Les Cylons ont réussi à s'introduire dans le Galactica. Ils progressent très rapidement et font beaucoup de dégâts. Si Apollo et ses hommes ne font rien, les Cylons risquent de détruire toute la flotte.

Le médecin est enfin arrivé sur le Galactica et va pouvoir soigner le commandant Adama. Mais pendant ce temps, Tigh est toujours aux manettes et n'en fait qu'à sa tête. Il refuse de libérer la présidente qui va de plus en plus mal et il sombre à nouveau dans l'alcool. Apollo organise une mission de sauvetage des rescapés de Kobol. Ceux-ci font face à des Cylons.

À peine de retour sur le Battlestar le chef est emprisonné par le colonel Tigh qui le suspecte d'être un Cylon. Gaius va devoir s'employer à l'innocenter. Sur Caprica, Kara et Helo se font de nouveaux alliés. Quant à la présidente, sa captivité n'a que trop duré.

Lee et l'ex-présidente sont toujours en fuite. Sur le Battlestar, le commandant Adama reprend les rênes et est bien décidé à retrouver les traîtres. Sur Caprica, les Cylons attaquent Starbuck et ses nouveaux alliés. Elle est blessé et faite prisonnier...

La présidente Roslin veut trouver la tombe d'Athéna sur Kobol. Starbuck est enfin de retour dans la flotte avec la flèche d'Apollon. Mais la joie du retour et la satisfaction du devoir accompli laissent place à l'inquiétude. Les avis sont partagés quant à la présence de Boomer. Faut-il ou non la tuer ?

Dans un souci de réunir l'ensemble de la flotte, Adama décide de rejoindre la Présidente Roslin et son fils Lee qui sont sur Kobol à la recherche de la Tombe d'Athéna. Une recherche qui se révèle particulièrement difficile: ils doivent se reposer sur Sharon.

Depuis la mort de civiles sur le Gydéon, les citoyens sont de plus en plus hostiles aux hommes d'Adama. Dans un souci d'apaiser les tensions, Adama et la présidente Roslin autorisent une journaliste à filmer tout ce qu'elle veut à bord du Galactica. Mais est-elle bien ce qu'elle prétend ?

Tout le monde sur le Galactica paraît à bout. Le chef Tyrol en est l'exemple parfait, il n'arrive toujours pas à digérer la présence d'une autre Sharon sur le vaisseau. Pour essayer de passer à autre chose, il se met en tête de construire un nouveau Viper. Mais en même temps, un virus infecte tout l'électronique du Battlestar et les Cylons sont prêts à attaquer.

Le DRADIS détecte un nouveau contact. Cette fois-ci, ce n'est pas un appareil cylon mais bel et bien un appareil allié. L'amiral Cain commande le Battlestar Pegasus et compte bien rétablir l'ordre et la discipline dans la flotte. Adama va alors perdre le commandement. Mais l'arrivé du Pégasus et la reprise en main de l'amiral Cain va entraîner son flot de conséquences...

Rien ne va plus entre Adama et l'Amiral Cain. Celle-ci a rétribué les postes, Apollo et Starbuck sont mutés sur le Pégasus. Plus grave, Helo et Tyrol qui ont sauvé Sharon d'un viol, sont condamnés à mort. Adama décide donc de les sauver. Starbuck part en mission de reconnaissance près du vaisseau cylon. Gaius fait de plus plus de progrès avec la cylon.

La trêve est toujours d'actualité entre le Galactica et et le Pégasus en attendant l'attaque de la flotte cylon, mais Tyrol et Helo sont toujours détenus. Cependant personne n'est dupe, la mission achevée, la lutte entre l'Amiral Cain et le commandant Adama va reprendre.

Toute la flotte retient son souffle car la Présidente Roslin est en train de vivre ses dernières heures. Mais avant de partir celle-ci prend une ultime décision, elle veut que le bébé de Sharon soit tué, ce qui n'est pas au goût du futur Président Baltar et encore moins d'Helo. Dans le même temps, Adama doit faire face à plusieurs sabotages par des partisans de la paix avec les cylons.

Roslin guérit de son cancer, elle reprend rapidement le travail. L'une de ses préoccupations premières est de mettre fin au marché noir qui prend de plus en plus d'ampleur dans la flotte. Un incident vient renforcer tout le danger de ce marché, quand le nouveau commandant du Pegasus, Fisk, est sauvagement assassiné dans ses quartiers. Lee va mener l'enquête.

Voilà 29 jours que la flotte stagne autour d'un site d'extraction minière. Le filon est tellement important qu'il permettra de reconstituer une flotte de Vipers. Mais les Cylons rôdent et les pilotes doivent défendre le site d'extraction. Un appareil cylon fait peur à tout le monde, on l'a appellé Scar. Face à cette ennemi, Starbuck et Kat rentrent en conflit.

Dualla ne sait plus quoi faire, son cœur balance entre Billy et le capitaine Adama. Lors d'une permission, elle va sur le Cloud 9 avec Lee quand tout à coup un groupe de terroristes prend tout le monde en otage. Ils veulent le Cylon Sharon.

Rien ne va plus entre Kara et le nouveau commandant du Pegasus, d'autant que lors d'un exercice des Raptors disparaissent. Lee est donc envoyé sur le Pegasus pour essayer de remettre de l'ordre. Sur le Galactica, une passagère clandestine est découverte dans un hangar. Elle est enceinte et veut interrompre sa grossesse. Le débat sur l'avortement dans une période où l'espèce humaine est menacée, prend alors une grande ampleur.

La grossesse de Sharon subit encore des complications. Ils sont obligés de la faire accoucher prématurément. Roslin pose alors la question de qui va pouvoir élever le bébé. Sur Caprica, les rebelles tentent toujours de causer le plus de pertes aux Cylons. Dans le même temps, la Sharon qui a tiré sur Adama a beaucoup de mal à se faire à sa nouvelle vie et c'est une Numéro Six qui va l'y aider.

Kara va enfin revoir Anders, elle va en effet pouvoir conduire une mission de sauvetage sur Caprica. Grâce à Sharon les bons PRL à longue distance ne sont plus un problème. La flotte est en émoi car les élections approchent. La découverte d'une planète habitable par racertrack va donner un enjeu supplémentaire à l'affrontement entre Gaius Baltar et la Présidente Roslin.

Quand Baltar remporte les élections, Roslin envisage toutes les possibilités pour empêcher celui qu'elle considère comme un collaborateur des Cylons à prendre le pouvoir.