לאחר שקומנדר אדאמה נורה וכמעט מת, על טאי להוביל את הגלקטיקה ולשמור על המשאבים הנחוצים כדי להציל את חייו של הקומנדר.

וירוס סיילוני חדר למחשבים של הגלקטיקה, בשעה שסנטוריונים סיילוניים עלו ועושים את דרכם בקרב לעבר המרכזים הפגיעים של הספינה.

הקומנדר הזמני טאי מתחיל להבין שבלהיות מנהיג כרוכים דברים מעבר לנתינת פקודות. הוא מוצף, ומוצא את עצמו מתקרב שוב לאלכוהול.

ספינות הצי מורדות במשטר הצבאי של קולונל טיי ובעקבות אירוע אלים מחליטה הנשיאה רוזלין להמלט ממעצר.

אדאמה חוזר לקבלת פנים של גיבורים ומטלה לא נעימה: עליו למצוא את לי ואת הנשיאה רוזלין, שנמלטו ומתחבאים בתוך הצי.

למעלה משליש מהצי הולך בעקבות הנשיאה רוזלין וטום זארק, מתפצל מהגלקטיקה וקופץ למסלול סביב קובול.

הנשיאה רוזלין יוצאת למסע עם הקונפדרציה שלה בחיפוש אחר קבר את'נה בשעה שקומנדר אדאמה שולח משימת חילוץ לקובול.

עתה משהצי התאחד, מחלוקות ישנות צצות שוב. ישנה ביקורת רבה על הצבא לאחר הטבח בגדעון. עם הכוכבת האורחת לוסי לאלס.

אדאמה מורה על הצי לקפוץ בשעה שגלקטיקה נשארת מאחור כדי למחוק את הווירוס מהמחשבים שלה ולהתמודד עם תקיפה עצומה של למעלה ממאתיים ריידרים סיילונים.

הצי נתקל בכוכב המלחמה פגסוס, ששרדה את מתקפת הסיילונים. המפקדת שלה, אדמירל קיין, לוקחת פיקוד על הצי למורת רוחם של אנשי הגלקטיקה.

מאבק כוחות צבאי מאיים להפוך למלחמה בשעה שהבטלסטאר גלקטיקה והפגסוס מנסות לאחד כוחות כדי להרוס מטרה סיילונית קריטית: ספינת "התחדשות".

הגלקטיקה והפגסוס משלבות כוחות כדי לתקוף אל ספינת התחיה הסיילונית, אבל אדאמה וקיין ממשיכים לנסות ולהיפטר זה מזו. אפולו עובר חוויה קשה וד"ר בלטר מתקרב לג'ינה הסיילונית.

מסעה של הנשיאה רוזלין לשים סוף למסחר המשתולל בשוק השחור יוצר אלימות וחקירה שמגיעה עמוק לתוך הצבא, והמעגלים האזרחיים והממשלתיים.

גלקטיקה נקראת להגן על מבצע כרייה קולוניאלי, וטייסי הווייפרים המותשים שלה צריכים להשתמש בתבונה כדי להתמודד עם ריידר סיילוני קטלני בשם "צלקת".

אזרח ממורמר מחזיק באנשי ממשלה וצבא חשובים כבני ערובה, בתקווה שיצליח לאלץ את גלקטיקה להחזיר את שרון.

בשעה שהבטלסטאר פגסוס מתמודדת עם משבר פנימי ואיום חיצוני, קמפיין הבחירות לנשיאות מסתכם בעימות סוער על זכות הבחירה לעומת הזכות לחיים.

בקאפריקה, מספר שש מהעבר של בלטאר והשרון שירתה באדאמה הופכות לתפקיד הגיבורות של הסיילונים; בגלקטיקה נולדת תינוקת אנושית-סיילונית.

הגילוי המקרי של כוכב הראוי למגורים מטה את הבחירות לטובתו של בלטאר, בשעה שמשימת החילוץ של סטארבק לקאפריקה נתקלת בבעיה לא צפויה.

בפרק האחרון לעונה, על לורה לבחור בין גניבת הבחירות לבין לתת לבלטאר לנצח.