반란을 일으킨 로슬린 대통령과 리 대위 그리고 아마다 함장에게 총을 쏜 샤론은 영창에 보내진다. 갑작스레 함대를 책임지게 된 타이 대령은 사일론의 침공에 대비해 서둘러 점프를 하던 중 함대와 교신이 끊어지고 마는데. 사경을 헤메고 있는 아다마 함장의 목숨을 구해 줄 유일한 희망 코틀 박사는 마침 다른 함대에 탑승하고 있는 것이 확인되고, 갤럭티카호는 대혼란에 빠지고 마는데...

사일런의 바이러스가 갤럭티카호의 시스템을 공격하면서 갤럭티카호는 큰 피해를 입게 된다. 카프리카에 도착한 카라는 힐로와 함께 정찰을 나서고, 자신의 집을 다시 찾은 카라는 추억에 잠긴다. 코볼로 추락한 가이우스와 그의 일행들은 부상당한 소시너스를 치료하기 위해 애쓰던 중, 가이우스는 환상 속에서 자신과 넘버 식스 사이에서 태어난 아기를 죽이는 아다마 함장의 모습에 큰 충격에 빠지는데...

리는 코볼에 있는 사람들을 구하기 위해 수색 구조팀을 편성하여 구조에 나선다. 한편, 코볼에 있는 크래시다운 일행은, 구조팀이 올 것이라 예상하고 사일런을 향한 선제 공격을 계획한다. 하지만 크래시다운 일행 사이에서는 내분이 일어나고 사일런과의 접전 중 칼라와 크래시 다운 그리고 가이우스 사이에서 서로 총을 겨눈 채 대치하는 상황이 벌어지는데…

갤럭티카호로 귀환한 티롤은 샤론과의 관계 때문에 사일런이라는 의심을 받는다. 가이우스는 티롤을 생명을 담보로 샤론에게 갤럭티카호에 잠입한 사일런의 숫자를 알아내려 한다. 한 편 카프리카의 카라와 힐로는 카프리카의 생존자들로 구성된 저항세력과 이들의 우두머리인 앤더스와 맞닥뜨리게 되는데..

앤더스 일행과 함께 지내게 된 카라와 힐로는 사일런들로부터 기습공격을 당한다. 부상으로 정신을 잃은 카라는 한 병원에서 의식을 회복하게 되는데. 의문투성이인 의사와 정체 불명의 약물로 기억을 잃는 카라는 결국 탈출을 계획하게 된다. 한 편 리의 도움으로 갤럭티카호를 탈출한 로슬린 대통령은 애스트랄 퀸 호에서 전 함대를 향해 중대한 메시지를 전하는데…

갤럭티카호에서 추방될 위기를 모면한 샤론은 지구에 대한 유일한 희망인 코볼의 아테네 무덤으로 로슬린 일행을 인도한다. 분열된 인류를 단합시키이 위해 아다마 함장은 수색대를 결성해 코볼로 향하게 되고, 마침내 로슬린 일행 가운데 자신을 살해하려한 샤론을 만나게 된다. 아테네 무덤의 열쇠인 아폴로의 화살로 지구를 찾기 위한 단서를 얻게된 아다마와 로슬린 일행은 새로운 희망과 평화를 맞이하게 되는데...

기드온에서 일어난 민간인 사살 사건으로 갤럭티카호에 대한 전 함대의 시선이 따가운 가운데, 아다마와 로슬린은 디아나 기자의 갤럭티카호 무제한 취재를 허용한다. 모두 갤럭티카 승무원들을 살인자로 보고 있으니, 갤럭티카를 자유롭게 취재하여 승무원들의 인간적인 면모를 보도해달라는 것이다. 한 편, 살해 위협을 받고 있는 타이 대령이 클라우드 나인으로 가려던 도중 항공기에 사고까지 발생한다.

갤럭티카호에 갑작스럽게 시스템 이상 현상이 발생한다. 가이우스 박사는 사일런의 폭탄이 장착되어 갤럭티카호의 모든 시스템을 몇 시간 안에 장악할 것이라는 사실을 발견하게 된다. 아다마 함장은 위급한 문제를 해결하기 위해 샤론에게 도움을 청하고, 티롤은 모두에게 새로운 희망을 안겨주기 위해 새로운 전투기를 혼자서 만들기 시작하는데...

갤럭티카호 주변에 갑작스럽게 나타난 페가수스호. 페가수스 호는 사일런의 기습 공격 당시 행방불명된 함대로서 아다마 함장의 상관인 케인 제독의 지휘 하에 있다. 아다마 함장과 케인 제독의 서열 문제 때문에 서서히 문제점이 붉어지던 중, 페가수스 쏘른 중위가 샤론을 성폭행하려는 사건이 발생한다. 이 사실을 알게된 힐로와 티롤이 쏘른 일행과 몸싸움을 벌이던 과정에서 그만 쏘른 중위가 사망하게 되는데...

페가수스호로 긴급 이송된 힐로와 티롤은 쏘른 중위 살해범으로 사형될 위기에 처한다. 아다마 함장은 페가수스호로 바이퍼를 발진시켜 힐로와 티롤을 귀환시키려 하지만, 케인 제독의 대항으로 양측 아군 함대는 교전의 위기를 맞게 된다. 한 편, 힐로가 완성시킨 새로운 스텔스 ‘블랙버드에 탑승한 카라는 적진에 침투해서 사일런 ‘부활선’의 정찰에 성공하는데...

사일런을 복제하는 ‘부활선’을 폭파시키기 위해 갤럭티카호와 페가수스호는 만반의 준비를 마친다. 리는 스텔스기로 적진에 침투해서 부활선의 FTL 드라이브를 파괴하고, 카라와 함께 사일런 랩터를 물리친다. 아다마 함장과 케인 제독은 아군의 공격이 성공할 경우, 서로를 암살할 지령을 내리게 된다. 페가수스 호에 도착한 카라는 결국 케인 제독을 암살하기 위해 아다마 함장의 명령을 기다려야 하는 숨막히는 상황에 이르게 되는데...

갤럭티카호 안에서 누군가 군용 무기를 조작하는 사건이 발생한다. 이는 민간인 함대를 중심으로 평화를 주장하는 단체의 소행으로 밝혀지고, 이들 단체는 사일런과의 평화를 요구하면서 전쟁을 일삼는 아다마 제독과 갤럭티카호를 맹비난하는데. 한 편, 병세가 악화되고 있는 로슬린 대통령은 아다마 제독과 가이우스 부통령에게 인류에 위협이 될 수 있는 샤론의 아이를 없앨 것을 명령하는데...

케인 제독의 후임인 피스크 대령이 암시장의 배후세력들로부터 암살되는 사건이 발생한다. 아다마 제독은 리 대위에게 사건 수사를 일임하고, 페가수스호로 급파된 리는 가이우스를 의심하기 시작한다. 한 편, 클라우드 나인에 머물고 있는 리의 내연녀, 쉬본이 이들 배후세력들로부터 납치당하고, 리 마저 부상을 입게 된다. 결국 이들 배후 세력은 암시장 소탕 계획을 철회할 것을 요구하는데...

갤럭티카호 바이퍼들이 가장 두려워하는 대상은 최고의 사일런 레이더, 스카. 신출귀몰한 스카는 지금까지 수많은 갤럭티카호의 승무원들과 바이퍼를 격추시켰지만, 스카를 격추시키려는 카라와 캣의 의지는 확고하기만 하다. 하지만 카라는 카프리카에 남겨 둔 앤더스를 그리워하면서 점점 술에 의지하게 되고, 카라의 자리를 넘보는 캣과 잦은 충돌을 일으키게 되는데...

두알라를 흠모하던 빌리는 결국 두알라에게 청혼한다. 하지만 리를 사랑하는 두알라는 빌리의 청혼을 거절하고, 빌리는 큰 상심에 빠지게 된다. 한 편, 민간인 함대 안의 테러리스트 일당이 클라우드 나인 사교 클럽에 잠입해 인질들을 방패삼아 아다마 제독과 협상을 시작한다. 테러리스트들은 샤론을 건네줄 것을 요구하고, 사교 클럽 인질들 중 하나였던 리는 이들과 싸우기 위해 재빨리 몸을 숨기는데...

아다마 제독은 엔진실 정비사 출신인 가너를 페가수스호의 새로운 함장으로 임명한다. 군인 출신이 아니라는 이유 때문에 통솔력이 부족하다는 반발이 크지만, 아다마 제독은 자신의 선택이 최선이라 생각한다. 한 편, 랩터 비행 훈련 감독을 위해 페가수스호로 이동한 카라는 가너 함장과 충돌하게 되고, 결국 리 소위가 이들의 분쟁을 조율하기 위해 페가수스호로 떠나게 되는데...

넘버 식스의 과거가 새로운 몸으로 다운로드 되면서 또 하나의 넘버 식스가 탄생한다. 바로 가이우스를 유혹해서 인류를 멸망시킨 장본인이었던 넘버 식스. 사일런들로부터‘카프리카 식스’라는 전쟁 영웅 대우를 받게 되지만 아직까지 마음 속 깊은 곳에서 가이우스를 사랑하고 있다. 어느 날, 사일런 다나는 넘버 식스처럼 다운로드 이후 새로운 삶에 적응하지 못하는 넘버 에이트를 만나볼 것을 권유하는데...

아다마 제독은 카프리카의 생존자를 구출하기 위해 구조팀을 급파한다. 카프리카로 향한 점프 과정 중에 이탈된 레이스 트랙 일행은 인간이 거주할 수 있는 새로운 행성을 발견한다. 한 편, 대통령 선거에 출마한 가이우스는 로슬린을 제치고 대통령이 되기 위해, 인류가 새로운 행성에 영구 정착할 공약을 내세우게 되는데...

무사히 앤더스 일행을 만나게 된 카프리카 생존자 구조팀! 이들은 갑자기 사일런들의 무차별 공격과 함께 사방으로 포위되면서 사면초가에 빠지게 된다. 하지만 모든 사일런들이 갑작스럽게 카프리카를 떠나게 되고, 갤럭티카호와 민간인 함대는 평화를 맞게 된다. 새로운 행성인 뉴 카프리카에서 영구 정착할 계획을 공약으로 내세운 가이우스 후보는 선거에서 로슬린 대통령보다 많은 득표를 얻게 되고, 결국 로슬린 대통령 참모진은 가이우스를 이기기 위해 히든카드를 꺼내게 되는데...