед в отношениях с Анастасией, но все пошло не по плану. Вскоре Адаме удается отправить в захваченное помещение разведчика, а именно Старбак. Но вместо освобождения пленников ее хитрый маневр приводит к трагическим последствиям.

Прошел месяц после случившегося, и Ли, получивший звание майора, отправляется на Пегас. Там капитан Барри Гарнер просит его усмирить столь, как ему кажется, некомпетентную Старбак. Так получается, что прибытие Ли совпадает с исчезновением двух разведывательных рапторов. Гарнер должен разобраться с поиском кораблей и Адаму слушать не намерен. Между тем приближаются президентские выборы. Совсем недавно лидирующая позиция Рослин на грани провала. Внезапно на борт Галактики нелегально попадает беременная девушка; и она прилетела сюда явно с какой-то целью.

Шесть очнулась в новом теле и обнаружила себя среди соплеменников. Несмотря на перемены, ее чувства к Гаю живы, и теперь он всюду невидимо сопровождает Шесть. Сайлоны ей не доверяют и просят поговорить с недавно возродившейся Восьмеркой. На Галактике тем временем врач экстренно делает Шэрон кесарево. Теперь Рослин должна срочно придумать план, как это умело скрыть. А вот у Андерсона с товарищами на Каприке план уже готов: они готовятся взорвать район сайлонов. Однако во время операции что-то идет не так.

Кара и спасательный отряд отправляются на Каприку, чтобы вызволить оставшихся людей. Но увы: при первом же перемещении в пространстве команда теряет один корабль. К нежданной удаче, погрешность в расчетах спасает затерявшийся раптор, которому везет обнаружить пригодную для жизни планету. Однако кто бы мог подумать, что эта планета станет яблоком раздора в заключительных президентских дебатах Рослин и Гая. Между тем Тироль оказывается виновником неприятного происшествия, и, похоже, разобраться в причинах без священника ему не удастся.

Вместе с чудесным спасением команды Старбак и возвращением на Галактику раскрывается личность еще одного сайлона. Он сообщает людям важную весть его соплеменники готовы заключить перемирие. Президентские выборы тем временем продолжаются. Подчиненные за Рослин, однако положение Гая играет ему на руку. Случается ужасное: из-за чувств Шести к Гаю трагедия повторяется. Спустя год поддерживать корабли в рабочем состоянии будут лишь Адама с сыном и несколькими подчиненными. Кара, Тироль и другие тем временем будут всеми силами пытаться выжить на негостеприимной планете. Вскоре сбудутся и прогнозы Рослин: ошибка доктора Балтара поставит под угрозу истребления последних представителей человечества.