Galactica joutuu hypyn yhteydessä erilleen laivastosta. Komentaja Adaman tila on kriittinen, joten eversti Tigh joutuu tekemään vaikeita päätöksiä.

Galacticalle iskeytyy cylonien valtausalus. Kobolille pudonnut tiedusteluryhmä käy epätoivoista taistelua cyloneja vastaan.

Starbuck ja Helo huomaavat, että he eivät ole Capricalla yksin. Poikkeustila aiheuttaa levottomuuksia laivastossa.

Starbuck joutuu Capricalla salaperäiseen sairaalaan. Roslin pyytää kansalaisia seuraamaan häntä Kobolille.

Roslinin kapinalliset laskeutuvat Kobolille etsimään Athenan hautaa. Komentaja Adama yrittää löytää uuden lennoston komentajan Leen tilalle.

Komentaja Adama lähtee Kobolille etsimään kapinallisia. Gaius Baltar alkaa epäillä omaa mielenterveyttään.

Toimittaja D'anna Biers pääsee seuraamaan Galactican miehistön arkipäivää. Eversti Tigh saa tappouhkauksia Gideonin verilöylyn takia.

Cylonien lähettämä tietokonevirus uhkaa Galacticaa. Masentunut huoltopäällikkö Tyrol keksii itselleen mieleistä tekemistä.

Galactica kohtaa yllättäen toisen taisteluplaneetan, Pegasuksen. Alkuinnostuksen jälkeen käy selväksi, että amiraali Cainin johtamistapa ei ole kaikkien mieleen.

Komentaja Adama ja amiraali Cain joutuvat unohtamaan erimielisyytensä yhteisen suuroperaation ajaksi. Tigh kuulee lisää kauhutarinoita Pegasuksesta.

Taisteluplaneetat Galactica ja Pegasus valmistautuvat yhteiseen suuriskuun cyloneiden ylösnousemusalusta vastaan. Hyökkäyksen jälkimainingeissa Starbuck joutuu vaikean moraalisen valinnan eteen.

Cylon-sikiötä uhkaa abortointi. Presidentti Roslin taistelee hengestään, ja sairasvuoteella hänen mieleensä palaa merkittäviä tapahtumia menneisyydestä.

Laivaston tarvikepulan yltyessä mustan pörssin kauppa lisääntyy. Tapahtuu murha, jonka tutkimukset johtavat yllättäviin paljastuksiin.

Starbuckin ja Katin välit kiristyvät, sillä kumpikaan ei halua myöntää toisen olevan parempi lentäjä. Tilaisuus kykyjen osoittamiseen koitaa, sillä Scariksi nimetty cylonien Raider tappaa tulokkaita kovaa tahtia.

Cylon-hyökkäyksessä miehensä menettänyt katkeroitunut nainen valtaa baariin ja järjestää panttivankidraaman, josta ei uhreitta selvitä.

Kaksi Raptoria katoaa harjoituslennolla. Etsintöjen aikana tunteet kuumenevat Pegasuksella, ja hätiköidyt ratkaisut johtavat traagiseen lopputulokseen.

Ihmis-cylonlapsen syntymä aiheuttaa jännitteitä Galacticalla, sillä sen kohtalo voi vaikuttaa koko ihmiskunnan selviytymiseen. Caprica-6 ja Sharon puolestaan kamppailevat sopeutumisongelmien kanssa jälleensyntymänsä jälkeen.

Laivasto lähettää pelastusryhmän hakemaan Caprican vastarintaliikkeen eloonjääneitä. Yksi aluksista eksyy reitiltä ja löytää asuttavan planeetan. Löydöstä muodostuu poliittinen kiistakapula lähestyviin presidentinvaaleihin.

Siirtokuntien presidentinvaalien äänestyspäivä koittaa. Baltar kannattaa Uuden Caprican asuttamista, kun taas Roslin haluaa jatkaa cyloneilta pakenemista, joten tuloksesta on kiinni ihmiskunnan tulevaisuus ja peli on sen mukaista.