הסיילונים תוקפים את הגלקטיקה בכל חצי שעה ועל הצוות לגלות כיצד הם מאתרים אותה. אבדן של ספינה מעלה פתרון אפשרי.

פיצוץ במיכלי המים של הגלקטיקה מאיים על אספקת המים. שרון נעזרת בצ'יף כדי לכסות על העדויות המצביעות עליה.

סרן אפולו מציע להשתמש באסירים כדי לכרות מים עבור הצי, אבל טרוריסט ממריד אותם ולוקח את נציגי הגלקטיקה בשבי.

בעקבות תאונה נאלצת איילת הכוכבים לאמן טייסי קרב חדשים, אבל מותו של זאק אדמה רודף אותה.

המפקד אדמה ואפולו נחושים למצוא את קארה, גם תוך סיכון הצי כולו.

מחבל סיילוני מבצע פיגוע על סיפון הגלקטיקה, והמפקד אדמה מקים ועדת חקירה שתמצא את האשמים.

המאהבת הסיילונית של ד"ר בלטר מופיעה על הגלקטיקה ובידיה עדויות שהוא מעורב במתקפה הסיילונית.

קארה חוקרת סוכן סיילוני הטוען ששתל פצצה גרעינית על אחת הספינות בצי.

הנשיאה רוזלין חושדת שהמפקד אדמה הוא סוכן סיילוני. אשתו של קולונל טיי מופיעה ומסבכת את העניינים.

הדלק של צי המושבות אוזל לאיטו והגלקטיקה נאלצת לשגר מתקפה נואשת נגד מזקקה סילונית.

רוזלין מנסה למנוע מזארק להיבחר לסגן נשיאת המושבות בעוד לי וקארה מנסים למצוא מתנקש שמאיים על חייה.

הגלקטיקה מגלה במקרה את הפלנטה קובול, מקורה המיתולוגי של האנושות, והמפקד אדמה והנשיאה רוזלין נקלעים למחלוקת לגביה.

בפרק האחרון לעונה, הגלקטיקה צריכה להשמיד ספינת בסיס סיילונית כדי לחלץ את אנשיה מקובול. קארה נתקלת בהיילו ובשרון בקפריקה הכבושה.