Kiderül, hogy Adama parancsnok sebei nagyon súlyosak, és az állapota válságosra fordult. Gaius-nak eközben tovább folytatódik a képzelgése. Starbuck majdnem megöli Sharont, aki azt állítja, hogy ő nem Cylon, de ekkor Helo közbelép. Később pedig a Csillagközi romboló komoly harcba keveredik.

A fedélzeten egyik pillanatról a másikra megszűnik az energiaellátás. Úgy tűnik, hogy a Cylon vírusnak sikerül átvennie a hajó feletti irányítást, ráadásul egy Cylon osztagnak is sikerült a fedélzetre jutnia. Az elnök-asszonyt éppen ezért Adama fia megpróbálja biztonságos helyre juttatni.

Adama még mindig nagyon rossz állapotban van. A Kobol-on rekedtek rájönnek, hogy a Cylonok egy rakétakilövőt építenek, amivel könnyen megsemmisíthetik az esetlegesen értük küldött mentőhajókat. Gaius Baltar eközben megmenti a csapat egyik tagját. Roslin elnök-asszony visszavonja a felmondását, Tigh ezredes pedig feloszlatja a Tizenkettek tanácsát.

Tigh egyre többet iszik, amitől a cselekedetei sem józanak. A statárium miatt több hajó is megtagadja az utánpótlást a Csillagközitől. Tigh erre katonákat és pilótákat küld a hajókra, ahol tűzharc alakul ki és négy ártatlan ember meghal. Roslin elnök-asszony, szökésre készül, amelyhez segítője is akad. Gaius pedig kideríti, hogy hány további Cylon van a hajón.

A Cylon uralom alatt álló Caprican az ellenállásra csapást mér az ellenség, és Starbuck megsebesül. Adama, miután magához tért, azonnal a kezébe veszi az ügyeket. A fia, Adama százados és Roslin elnök-asszony pedig hamarosan értesülnek a hírről. Eközben Starbuck egy kórházban tér magához, és azt gondolja, hogy Cylonok tartják fogva, de az orvosnak sikerül őt megnyugtatnia. Az őt kereső csapat beszélgetéséből pedig az is kiderül, hogy nincs közük Starbuck kórházba kerüléséhez.

Sharon vezetésével a csapat megtalálja Athena sírját, ám előtte még találkoznak Adama parancsnokkal. Sharon tanúbizonyságot tesz arról, hogy nem akarja bántani Adamat, ahogy a másik Cylon tette. Athena sírja elérése után az elnökasszony, Adama és a többi ember hirtelen egy másik helyen találják magukat, ahol megtalálható mind a 12 törzs csillagképe, ezért úgy vélik, hogy a Földön vannak.

Adama parancsnok és az elnök-asszony felkéri a hírszolgálatot, hogy készítsen egy dokumentumfilmet a flotta életéről. Ám sok olyan felvétel is készül, amely nem feltétlenül tünteti fel jó színben őket, sőt az ezredes kifejezetten bajba kerülhet a viselkedése miatt. A riporter továbbá arra is rájön, hogy egy Cylon tartózkodik a hajón. Hamarosan pedig két Cylon hajó közelít feléjük...

Sharon arról tájékoztatja Adama parancsnokot, hogy vírustámadás érte a hajó számítógépes rendszerét, amelytől gyakorlatilag irányíthatatlanná kezd válni a Csillagközi. Rövid tanácskozás után mindnyájan azon a véleményen vannak, hogy ez már bizonyosan a Cylon-ok támadásának része. Az idő rohamosan fogy, a Cylon hajók pedig egyre csak közelednek a flotta felé...

A Csillagközi egy ismeretlen hajóra bukkan, amely azonban rendelkezik a Kolónia azonosítójával. A hajó nem más, mint az elveszettnek hitt Pegazus, élén Helena Cain admirálissal. Cain, Adama feletteseként azonnal bele is szól a parancsnok vezetési módszereibe.

A Csillagközi és a Pegazus, támadást kísérelnek meg egymás ellen, azonban Kara megközelíti a Cylon hajót és több felvételt is sikerül készítenie róla. Visszatérése éppen a legjobbkor történik, mert így az egymásra támadni készülő Viper-ek rá lesznek figyelmesek. Cain, Adama és Roslin pedig egy semleges helyen beszélik meg a továbbiakat.

Starbuck olyan dologra készül, amit ugyan retteg megtenni, de Adama kérésére, ha kell, mégis megöli Caint. Eközben azonban Cain pontosan ugyanezt tervezi Adamaval szemben. Lee megtudja, hogy az apja Cain megölését fontolgatja. Adama később közli a fiával, hogy Roslin találta ki Cain eltüntetését.

Laura Roslin a halálán van, jóformán csak napjai, vagy órái vannak hátra. Dr. Cottle valami furcsát vesz észre Sharon magzatának vérében, ezért többek is úgy gondolják, hogy jobb lenne, ha nem hagynák megszületni a gyermeket. Baltar természetesen tiltakozik, de Roslin már döntött. Pedig még nem is sejti, hogy saját magának is milyen nagy szüksége lenne a leendő gyermekre.

A flottában a fejetlenséget kihasználva burjánzik a feketepiac. Több ember is eltűnik, sőt már az élelmiszerkészletek és a gyógyszerek is elérhetetlenné válnak. Fisket pedig hamarosan holtan találják, s minden bizonnyal megfojtották. Adama később Lee-t kéri fel, hogy kiderítse, mi történt a Pegazus első-tisztjével.

A flotta egy aszteroidamező közepén komoly mennyiségű ércet talál, amelynek a felhasználásával több Viper-t is építhetnének. Később azonban a Csillagközi vadászgépeinek kell megvédenie a bányászhajót a Cylon támadásoktól. Kara és Kat pedig mindketten bármit megadnának, hogy legyőzhessék a Cylon vadászok egyik legveszedelmesebbjét.

Billy megkéri Dualla kezét, de a lány nemet mond. Nem sokkal ezután a fiú meglátja Lee-t a lánnyal egy bárban, majd kínos jelenet alakul ki, ami azonban nem tart sokáig, mert egy csapat fegyveres ront be és ejti túszul az ott ragadt embereket. A vezetőjük Sesha Abinell, akinek a férje meghalt egy Cylon támadás során. A nő pedig azt követeli, hogy a Csillagközi adja át neki a fogvatartott Cylont.

Pár héttel Billy halála után Lee már őrnagyként igyekszik a Pegazusra, hogy a hajó új első-tisztjeként elfoglalja méltó helyét. A Pegazus parancsnoka jelenleg Barry Garner, aki nem ért szót Kara-val. Lee azonban mindent megtesz azért, hogy elsimítsa az ellentéteket. Eközben a Pegazus elveszít két raptort. Majd Lee és Kara is úgy gondolják, hogy a Cylon-ok csalták őket tőrbe.

A helyszín ezúttal a Caprica. A Cylon-ok próbálják rendbe tenni a bolygót. Sharon eközben képtelen elfogadni, hogy ő egy Cylon, ezért a Caprica néven ismert Hatodik megpróbálja elfeledtetni vele az emberi szokásait. Végül aztán össze is barátkoznak, hiszen mind a ketten emberi lénybe szerelmesek. Caprica később megdöbben, amikor megtudja, hogy Gaius életben van. A Csillagközin ez alatt megszületik Hera, de Roslin és Adama félnek attól, amit a gyermek születése magával hozhat, ezért eltüntetik őt...

Tyrol-t rémálmok gyötrik, ezért Cally megpróbálja felébreszteni a szenvedő férfit, ám az csúnyán összeveri Cally-t. Kiderül, hogy Tyrol félelme az, hogy ő is Cylon, s ettől retteg az elméje legmélyén. Eközben Starbuck engedélyt kap rá, hogy visszatérjen Caprica-ra Anders-ért és a csapatáért...

Tyrol bocsánatot akar kérni Callytől, amikor kiderül, hogy a lány nem haragszik rá. A Caprican eközben Starbuck és a többiek golyózáporba keverednek, majd egyik pillanatról a másikra minden elcsendesül. Majdnem egy nap is eltelik, mire rájönnek, hogy a Cylonok elmentek. A Csillagközire visszatérő csapatban azonban szintén van egy Cavil, aki Cylon.