Un virus Cyclon a pătruns în computerele de pe Galactica, iar Centurionii Cycloni au urcat la bordul navei și se apropie de centrele vulnerabile ale acesteia.

Comandantul interimar Tigh începe să-și dea seama că funcția de conducere nu presupune doar să dai ordine. Copleșit de situație, simte cum este din nou atras de alcool.

Instituirea legii marțiale de către colonelul Tigh amenință să divizeze echipajul și flota.

Adama este primit ca un erou și primește o sarcină de neinvidiat: trebuie să-i găsească pe Lee și Președintele Roslin care au evadat și se ascund undeva în flotă.

Urmând exemplul președintelui Roslin și al lui Tom Zarek, mai bine de o treime din flotă s-a desprins de Galactica și au sărit pe orbita lui Kobol.

Președintele Roslin, alături de aliații ei, pornesc în căutarea criptei Atenei, în timp ce comandantul Adama organizează o misiune de salvare pe Kobol.

Odată cu reîntregirea flotei, vechi conflicte se reaprind. Criticile la adresa armatei sunt la un nivel ridicat ca urmare a masacrului de pe Gideon. Cu apariția specială a lui Lucy Lawless.

Adama îi comandă flotei să sară, lăsând-o pe Galactica în spate pentru a șterge virusul din computere și pentru a înfrunta atacul masiv condus de peste 200 de Raideri Cyclon.

La bordul navei Galactica, lumea este în culmea fericirii când nava de luptă Pegasus, considerată de mult timp distrusă alături de restul flotei, apare de nicăieri.

O luptă pentru puterea militară amenință să se transforme într-un adevărat război atunci când Galactica și Pegasus își unesc forțele pentru a distruge o țintă importantă a Cyclonilor, o navă de „Renaștere”.

Navele Galactica și Pegasus se lansează într-o luptă încrâncenată pentru a distruge nava „Renașterii” a Cyclonilor.

Președintele Roslin este pe patul de moarte în timp ce un grup periculos de simpatizanți ai Cyclonilor distruge rafinăria de tylium.

Misiunea președintelui Roslin de a pune capăt comerțului pe piața neagră declanșează un val de violențe și o investigație care pătrunde adânc în cercurile militare, civile și guvernamentale.

Chemați să protejeze o operațiune minieră a Coloniilor, piloții Viper epuizați de pe Galactica trebuie să înfrunte un Raider Cyclon letal, poreclit Cicatrice.

Un civil furios ia ostatec personal militar și guvernamental cheie sperând să forțeze Galactica s-o predea pe Sharon.

În timp ce nava de luptă Pegasus se confruntă cu o criză internă și cu o amenințare externă, campania de alegeri prezidențiale se rezumă la o dezbatere aprinsă pro-viață versus pro-moarte.

Pe Caprica, Numărul Șase din trecutul lui Baltar și Sharon, care l-a împușcat pe Adama, sunt propulsate în rolurile de Eroi ai Cyclonilor. Pe Galactica se naște un copil om-Cyclon.

Descoperirea accidentală a unei planete locuibile înclină balanța alegerilor în favoarea lui Baltar, în timp ce misiunea de salvare a lui Starbuck pe Caprica întâmpină probleme neașteptate.

Laura trebuie să aleagă între a frauda alegerile și a-l lăsa pe Baltar să câștige.